Автореферат и диссертация по медицине (14.01.21) на тему:Молекулярная диагностика вирусов гепатита C,B,G и парвовируса B19 у гематологических больных

ДИССЕРТАЦИЯ
Молекулярная диагностика вирусов гепатита C,B,G и парвовируса B19 у гематологических больных - диссертация, тема по медицине
АВТОРЕФЕРАТ
Молекулярная диагностика вирусов гепатита C,B,G и парвовируса B19 у гематологических больных - тема автореферата по медицине
Судариков, Андрей Борисович Москва 2012 г.
Ученая степень
доктора биологических наук
ВАК РФ
14.01.21
 
 

Автореферат диссертации по медицине на тему Молекулярная диагностика вирусов гепатита C,B,G и парвовируса B19 у гематологических больных

005011142

Судариков Андрей Борисович

МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИАГНОСТИКА ВИРУСОВ ГЕПАТИТА С, В, С И ПАРВОВИРУСА В19 У ГЕМАТОЛОГИЧЕСКИХ БОЛЬНЫХ.

14.1.21 "гематология и переливание крови"

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени доктора биологических

наук.

-1 мдр ш

Москва, 2012

005011142

Работа выполнена в Федеральном государственном бюджетном учреждении "Гематологический научный центр" Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации (ФГБУ ГНЦ Минздравсоцразвития России).

Научный консультант:

доктор медицинских наук, профессор, академик РАМН Савченко Валерий Григорьевич.

Официальные оппоненты:

доктор химических наук, профессор, член-корреспондент РАН Габибов Александр Габибович

доктор медицинских наук, профессор Лукина Елена Алексеевна доктор биологических наук Лунин Владимир Глебович.

Ведущая организация:

Федеральное государственное учреждение Институт физико-химической медицины Федерального медико-биологического агентства России.

Защита состоится 28 марта 2012 года в 14.00 часов на заседании диссертационного совета Д 208.135.02 в ФГБУ "Гематологический научный центр" Минздравсоцразвития России (125167, г. Москва, Новый Зыковский проезд, дом 4).

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГБУ ГНЦ Минздравсоцразвития России

Автореферат разослан "______"_________________2012 г.

Ученый секретарь диссертационного совета,

кандидат медицинских наук Зыбунова Елена Евгеньевна.

Введение.

Гематологические больные составляют группу риска заражения трансмиссионными вирусными инфекциями, т.к. получают множественные гемогрансфузии, в т.ч. компонентов крови, карантинизация которых не всегда возможна (например, тромбоцитов). Необходимо отметить, что в условиях цитопении и иммунодефицита, вызванных непосредственно гематологическим заболеванием, либо возникших как побочный эффект агрессивной цитостатической или иммуносупрессивной терапии, симптомы вирусных инфекций могут быть стерты [Лукина Е.А. 2000]. В этой ситуации стандартные серологические методы диагностики и мониторинга инфекций бывают ненадежны или неэффективны. Таким образом, молекулярные методы диагностики вирусных инфекций, основанные на выявлении РНК или ДНК соответствующих патогенов, приобретают особую важность в гематологической клинике.

Одним из современных методов молекулярной диагностики вирусных инфекций является полимеразная цепная реакция (ПЦР). Принцип ПЦР впервые сформулировал Хьелль Клеппе из лаборатории нобелевского лауреата Хары Гобинды Хораны [К1ерре 1971]. Однако, в то время эта идея не нашла практического применения. Полимеразная цепная реакция была вновь открыта в 1983 году Кэри Маллисом [За1Ы 1985]. В исходном варианте метода использовалась обыкновенная ДНК-полимераза, что требовало добавления фермента в каждом цикле. Впоследствии стали использовать термостабильный фермент, что существенно упростило, ускорило и позволило автоматизировать процедуру [Ба1к1 1988]. В 1993 г. Маллис получил за этот цикл работ Нобелевскую премию. Метод ПЦР был запатентован корпорацией Цетус/Перкин-Эльмер, сотрудником которой являлся Кэри Маллис в то время. В 1992 году Цетус продала права на метод и патент на использование Taq-полимеразы компании Хофман-Ла Рош за 300 млн долларов. Однако, тот факт, что Тад-полимераза была выделена из термофильных бактерий и охарактеризована русским биохимиком Алексеем Калединым еще в 1980 году

[Kaledin 1980], [Kaledin 1981], [Kaledin 1982], послужил основанием для судебного иска со стороны компании Промега об ограничении исключительных прав Хофман-Ла Рош на этот фермент. Срок действия американского патента на метод ПЦР истёк в марте 200Б г. Необходимо сказать еще пару слов о самом термине "полимеразная цепная реакция". Существует точка зрения, что название отражает синтез полимеразой "цепей" ДНК. Однако, это не так. Цепные реакции были открыты Николаем Николаевичем Семеновым [Семенов 1933], [Семенов 1934], [Семенов 1942], за что ему была присвоена Нобелевская премия по химии в 1956г. Отличительным свойством цепных реакций (к которым относится и полимеразная цепная реакция) по Семенову является тот факт, что накапливающиеся (образующиеся) в процессе реакции продукты в качестве субстрата снова вступают в реакцию. При этом реакция носит "взрывной" характер с экспоненциальным накоплением продуктов. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) позволяет выявлять среди огромного количества участков ДНК определенные фрагменты ДНК и их синтезировать. Иными словами, с помощью ПЦР можно найти в испытуемом образце относительно короткий участок ДНК и многократно размножить (амплифицировать) его. Таким образом, ПЦР - это высокочувствительный и высокоспецифичный метод. Однако, высокая чувствительность метода предъявляет повышенные требования к культуре экспериментальной и диагностической работы и заставляет использовать специальные подходы и методы для предотвращения ложных результатов. Одним из наиболее эффективных подходов является введение внутренних стандартов реакции. Могут использоваться стандарты, которые амплифицируются с теми же праймерами, что и исследуемая мишень, что делает реакцию амплификации конкурентной, позволяя проводить количественные оценки концентрации исследуемой мишени по известной концентрации внутреннего стандарта. Кроме того, внутренний стандарт играет роль контроля прохождения реакции в отдельной пробирке. Для ПЦР в реальном времени также применимы неконкурентные стандарты, амплификация которых контролируется по

альтернативному каналу флюоресценции. Для определения вирусных патогенов, содержащих РНК в качестве носителя генетической информации, перед ПЦР необходимо провести синтез цепи ДНК на РНК. К сожалению, практически все известные коммерческие системы ПЦР-тестирования РНК-содержащих вирусов, не контролируют эту стадию процесса, что, вообще говоря, некорректно. Для адекватного контроля и стандартизации реакций в данном случае необходимо введение РНК-стандартов, что выдвигает дополнительные требования. Во-первых, в отличие от ДНК, молекулы РНК нестабильны, легко подвергаются рибонуклеазному расщеплению. Упаковка РНК в белковую оболочку позволяет решить эту проблему. Кроме того, упакованная РНК, в отличие от свободной, имитирует по строению исследуемый вирус, что позволяет контролировать все стадии процесса выделения РНК, обратной транскрипции и ПЦР. Необходимость разработки и внедрения надежных методов ПЦР-тестирования на вирусные патогены в гематологической клинике и службе крови бесспорна и в большинстве стран такие методы широко внедрены уже более 10-ти лет. В частности в Германии при добавлении ПЦР-диагностики к серологическому тестированию риск необнаружения вируса падает в 2 раза по HIV, в 7 раз по HCV и в 3 раза по HBV [Offergeld 2005].

Таблица серологическс 1. Эффект от введени му анализу (снижени без ПЦР тестирования 5 ПЦР-диагностики е риска необнаруже с ПЦР тестированием дополнительно к ния инфекционное™). Кратность

HIV 1: 2 770 000 1: 5 540 000 2

HCV 1 : 670 000 1 : 4 400 000 7

HBV 1:230 000 1 : 620 000 3

Необходимо отметить, что инфицированность в Германии одна из самых низких в мире. В странах с высокой инфицированностью (к которым относится и Россия) ожидаемая кратность снижения риска в разы больше. Так в Таиланде (где часто встречается гепатит В) ПЦР тестирование бракует 1-го из 800 НЬБ антиген-негативных доноров ДОаШасЬИ 2007]. Что касается экономической

эффективности ПЦР тестирования, то она оказывается выше всего в странах с дешевыми ресурсами и рабочей силой (к которым, увы, относится и наша страна). Так, например, в Словении, введение ПЦР-тестирования на HCV дополнительно к антительному тесту добавило к стоимости обследования всего 1.8 Euro. При этом стоимость обнаружения одного ПЦР-положительного образца среди антител-отрицательных составила всего 643 Euro [Seme 2007].

ПЦР-диагностика вирусных инфекций у гематологических больных отличается нестандартными начальными условиями. Пробы могут содержать ингибиторы (гепарин, интеркалирующие цитостатики и др.), клеточный состав крови варьирует от цитопении до гиперлейкоцитоза, при лизисе опухоли в кровь попадают ферменты (в т.ч. РНКазы). Таким образом, к контролю эффективности выделения, обратной транскрипции и амплификации вирусных нуклеиновых кислот из проб, полученных от гематологических больных, предъявляются дополнительные требования. В связи с вышеизложенным тема настоящей работы - разработка оригинальных подходов к ПЦР-диагностике вирусных патогенов, оптимальных для использования в гематологии, представляется весьма важной и актуальной.

Цель.

Разработать оптимальные для гематологии молекулярные методы определения вирусов гепатита С, В, G и парвовируса В19.

Задачи.

1. Разработать метод получения РНК-стандартов для контроля обнаружения и количественного определения РНК-содержащих вирусов.

2. Разработать метод получения ДНК-стандартов для контроля обнаружения и количественного определения ДНК-содержащих вирусов.

3. Разработать метод генотипирования вируса гепатита С.

4. Разработать методы ПЦР-диагностики парвовируса В19 и вируса гепатита G.

5. Разработать метод мультиплексного определения вирусов гепатита С, В

Научная новизна.

Предложен новый тип внутреннего стандарта для конкурентной ПЦР - это РНК-стандарт на основе ретровирусного вектора. Стандарт представляет собой ретровирусные частицы, секретирующиеся в культуральную среду клоном пакующей линии клеток PG13, полученным после трансфекции дефектным по репликации и непатогенным ретровирусным вектором pBabe, содержащим модифицированную последовательность вируса гепатита С, используемую для амплификации в ПЦР, и селективный маркер - ген устойчивости к пуромицину, дающий возможность вычислять титр вирусных частиц стандарта после инфицирования восприимчивых клеток-мишеней серийными разведениями вируса. Предложен универсальный и методически простой способ конструирования внутреннего стандарта для одностадийной конкурентной ПЦР, который может быть использован при создании количественного ПЦР-диагностикума для любого ДНК-содержащего патогена. Разработан оригинальный подход для одновременного обнаружения и геногипирования вируса гепатита С. Праймеры взяты из наиболее консервативного участка генома вируса гепатита С и позволяют достоверно и с высокой чувствительностью обнаруживать в сыворотке человеческой крови РНК всех известных к настоящему времени типов и подтипов вируса. Праймеры подобраны таким образом, что амплифицируется тот же район вирусной РНК, который в дальнейшем используется для определения генотипа вируса. Разработаны методы определения парвовируса В19 и впервые в России проведено масштабное исследование инфицированности этим вирусом среди доноров и больных гематологического стационара. Получены данные о достоверной связи инфицированности вирусами гепатитов В, С и G с объемом трансфузионной терапии у гематологических больных.

Практическая значимость.

Предложенный в работе подход целесообразно использовать при

получении внутренних РНК- стандартов для конкурентной ПЦР и real-time ПЦР для диагностики любых РНК-содержащих патогенов. Разработан методически простой способ конструирования внутреннего стандарта для определения любых ДНК-содержащих патогенов в одностадийной конкурентной ПЦР. С целью выявления мутантных вирусных штаммов использовался метод аллель-специфической ПЦР. Установлено, что данная методика применима в диапазоне концентраций ДНК от 104 до 107 геном/мл. Разработаный и внедренный в ФГБУ ГНЦ Минздравсоцразвития России мультиплекс-диагностикум для одновременного определения вирусов гепатитов В, С и парвовируса В19 позволил существенно удешевить анализ инфицированное™ пациентов и доноров, по сравнению с коммерческими наборами, не снижая его достоверности и чувствительности.

Положения, выносимые на защиту.

1. Разработаный новый тип внутреннего стандарта для качественного и количественного определения РНК HCV в конкурентной ПЦР позволяет контролировать все стадии анализа, начиная от выделения РНК. Концентрация ретровирусного стандарта может быть определена независимым методом (подсчетом колоний), стандарт легко нарабатывается при помощи культуры пакующих клеток и не патогенен для человека.

2. Предложен новый одностадийный подход для конструирования ДНК стандартов, основанный на свойстве праймеров при пониженной температуре связываться с участками частичной З'-концевой гомологии.

3. При тестировании инфицированности вирусами гепатитов В, С и G больных апластической анемией и гемобластозами получены данные, свидетельствующие о достоверной связи инфицированности с количеством гемотрансфузий.

4. Получены данные по распространенности в России парвовируса В19 среди доноров и больных гематологического стационара. Впервые

выявлена локальная вспышка инфекции (8%), что важно учитывать при заготовке крови и ее компонентов.

Апробация работы.

Работа доложена на заседании проблемной комиссии "Фундаментальные исследования в гематологии, трансплантологии, трансфузиологии: Гемопоэз, молекулярная биология, биотехнология, иммуногематология; биохимия; биофизика" 6 декабря 2011 года.

Объем и структура диссертации.

Диссертация изложена на 220 страницах, состоит из введения, обзора

литературы, описания материалов и методов, изложения результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка цитируемой литературы. Работа содержит 47 рисунков и 5 таблиц. Список цитируемой литературы включает 388 источников.

Материалы и методы.

В работе использованы препараты, полученные от больных,

находившихся на лечении в ФГБУ ГНЦ Минздравсоцразвития России и доноров. Все манипуляции с кровью, плазмой, сыворотками; выделение РНК и ДНК проводили по стандартным методикам. Последовательности олиго-нуклеотидных праймеров, использованных в работе, приведены в Табл. 2.

Таблица 2. Последовательности праймеров, использованных в работе. Вирус гепатита С

5Ш 5' gtgcugcgagtgc 3' #36 5' aacactaacggctagcagt 3'

АБШ 5' agggmcgatgac 3' #32А 5* ctggaggaactactgtш 3'

ът 5' ggaggtctcg•^agaccgtg З1 #33 5* ttcacgcagaaagcgtctag 3'

АБШ 5’ ggrrrcgзtgacyttaccca 3’ #48 5' gugatccaзgaaaggaccc 3'

А51Ь 5’ gagccatcctgcccacccca 3’ #186 5' aygtaccccaygagпcggc 3'

АЭ2а 5' ccaagagggacgggaacctc 3’ #256 5' cgcgcgactaggaagacttc 3’

АБ1а 5' gggataggctgacgtctacc 3' #186 5' aygtaccccaygagгtcggc 3'

АБЗа 5' accgttcзgaagmtзcgc 3’ #104 5’ agraalтcttcsgagcgгtc 3'

ЬЬо/ 5’ ctcatggtgcacggtctac 3’ Цт 5* gacшccacaccctaactgac 3’

ЯЬс/ 5* cgaaaggcatgtggtact 3' Шт 5’ cagtgtggtggtacgtaggaat 3'

5' ctgcggaaccggtgagta 3' НУВтг 5' 1ЮХ acacattccacagg:cgaccactgt ВН02 3‘

Hybhcv 5' FAM cactcgcaagcaccctatcagg BHQ1 3' Вирус гепатита В Вирус гепатита G

HBS 5' cttcgcttcacctctgc 3' GS1 5' cargttgggtgctt 3'

НВА 5' gcctcaaggtcggtcgttgac 3' GA1 5' gggcaatgaacttacctttg 3’

L_hbv 5’ cttcgcttcacctctgc 3' GS2 5’ gggcaatgaacttacctttg 3’

R_hbv 5' caaggtcggtcgttgac 3' GA2 5' gtcccttcaagtatctcytg 3’

Hyb_hbv_F AM 5' FAM acataagaggactcttggactctcagcaat BHQ1 3' Парвовирус В19

ymdMGs 5' tgacaaaccgaaagtcaatatac 3' VisBlöMn 5’ ctttaggtatagccaactgg 3'

ymdMAs 5' tgacaaaccgaaagtcaatat 3' VisBl9r-in 5' acactgagtttactagtggc 3'

ymdVs 5’ tgacaaaccgaaagtcaatac 3' VisB19f-out 5’ ctttaggtatagccaactgg 3’

ymdls 51 tgacaaaccgaaagtcaatataa 3’ VisB19r-out 5’ acactgagtttactagtggc 3’

ymdCOMas 5’ gattggaaagtatgtcaacg 3’ B19f-out 5'-actatgaaaactgggcaataaac-3'

precWCs 5’ acggaacccaccgaaac 3’ B19r-out S'-caccaccactgctgctgata 3'

precMTs 5* acggaacccaccgaaat 3' HYB_ PVB19 5’ Cy aattaatgcagatgccctccacccagac BHQ 3’

precCOMas 5’ gcaaagaattgcttgcctga 3' Jak2F 5’ ggaccctacacagtttgaagag 3'

B19r-inner 5' tgtctgtgacaattggggtg 3' Jak2R Jak2oligo 5' acctcgccagtgttgtcct 3' 5' FAM agatgtgccgctatgacccgctg RTQ1 3'

Конструирование внутреннего РНК-стандарта для ПЦР-определения вируса гепатита С.

Для конструирования стандарта использовали ретровирусный вектор pBabe-Puro [Morgenstern 1990]. Вектор содержит селективный маркер - ген устойчивости к пуромицину. Схема конструирования внутреннего стандарта и получения пакующей линии клеток приведена на Рис. 1. Из сыворотки крови больного вирусом гепатита С генотипа 1Ь выделили РНК. Провели обратную транскрипцию и ПЦР с универсальными праймерами SU1 и ASU1 (последовательности см. в Табл. 2). Получили кДНК вируса гепатита С (размер амплификата 417 п.н.) и клонировали её в вектор pGEM-TEasy с помощью "pGEM®-TEasy Vector Systems" (Promega) в соответствии с инструкцией по применению. Плазмидную ДНК нарастили в E.coli, выделили и модифицировали, вставив по сайту Kpnl (находящемуся внутри фрагмента кДНК вируса гепатита С) фрагмент ДНК длиной 628 п.н.

Получение вируса, несущего измененный фрагмент РНК гепатита С

> и*>'' ,

\

= 1 -т-

Рисунок 1. Схема получения внутреннего стандарта на основе ретровирусного

вектора.

Далее модифицированная кДНК вируса гепатита С была вырезана по сайтам рестриктазы ЕсоШ и переклонирована в вектор рВаЬе-Риго. Полученный в результате лигирования вектор рВаЬе/НСУ* использовали далее для наработки внутреннего стандарта. Для этого конструкцию рВаЬе/НСУ* трансфецировали в мышиную пакующую линию Рв13 [АТСС СЯЬ-10686] методом электропорации при помощи прибора Оепе-Ри1зег™(В10-Яас1). Трансфецированные клетки селектировали на среде, содержащей 4 мкг/мл пуромицина. После селекции проводили клонирование методом лимитирующих разведений в среде йМЕМ с добавлением 20% РВЭ, Культуральную среду клонов, содержащую упакованную в ретровирусные частицы РНК-матрицу (внутренний стандарт), собирали, замораживали и хранили при -70°С. Титр ретровирусных частиц в культуральном супернатанте оценивали по числу колоний, выросших после инфицирования клеток-мишеней на селективной среде. Клеточную линию человеческих легочных фибробластов \Vi38 высевали в количестве 500000 на 25 см2 культуральные флаконы. На следующий день

добавляли известный объем среды с ретровирусными частицами и 8 мкг/мл полибрена (hexadimethrine bromide) (Sigma). На следующий день после инфицирования клетки помещали в среду, содержащую 1мкг/мл пуромицина. После 7 дней селекции подсчитывали число выросших пуромицин-устойчивых колоний. Титр препарата определяли как количество колониеобразующих единиц (инфекционных единиц - инф.ед.) в 1 мл вирусной суспензии. В результате получен РНК-стандарт, который может быть добавлен в исследуемую пробу, выделен, использован в реакции обратной транскрипции и амплифицирован вместе с РНК гепатита С. Амплификация происходит с теми же праймерами, что и для исследуемой ДНК (получается фрагмент большего молекулярного веса). Пример использования стандарта приведен на Рис. 2.

+ брак - - + - 1 2 3 4 5 6

Копий RNA стандарта в мл:

Копий RNA стандарта

1х103 в мл " 1 - 4xiOr: 2 - 8x10е; 3 - 1,6x10е; 4 - 3,2x10*;

5 - 6xlOä; 6 - lxlO3

Рисунок 2. Амплификация РНК вируса гепатита С вместе со стандартом. Верхняя полоса соответствует амплификации стандарта; нижняя полоса - РНК гепатита С. Левая панель - стандарт добавлен в концентрации 1х103 в мл;

отсутствие амплификации стандарта во второй дорожке позволяет предотвратить ложно-отрицательный результат. Конкурентный характер реакции позволяет оценить количество вирусной РНК титрованием (правая

панель).

Конструирование внутреннего стандарта для ПЦР-определения вируса

гепатита В.

Конструирование внутреннего стадарта для ДНК-содержащих вирусов (в частности, вируса гепатита В) приципиально проще, чем конструирование РНК-стандарта, т.к. ДНК стабильна и количество копий плазмид легко рассчитывается из концентрации. Однако стадии клонирования и модификации вставки достаточно длительны и трудоемки. Нам удалось разработать метод, позволяющий свести их к минимуму. Мы исходили из того, что при температуре, существенно меньшей, чем оптимальная температура отжига праймеров в ПЦР, специфичность взаимодействия "праймер-матрица" снижается. В этих условиях, в ПЦР с произвольной ДНК и праймерами к определенному участку выявляемой ДНК, нарабатывается множество неспецифических амплификационных фрагментов, т.к. для инициации процесса ДНК-полимеризации достаточно комплементарности нескольких оснований в последовательности ДНК-матрицы и нескольких нуклеотидов, прилегающих к З’-концу используемых праймеров. Далее в ходе реакции при оптимальной температуре отжига праймеров нарабатываются ДНК-фрагменты, имеющие последовательности, комплементарные использованным праймерам и, следовательно, коамплифицирующиеся с исследуемой ДНК. Следует отметить, что данная методика применима для получения внутреннего стандарта только для одностадийной ПЦР, когда не требуется наличия специфических участков внутри амплификационного фрагмента, использующегося в качестве внутреннего стандарта. Мы провели амплификацию с праймерами, фланкирующими один из участков нуклеотидной последовательности ДНК вируса гепатита В. Причем условия амплификации были следующими: в первых 5 циклах реакции температура отжига была на 19°С ниже температуры, оптимальной для данной пары праймеров, а в последующих 30 циклах отжиг осуществлялся при оптимальной температуре. В результате мы получили смесь фрагментов ДНК различной длины, имеющих на концах последовательности, комплементарные использованным праймерам. Далее мы выбрали фрагмент

длиной 500 п.н., последовательность которого определили прямым

секвенированием (Рис. 3). Сравнение полученной последовательности с базой данных GeneBank показало, что это фрагмет гена топоизомеразы E.coli.. Как и ожидалось, на концах фрагмента были последовательности, комплементарные праймерам для выявления ДНК вируса гепатита В. Для получения необходимого количества внутреннего стандарта данный фрагмент лигировали в плазмиду и клонировали в клетках E. coli. Соответствующая плазмида выделена из E.coli, очищена и растворена в воде, и, после подсчета количества копий плазмидной ДНК в миллилитре водного раствора, такой раствор использовался в качестве внутреннего стандарта для определения количества ДНК гепатита В методом конкурентной ПЦР.

Клонирование в плазмиду

Подсчет копий плазмидной ДНК (по концентрации)

Q.

OJ

bei

а.

CTS

сп

СО

«3

СП

CD

а,

CD

гг

СС

CD

СС

СТ5

О

сг;

ВНУТРЕННИЙ СТАНДАРТ ДЛЯ определения количества ДНК гепатита В

Рисунок 3. Схема получения внутреннего стандарта для вируса гепатита В.

Эффективность совместной амплификации внутреннего стандарта и ДНК вируса гепатита В проверялась в конкурентной ПЦР с плазмидной ДНК, содержащей клонированный участок ДНК вируса гепатита В. Было показано, что, несмотря на разницу в размере ампликона внутреннего стандарта и

вирусной ДНК, при коамплификации в равных концентрациях (в пределах порядка) они имеют сопоставимую интенсивность флуоресценции в УФ-лучах. Возможно, это связано с тем, что разница эффективности амплификации данных матриц компенсируется тем, что в более длинную молекулу ДНК может интеркалировать большее количество этидий-бромида, а это в свою очередь приведет к увеличению яркости свечения в УФ. После определения эффективности коамплификации внутренний стандарт использовался в конкурентной ПЦР для количественного определения ДНК вируса гепатита В в сыворотке крови. Для этого, исходя из общепринятой методики, мы готовили последовательные разведения раствора, содержащего внутренний стандарт в известной концентрации, в которые добавляли один и тот же объем исследуемой сыворотки крови. С этой смесью проводили ПЦР. В реакции, согласно принципу конкурентной ПЦР, равные количества продуктов должны были амплифицироваться в том случае, если начальные концентрации внутреннего стандарта и выявляемой ДНК равны. Поэтому при визуализации ПЦР-продуктов в агарозном геле можно выявить пробу, в которой ампликон, соответствующий внутреннему стандарту в определенной концентрации, и ампликон, соответствующий ДНК вируса гепатита В, имеют сопоставимую интенсивность флуоресценции в УФ. Таким образом, на базе полученного внутреннего стандарта мы создали in house тест-систему для количественного определения ДНК вируса гепатита В в биологических жидкостях.

Разработка диагностикума для вируса гепатита G.

На основании компьютерного анализа нуклеотидных

последовательностей генома вируса гепатита G были подобраны и синтезированы две пары олигонуклеотидных праймеров для "nested" ОТ-ПЦР, позволяющих амплифицировать один из наиболее консервативных регионов генома вируса гепатита G (NS 5Ь регион). Прямой праймер GS1 был идентичен последовательности мРНК поз. 7234 -7257 (по GeneBank Acc.No U444402). Обратный праймер GA1 был соответственно комплементарен кодирующей последовательности поз. 7705 - 7682. Таким образом, размер геномного

амплификата между местами отжига выбранных нами праймеров составляет 444 пары нуклеотидов. Для повышения чувствительности и специфичности использовали другую пару "вложенных" (nested) праймеров: прямой праймер GS2 - и обратный праймер GA2 - 5- (см. Табл. 2). Правильность подбора праймеров была подтверждена прямым секвенированием ПЦР-продукта. Секвенирование ПЦР-продукта выявило последовательность полностью совпавшую с GeneBank Acc.No U444402. Синтезированные праймеры позволили выявить инфицированных вирусом гепатита G среди больных апластической анемией и в группах больных гемобластозами. Достоверных различий по уровню инфицированности в группе больных гемобластозами и апластической анемией не было получено. У большинства больных апластической анемией и гемобластозами вирус гепатита G идентифицировался в сочетании с вирусами гепатитов В и С, чаще с HCV.

ill..

HCV HBV+HGV

HBV HGV HCV+HGV

Рисунок 4. Исследование инфицированности гематологических больных вирусами гепатитов В, С и G.

В группе больных, получивших более 20 трансфузий, количество инфицированных было достоверно выше, чем в группе с меньшим количеством трансфузий (Рис. 4). Таким образом, в этой работе нами впервые были получены данные, что обнаружение вирусов гепатитов В, С и G у гематологических больных достоверно кореллирует с полученным объемом гемотрансфузионной терапии.

Группы больных (п=107) Число инфицированных В, С и G Больных (%) (п=43)

I гр (п=29) < 20 5 (10%)

II гр (п=78) > 20 38 (50%)

р<0,05

Разработка диагностикума для одновременного скринирования и генотипирования вируса гепатита С.

Для диагностики и определения тактики лечения вирусного гепатита С большое значение имеет генотип вируса. Необходимо отметить, что требования к скрининговому ПЦР-тесту и генотипирующему ПЦР-тесту находятся в противоречии. Для скрининга необходимо использовать праймеры, комплементарные наиболее консервативным последовательностям вируса и, таким образом, амплифицирующие любой из генотипов. Для генотипирования при помощи аллель-специфичной ПЦР праймеры должны быть комплементарны генотип-специфичным участкам и не амплифицировать другие генотипы. Поэтому, обычно ставится скрининговая реакция, определяются положительные сыворотки, и потом отдельно ставятся типирующие реакции с положительными образцами. Нам удалось найти такие районы в геноме вируса гепатита С, которые фланкированы консервативными последовательностями, а внутри содержат вариативные последовательности, пригодные для генотипирования основных генотипов (1а, 2а, За, 1Ь). Это позволило нам предложить метод генотипирования вируса на материале, полученном в скрининговой реакции. При этом отпадает необходимость в повторном выделении РНК и проведении реакции обратной транскрипции (а именно эти стадии анализа наиболее ресурсо- и трудоемки). Карта вирусных последовательностей, используемых для скрининга и генотипирования приведена на Рис. Б. Электрофореграмма результатов ПЦР-определения разных генотипов вируса гепатита С приведена на Рис. 6.

CORE £1 Ё2 Р' NS2 NS3 NS4a\NS4P NS5avNS5b

(U), —З'

915 1491 2580 2769 3419 5313

район амплификации sui

Размер ПЦР-фрагмента

ASUl

SU2 ASU2

SU2 ASU2a

—►

т ASUlb

SU2 ASUla

, ■* ;;; - _ .

SU£ frSU3a

417 hp 3S? Bp

343 fcp

Рисунок 5. Схема района вируса гепатита С, используемого для одновременного скрининга и генотипирования, и позиции праймеров.

генотип За - 188 пар нуклеотидов генотип 1а - 219 пар нуклеотидов генотип 1Ь - 313 пар нуклеотидов генотип 2а - 343 пары нуклеотидов

* - любой генотип с "универсальными" праймерами

За la lb 2а U* MIX 123bp ladder

Рисунок 6. Электрофореграмма результатов ПЦР-определения разных генотипов вируса гепатита С.

Разработанным методом нами были определены генотипы вируса гепатита С у 1147 больных, наблюдавшихся в Гематологическом центре.

Частоты встречаемости приведены на Рис. 7. Как и ожидалось, чаще всего встречался генотип 1Ь. Не удалось определить генотип (т.е. встретился иной, чем 1а или 2а или За или 1Ь генотип) менее чем в 1% случаев. В 2% случаев зарегистрирована коинфекция двумя наиболее распространенными генотипами (1 Ь+За).

%

60

50

40

30

20

10

Другой

1Ь За+1Ь

Генотипы

Другой 11

1а 45

2а 64

За 264

1Ь 729

1а+2а 1

1а+3а 1

1а+1Ь 2

2а+3а 1

2а+1Ь 3

За+1Ь 25

1а+2а+3а 0

1а+2а+1Ь 0

1а+За+1Ь 0

2а+За+1Ь 0

1а+2а+За+1Ь 1

Рисунок 7. Частота встречаемости основных генотипов (1а, 2а, За, 1Ь) вируса

гепатита С.

Определение УМЭБ и ргесоге мутаций вируса гепатита В.

Одной из задач нашей работы была разработка методов мониторинга мутационных изменений вируса гепатита В, важных для прогноза лечения и выбора адекватной терапии. УМЭБ- и ргесоге-мутации С1896А в ДНК НВУ выявляли методом аллель-специфической ПЦР, для чего подобрали праймеры, способные выявлять "дикий" тип вируса и все возможные замены нуклеотидов ДНК НВУ в случае этих мутаций. Варианты аллель-специфических олигонуклеотидных праймеров, использующихся для выявления "дикого" и

УМОБ-мутантных штаммов НВУ, представлены в Табл. 2. Нами установлено, что для получения адекватных результатов, концентрация вируса в исследуемом образце не должна превышать 107 геном/мл. Если концентрация вируса в сыворотке больного превышает 107 геном/мл, то при проведении ПЦР с аллель-специфическими праймерами образуются ПЦР-продукты, соответствующие как "дикому", так и всем мутантным штаммам вируса (см. Рис. 8). В случае сыворотки с высокой вирусной нагрузкой (более 107 геном/мл) обнаружение ПЦР-продуктов, соответствующих наличию вирусов всех форм, связано с появлением неспецифических ПЦР-продуктов. Разведение сыворотки до концентрации вирусной ДНК 107 геном/мл и менее позволяет отсечь вклад неспецифических реакций и (возможных) минорных, незначимых для терапии, примесей мутантных штаммов. Так, если в нативной сыворотке концентрация мутантных штаммов вируса составляет 0,1% и менее относительно "дикого" штамма, то при ее разведении до указанной концентрации после проведения ПЦР не будет зарегистрировано наличия ПЦР-продуктов, соответствующих мутантным штаммам, т.к. их количество находится за пределами чувствительности метода. В этом случае мы можем говорить о том, что в крови больного превалирует вирус "дикого" типа. Если же при разведении в образце ДНК до концентрации 107 геном/мл после ПЦР регистрируются оба ("дикий" и мутантный) штамма вируса, то в исследуемом образце концентрация вирусов, несущих УМОБ- или ргесоге-мутацию была не менее 104 геном/мл. Следовательно, концентрации "дикого" и мутантного штаммов в такой сыворотке различаются не более, чем в 1000 раз, и в крови одновременно присутствуют две формы вируса. Наличие ПЦР-продуктов, соответствующих только мутантным штаммам вируса, свидетельствует о том, что в крови больного количество вируса с мутацией на три порядка превышает немутантную форму.

+ + mut mut + + mut mut + + mut mut

Рисунок 8. Разные концентрации ДНК вируса гепатита В "дикого" типа (+ ПЦР-определение с праймерами на "дикий" тип; mut - с праймерами на мутантные

формы).

Определение парвовируса В19.

У больных с патологией системы крови парвовирус может вызвать

серьезные осложнения, такие как транзиторная анемия, парциальная красноклеточная аплазия костного мозга, фульминантный гепатит. Банки крови США, Германии, Австрии, Великобритании осуществляют тестирование донорской крови на наличие PV В19. В нашей стране данные по распространенности парвовируса В19 на момент начала исследования отсутствовали. Перед нами была поставлена задача разработать тест-системы для выявления и количественного определения PV В19 методом ПЦР. Нами подобраны праймеры для двухэтапной полимеразной цепной реакции. Преимущество предложенного нами метода состоит в том, что ДНК парвовируса В19 определяется непосредственно в сыворотке крови человека без предшествующей обработки ферментом proteinase К, последующей его инактивацией и выделением ДНК. Это ускоряет и удешевляет постановку теста, не уменьшая его чувствительности. Кроме того, подобранные нами две пары праймеров таковы, что за счет существенной разницы в температуре отжига внешней и внутренней пары исключено участие внешних праймеров на второй стадии реакции, что дает возможность проведения двух этапов в одной реакционной пробирке, а это, в свою очередь, также снижает вероятность контаминации образцов. Для количественного определения ДНК PV В19, были использованы праймеры, предложенные в работе [Compston 2008], и флюорересцентный зонд собственной разработки. В качестве внутреннего

контроля за прохождением всех этапов процесса мы использовали фрагмент кДНК гена JAK2 мыши, не имеющий гомологий с последовательностью ДНК PV В19 и ДНК человека. В качестве калибратора использовали фрагмент ДНК PV В19 длиной 123 п.н., клонированный в коммерческую плазмиду pGEM-TEasy. Для построения калибровочной кривой использовали ряд последовательных разведений плазмиды pGEM-TEasy/PV В19 (Ю10 копий/мл, 109 копий/мл, 108 копий/мл, 107 копий/мл, 10б копий/мл, 105 копий/мл, 104 копий/мл, 103 копий/мл, 102 копий/мл). Чувствительность тест-системы составила 100 копий/мл сыворотки крови. При помощи разработанных методов нами было протестировано 1500 доноров и 1000 больных. Частота обнаружения ДНК PV В19 в крови доноров составила 1,0%-1,3%, что соответствует частоте в других Европейских и Азиатских странах. Впервые обнаружено локальное повышение уровня инфицированное™ PV В19 (8%, декабрь 2008г., г. Балашиха, Россия), что необходимо учитывать при анализе популяционных данных, а также при планировании выездной деятельности службы крови. Инфицированность PV В19 возрастает у больных, длительное время находящихся в стационаре, и не зависит от интенсивности трансфузий. Инфицированность PV В19 у доноров и больных не коррелирует с инфицированностью гепатитами В и С.

Мультиплексное определение вирусов гепатита С, гепатита В и парвовируса В19 в сыворотке крови больных и доноров.

Как уже было сказано выше, вирусы гепатитов В и С представляют

особую опасность для гематологических больных, получающих многочисленные трансфузии компонентов крови в процессе лечения. Парвовирус В19 (PV В19) передается как трансфузионным, так и воздушнокапельным путем и может приводить к анемии и парциальной красноклеточной аплазии костного мозга. Кроме того, PV В19 был выявлен у ряда гематологических больных с проявлением клинических признаков гепатита не-А, не-В, не-С, и имеются данные, указывающие на то, что PV В19 может вызывать фульминантный гепатит у иммуноскомпрометированных больных

[Karetnyi 1999], [Wong 2003]. Таким образом, комплексный мониторинг HBV, HCV и PV В19 у этой категории больных в период всего лечения поможет вовремя выявить инфекцию или прояснить причину клинически диагностированного гепатита. На сегодняшний день подобное исследование является довольно дорогостоящим и технически сложным. Для его проведения необходимо использовать диагностические наборы для определения трех различных вирусов (HBV, HCV и PV В19), причем подготовка проб для исследования каждым набором также различна - выделение ДНК при определении HBV и PV В19 и РНК при определении HCV. Нами разработан метод, предусматривающий единообразное выделение ДНК и РНК из образца и позволяющий определять наличие одновременно HBV, HCV и PV В19. Вирусные нуклеиновые кислоты из исследуемых образцов выделяли с помощью модификации метода P. Chomczynski, N. Sacchi [Chomczynski 1987] -использовали лизирующий буфер с pH 6,5. Это позволяет выделять из пробы одновременно как вирусную РНК, так и вирусную ДНК. После выделения все образцы проходили стадию обратной транскрипции, необходимую для последующего выявления РНК HCV. Как показали предварительные эксперименты, проведение обратной транскрипции с препаратами вирусных ДНК не влияет на их последующую амплификацию. Таким образом, после прохождения обратной транскрипции можно было выявить кДНК HCV, ДНК HBV и ДНК PV В19 при наличии их в образце. Для подтверждения прохождения всех стадий, а именно, выделения нуклеиновых кислот, обратной транскрипции и ПЦР в реальном времени, в качестве внутреннего контроля мы использовали генноинженерный ретровирус, который добавляли в лизирующий буфер на первом этапе работы в определенной концентрации (праймеры и проба имеют маркировку "INT" в Табл. 2). Система для мультиплексной ПЦР в реальном времени для выявления HBV, HCV и PV В19 основана на прохождении реакции в формате Taqman. Для каждого из трех вирусов и внутреннего контроля были подобраны соответствующие пары праймеров и зонды с флюорофорами, имеющими непересекающиеся спектры

флюоресценции. При подборе праймеров для мультиплексной ПЦР особое внимание обращали на то, чтобы температуры отжига олигонуклеотидов для каждой из 4-х вирусных ДНК были одинаковы. Также исключали З'-концевую гомологию праймеров и зондов так, чтобы при совместном использовании не образовывались димеры. Все 4 пары праймеров и четыре зонда смешивали с рабочей смесью для ПЦР и Taq-пoлимepaзoй. Результаты реакции регистрировали в реальном времени по 4-м независимым каналам флюоресценции, благодаря чему мы могли одновременно определять вирусы НВУ, НСУ, РУ В19 и внутренний контроль в образце. Результаты считали достоверными только при амплификации внутреннего контроля. Затраты времени от момента взятия пробы до получения окончательных результатов о наличии 3 вирусов составляли не более 4 часов. Протокол пробоподготовки адаптирован таким образом, чтобы выделять одновременно ДНК и РНК; реакция ставится в одной пробирке (проверено, что этап обратной транскрипции РНК никак не сказывается на определении ДНК); праймеры и зонды не "мешают" друг другу; регистрация разных реакций происходит по непересекающимся каналам флюоресценции. Применение этой системы позволило осуществить мониторинг НВУ, НСУ и РУ В19 у больных Гематологического научного центра. Данные по количеству обследованных больных приведены в Табл. 3.

Таблица 3. Общее количество анализов, выполненных с помощью разработанных методов ПЦР-диагностики на вирусы гепатита В, С и парвовируса В19.

Всего Из них количественных Из них с генотипированием

В 5193 273 60

с 7480 329 2158

В19 2663 2663 -

Большой объем полученных данных и динамическое наблюдение

позволило оценить вероятности развития клинических симптомов гепатитов В и С у больных с момента появления первых положительных тестов на маркеры ИВУ и ПСУ В совместной работе с Гармаевой Т.Ц. было показано, что клиническая реализация инфицирования достигает 56% к 500 дню у больных, инфицированных ИВУ, 85% к 300 дню у больных, инфицированных НСУ, и практически 100% к 624 дню наблюдения у коинфицированных больных НВУ+НСУ. Эти данные указывают на то, что при современном уровне развития технологий тестирования вероятность ложно-положительного результата на самом деле очень низка. Низкая вероятность ложно-положительного результата и несопоставимо высокая цена ошибки в случае ложно-отрицательного результата ставят под сомнение необходимость "подтверждающих" анализов, по крайней мере, в случае тестирования доноров. Также следует признать, что применение методов ПЦР диагностики для детекции ДНК НВУ и РНК НСУ у иммуноскомпрометированных больных с факторами риска вероятного инфицирования служит необходимым условием для адекватной диагностики этих инфекций.

Выводы.

1. Разработаны принципиально новые методы создания молекулярных диагностикумов для количественного определения патогенных вирусных РНК и ДНК с использованием специальных стандартов, исключающих получение ложно-отрицательных результатов на всех этапах и стадиях диагностики (Патенты РФ на изобретения № 2186388 и N2 2194761).

2. Разработана и запатентована оригинальная тест-система для одновременного обнаружения вируса гепатита С (всех генотипов) и типирования основных генотипов (Патент РФ на изобретение № 2150505); определена частота встречаемости основных генотипов.

3. Разработана и запатентована тест-система для определения парвовируса В19 (Патент РФ на изобретение № 2146372); измерена частота обнаружения РУ В19 у доноров (1,0%-1,3%), и впервые обнаружено локальное повышение

уровня инфицированности (до 8%), что необходимо учитывать при заготовке крови и ее компонентов.

4. Определена одинаковая частота встречаемости вируса гепатита С при апластической анемии и гемобластозах, а также преимущественное его выявление в сочетании с маркерами вирусов гепатитов В или С; установлена статистически значимая связь инфицированности с числом гемотрансфузий.

5. Определены концентрационные пределы применимости аллель-специфической ПЦР для мониторинга мутантных штаммов гепатита В (от 104 до 107 геном-эквивалент/мл).

6. Разработана мультиплексная система для одновременного определения вирусов гепатитов С, В и парвовируса В19 методом ПЦР в реальном времени; активное мониторирование позволяет обнаружить первые положительные тесты задолго до манифестации болезни; в дополнение к методам рутинной серологической диагностики вирусных гепатитов В и С у больных гемобластозами и депрессиями кроветворения, на фоне цитостатической и иммуносупрессивной терапии, необходимо использовать методы ПЦР-диагностики.

Внедрение.

Предложенные методы диагностики вирусов гепатита С, В и парвовируса В19 используются в клинике ФГБУ Гематологический начный центр. Всего на настоящий момент выполнено более 13000 анализов. Разработанные тест-системы прошли Государственную регистрацию и на них были получены фармакопейные статьи предприятием "Гематолог".

Список сокращений.

АТСС - Американская коллекция клеточных культур

БМЕМ - среда Игла в модификации Дальбекко

РВБ - эмбриональная телячья сыворотка

СепеВапк - банк данных нуклеотидных последовательностей

HBV - вирус гепатита В HCV - вирус гепатита С HGV - вирус гепатита G PV В19 - парвовирус В19

real-time ПЦР - полимеразная цепная реакция с регистрацией результатов в

режиме реального времени

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

ОТ-ПЦР полимеразная цепная реакция с предварительным этапом обратной

транскрипции

п.н. - пар нуклеотидов

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РНК - рибонуклеиновая кислота

РНКаза - рибонуклеаза

УФ - ультрафиолетовое излучение

Список работ опубликованных по теме диссертации. '

1. Судариков А.Б., Огрель ОД. Патент на изобретение "Способ выявления вируса гепатита С в сыворотке крови человека" № 2150505. // Изобретения. Полезные модели. 2000 стр. 348.

2. Судариков А.Б., Февралева И.С.. Патент на изобретение "Способ определения парвовируса В19" № 2146372. // Изобретения. Полезные модели. 2000 стр. 216.

3. Макарик Т.В., Романова Е.А., Глинщикова O.A., Судариков А.Б. Вирусный гепатит С. Новое в эпидемиологии, методах диагностики и терапии (обзор литературы) // Гематология и трансфузиология. 2001. v.46. No. 1. pp. 86-91.

4. Ягужинская O.E., Пивник A.B., Февралева И.С., Судариков А.Б., Лисовина Ю.С., Логинова И.В., Шитарева И.В. Диагностика инфекции парвовирусом В19 у гематологических больных, в сочетании с парциальной красноклеточной аплазией костного мозга. // Терапевтический архив. 2001. v.73. No. 8. pp. 50-56.

5. Судариков А.Б., Глинщикова O.A.. Патент на изобретение "Способ количественного определения РНК вируса гепатита С в сыворотке крови" №

2186388. // Изобретения. Полезные модели. 2002 стр. 424.

6. Судариков А.Б., Февралева И.С., Пичковская В.А. Патент на изобретение "Способ конструирования внутреннего стандарта для количественного определения ДНК методом конкуренттной полимеразной цепной реакции" № 2194761. // Изобретения. Полезные модели. 2002. стр. 309.

7. Февралева И.С., Пичковская В.А., Судариков А.Б. Новая технология конструирования внутреннего стандарта для количественной полимеразной цепной реакции. // Проблемы гематологии и переливания крови. 2002. No. 1. рр. 89.

8. Ядрихинская В.H., Михайлова Е.А., Судариков А.Б., Глинщикова O.A., Булекова Ю.А., Куликов С.М., Савченко В.Г. Мониторинг инфицирования вирусами гепатитов В, С, G у больных апластической анемией и острыми лейкозами. // Проблемы гематологии и переливания крови. 2002. No. 1. рр. 104.

9. Глинщикова O.A., Куликов С.М., Судариков А.Б. Внутренний стандарт на основе ретровирусного вектора для определения вируса гепатита С в конкурентной полимеразной цепной реакции // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2004. v.6. No. 6. рр. 84-88.

10. Пичковская В.А., Февралева И.С., Ибрагимова М.М., Соловьева Т.И., Крель П.Е., Судариков А.Б. Детекция YMDD-мутации в ДНК вируса гепатита В с помощью аллельспецифической полимеразной цепной реакции // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004. No. 1. рр. 27-29.

11. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Карякин A.B., Терентьева Л.А., Туполева Т.А., Сомова A.B., Грумбкова Л.О., Ярославцева Н.Г., Филатов Ф.П., Февралева И.С., Глинщикова O.A., МакарикТ.В., Судариков А.Б., Михайлова Е.А., Савченко В.Г. Мониторирование факторов риска и индикаторов инфицированности вирусами гепатитов В и С гематологических больных // Гематология и трансфузиология. 2006. v.51. No. 1. рр. 23-27.

12. Савченко В.Г., Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Филатов Ф.П., Судариков А.Б., Михайлова Е.А. Эффективность и безопасность трансфузионной терапии гематологических больных // Терапевтический архив. 2006. v.78. No. 7. рр. 12-

13. Куликов С.М., Гармаева Т.Ц., Зингерман Б.В., Филатов Ф.П., Судариков А.Б., Михайлова Е.А., Терентьева Л.А., Карякин A.B., Савченко В.Г., Загоскина Т.П., и другие. Вирусная безопасность гемотрансфузий и методы ее оценки // Гематология и трансфузиология. 2008. v.53. No. 4. pp. 3-5.

14. Февралева И.С., Глинщикова O.A., Макарик Т.В., Судариков А.Б. Мультиплексная диагностика вирусов гепатитов В, С и парвовируса В19 у больных, получающих множественные гемотрансфузии // Гематология и трансфузиология. 2008. v.53. No. 4. pp. 54-56.

15. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Михайлова Е.А., Игла P.E., Шматова Т.Ф., Гемджян Э.Г., Грумбкова Л.О., Ярославцева Н.Г., Сомова A.B., Туполева Т.А. и другие. Динамика инфицирования вирусами гепатитов вис больных с заболеваниями системы крови // Гематология и трансфузиология. 2009. v. 54. No.

5. pp. 16-23.

16. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Михайлова Е.А., Шматова Т.Ф., Гемджян Э.Г., Туполева Т.А., Грумбкова Л.О., Ярославцева Н.Г., Сомова A.B., Макарик Т.В., и другие. Клинико-эпидемиологическая характеристика инфицированное™ вирусами гепатитов В и С больных с заболеваниями системы крови при поступлении в стационар П Гематология и трансфузиология. 2009. v.54. No. 1. pp. 3-9.

17. Творогова М.Г, Чуланов В.П., Волкова P.A., Судариков А.Б., Михайлов М.И., Исаева О.В., Малахов В.Н. Результаты оценки качества выявления РНК вируса гепатита С методом ПЦР в ФСВОК в 2005-2007 гг. // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2009. No. 1. рр. 59-62.

18. Февралева И.С., Глинщикова O.A., Элижбаева М.А., Зингерман Б.В., Гудилина Ю.Ю., Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Судариков А.Б., Савченко В.Г. Распространенность PV В19 среди больных гематологического стационара. // Гематология и трансфузиология. 2011. v.56. No. 6. pp. 24-28.

19. Элижбаева М.A., Февралева И.С., Глинщикова O.A., Сильвейстрова О.Ю., Шипулина О.Ю., Домонова Э.А., Сафонова А.П., Овчинникова Е.Н., Татаева

З.М., Судариков А.Б. Выявление парвовируса в19 в крови российских доноров // Гематология и трансфузиология. 2011. v.56. No. 2. pp. 10-13.

20. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Михайлова Е.А., Гемджян Э.Г., Гапонова Т.В., Грумбкова Л.О., Ярославцева Н.Г., Туполева Т.А., Сомова A.B., Макарик Т.А., Глинщикова O.A., Февралева И.С., Судариков А.Б., Филатов Ф.П., Савченко В.Г. Долгосрочные результаты инфицированности вирусами гепатитов В и С больных с заболеваниями системы крови // Терапевтический архив. 2011. v.83. No. 7. pp. 17-26.

21. Glinschikova O.A., Sudarikov A.B. GenBank AY171560. //

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY171560

22. Гармаева Т.Ц., Куликов C.M., Судариков А.Б., Филатов Ф.П., Михайлова Е.А., Городецкий В.М., Савченко В.Г. О необходимости использования методов генодиагностики для тестирования доноров крови, компонентов крови и реципиентов многочисленных гемотрансфузий. // Гематология и трансфузиология 2011 v. 56. No. 4. pp. 36-39

23. Пивник A.B., Андросова М.И., Кравченко С.К., Судариков А.Б. Исследование этиологии парциальной красноклеточной аплазии костного мозга: количественное определение парвовируса Ы9 // Информационный бюллетень РФФИ. 1997. No. 4. рр. 500.

24. Пивник A.B., Февралева И.С., Андросова М.И., Кравченко С.К., Судариков А.Б., Огрель ОД. Исследование этиологии парциальной красноклеточной аплазии костного мозга: количественное определение парвовируса Ы9 // Информационный бюллетень РФФИ. 1999. No. 4. рр. 362.

25. Ядрихинская В.H., Савченко В.Г., Михайлова Е.А., Судариков А.Б.

Определение вируса гепатита G у больных аплазиями костного мозга. // Материалы 3 Всероссийская научно-практическая конференции "Генодиагностика в современной медицине". 2000.

http://www.hepatitinfo.ru/confgend/23.htm

26. Глинщикова O.A., Макарик Т.В., Романова Е.А., Судариков А.Б. Определение генотипов вируса гепатита С у гематологических больных. //

Материалы 3 Всероссийская научно-практическая конференции "Генодиагностика в современной медицине". 2000.

http://www.hepatitinfo.ru/confgend/24.htm

27. Пичковская В.А., Февралева И.С., Судариков А.Б. . Разработка тест-системы, основанной на методе полимеразной цепной реакции, для количественного определения ДНК вируса гепатита В в сыворотке крови. // Вестник РГМУ. 2001. No. 17. pp. 153-154.

28. Глинщикова O.A., Романова Е.А., Макарик Т.В., Судариков А.Б. . Количественное определение РНК вируса гепатита С в сыворотке крови больных. // Материалы научно-практического симпозиума "Технологии генодиагностики в практическом здравоохранении" М.: НПО "Литех". 2002. pp. 34-36.

29. Февралева И.С., Пичковская В.А., Судариков А.Б.. Разработка экспресс-диагностикума для количественного определения ДНК гепатита В в сыворотке крови. // Материалы научно-практического симпозиума "Технологии генодиагностики в практическом здравоохранении” М.: НПО "Литех". 2002. pp. 31-33.

30. Garmaeva Т., Kulikov S., Michailova E., Sudarikov A., Filatov F., Savchenko V. Prolonged follow-up of patients with hematological malignancies infected by HBV and HCV. // Haematologica. 2009. abstr 0466. pp. 187-188

31. Гармаева Т.Ц., Куликов C.M., Михайлова E.A., Филатов Ф.П., Судариков, А.Б. Савченко В.Г. Мониторирование факторов риска и индикаторов инфицирования вирусами гепатитов В, С у гематологических больных. // Материалы Всероссийской научно-практической конференции "Генодиагностика инфекционных заболеваний", 19-21 октября 2004, Москва, 2004.

32. Куликов С.М., Гармаева Т.Ц., Зингерман Б.В., Филатов Ф.П., Судариков А.Б., Михайлова Е.Ф., Савченко В.Г., Загоскина Т.П., Беляев В.В., Горовой В.П. Остаточный риск инфицирования HCV как объективный показатель вирусной безопасности трансфузий. // Сборник трудов 6 Всероссийской научно-

практической конференции с международным участием "Молекулярная диагностика - 2007" под ред. академика РАМН В.И. Покровского. 2007. pp. 224227.

33. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Паровичникова Е.Н., Михайлова Е.А., Филатов Ф.П. Судариков А.Б., Савченко В.Г. Вирусные гепатиты В и С у больных с заболеваниями системы крови. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. 2011. v. 1. приложение №37. pp. 84.

34. Элижбаева М.А., Февралева И.С., Ягужинская O.E., Глинщикова O.A., Овчинникова Е.Н., Лазаренко М.И., Судариков А.Б. Распространенность парвовируса В19 среди доноров московского региона. // Материалы Российской научно-практической конференции "Актуальные вопросы гематологии и трансфузиологии". Санкт-Петербург. Трансфузиология.. 2009. No. 1-2. pp. 7373.

35. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Михайлова Е.А., Филатов Ф.П. Судариков А.Б., Савченко В.Г. Риски и эффективность гемотрансфузионной терапии у больных с опухолевыми заболеваниями системы крови. // Вестник гематологии, 2011, v. 2, pp. 12.

36. Сильвейстрова О.Ю., Элижбаева М.А.,. Шипулина О.Ю, Февралева И.С., Сафонова А.П., Глинщикова O.A., Шипулин Г.А., Судариков А.Б. Исследование плазмы донорской крови на наличие ДНК Parvovirus В19. // Материалы VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием "Молекулярная диагностика - 2010". Москва. Сборник трудов. 2010. pp. 347350.

37. Garmaeva Т., KuLikov S., Michailova E., Sudarikov A., Filatov F., Savchenko V. Hepatitis В and hepatitis С co-infection in patients with hematological malignancies. Blood (ASH Annual Meeting Abstracts), 2011, abstr 2090, pp. 916-917.

Подписано в печать: 31.01.2012 Объем: 2 усл.п.л.

Тираж: 100 экз. Заказ №732 Отпечатано в топографи и «Реглет»

119526, г. Москва, Ленинградский пр-т, д.74, корп.1 (495) 790-47-77; www.reglet.ru

 
 

Оглавление диссертации Судариков, Андрей Борисович :: 2012 :: Москва

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ЦЕЛИ И ЗАДАЧИ ИССЛЕДОВАНИЯ.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

Амплификационные методы определения вирусных нуклеиновых кислот.

Количественное определение нуклеиновых кислот.

Метод лимитирующих разведений.

Конкурентная ПЦР.

Real-time ПЦР.

Внутренние стандарты.

Свободные РНК и ДНК-стандарты.

Биологические стандарты.

Генноинженерные стандарты.

Армированные РНК-стандарты.

Ретровирусы.

Структура генома и жизненный цикл ретровирусов группы MuLV.

Принципы конструирования ретровирусных векторов.

Упаковывающие клетки.

Природа вируса гепатита С.

Организация генома HCV.

Вариабельность генома HCVu его генотипы.

Клиническое значение генотипов HCV.

Вакцина против HCV.

Вирусная репликация.

Реппикационный цикл.

Динамика репликации.

Определение PHKHCVnpu остром и хроническом гепатите С.

Мониторинг уровня PHKHCVe течение терапии.

Природа вируса гепатита В.

Организация генома и продукты вирусных генов.

Жизненный цикл вируса.

Мутационные изменения генома вируса.

Ргесоге-мутация в С-гене.

УМИИ-мутация в Р-гене.

ПЦР-диагностка вирусного гепатита В.

Изменение концентрации вируса в крови. Количественная ПЦР-диагностика.

ПЦР-диагностика ргесоге- и УМОБ-мутаций.

Вирус гепатита С.

Биология вируса гепатита й.

Роль вируса гепатита й в клинике.

Парвовирус В19.

Биология РУВ19.

Роль вируса парвовируса В19 в генезе парциальной аплазии кроветворения.

Геномная структура и организация РУВ19.

Диагностика парвовирусной инфекции.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.

Образцы сывороток. Создание банка препаратов.

Выделение мононуклеарных клеток из крови и костного мозга.

Выделение РНК из клеток крови и костного мозга.

Выделение РНК из сыворотки.

Гель-электрофорез амплифицированной ДНК.

Определение концентрации плазмидной ДНК.

Обратная транскрипция и «пе51е6>-ПЦР.

ПЦР определение РНК вируса гепатита С по методике Окамото X. и Накамура Т.

ПЦР определение РНК вируса гепатита С по разработанной нами методике.

ПЦР определение ДНК вируса гепатита В непосредственно с сывороткой без отдельной стадии выделения ДНК.

Аллель-специфическая полимеразная цепная реакция.

Выбор праймеров для ПЦР.

Конструирование внутреннего стандарта. Клонирование внутреннего стандарта.

Клонирование фрагмента РНК НСУ генотипа 1Ъ в вектор рСЕМ-ТЕаву.

Переклонирование модифицированной кДНКНСУв ретровирусный вектор рВаЬе-Риго.

Получение пакующей клеточной линии.

Трансфекция рВаЬе/НСУ* в клетки пакующей линии Раз.

Определение титра ретровирусных частиц в культуральном супернатанте.

Клонирование внутреннего стандарта для гепатита В.

Использование внутреннего стандарта для качественного определения и генотипирования РНК НСУ.

Использование внутреннего стандарта для количественного определения РНК НСУ.

Использование внутреннего стандарта в экспериментах с разведенными сыворотками.

Количественное определение ДНК вируса гепатита В методом конкурентной ПЦР.

Полимеразная цепная реакция для определения ДНК парвовируса В19.

Клонирование внутреннего стандарта для количественного определения ДНК РУ

Построение калибровочной кривой.

ПЦР в реальном времени для определения РУ В19.

Полимеразная цепная реакция для определения РНК вируса гепатита в.

Метод мультиплексного определения вирусов гепатита С, гепатита В и парвовируса В19 в сыворотке крови больных и доноров.

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.

ПЦР-определение НСУ.

Разработка диагностикума для одновременного скринирования и генотипирования вируса гепатита С.

Конструирование внутреннего стандарта. Получение пакующей линии клеток.

Получение пакующей линии клеток.

Определение титра ретровирусных частиц.

Использование внутреннего стандарта при качественном определении и генотипировании РНК НСУ.

Использование внутреннего стандарта для количественного определения РНК HCV

Анализ динамики вирусной концентрации на примере разведенных сывороток.

Преимущества внутреннего стандарта на основе ретровирусного вектора.

Сравнение эффективности амплификации двух матриц разного размера.

Полуколичественное определение.

Использование внутреннего стандарта для сывороток разных генотипов.

Количественное определение ДНК HBV методом конкурентной ПЦР. Получение внутреннего стандарта для конкурентной ПЦР.;.

Детекция YMDD/precore-мутаций в ДНК вируса гепатита В.

Использование внутреннего стандарта при качественном и количественном определении РНК HCV.

Определение РНК вируса гепатита G.

Определение ДНК парвовируса В19 при помощи ПЦР.

Выявление ДНК PV В19 у доноров.

Выявление ДНК PV В19 у больных гематологического центра.

Мультиплексное определение вирусов гепатита С, гепатита В и парвовируса В19 в сыворотке крови больных.;.

 
 

Заключение диссертационного исследования на тему "Молекулярная диагностика вирусов гепатита C,B,G и парвовируса B19 у гематологических больных"

Выводы.

1. Разработаны принципиально новые методы создания молекулярных диагностикумов для количественного определения патогенных вирусных РНК и ДНК с использованием специальных стандартов, исключающих получение ложно-отрицательных результатов на всех этапах и стадиях диагностики (Патенты РФ на изобретения № 2186388 и № 2194761).

2. Разработана и запатентована оригинальная тест-система для одновременного обнаружения вируса гепатита С (всех генотипов) и типирования основных

• генотипов (Патент РФ на изобретение № 2150505); определена частота встречаемости основных генотипов.

3. Разработана и запатентована тест-система для определения парвовируса В19 (Патент РФ на изобретение № 2146372); измерена частота обнаружения РУ В19 у доноров (1,0%-1,3%), и впервые обнаружено локальное повышение уровня; инфицированности (до 8%), что необходимо учитывать при заготовке крови и ее компонентов.

4. Определена одинаковая частота встречаемости вируса гепатита в при-эгоистической анемии и гемобластозэх, э тэкже преимущественное его выявление в сочетании с мзркерами вирусов гепатитов В или С; установлена статистически-значимая связь инфицированности с числом гемотрансфузий.

5. Определены концентрационные пределы применимости аллель-специфической ПЦР для мониторинга мутантных штаммов гепэтитэ В (от 104 до 107 геном-эквивэлент/мл).

6. Рэзрэботэнэ мультиплекснэя система для одновременного определения вирусов гепатитов С, В и парвовирусэ В19 методом ПЦР в реэльном времени; активное мониторировэние позволяет обнаружить первые положительные тесты задолго до манифестации болезни; в дополнение к методам рутинной серологической диагностики вирусных гепатитов В и С у больных гемобластозэми и депрессиями кроветворения, нэ фоне цитосгатической и иммуносупрессивной терапии, необходимо использовать методы ПЦР-диагностики.

Практические рекомендации.

Предложенные методы диагностики вирусов гепатита С, В и парвовируса В19 используются в клинике ФГБУ ГНЦ Минздравсоцразвития России. Всего на настоящий момент выполнено более 13000 анализов. Разработанные тест-системы прошли Государственную регистрацию и на них получены фармакопейные статьи предприятием «Гематолог». Предложенный в работе подход целесообразно использовать при получении внутренних РНК- стандартов для конкурентной ПЦР и real-time ПЦР для диагностики любых РНК-содержащих патогенов. Разработан методически простой способ конструирования внутреннего стандарта для определения любых ДНК-содержащих патогенов в одностадийной конкурентной ПЦР. С целью выявления мутантных вирусных штаммов использовался метод аллель-специфической ПЦР. Установлено, что данная методика применима в диапазоне концентраций ДНК от 104 до 107 геном/мл. Разработаный и внедренный в ФГБУ ГНЦ Минздравсоцразвития России мультиплекс-диагностикум для одновременного определения вирусов гепатитов В, С и парвовируса В19 позволил существенно упростить и удешевить анализ инфицированности пациентов и доноров, по? сравнению с коммерческими наборами, не снижая его достоверности и чувствительности. Система с внутренним контролем для мультиплексной диагностики вирусов HBV, HCV и PV В19 апробирована в ГНЦ с 2005 года* й< рекомендуется для мониторирования HBV, HCV и PV В19 у гематологических и иммуноскомпрометированных больных вследствие быстроты ее работы, надежности полученных результатов и простоты их интерпретации.

Список работ опубликованных по теме диссертации.

1.Судариков А.Б., Огрель О.Д. Патент на изобретение "Способ выявления вируса гепатита С в сыворотке крови человека" № 2150505. // Изобретения. Полезные модели. 2000 стр. 348.

2. Судариков А.Б., Февралева И.С. Патент на изобретение "Способ определения парвовируса В19" № 2146372. // Изобретения. Полезные модели. 2000 стр. 216.

3. Макарик Т.В., Романова Е.А., Глинщикова O.A., Судариков А.Б. Вирусный гепатит С. Новое в эпидемиологии, методах диагностики и терапии (обзор литературы) //

Гематология и трансфузиология. 2001. v.46. No. 1. рр. 86-91.

4. Ягужинская O.E., Пивник A.B., Февралева И.С., Судариков А.Б., Лисовина Ю.С., Логинова И.В., Шитарева И.В. Диагностика инфекции парвовирусом В19 у гематологических больных, в сочетании с парциальной красноклеточной аплазией костного мозга. // Терапевтический архив. 2001. v.73. No. 8. рр. 50-56.

5. Судариков А.Б., Глинщикова O.A. Патент на изобретение "Способ количественного определения РНК вируса гепатита С в сыворотке крови" № 2186388. // Изобретения. Полезные модели. 2002 стр. 424.

6. Судариков А.Б., Февралева И.С., Пичковская В.А. Патент на изобретение "Способ конструирования внутреннего стандарта для количественного определения ДНК методом конкуренттной полимеразной цепной реакции" № 2194761. // Изобретения. Полезные модели. 2002. стр. 309.

7. Февралева И.С., Пичковская В.А., Судариков А.Б. Новая технология конструирования внутреннего стандарта для количественной полимеразной цепной'» реакции. // Проблемы гематологии и переливания крови. 2002. No. 1. рр. 89.

8. Ядрихинская В.Н., Михайлова Е.А., Судариков А.Б., Глинщикова O.A., Булекова Ю.А., Куликов С.М., Савченко В.Г. Мониторинг инфицирования вирусами гепатитов В, С, G у больных апластической анемией и острыми лейкозами. // Проблемы гематологии и переливания крови. 2002. No. 1. рр. 104. г '

9. Глинщикова O.A., Куликов С.М., Судариков А.Б. Внутренний стандарт на основе ретровирусного вектора для определения вируса гепатита С в конкурентной полимеразной цепной реакции // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2004. v.6. No. 6. рр. 84-88.

10. Пичковская В.А., Февралева И.С., Ибрагимова М.М., Соловьева Т.И.,!Крель П.Е., Судариков А.Б. Детекция YMDD-мутации в ДНК вируса гепатита В с помощью аллельспецифической полимеразной цепной реакции // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004. No. 1. рр. 27-29.

11. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Карякин A.B., Терентъева Л.А., Туполева Т.А., Сомова A.B., Г^умбкова Л.О., Ярославцева Н.Г., Филатов Ф.П., Февралева И.С., Глинщикова O.A., Макарик Т.В., Судариков А.Б., Михайлова Е.А., Савченко В.Г. Мониторирование факторов риска и индикаторов инфицированное™ вирусами гепатитов В и С гематологических больных // Гематология и трансфузиология. 2006. v.51. No. 1. pp. 23-27.

12. Савченко В.Г., Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Филатов Ф.П., Судариков А.Б., Михайлова Е.А. Эффективность и безопасность трансфузионной терапии гематологических больных // Терапевтический архив. 2006. v.78. No. 7. pp.; 12-18.

13. Куликов С.М., Гармаева Т.Ц., Зингерман Б.В., Филатов Ф.П., Судариков А.Б., Михайлова Е.А., Терентьева Л.А., Карякин A.B., Савченко В.Г., Загоскина Т.П., и другие. Вирусная безопасность гемотрансфузий и методы ее оценки // Гематология и трансфузиология. 2008. v.53. No. 4. pp. 3-5.

14. Февралева И.С., Глинщикова O.A., Макарик Т.В., Судариков А.Б. Мультиплексная диагностика вирусов гепатитов В, С и парвовируса В19 у больных, получающих множественные гемотрансфузии // Гематология и трансфузиология. 2008. v.53. No. 4. pp. 54-56.

15. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Михайлова Е.А., Игла P.E., Шматова Т.Ф., Гемджян Э.Г., Грумбкова Л.О., Ярославцева Н.Г., Сомова A.B., Туполева Т.А. и другие: Динамика инфицирования вирусами гепатитов вис больных с заболеваниями системы крови//Гематология и трансфузиология. 2009. v.54. No. 5. рр. 16-23.

16. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Михайлова Е.А., Шматова Т.Ф., Гемджян Э.Г., Туполева Т.А., Грумбкова JI.O., Ярославцева Н.Г., Сомова A.B., Макарик ТВ., и другие. Клинико-эпидемиологическая характеристика инфицированности. вирусами; гепатитов В и С больных с заболеваниями системы крови при поступлении в стационар // Гематология и трансфузиология. 2009. v.54. No. 1. pp. 3-9.

17. Творогова М.Г, Чуланов В.П., Волкова P.A., Судариков А.Б., Михайлов М.И., Исаева О.В., Малахов В.Н. Результаты оценки качества выявления РНК вируса гепатита С методом ПЦР в ФСВОК в 2005-2007 гг. // Журн. микробиол., эпидемиол. и иммунобиол. 2009. No. 1. рр. 59-62.

18. Февралева И.С., Глинщикова O.A., Элижбаева М.А., Зингерман Б.В., Гудилина Ю.Ю., Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Судариков А.Б., Савченко В.Г. Распространенность PV В19 среди больных гематологического стационара. // Гематология и трансфузиология. 2011. v.56. No. 6. рр. 24-28.

19. Элижбаева М.А., Февралева И.С., Глинщикова O.A., Сильвейстрова О.Ю., Шипулина О.Ю., Домонова Э.А., Сафонова А.П., Овчинникова E.H., Татаева З.М., Судариков А.Б. Выявление парвовируса в19 в крови российских доноров //

Гематология и трансфузиология. 2011. v.56. No. 2. рр. 10-13.

20. Гармаева Т.Ц., Куликов G.M., Михайлова Е.А., Гемджян Э.Г., Гапонова Т.В., Грумбкова Л.О., Ярославцева Н.Г., Туполева Т.А., Сомова A.B., Макарик Т.А., Глинщикова O.A., Февралева И.С., Судариков А.Б., Филатов Ф.П., Савченко В.Г. Долгосрочные результаты инфицированное™ вирусами гепатитов В и С больных с заболеваниями системы крови // Терапевтаческий архив. 2011. v.83. No. 7. рр. 17-26.

21. Glinschikova O.A., Sudarikov A.B. GenBank AY171560. // http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY171560

22. Гармаева Т.Ц., Куликов C.M., Судариков А.Б., Филатов Ф.П., Михайлова Е.А., Городецкий В.М., Савченко В.Г. О необходимое™ использования методов генодиагностики для тестирования доноров крови, компонентов крови и реципиентов многочисленных гемотрансфузий. // Гематология и трансфузиология 2011 v. 56. No. 4. рр. 36-39

23. Пивник A.B., Андросова М.И., Кравченко С.К., Судариков А.Б. Исследование5 этаологии парциальной красноклеточной аплазии костного мозга: количественное определение парвовируса Ь19 // Информационный бюллетень РФФИ. 1997. No. 4. ppi 500. ' , ' . дГ'

24. Пивник A.B., Февралева И.С., Андросова М.И., Кравченко С.К., Судариков А.Б.,-Огрель О.Д. Исследование этиологии парциальной красноклеточной аплазии костного; мозга: количественное определение парвовируса Ь19 // Информационный бюллетень РФФИ. 1999. No. 4. рр. 362. •

25. Ядрихинская В.Н., Савченко В.Г., Михайлова Е.А., Судариков А.Б. Определение вируса гепатита G у больных аплазиями костного мозга. // Материалы 3 Всероссийская научно-практическая конференции "Генодиагностика в современной медицине". 2000. http://www.hepatitinfo.ru/confgend/23.htm

26. Глинщикова O.A., Макарик Т.В., Романова Е.А., Судариков А.Б. Определение генотапов вируса гепатита С у гематологических больных. // Материалы 3 Всероссийская научно-практическая конференции "Генодиагностика в современной медицине". 2000. http://www.hepatitinfo.ru/confgend/24.htm

27. Пичковская В.А., Февралева И.С., Судариков А.Б. . Разработка тест-системы, основанной на методе полимеразной цепной реакции, для количественного определения ДНК вируса гепатата В в сыворотке крови. // Вестник РГМУ. 2001. No.

17. pp. 153-154.

28. Глинщикова O.A., Романова E.A., Макарик Т.В., Судариков А.Б. Количественное определение РНК вируса гепатита С в сыворотке крови больных. // Материалы научно-практического симпозиума "Технологии генодиагностики в практическом здравоохранении" М.: НПО "Литех". 2002. pp. 34-36.

29. Февралева И.С., Пичковская В.А., Судариков А.Б. Разработка экспресс-диагностикума для количественного определения ДНК гепатита В в сыворотке крови. // Материалы научно-практического симпозиума "Технологии генодиагностики в практическом здравоохранении" М.: НПО "Литех". 2002. pp. 31-33.

30. Garmaeva Т., Kulikov S., Michailova E., Sudarikov A., Filatov F., Savchenko V. Prolonged follow-up of patients with hematological malignancies infected by HBV and HCV. // Haematologica. 2009. abstr 0466. pp. 187-188

31. Гармаева Т.Ц., Куликов C.M., Михайлова E.A., Филатов Ф.П., Судариков, А.Б. Савченко В.Г. Мониторирование факторов риска и индикаторов инфицирования* вирусами гепатитов В, С у гематологических больных. // Материалы Всероссийской научно-практической конференции "Генодиагностика инфекционных заболеваний", 19-21 октября 2004, Москва, 2004.

32. Куликов С.М., Гармаева Т.Ц., Зингерман, Б.В., Филатов Ф.П., Судариков А.Б., Михайлова Е.А., Савченко В.Г., Загоскина Т.П., Беляев В.В., Горовой В.П. Остаточный», риск инфицирования HCV как объективный показатель вирусной безопасности трансфузий. // Сборник трудов 6 Всероссийской научно-практической конференции с международным участием "Молекулярная диагностика - 2007" под ред. академика РАМН В.И. Покровского. 2007. pp. 224-227.

33. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Паровичникова E.H., Михайлова Е.А., Филатов Ф.П. Судариков А.Б., Савченко В.Г. Вирусные гепатиты В и С у больных с заболеваниями системы крови. // Российский журнал гастроэнтерологии, гепатологии, колопроктологии. 2011. v. 1. приложение №37. pp. 84.

34. Элижбаева М.А., Февралева И.С., Ягужинская O.E., Глинщикова O.A., Овчинникова E.H., Лазаренко М.И., Судариков А.Б. Распространенность парвовируса В19 среди доноров московского региона. // Материалы Российской научно-практической конференции "Актуальные вопросы гематологии и трансфузиологии". Санкт-Петербург. Трансфузиология. 2009. No. 1-2. pp. 73-73.

35. Гармаева Т.Ц., Куликов С.М., Михайлова Е.А., Филатов Ф.П. Судариков А.Б., Савченко В.Г. Риски и эффективность гемотрансфузионной терапии у больных с опухолевыми заболеваниями системы крови. // Вестник гематологии, 2011, v. 2, pp. 12.

36. Сильвейстрова О.Ю., Элижбаева М.А.,. Шипулина О.Ю, Февралева И.С., Сафонова А.П., Глинщикова O.A., Шипулин Г.А., Судариков А.Б. Исследование плазмы донорской крови на наличие ДНК Parvovirus В19. // Материалы VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием "Молекулярная диагностика - 2010". Москва. Сборник трудов. 2010. pp. 347-350.

37. Garmaeva Т., Kulikov S., Michailova E., Sudarikov A., Filatov F., Savchenko V. Hepatitis В and hepatitis С co-infection in patients with hematological malignancies. Blood (ASH Annual Meeting Abstracts), 2011, abstr 2090, pp. 916-917.

Благодарности.

Выражаю искреннюю благодарность своим аспирантам, Глинщиковой Ольге Анатольевне, Ядрихинской Вере Николаевне, Пичковской Виктории Анатольевне и Элижбаевой Медине Абубакаровне, работавшим под руководством автора по темам, имеющим отношение к настоящей работе. Также сотрудникам лаборатории молекулярной гематологии Огрель Ольге Дмитриевне, Макарик Татьяне Викторовне,. f A ( i<

Романовой Елене Алексеевне и Февралевой Ирине Серафимовне, которые много,';1 помогали в постановке экспериментов. Также сотрудникам клинических подразделений Гармаевой Татьяне Цыреновне, Михайловой Елене Алексеевне, Гуляевой Анне Андреевне за помощь в получении, интерпретации и анализе клинического материала. Куликову Сергею Михайловичу, Зингерману Борису

Валентиновичу и Гудилиной Юлии Юрьевне за помошь с базами данных и статистическим анализом результатов. Булычевой Татьяне Ивановне, Дризе Нине Иосифовне, Козинцу Геннадию Ивановичу за ценные критические замечания и советы при написании диссертации. Выражаю глубокую признательность моему научному консультанту, Савченко Валерию Григорьевичу за поддержку и помощь на всех этапах работы. А также всем сотрудникам Гематологического центра, без помощи и участия которых эта работа не смогла бы состояться.

 
 

Список использованной литературы по медицине, диссертация 2012 года, Судариков, Андрей Борисович

1. Лукина E. А., Сысоева E. П., Луговская С. А., Павлов Ч. С., Левина А. А., Гущин А. Е., Филатов Ф. П., Хорошко Н. Д., Франк Г. А., Ивашкин В. Т. Гематологические синдромы у больных хроническим гепатитом С 2000 // Терапевтический архив 72 (2): 60-62

2. К. Kleppe and Е. Ohtsuka and R. Kleppe and I. Molineux and H. G. Khorana Studies on polynucleotides. XCVI. Repair replications of short synthetic DNA's as catalyzed by DNA polymerases. 1971 // J Mol Biol 56 (2): 341-361i % f

3. Saiki, R. K.; Gelfand, D. H.; Stoffel, S.; Scharf, S. J.; Higuchi, R.; Horn, G. T.; Mullis, К. B. & Erlich, H. A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase. 1988 // Science 239 (): 487-491

4. A. S. Kaledin and A. G. Sliusarenko and S. I. Gorodetsku Isolation and properties of DNA polymerase from extreme thermophylic bacteria Thermus aquaticus YT-1] 1980 // Biokhimiia 45 (4): 644-651

5. A. S. Kaledin and A. G. Sliusarenko and S. I. Gorodetsku Isolation and properties of DNA-polymerase from the extreme thermophilic bacterium Thermus flavus] 1981 // Biokhimiia 46 (9): 1576-1584

6. A. S. Kaledin and A. G. Sliusarenko and S. I. Gorodetsku Isolation and properties of DNA polymerase from the extreme thermophilic bacterium Thermus ruber] 1982 // Biokhimiia 47 (11): 1785-1791

7. Semenov, NN To the theory of combustion processes 1933 // Zhurnal Fizicheskoi Himii 4 (3): 4-17

8. Semenov, N.N. Chain reactions 1934 // ONTI, Leningrad ():

9. Semenov, NN and NACA. Langley Research Center Thermal theory of combustion and explosion 1942 // ():

10. W. M. Freeman and S. J. Walker and К. E. Vrana Quantitative RT-PCR: pitfalls and potential. 1999//Biotechniques 26 (1): 112-22,124-5

11. L, Raeymaekers Basic principles of quantitative PCR. 2000 // Mol Biotechnol 15 (2): 115-122

12. R. Higuchi and G. Dollinger and P. S. Walsh and R. Griffith Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences. 1992 // Biotechnology (N Y) 10 (4): 413-417 '

13. R. Higuchi and C. Fockler and G. Dollinger and R. Watson Kinetic PCR analysis: real-time monitoring of DNA amplification reactions. 1993 // Biotechnology (N Y) 11 (9): 1026-1030

14. M. Hiyoshi and S. Hosoi Assay of DNA denaturation by polymerase chain reaction-driven fluorescent label incorporation and fluorescence resonance energy transfer. 1994 // Anal Biochem 221 (2): 306-311

15. X. Chen and B. Zehnbauer and A. Gnirke and P. Y. Kwok Fluorescence energy transfer detection as a homogeneous DNA diagnostic method. 1997 // Proc Natl Acad Sci U S A 94 (20): 10756-10761

16. Момыналиев, K.T. & Говорун, B.M. Перспективы применения методов ДНК-диагностики в лабораторной службе. 2000 // Клин. лаб. Диагностика. 5 (): 25-32

17. Piatak, М.; Saag, М. S.; Yang, L. С.; Clark, S. J.; Kappes, J. С.; Luk, К. С.; Hahn, В. Н.; Shaw, G. М. & Lifson, J. D. High levels of HIV-1 in plasma during all stages of infection determined by competitive PCR. 1993//Science 259 (): 1749-1754

18. Nicoletti, A. & Sassy-Prigent, C. An alternative quantitative polymerase chain reaction method. 1996//Anal Biochem 236 (): 229-241

19. Zimmermann, K. & Mannhalter, J. W. Technical aspects of quantitative competitive PCR. 1996 //Biotechniques 21 (): 268-72, 274-9

20. Aust, Gabriela Competitive RT-PCR to quantify small amounts of mRNA. 2004 // Methods Mol Biol 249 (): 31-40

21. Haberhausen, G.; Pinsl, J.; Kuhn, С. C. & Markert-Hahn, C. Comparative study of different standardization concepts in quantitative competitive reverse transcription-PCR assays. 1998 // J

22. Clin Microbiol 36 (): 628-633

23. Gilliland, G.; Perrin, S.; Blanchard, K. & Bunn, H. F. Analysis of cytokine mRNA and DNA: detection and quantitation by competitive polymerase chain reaction. 1990 // Proc Natl Acad Sci U SA87 (): 2725-2729

24. Natarajan, V.; Plishka, R. J.; Scott, E. W.; Lane, H. C. & Salzman, N. P. An internally controlled virion PCR for the measurement of HIV-1 RNA in plasma. 1994 // PCR Methods Appl 3 (): 346-350

25. P. Chomczynski and N. Sacchi Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction. 1987 //Anal Biochem 162 (1): 156-159

26. Lim, F. & Peabody, D. S. Mutations that increase the affinity of a translational repressor for RNA. 1994 // Nucleic Acids Res 22 (): 3748-3752

27. DuBois, D. В.; Gretch, D.; dela Rosa, C.; Lee, W.; Fine, J.; Blagg, C. R. & Corey, L. Quantitation of hepatitis С viral RNA in sera of hemodialysis patients: gender-related differences in viral load. 1994 //Am J Kidney Dis 24 (): 795-801

28. Pasloske, B. L.; Walkeipeach, C. R.; Obermoeller, R. D.; Winkler, M. & DuBois, D. B. Armored RNA technology for production of ribonuclease-resistant viral RNA controls and standards. 1998 // J Clin Microbiol 36 (): 3590-3594 1 *

29. Kwok, P. Y. Methods for genotyping single nucleotide polymorphisms. 2001 //Annu Rev* Genomics Hum Genet 2 (): 235-258

30. Прасолов, B.C. & Иванов, Д.С. Ретровирусные векторы в генной терапии. 2000 // Вопросы медицинской химии 46 (): 207-225

31. Hunter, Е. & Swanstrom, R. Retrovirus envelope glycoproteins. 1990 // Curr Top Microbiol Immunol 157 (): 187-253

32. Cosset, F. L.; Takeuchi, Y.; Battini, J. L.; Weiss, R. A. & Collins, M. K. High-titer packaging cells producing recombinant retroviruses resistant to human serum. 1995 // J Virol 69 (): 7430-7436

33. Miller, A. D.; Garcia, J. V.; von Suhr, N.; Lynch, С. M.; Wilson, C. & Eiden, M. V. Construction and properties of retrovirus packaging cells based on gibbon ape leukemia virus.1991//J Virol 65 (): 2220-2224

34. Choo, Q. L.; Kuo, G.; Weiner, A. J.; Overby, L. R.; Bradley, D. W. & Houghton, M. Isolation of a cDNA clone derived from a blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genome. 1989 // Science 244 ():359-362 : '

35. Yuasa, T.; Ishikawa, G.; Manabe, S.; Sekiguchi, S.; Takeuchi, K. & Miyamura, T. The particle size of hepatitis С virus estimated by filtration through microporous regenerated cellulose fibre. 1991//J Gen Virol 72 (# 8) (): 2021-2024

36. Prince, A. M.; Huima-Byron, T.; Parker, T. S. & Levine, D. M. Visualization of hèpatitis С virions and putative defective interfering particles isolated from low-density lipoproteins. 1996 // J Viral Hepat 3 (): 11-17

37. Martell, M.; Gomez, J.; Esteban, J. I.; Sauleda, S.; Quer, J.; Cabot, В.; Esteban, R. & Guardia, J. High-throughput real-time reverse transcription-PCR quantitation of hepatitis С virus RNA. 1999 //J Clin Microbiol 37 (): 327-332

38. Bukh, J.; Miller, R. H. & Purcell, R. H. Genetic heterogeneity of hepatitis С virus: quasispecies: and genotypes. 1995//Semin Liver Dis 15 (): 41-63

39. Hoofnagle, Jay H Course and outcome of hepatitis C. 2002// Hepatology 36 (): S21-S29 ' .

40. Poynard, T.; Marcellin, P.; Lee, S. S.; Niederau, C.; Minuk, G. S.; Ideo, G.; Bain, V.;*» *

41. Neumann, A. U.; Lam, N. P.; Dahari, H.; Davidian, M.; Wiley, T. E.; Mika, B. P.; Perelson, A. S. & Layden, T. J. Differences in viral dynamics between genotypes 1 and 2 of hepatitis C virus. 2000//J Infect Dis 182 (): 28-35

42. Zeuzem, S.; Herrmann, E.; Lee, J. H.; Fricke, J.; Neumann, A. U.; Modi, M.; Colucci, G. & Roth, W. K. Viral kinetics in patients with chronic hepatitis C treated with standard or peginterferon alpha2a. 2001 // Gastroenterology 120 (): 1438-1447

43. Mita, E.; Hayashi, N.; Kanazawa, Y.; Hagiwara, H.; Ueda, K.; Kasahara, A.; Fusamoto, H. & Kamada, T. Hepatitis C virus genotype and RNA titer in the progression of type C chronic liver disease. 1994//J Hepatol 21 (): 468-473

44. Nagayama, K.; Kurosaki, M.; Enomoto, N.; Miyasaka, Y.; Marumo, F. & Sato, C. Characteristics of hepatitis C viral genome associated with disease progression. 2000 // Hepatology 31 (): 745-750

45. Mihm, S.; Fayyazi, A.; Hartmann, H. & Ramadori, G. Analysis of histopathologicalmanifestations of chronic hepatitis C virus infection with respect to virus genotype. 1997 // Hepatology 25 (): 735-739

46. Sabin, C. A.; Telfer, P.; Phillips, A. N.; Bhagani, S. & Lee, C. A. The association between hepatitis C virus genotype and human immunodeficiency virus disease progression in a cohort of hemophilic men. 1997 // J Infect Dis 175 (): 164-168

47. Lau, J. Y.; Davis, G. L.; Prescott, L. E.; Maertens, G.; Lindsay, K. L.; Qian, K.; Mizokami, M.

48. Liang, T. J.; Rehermann, B.; Seeff, L. B. & Hoofnagle, J. H. Pathogenesis, natural history, treatment, and prevention of hepatitis C. 2000 //Ann Intern Med 132 (): 296-305

49. Davis, G. L. & Lau, J. Y. Factors predictive of a beneficial response to therapy of hepatitis C.1997 // Hepatology 26 (): 122S-127S

50. Neumann, A. U.; Lam, N. P.; Dahari, H.; Gretch, D. R.; Wiley, T. E.; Layden, T. J. & Perelson, A. S. Hepatitis C viral dynamics in vivo and the antiviral efficacy of interferon-alpha therapy.1998 // Science 282 (): 103-107

51. Zeuzem, S.; Lee, J. H.; Franke, A.; Riister, B.; Prummer, O.; Herrmann, G. & Roth, W. K. Quantification of the initial decline of serum hepatitis C virus RNA and response to interferon alfa. 1998 // Hepatology 27 (): 1149-1156

52. Farci, P.; Alter, H. J.; Govindarajan, S.; Wong, D. C.; Engle, R.; Lesniewski, R. R.; Mushahwar, I. K.; Desai, S. M.; Miller, R. H. & Ogata, N. Lack of protective immunity against reinfection with hepatitis С vims. 1992 // Science 258 (): 135-140

53. Lai, M. E.; Mazzoleni, A. P.; Argiolu, F.; Virgilis, S. De; Balestrieri, A.; Purcell, R. H.; Cao, A. & Farci, P. Hepatitis С virus in multiple episodes of acute hepatitis in polytransfused thalassaemic children. 1994//Lancet 343 (): 388-390

54. Mehta, Shruti H; Cox, Andrea; Hoover, Donald R; Wang, Xiao-Hong; Mao, Qing; Ray, Stuart; Strathdee, Steffanie A; Vlahov, David & Thomas, David L Protection against persistence of hepatitis C. 2002 // Lancet 359 (): 1478-1483

55. Lerat, H.; Berby, F.; Trabaud, M. A.; Vidalin, O.; Major, M.; Trepo, C. & Inchauspe, G. Specific detection of hepatitis С virus minus strand RNA in hematopoietic cells. 1996 // J Clin Invest 97 (): 845-851

56. Gowans, E. J. Distribution of markers of hepatitis С virus infection throughout the body. 2000//Semin Liver Dis 20 (): 85-102

57. Radkowski, M.; Kubicka, J.; Kisiel, E.; Cianciara, J.; Nowicki, M.; Rakela, J. & Laskus, T. Detection of active hepatitis С virus and hepatitis G virus/GB virus С replication in bone marrow in human subjects. 2000//Blood 95 (): 3986-3989 .

58. Boisvert, J.; He, X. S.; Cheung, R.; Keeffe, E. В.; Wright, T. & Greenberg, H. B. Quantitative analysis of hepatitis С virus in peripheral blood and liver: replication detected only in liver. 2001 // J Infect Dis 184 (): 827-835

59. Bartenschlager, R. & Lohmann, V. Replication of hepatitis С virus. 2000 // J Gen Virol 81 (): 1631-1648

60. Germi, R.; Crance, J. M.; Garin, D.; Guimet, J.; Thelu, M. A.; Jouan, A.; Zarski, J. P. & Drouet, E. Mosquito cells bind and replicate hepatitis С virus. 2001 // J Med Virol 64 (): 6-12

61. Lohmann, V.; Korner, F.; Koch, J.; Herian, U.; Theilmann, L. & Bartenschlager, R. Replicationof subgenomic hepatitis C virus RNAs in a hepatoma cell line. 1999 // Science 285 (): 110-113

62. Blight, K. J.; Kolykhalov, A. A. & Rice, C. M. Efficient initiation of HCV RNA replication in cell culture. 2000 // Science 290 (): 1972-1974

63. Niibling, C. Micha; Unger, Gabriele; Chudy, Michael; Raia, Steven & Lower, Johannes Sensitivity of HCV core antigen and HCV RNA detection in the early infection phase. 2002 // Transfusion 42 (): 1037-1045

64. Colin W Shepard and Lyn Finelli and Miriam J Alter Global epidemiology of hepatitis C virus infection. 2005 // Lancet Infect Dis 5 (): 558-567

65. W. Ray Kim Global epidemiology and burden of hepatitis C. 2002 // Microbes Infect 4 (): 1219-1225

66. Liu, Louis W C; Tomlinson, George; Mazzulli, Tony; Murray, Alison & Heathcote, Jenny Early prediction of nonresponders to treatment with interferon alpha-2b and ribavirin in patientswith chronic hepatitis C. 2003 // Can J Gastroenterol 17 (): 483-487

67. Shimizu, Y. K.; Weiner, A. J.; Rosenblatt, J.; Wong, D. C.; Shapiro, M.; Popkin, T.; Houghton, M.; Alter, H. J. 8c Purcell, R. H. Early events in hepatitis C virus infection of chimpanzees. 1990 // Proc Natl Acad Sci U S A 87 (): 6441-6444

68. Farci, P.; Alter, H. J.; Wong, D.; Miller, R. H.; Shih, J. W.; Jett, B. 8c Purcell, R. H. A long-term study of hepatitis C virus replication in non-A, non-B hepatitis. 1991 // N Engl J Med 325 (): 98-104

69. Thimme, R.; Oldach, D.; Chang, K. M.; Steiger, C.; Ray, S. C. 8c Chisari, F. V. Determinants of viral clearance and persistence during acute hepatitis C virus infection. 2001 // J Exp Med 194 ():; 1395-1406

70. Saldanha, J.; Lelie, N. 8c Heath, A. Establishment of the first international standard for nucleic acid amplification technology (NAT) assays for HCV RNA. WHO Collaborative Study, , Group. 1999 // Vox Sang 76 (): 149-158 ' '

71. Pawlotsky, J. M.; Bouvier-Alias, M.; Hezode, C.; Darthuy, F.; Remire, J. 8c Dhumeaux, D. j,1 Standardization of hepatitis C virus RNA quantification. 2000 // Hepatology 32 (): 654-659 ' >

72. Consensus NIH Consensus Statement on Management of Hepatitis C: 2002. 2002 // NIH Consens State Sci Statements 19 (): 1-46

73. Alter, H. J. 8c Seeff, L. B. Recovery, persistence, and sequelae in hepatitis C virus infection: a perspective on long-term outcome. 2000 // Semin Liver Dis 20 (): 17-35

74. Hollingsworth, R. C.; Sillekens, P.; van Deursen, P.; Neal, K. R. 8c Irving, W. L. Serum HCV

75. Bekkering, F. C.; Brouwer, J. T.; Schalm, S. W. & Elewaut, A. Hepatitis C: viral kinetics. 1997 // Hepatology 26 (): 1691-1693

76. Lau, D. T.; Kleiner, D. E.; Ghany, M. G.; Park, Y.; Schmid, P. & Hoofnagle, J. H. 10-Year follow-up after interferon-alpha therapy for chronic hepatitis C. 1998 // Hepatology 28 (): 11211127

77. Layden, J. E. & Layden, T. J. How can mathematics help us understand HCV? 2001 // Gastroenterology 120 (): 1546-1549

78. Lindsay, Karen L Introduction to therapy of hepatitis C. 2002 // Hepatology 36 (): S114-S120

79. Bonkovsky, H. L. & Woolley, J. M. Reduction of health-related quality of life in chronic hepatitis C and improvement with interferon therapy.The Consensus Interferon Study Group. 1999 // Hepatology 29 (): 264-270

80. Locarnini, Stephen; McMillan, Janine & Bartholomeusz, Angeline The hepatitis B virus and common mutants. 2003 // Semin Liver Dis 23 (): 5-20

81. Arbuthnot, P.; Capovilla, A. & Kew, M. Putative role of hepatitis B virus X protein in hepatocarcinogenesis: effects on apoptosis, DNA repair, mitogen-activated protein kinase and JAK/STAT pathways. 2000 // J Gastroenterol Hepatol 15 (): 357-368

82. François, G.; Kew, M.; Damme, P. Van; Mphahlele, M. J. & Meheus, A. Mutant hepatitis B viruses: a matter of academic interest only or a problem with far-reaching implications? 2001 // Vaccine 19 (): 3799-3815

83. Seeger, C. & Mason, W. S. Hepatitis B virus biology. 2000 // Microbiol Mol Biol Rev 64 (): 51-68

84. Li, J.; Buckwold, V. E.; Hon, M. W. & Ou, J. H. Mechanism of suppression of hepatitis B virus precore RNA transcription by a frequent double mutation. 1999 // J Virol 73 (): 1239-1244

85. Schôdel, F.; Peterson, D.; Zheng, J.; Jones, J. E.; Hughes, J. L. & Milich, D. R. Structure of hepatitis B virus core and e-antigen. A single precore amino acid prevents nucleocapsid assembly. 1993 // J Biol Chem 268 (): 1332-1337

86. Ganem, D.; Pollack, J. R. & Tavis, J. Hepatitis B virus reverse transcriptase and its many roles in hepadnaviral genomic replication. 1994 // Infect Agents Dis 3 (): 85-93

87. Radziwill, G.; Tucker, W. & Schaller, H. Mutational analysis of the hepatitis B virus P gene product: domain structure and RNase H activity. 1990 // J Virol 64 (): 613-620

88. Kidd-Ljunggren, K.; Oberg, M. & Kidd, A. H. Hepatitis B virus X gene 1751 to 1764 mutations: implications for HBeAg status and disease. 1997 // J Gen Virol 78 (# 6) (): 1469-1478

89. Nakamoto, Y.; Guidotti, L. G.; Kuhlen, C. V.; Fowler, P. & Chisari, F. V. Immune pathogenesis of hepatocellular carcinoma. 1998 // J Exp Med 188 (): 341-350

90. Yeh, C. T. Hepatitis B virus X protein: searching for a role in hepatocarcinogenesis. 2000 // J Gastroenterol Hepatol 15 (): 339-341 , , "

91. Waris, G. & Siddiqui, A. Regulatory mechanisms of viral hepatitis B and C. 2003 // J Biosci 28 (): 311-321

92. Kidd-Ljunggren, Karin; Miyakawa, Yuzo & Kidd, Alistair H Genetic variability in hepatitis B viruses. 2002 //J Gen Virol 83 (): 1267-1280

93. Simmonds, P. The origin and evolution of hepatitis viruses in humans. 2001 // J Gen Virol 82 (): 693-712

94. Kidd-Ljunggren, K.; Zuker, M.; Hofacker, I. L. & Kidd, A. H. The hepatitis B virus pregenome: prediction of RNA structure and implications for the emergence of deletions. 2000 // Intervirology 43 (): 154-164

95. Hirsch, R. C.; Lavine, J. E.; Chang, L. J.; Varmus, H. E. & Ganem, D. Polymerase geneproducts of hepatitis B viruses are required for genomic RNA packaging as wel as for reverse transcription. 1990 // Nature 344 (): 552-555

96. Pollack, J. R. & Ganem, D. An RNA stem-loop structure directs hepatitis B virus genomic RNA encapsidation. 1993 // J Virol 67 (): 3254-3263

97. Pawlotsky, J. M.; Bastie, A.; Lonjon, I.; Rémiré, J.; Darthuy, F.; Soussy, C. J. & Dhumeaux, D. What technique should be used for routine detection and quantification of HBV DNA in clinical samples? 1997 // J Virol Methods 65 (): 245-253

98. Halpern, M. S.; Egan, J.; Mason, W. S. & England, J. M. Viral antigen in endocrine cells of the pancreatic islets and adrenal cortex of Pekin ducks infected with duck hepatitis B virus. 1984 // Virus Res 1 (): 213-223

99. Hilleman, M. R. Overview of the pathogenesis, prophylaxis and therapeusis of viral hepatitis B, with focus on reduction to practical applications. 2001 // Vaccine 19 (): 1837-1848

100. Maini, M. K. & Bertoletti, A. How can the cellular immune response control hepatitis B virus replication? 2000 // J Viral Hepat 7 (): 321-326

101. Bartholomeusz, A. & Locarnini, S. Hepatitis B virus mutants and fulminant hepatitis B: fitness plus phenotype. 2001 // Hepatology 34 (): 432-435

102. Kreutz, C. Molecular, immunological and clinical properties of mutated hepatitis B viruses. 2002 // J Cell Mol Med 6 (): 113-143

103. Locarnini, Stephen Hepatitis B viral resistance: mechanisms and diagnosis. 2003 // J Hepatol 39 Suppl 1 (): S124-S132

104. López, J. L.; Mbayed, V. A.; Telenta, P. F S; González, J. E. 8t Campos, Rodolfo Héctor Hbe minus' mutants of hepatitis B virus. Molecular characterization and its relation to viral genotypes. 2002 // Virus Res 87 (): 41-49

105. Conjeevaram, Hari S & Lok, Anna Suk-Fong Management of chronic hepatitis B. 2003 // J Hepatol 38 Suppl 1 (): S90-103

106. Doo, E. & Liang, T. J. Molecular anatomy and pathophysiologic implications of drug resistance in hepatitis B virus infection. 2001 // Gastroenterology 120 (): 1000-1008

107. Feng, J. Y.; Johnson, A. A.; Johnson, K. A. & Anderson, K. S. Insights into the molecular mechanism of mitochondrial toxicity by AIDS drugs. 2001 // J Biol Chem 276 (): 23832-23837

108. Lewin, Sharon; Walters, Tomos & Locarnini, Stephen Hepatitis B treatment: rationalcombination chemotherapy based on viral kinetic and animal model studies. 2002 // Antiviral Res 55 (): 381-396

109. Torresi, Joseph The virological and clinical significance of mutations in the overlapping envelope and polymerase genes of hepatitis B virus. 2002 // J Clin Virol 25 (): 97-106

110. Zoulim, F. & Trepo, C. Drug therapy for chronic hepatitis B: antiviral efficacy and influence of hepatitis B virus polymerase mutations on the outcome of therapy. 1998 // J Hepatol 29 (): 151168

111. Arts, E. J. & Wainberg, M. A. Mechanisms of nucleoside analog antiviral activity and resistance during human immunodeficiency virus reverse transcription. 1996 // Antimicrob Agents Chemother 40 (): 527-540

112. Chang, C. N.; Skalski, V.; Zhou, J. H. & Cheng, Y. C. Biochemical pharmacology of (+)- and (-)-2',3'-dideoxy-3'-thiacytidine as anti-hepatitis B virus agents. 1992 // J Biol Chem 267 (): 22414- . 22420

113. Suzuki, Fumitaka; Suzuki, Yoshiyuki; Tsubota, Akihito; Akuta, Norio; Someya, Takashi;

114. Kobayashi, Masahiro; Saitoh, Satoshi; Arase, Yasuji; Ikeda, Kenji & Kumada, Hiromitsu Mutations of polymerase, precore and core promoter gene in hepatitis B virus during 5-year lamivudine therapy. 2002 // J Hepatol 37 (): 824-830

115. Kobayashi, S.; Ide, T. & Sata, M. Detection of YMDD motif mutations in some lamivudine-untreated asymptomatic hepatitis B virus carriers. 2001 // J Hepatol 34 (): 584-586

116. Badur, S. 8t Akgiin, A. Diagnosis of hepatitis B infections and monitoring of treatment. 2001 // J Clin Virol 21 (): 229-237

117. Clementi, M. Quantitative molecular analysis of virus expression and replication. 2000 // J Clin Microbiol 38 (): 2030-2036

118. Kessler, H. H.; Stelzl, E.; Daghofer, E.; Santner, B. I.; Marth, E.; Lackner, H. & Stauber, R. E. Semiautomated quantification of hepatitis B virus DNA in a routine diagnostic laboratory. 2000 // Clin Diagn Lab Immunol 7 (): 853-855

119. Louie, M.; Louie, L. & Simor, A. E. The role of DNA amplification technology in the diagnosis of infectious diseases. 2000 // CMAJ 163 (): 301-309

120. Read, S. J.; Burnett, D. & Fink, C. G. Molecular techniques for clinical diagnostic virology. 2000 // J Clin Pathol 53 (): 502-506

121. Silva, L. C. Da; da Fonseca, L. E.; Carrilho, F. J.; Alves, V. A.; Sitnik, R. & Pinho, J. R. Predictive factors for response to lamivudine in chronic hepatitis B. 2000 // Rev Inst Med Trop Sao Paulo 42 (): 189-196

122. Chu, Chi-Jen; Hussain, Munira & Lok, Anna S F Quantitative serum HBV DNA levels during different stages of chronic hepatitis B infection. 2002 // Hepatology 36 (): 1408-1415

123. Nowak, M. A.; Bonhoeffer, S.; Hill, A. M.; Boehme, R.; Thomas, H. C. & McDade, H. Viral dynamics in hepatitis B virus infection. 1996 // Proc Natl Acad Sci U S A 93 (): 4398-4402

124. Lin, O. S. & Keeffe, E. B. Current treatment strategies for chronic hepatitis B and C. 2001 // Annu Rev Med 52 (): 29-49

125. Zeuzem, S.; de Man, R. A.; Honkoop, P.; Roth, W. K.; Schalm, S. W. & Schmidt, J. M. Dynamics of hepatitis B virus infection in vivo. 1997 // J Hepatol 27 (): 431-436

126. Lampertico, Pietro Entecavir versus lamivudine for HBeAg positive and negative chronic hepatitis B. 2006 // J Hepatol 45 (): 457-460

127. Chu, Chi Jen & Lok, Anna Suk-Fong Clinical utility in quantifying serum HBV DNA levels using PCR assays. 2002 // J Hepatol 36 (): 549-551

128. Kessler, H. H.; Pierer, K.; Dragon, E.; Lackner, H.; Santner, B.; Stiinzner, D.; Stelzl, E.; Waitzl, B. & Marth, E. Evaluation of a new assay for HBV DNA quantitation in patients with chronic hepatitis B. 1998 // Clin Diagn Virol 9 (): 37-43

129. Valentine-Thon, E.j van Loon, A. M.; Schirm, J.; Reid, J.; Klapper, P. E. & Cleator, G. M. European proficiency testing program for molecular detection and quantitation of hepatitis B virus DNA. 2001// J Clin Microbiol 39 (): 4407-4412

130. Wu, J.; Sullivan, D. E. & Gerber, M. A. Quantitative polymerase chain reaction for hepatitis B virus DNA. 1994 // J Virol Methods 49 (): 331-341

131. Clementi, M.; Bagnarelli, P.; Manzin, A. & Menzo, S. Competitive polymerase chain reaction and analysis of viral activity at the molecular level. 1994 // Genet Anal Tech Appl 11 (): 1-6

132. Drosten, C.; Weber, M.; Seifried, E. & Roth, W. K. Evaluation of a new PCR assay with competitive internal control sequence for blood donor screening. 2000 // Transfusion 40 (): 718-724

133. Payan, C.; Veal, N.; Crescenzo-Chaigne, B.; Belec, L. & Pillot, J. New quantitative assay of hepatitis B and C viruses by competitive PCR using alternative internal sequences. 1997 // J Virol Methods 65 0: 299-305

134. Abe, A.; Inoue, K.; Tanaka, T.; Kato, J.; Kajiyama, N.; Kawaguchi, R.; Tanaka, S.; Yoshiba, M. & Kohara, M. Quantitation of hepatitis B virus genomic DNA by real-time detection PCR. 1999//J Clin Microbiol 37 (): 2899-2903

135. Mackay, Ian M; Arden, Katherine E 8c Nitsche, Andreas Real-time PCR in virology. 2002 // Nucleic Acids Res 30 (): 1292-1305

136. Zanella, I.; Rossini, A.; Domenighini, D.; Albertini, A. 8c Cariani, E. Quantitative analysis of hepatitis В virus DNAby real-lime amplification. 2002 // Eur J Clin Microbiol Infect Dis 21 (): 2226

137. Jardi, R.; Buti, M.; Rodriguez-Frias, F.; Cotrina, M.; Costa, X.; Pascual, C.; Esteban, R. 8c Guardia, J. Rapid detection of lamivudine-resistant hepatitis В virus polymerase gene variants. 1999 // J Virol Methods 83 (): 181-187

138. Zoulim, Fabien Assessing hepatitis В virus resistance in vitro and molecular mechanisms of nucleoside resistance. 2002 // Semin Liver Dis 22 Suppl 1 (): 23-31

139. Hagler, L.; Pastore, R. A.; Bergin, J. J. 8c Wrensch, M. R. Aplastic anemia following viral hepatitis: report of two fatal cases and literature review. 1975 // Medicine (Baltimore) 54 (): 139164

140. Sing, G. K.; Prior, S.; Fernan, A. 8c Cooksley, G. Hepatitis В virus differentially suppresses myelopoiesis and displays tropism for immature hematopoietic cells. 1993 // J Virol 67 (): 34543460

141. Идельсон, Л.И.; Гусейнова, Л.А.; Погорельская, Е.П.; Апросина, З.Г. 8с Новокрещенных, И.И. Апластическая анемия после острого вирусного гепатита. 1985 // Тер.архив. 57 (): 66-70

142. Brown, К. Е.; Tisdale, J.; Barrett, A. J.; Dunbar, С. E. 8c Young, N. S. Hepatitis-associated aplastic anemia. 1997 // N Engl J Med 336 (): 1059-1064

143. Brown, К. E.; Wong, S.; Buu, M.; Binh, Т. V.; Be, Т. V. 8c Young, N. S. High prevalence of GB virus C/hepatitis G virus in healthy persons in Ho Chi Minh City, Vietnam. 1997 // J Infect Dis 175 (): 450-453

144. Byrnes, J. J.; Banks, A. T.; Piatack, M. & Kim, J. P. Hepatitis G-associated aplastic anaemia. 1996 // Lancet 348 (): 472

145. Chai, T.; Prior, S.; Cooksley, W. G. & Sing, G. K. Infection of human bone marrow stromal cells by hepatitis B virus: implications for viral persistence and the suppression of hematopoiesis. 1994 // J Infect Dis 169 (): 871-874

146. Appelbaum, F. R. & Fefer, A. The pathogenesis of aplastic anemia. 1981 // Semin Hematol 18i241.257

147. Nakamura, S.; Sato, T.; Maeda, T. & Sato, Y. Viral hepatitis B and aplastic anemia. 1975 // Tohoku J Exp Med 116 (): 101-102

148. Kiem, H. P.; Storb, R. & McDonald, G. B. Hepatitis-associated aplastic anemia. 1997 // N Engl J Med 337 (): 424-425

149. Hibbs, J. R.; Frickhofen, N.; Rosenfeld, S. J.; Feinstone, S. M.; Kojima, S.; Bacigalupo, A.; Locasciulli, A.; Tzakis, A. G.; Alter, H. J. & Young, N. S. Aplastic anemia and viral hepatitis. NonA, Non-B, Non-C? 1992 // JAMA 267 (): 2051-2054

150. Pol, S.; Driss, F.; Devergie, A.; Brechot, C.; Berthelot, P. & Gluckman, E. Is hepatitis C virus involved in hepatitis-associated aplastic anemia? 1990 //Ann Intern Med 113 (): 435-437

151. Young, N. S. Flaviviruses and bone marrow failure. 1990 // JAMA 263 (): 3065-3068.

152. Mtiller, H. M.; Pfaff, E.; Goeser, T.; Kallinowski, B.; Solbach, C. & Theilmann, L. Peripheral* blood leukocytes serve as a possible extrahepatic site for hepatitis C virus replication. 1993 // J Gen Virol 74 (# 4) (): 669-676

153. Kato, N.; Ikeda, M.; Sugiyama, K.; Mizutani, T.; Tanaka, T. & Shimotohno, K. Hepatitis C virus population dynamics in human lymphocytes and hepatocytes infected in vitro. 1998 // J Gen Virol 79 (# 8) (): 1859-1869

154. Zeldis, J. B.; Boender, P. J.; Hellings, J. A. & Steinberg, H. Inhibition of human hemopoiesis by non-A, non-B hepatitis virus. 1989 // J Med Virol 27 (): 34-38

155. Bjôrkholm, M. Aplastic anaemia: pathogenetic mechanisms and treatment with special reference to immunomodulation. 1992 // J Intern Med 231 (): 575-582

156. Kurtzman, G. & Young, N. Viruses and bone marrow failure. 1989 // Baillieres Clin Haematol 2 (): 51-67

157. Singer, J. W.; Doney, K. C. & Thomas, E. D. Coculture studies of 16 untransfused patients with aplastic anemia. 1979 // Blood 54 (): 180-185

158. Zeldis, J. B.; Dienstag, J. L. & Gale, R. P. Aplastic anemia and non-A, non-B hepatitis. 1983 // Am J Med 74 (): 64-68

159. Casciato, D. A.; Klein, C. A.; Kaplowitz, N. & Scott, J. L. Aplastic anemia associated with type B viral hepatitis. 1978 //Arch Intern Med 138 (): 1557-1558

160. Kindmark, C. O.; Sjolin, J.; Nordlinder, H.; Nystrom-Rosander, C.; Simonsson, B.; Sundstrom, C. & Magnius, L. Aplastic anaemia in a case of hepatitis B with a high titer of hepatitis B antigen. 1984 //Acta Med Scand 215 (): 89-92

161. Paquette, R. L.; Tebyani, N.; Frane, M.; Ireland, P.; Ho, W. G.; Champlin, R. E. & Nimer, S.

162. D. Long-term outcome of aplastic anemia in adults treated with antithymocyte globulin: comparison with bone marrow transplantation. 1995 // Blood 85 (): 283-290

163. Linnen, J.; Wages, J.; Zhang-Keck, Z. Y.; Fiy, K. E.; Krawczynski, K. Z.; Alter, H.; Koonin,

164. Harrison, P.; Skidmore, S. J.; Collingham, K. E.; Keenan, R. & Darbyshire, P. J. Hepatitis GBV-C and aplastic anaemia. 1997 // Br J Haematol 98 (): 495

165. López-Alcorocho, J. M.; Castillo, I.; Tomás, J. F. & Carreño, V. Identification of a novel GB type C virus/hepatitis G virus subtype in patients with hematologic malignancies. 1999 // J Med Virol 57 (): 80-84

166. Alter, H. J. & Bradley, D. W. Non-A, non-B hepatitis unrelated to the hepatitis C virus (non

167. ABC). 1995 // Semin Liver Dis 15 (): 110-120

168. Radkowski, M.; Wang, L. F.; Cianciara, J.; Rakela, J. & Laskus, T. Analysis of hepatitis G virus/GB virus С quasispecies and replication sites in human subjects. 1999 // Biochem Biophys Res Commun 258 (): 296-299

169. Miyakawa, Y. & Mayumi, M. Hepatitis G virus—a true hepatitis virus or an accidental tourist? 1997 // N Engl J Med 336 (): 795-796

170. Логинов, Т.И.; Шарафанова, Т.И.; Решетняк, В.И.; Ильченко, Л.Ю.; Шепелева, С.Д.; Серова, Т.Н. & Ткачев, В.Д. HGV и TTV новые вирусы гепатитов 2000 // Тер.архив. 72 (): 913

171. Хлопова, И.Н.; Быченко, Д.В.; Самохвалов, Е.И.; Козлова, А.В.; Чешик, С.Г.; Малышев, Т.Ф. & Львов, Д.К. Влияние вируса гепатита G на течение острого гепатита В и С 1999 // Вопросы вирусологии 44 (): 265-268

172. Brown, К. Е.; Wong, S. & Young, N. S. Prevalence of GBV-C/HGV, a novel 'hepatitis' virus, in patients with aplastic anaemia. 1997 // Br J Haematol 97 (): 492-496

173. Moriyama, K.; Okamura, T. & Nakano, S. Hepatitis GB vims С genome in the semm of aplastic anaemia patients receiving frequent blood transfusions. 1997 // Br J Haematol 96 (): 864- . 867

174. Roggendorf, M. New developments in diagnosis of viral hepatitis] 1995 // Internist (Berl) 36 (): 133-138238: Berns, К. I., Parvoviridae: the viruses and their replication, 1996

175. К. I. Bems and R. A. Bohenzky Adeno-associated vimses: an update. 1987 // Adv Vims Res 32 (): 243-306240:, International Committee on Taxonomy of Vimses. 2000.,

176. Y. E. Cossart and A. M. Field and B. Cant and D. Widdows Parvovirus-like particles in human sera. 1975 // Lancet 1 (7898): 72-73

177. N. S. Young B19 parvovirus. 1995 // Baillieres Clin Haematol 8 (1): 25-56

178. M. Agbandje and S. Kajigaya and R. McKenna and N. S. Young and M. G. Rossmann Thestructure of human parvovirus B19 at 8 A resolution. 1994 // Virology 203 (1): 106-115

179. T. F. Schwarz and S. Serke and A. Von Brunn and B. Hottentrager and D. Huhn and F. Deinhardt and M. Roggendorf Heat stability of parvovirus B19: kinetics of inactivation. 1992 // Zentralbl Bakteriol 277 (2): 219-223

180. K. E. Brown and B. J. Cohen Haemagglutination by parvovirus B19.1992 // J Gen Virol 73 (Pt 8) (): 2147-2149

181. J. St Amand and C. Beard and K. Humphries and C. R. Astell Analysis of splice junctions and in vitro and in vivo translation potential of the small, abundant B19 parvovirus RNAs. 1991 // Virology 183 (1): 133-142

182. J. Summers and S. E. Jones and M. J. Anderson Characterization of the genome of the agent of erythrocyte aplasia permits its classification as a human parvovirus. 1983 // J Gen Virol 64 (Pt 11) (): 2527-2532

183. K. E. Brown and S. M. Anderson and N. S. Young Erythrocyte P antigen: cellular receptor for B19 parvovirus. 1993 // Science 262 (5130): 114-117

184. K. E. Brown and J. R. Hibbs and G. Gallinella and S. M. Anderson and E. D. Lehman and P.' McCarthy and N. S. Young Resistance to parvovirus B19 infection due to lack of virus receptor (erythrocyte P antigen). 1994 // N Engl J Med 330 (17): 1192-1196

185. P. Rouger and P. Gane and C. Salmon Tissue distribution of H, Lewis and P antigens as shown by a panel of 18 monoclonal antibodies. 1987 // Rev Fr Transfus Immunohematol 30 (5): 699—708

186. J. M. Liu and S. W. Green and T. Shimada and N. S. Young A block in full-length transcript maturation in cells nonpermissive for B19 parvovirus. 1992 // J Virol 66 (8): 4686—4692

187. K. A. Weigel-Kelley and M. C. Yoder and A. Srivastava Recombinant human parvovirus B19 vectors: erythrocyte P antigen is necessary but not sufficient for successful transduction of human hematopoietic cells. 2001 // J Virol 75 (9): 4110-4116

188. A. D. Woolf and G. V. Campion and A. Chishick and S. Wise and B. J. Cohen and P. T. Klouda and O. Caul and P. A. Dieppe Clinical manifestations of human parvovirus B19 in adults. 1989 //Arch Intern Med 149 (5): 1153-1156

189. M. L. Cartter and T. A. Farley and S. Rosengren and D. L. Quinn and S. M. Gillespie and G.

190. W. Gary and J. L. Hadler Occupational risk factors for infection with parvovirus B19 among pregnant women. 1991 // J Infect Dis 163 (2): 282-285

191. M. J. Anderson and P. G. Higgins and L. R. Davis and J. S. Willman and S. E. Jones and I. M. Kidd and J. R. Pattison and D. A. Tyrrell Experimental parvoviral infection in humans. 1985 // J Infect Dis 152 (2): 257-265

192. S. J. Naides Erythema infectiosum (fifth disease) occurrence in Iowa. 1988 //Am J Public Health 78 (9): 1230-1231

193. E A. Plummer and G. W. Hammond and K. Forward and L. Sekla and L. M. Thompson and S. E. Jones and I. M. Kidd and M. J. Anderson An erythema infectiosum-like illness caused by human parvovirus infection. 1985 // N Engl J Med 313 (2): 74-79

194. Naides Infection with Parvovirus B19.1999 // Curr Infect Dis Rep 1 (3): 273-278

195. D. M. Reid and T. M. Reid and T. Brown and J. A. Rennie and C. J. Eastmond Human . • parvovirus-associated arthritis: a clinical and laboratory description. 1985 // Lancet 1 (8426): 422— 425

196. D. G. White and A. D. Woolf and P. P. Mortimer and B. J. Cohen and D. R. Blake and P. A*. Bacon Human parvovirus arthropathy. 1985 // Lancet 1 (8426): 419-421

197. J. J. Nocton and L. C. Miller and L. B. Tucker and J. G. Schaller Human parvovirus Big-associated arthritis in children. 1993 //J Pediatr 122 (2): 186-190

198. P. R. Joseph Fifth disease: the frequency of joint involvement in adults. 1986 //NY State J Med 86 (11): 560-563

199. S. J. Naides and L. L. Scharosch and F. Foto and E. J. Howard Rheumatologic manifestations of human parvovirus B19 infection in adults. Initial two-year clinical experience. 1990 //Arthritis Rheum 33 (9): 1297-1309

200. N. B. Ray and D. R. Nieva and E. A. Seftor and Z. Khalkhali-EUis and S. J. Naides Induction of an invasive phenotype by human parvovirus B19 in normal human synovial fibroblasts. 2001 //f

201. Arthritis Rheum 44 (7): 1582--1586

202. I. Speyer and R C. Breedveld and B. A. Dijkmans Human parvovirus B19 infection is not followed by inflammatory joint disease during long term follow-up. A retrospective study of 54 patients. 1998 // Clin Exp Rheumatol 16 (5): 576-578

203. B. A. Dijkmans and A. M. van Elsacker-Niele and M. M. Salimans and G. A. van Albada-Kuipers and E. de Vries and H. T. Weiland Human parvovirus B19 DNA in synovial fluid. 1988 // Arthritis Rheum 31 (2): 279-281

204. M. Soderlund and R. von Essen and J. Haapasaari and U. Kiistala and O. Kiviluoto and K. Hedman Persistence of parvovirus B19 DNA in synovial membranes of young patients with and without chronic arthropathy. 1997 // Lancet 349 (9058): 1063-1065

205. Y. Yoto and T. Kudoh and K. Haseyama and N. Suzuki and S. Chiba Human parvovirus B19 infection associated with acute hepatitis. 1996 // Lancet 347 (9005): 868-869

206. D. S. Pardi and Y. Romero and L. E. Mertz and D. D. Douglas Hepatitis-associated aplastic anemia and acute parvovirus B19 infection: a report of two cases and a review of the literature. 1998 //Am J Gastroenterol 93 (3): 468-470

207. J. Bernuau and F. Durand and D. Valla Parvovirus B19 infection and fulminant hepatitis. 1999 // Lancet 353 (9154): 754-755

208. Susan Wong and Neal S Young and Kevin E Brown Prevalence of parvovirus B19 in liver tissue: no association with fulminant hepatitis or hepatitis-associated aplastic anemia. 2003 // J Infect Dis 187 (10): 1581-1586

209. Erik D Heegaard and Kevin E Brown Human parvovirus B19. 2002 // Clin Microbiol Rev 15 (3): 485-505

210. G. J. Kurtzman and K. Ozawa and B. Cohen and G. Hanson and R. Oseas and N. S. Young Chronic bone marrow failure due to persistent B19 parvovirus infection. 1987 // N Engl J Med 317 (5): 287-294

211. W. C. Koch and G. Massey and C. E. Russell and S. P. Adler Manifestations and treatment of human parvovirus B19 infection in immunocompromised patients. 1990 // J Pediatr 116 (3): 355— 359

212. G. J. Kurtzman and B. Cohen and P. Meyers and A. Amunullah and N. S. Young Persistent B19 parvovirus infection as a cause of severe chronic anaemia in children with acute lymphocytic leukaemia. 1988 // Lancet 2 (8621): 1159-1162

213. N. Frickhofen and R. Arnold and B. Hertenstein and M. Wiesneth and N. S. Young Parvovirus B19 infection and bone marrow transplantation. 1992 //Ann Hematol 64 Suppl (): A121—A124

214. H. Hasle and E. Heegaard and G. Kerndrup and I. M. Jensen and N. A. Peterslund and A. Hornsleth Parvovirus B19 infection infrequently involved in children and adults with myelodysplastic syndrome. 1996 // Leuk Res 20 (1): 81—83

215. J. L. Graeve and P. A. de Alarcon and S. J. Naides Parvovirus B19 infection in patients receiving cancer chemotherapy: the expanding spectrum of disease. 1989 //Am J Pediatr Hematol Oncol 11 (4): 441-444

216. H. Baurmann and T. F. Schwarz and J. Oertel and S. Serke and M. Roggendorf and D. Huhn -Acute parvovirus B19 infection mimicking myelodysplastic syndrome of the bone marrow. 1992 // Ann Hematol 64 (1): 43-45

217. B. Taillan and P. Heudier and E. Ferrari and G. Gamier and J. G. Fuzibet and P. Dujardin Pure red-cell aplasia due to parvovirus B19 infection in a patient with AIDS-related complex. 1992 // Ann Med 24 (2): 137

218. M. Gahr and A. Pekrun and H. Eiffert Persistence of parvovirus B19-DNA in blood of a child with severe combined immunodeficiency associated with chronic pure red cell aplasia. 1991 // Eur J Pediatr 150 (7): 470-472

219. A. Azzi and R. Fanci and S. Ciappi and K. Zakrzewska and A. Bosi Human parvovirus B19 infection in bone marrow transplantation patients. 1993 //Am J Hematol 44 (3): 207—209

220. G. Neild and M. Anderson and S. Hawes and B. T. Colvin Parvovirus infection after renal transplant. 1986//Lancet 2 (8517): 1226-1227

221. B. Nour and M. Green and M. Michaels and J. Reyes and A. Tzakis and J. C. Gartner and L. McLoughlin and T. E. Starzl Parvovirus B19 infection in pediatric transplant patients. 1993 // Transplantation 56 (4): 835-838

222. G. J. Kurtzman and B. J. Cohen and A. M. Field and R. Oseas and R. M. Blaese and N. S. Young Immune response to B19 parvovirus and an antibody defect in persistent viral infection. ' 1989//J Clin Invest 84 (4): 1114-1123

223. S. M. Lee and D. G. Kim and D. Bang Persistent erythema infectiosum-like rash as a prodrome of acute lymphocytic leukemia. 1994 // Pediatr Dermatol 11 (2): 156—159

224. J. L. Abkowitz and K. E. Brown and R. W. Wood and N. L. Kovach and S. W. Green and N. S. Young Clinical relevance of parvovirus B19 as a cause of anemia in patients with human immunodeficiency virus infection. 1997//J Infect Dis 176 (1): 269—273

225. P. G. Scapellato and A. M. Palumbo and S. Del Valle Improvement of anemia induced by parvovirus B19 in a patient with AIDS after combined antiretroviral therapy. 2000 // Mayo Clin Proc 75 (2): 215-216

226. M. A. Smith and N. R. Shah and J. S. Lobel and P. J. Cera and G. W. Gary and L. J. Anderson Severe anemia caused by human parvovirus in a leukemia patient on maintenance chemotherapy. 1988// Clin Pediatr (Phila) 27 (8): 383--386

227. J. A. Graeve and S. C. Elliott Neurologic symptoms, iron deficiency anemia, and parvovirus infection. 1991 // J Pediatr 118 (5): 830

228. N. C. West and R. E. Meigh and M. Mackie and M. J. Anderson Parvovirus infection associated with aplastic crisis in a patient with HEMPAS. 1986 // J Clin Pathol 39 (9):il019--1020

229. O. Lortholaiy and M. Eliaszewicz and B. Dupont and A. M. Courouce Parvovirus B19 infection during acute Plasmodium falciparum malaria. 1992 // Eur J Haematol 49 (4): 219

230. T. Hanada and K. Koike and T. Takeya and T. Nagasawa and Y. Matsunaga and H. Takita Human parvovirus B19-induced transient pancytopenia in a child with hereditary spherocytosis. 1988//Br J Haematol 70 (1): 113-115

231. D. C. Mabin and V. Chowdhuiy Aplastic crisis caused by human parvovirus in two patients with hereditary stomatocytosis. 1990//Br J Haematol 76 (1): 153-154

232. J. R Duncan and C. B. Potter and M. D. Cappellini and J. B. Kurtz and M. J. Anderson and D. J. Weatherall Aplastic crisis due to parvovirus infection in pyruvate kinase deficiency. 1983 // Lancet 2 (8340): 14-16

233. S. P. Rao and S. T. Miller and B. J. Cohen Transient aplastic crisis in patients with sickle cell disease. B19 parvovirus studies during a 7-year period. 1992 //Am J Dis Child 146 (11): 13281330

234. G. R. Serjeant and J. M. Topley and K. Mason and B. E. Serjeant and J. R. Pattison and S. E. Jones and R. Mohamed Outbreak of aplastic crises in sickle cell anaemia associated with parvovirus-like agent. 1981 // Lancet 2 (8247): 595-597

235. A. K. Lakhani and V. Malkovska and D. H. Bevan and M. J. Anderson Transient pancytopeniaassociated with parvovirus infection in paroxysmal nocturnal haemoglobinuria. 1987 // Postgrad Med J 63 (740): 483-484

236. J. W. Harris Parvovirus B19 for the hematologist. 1992 //Am J Hematol 39 (2): 119-130

237. T. Sato and D. Ueda and S. Sakota and K. Haseyama and S. Chiba and T. Kudoh Pancytopenia with hemophagocytosis secondary to parvovirus B19 infection in a family with hereditary spherocytosis. 1999 // Pediatr Int 41 (5): 561-564

238. J. C. Murray and M. V. Gresik and F. Leger and K. L. McClain B19 parvovirus-induced anemia in a normal child. Initial bone marrow erythroid hyperplasia and response to intravenous immunoglobulin. 1993 //Am J Pediatr Hematol Oncol 15 (4): 420-423

239. M. D. Hamon and A. C. Newland and M. J. Anderson Severe aplastic anaemia after parvovirus infection in the absence of underlying haemolytic anaemia. 1988 // J Clin Pathol 41 (11): 1242

240. K. Muir and W. T. Todd and W. H. Watson and E. Fitzsimons Viral-associated haemophagocytosis with parvovirus-B19-related pancytopenia. 1992 // Lancet 339 (8802): 1139-1140

241. L. M. Bell and S. J. Naides and P. Stoffman and R. L. Hodinka and S. A. Plotkin Human parvovirus B19 infection among hospital staff members after contact with infected patients. 1989 // N Engl J Med 321 (8): 485-491

242. K. Ozawa and J. Ayub and Y. S. Hao and G. Kurtzman and T. Shimada and N. Young Novel transcription map for the B19 (human) pathogenic parvovirus. 1987 // J Virol 61 (8): 2395-2406

243. M. J. Anderson and S. E. Jones and A. C. Minson Diagnosis of human parvovirus infection by dot-blot hybridization using cloned viral DNA. 1985 // J Med Virol 15 (2): 163-172

244. J. Mori and A. M. Field and J. P. Clewley and B. J. Cohen Dot blot hybridization assay of B19 virus DNA in clinical specimens. 1989 // J Clin Microbiol 27 (3): 459-464

245. J. Jordan and B. Tiangco and J. Kiss and W. Koch Human parvovirus B19: prevalence of viral DNA in volunteer blood donors and clinical outcomes of transfusion recipients. 1998 // Vox Sang 75 (2): 97-102

246. J. J. Lefrere and M. Mariotti and M. Thauvin B19 parvovirus DNA in solvent/detergent-treated anti-haemophilia concentrates. 1994 // Lancet 343 (8891): 211-212

247. F. McOmish and P. L. Yap and A. Jordan and H. Hart and B. J. Cohen and P. Simmonds Detection of parvovirus B19 in donated blood: a model system for screening by polymerase chain reaction. 1993 // J Clin Microbiol 31 (2): 323-328

248. G. Patou and D. Pillay and S. Myint and J. Pattison Characterization of a nested polymerase chain reaction assay for detection of parvovirus B19.1993 // J Clin Microbiol 31 (3): 540—546

249. G. Siegl and P. Cassinotti Presence and significance of parvovirus B19 in blood and blood products. 1998 // Biologicals 26 (2): 89-94

250. Y. Yoto and T. Kudoh and K. Haseyama and N. Suzuki and T. Oda and T. Katoh and T. Takahashi and S. Sekiguchi and S. Chiba Incidence of human parvovirus B19 DNA detection in blood donors. 1995 // Br J Haematol 91 (4): 1017-1018

251. P. Cassinotti and G. Siegl Quantitative evidence for persistence of human parvovirus B19 DNA in an immunocompetent individual. 2000 // Eur J Clin Microbiol Infect Dis 19 (11): 886-887

252. M. Musiani and M. Zerbini and G. Gentilomi and M. Plazzi and G. Gallinella and S. Venturoli Parvovirus B19 clearance from peripheral blood after acute infection. 1995 // J Infect Dis 172 (5): 1360-1363

253. P. Cassinotti and G. Burtonboy and M. Fopp and G. Siegl Evidence for persistence of human parvovirus B19 DNA in bone marrow. 1997 // J Med Virol 53 (3): 229-232

254. E. L. Durigon and D. D. Erdman and G. W. Gary and M. A. Pallansch and T. J. Torok and L. J. Anderson Multiple primer pairs for polymerase chain reaction (PCR) amplification of human parvovirus B19 DNA. 1993 // J Virol Methods 44 (2-3): 155-165

255. C. Beard and J. St Amand and C. R. Astell Transient expression of B19 parvovirus gene products in COS-7 cells transfected with B19-SV40 hybrid vectors. 1989 //Virology 172 (2): 659664

256. S. Kajigaya and T. Shimada and S. Fujita and N. S. Young A genetically engineered cell line that produces empty capsids of B19 (human) parvovirus. 1989 // Proc Natl Acad Sci U S A 86 (19): 7601-7605

257. C. S. Brown and M. M. Salimans and M. H. Noteborn and H. T. Weiland Antigenic parvovirus B19 coat proteins VP1 and VP2 produced in large quantities in a baculovirus expression system. 1990 // Virus Res 15 (3): 197-211

258. W. С. Kock A synthetic parvovirus В19 capsid protein can replace viral antigen in antibody-capture enzyme immunoassays. 1995 // J Virol Methods 55 (1): 67—82s

259. A. L. Bruu and S. A. Nordbo Evaluation of five commercial tests for detection of immunoglobulin M antibodies to human parvovirus B19.1995 // J Clin Microbiol 33 (5): 1363— 1365

260. I. P. Jensen and B. F. Vestergaard Assessment of the specificity of a commercial human parvovirus B19 IgM assay. 1997 // Clin Diagn Virol 7 (3): 133-137

261. M. Sôderlund and C. S. Brown and B. J. Cohen and K. Hedman Accurate serodiagnosis of В19 parvovirus infections by measurement of IgG avidity. 1995 // J Infect Dis 171 (3): 710—713 ,

262. Филатова E.B. and Зубкова H.B. and Новикова H.A.and Голицина JI.H.and Кузнецов K.B.u s

263. Выявление маркеров парвовируса В19 в образцах крови доноров. 2010 // Журн. Микробиол. 'х %5.: 67-70 * , >

264. S. Castelain and H. Khorsi and P. Zawadzki and J. M. Sueur and J. P. Capron and F. Eb and G. Duverlie Direct blotting electrophoresis for sequencing and genotyping hepatitis С virus. 1997 // J Virol Methods 65 (2): 237-243

265. J. Aslanzadeh and B. B. Padilla and J. D. Shanley Evaluation of PCR and nested PCR for laboratory diagnosis of hepatitis C virus infection. 1996II Mol Cell Probes 10 (3): 173-178

266. Waterfall, Christy M; Eisenthal, Robert & Cobb, Benjamin D Kinetic characterisation of primer mismatches in allele-specific PCR: a quantitative assessment. 2002 // Biochem Biophys Res Commun 299 (): 715-722

267. Lo, E. S.; Lo, Y. M.; Tse, C. H. & Fleming, K. A. Detection of hepatitis B pre-core mutant by allele specific polymerase chain reaction. 1992 // J Clin Pathol 45 (): 689-692

268. Liang, R. H.; Lok, A. S.; Lai, C. L.; Chan, T. K.; Todd, D. & Chiu, E. K. Hepatitis B infection in patients with lymphomas. 1990 // Hematol Oncol 8 (): 261-270

269. Petrosillo, N.; Ippolito, G.; Solforosi, L.; Varaldo, P. E.; Clementi, M. & Manzin, A. Molecular epidemiology of an outbreak of fulminant hepatitis B. 2000 // J Clin Microbiol 38 (): 2975-2981

270. Nakamura, Y.; Motokura, T.; Fujita, A.; Yamashita, T. & Ogata, E. Severe hepatitis related to chemotherapy in hepatitis B virus carriers with hematologic malignancies. Survey in Japan, 19871991.1996 // Cancer 78 (): 2210-2215

271. Lau, G. K.; Liang, R.; Chiu, E. K.; Lee, C. K. & Lam, S. K. Hepatic events after bone marrow transplantation in patients with hepatitis B infection: a case controlled study. 1997 // Bone Marrow Transplant 19 (): 795-799

272. Dai, M. S.; Lu, J. J.; Chen, Y. C.; Perng, C. L. & Chao, T. Y. Reactivation of precore mutant hepatitis B virus in chemotherapy-treated patients. 2001 // Cancer 92 (): 2927-2932

273. Liao, Chun-Ann; Lee, Chuan-Mo; Wu, Hong-Cheng; Wang, Ming-Chung; Lu, Sheng-Nan & Eng, Hock-Liew Lamivudine for the treatment of hepatitis B virus reactivation following chemotherapy for non-Hodgkin's lymphoma. 2002 // Br J Haematol 116 (): 166-169

274. Rizzetto, Mario; Marzano, Alfredo & Lagget, Marco Treatment of hepatitis B e antigen-negative chronic hepatitis B with lamivudine. 2003 //J Hepatol 39 Suppl 1 (): S168-S171

275. Silvestri, F.; Ermacora, A.; Sperotto, A.; Patriarca, F.; Zaja, F.; Damiani, D.; Fanin, R. & Baccarani, M. Lamivudine allows completion of chemotherapy in lymphoma patients with hepatitis B reactivation. 2000 // Br J Haematol 108 (): 394-396

276. Pawlotsky, Jean-Michel Therapy of hepatitis C: from empiricism to eradication. 2006 // Hepatology 43 (): S207-S220

277. M. Musiani and M. Zerbini and G. Gentilomi and G. Rodorigo and V. De Rosa and D. Gibellini and S. Venturoli arid G. Gallinella Persistent B19 parvovirus infections in haemophilic HIV-1 infected patients. 1995 // J Med Virol 46 (2): 103-108

278. A. J. Vyse and N. J. Andrews and L. M. Hesketh and R. Pebody The burden of parvovirus B19 infection in women of childbearing age in England and Wales. 2007 // Epidemiol Infect 135 (8): 1354-1362

279. Steven H Kleinman and Simone A Glynn and Tzong-Hae Lee and Leslie Tobler and Leilani

280. Daniel Candotti and Nermin Etiz and Armen Parsyan and Jean-Pierre Allain Identification and characterization of persistent human erythrovirus infection in blood donor samples. 2004 // J Virol 78 (22): 12169-12178

281. B. J. COHEN and MARIE M. BUCKLEY The prevalence of antibody to human parvovirus B 19 inEngland and Wales 1988 // J. Med. Microbiol. 25 (): 151-153

282. Sharma P, Dhingra KK, Roy S, Singh T An acute myeloid leukemia M6b blast crisis with giant proerythroblasts in chronic myeloid leukemia. // J Pediatr Hematol Oncol. 31 (): 220-1

283. Kishore J, Sen M, Kumar A, Kumar A. A pilot study on parvovirus B19 infection in paediatric haematological malignancies. 2011 // Indian J Med Res 133 (): 407-13

284. Y. V. Karetnyi and P. R. Beck and R. S. Markin and A. N. Langnas and S. J. Naides Human parvovirus B19 infection in acute fulminant liver failure. 1999 //Arch Virol 144 (9): 1713—1724

285. J. G. Hillings0 and I. P. Jensen and L. Tom-Petersen Parvovirus B19 and acute hepatitis in adults. 1998 // Lancet 351 (9107): 955-956