Автореферат и диссертация по медицине (14.02.02) на тему:Эпидемиологический мониторинг и прогнозирование распространения туберкулеза

На правах рукописи

ОГАРКОВ Олег Борисович

ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ МОНИТОРИНГ И ПРОГНОЗИРОВАНИЕ РАСПРОСТРАНЕНИЯ ^ ТУБЕРКУЛЕЗА

14.02.02 - эпидемиология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени доктора медицинских наук

2 г ПАЙ 2014

005540'"-

Иркутск - 2014

? ^

005548705

Работа выполнена в Федеральном государственном бюджетном учреждении «Научный Центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» СО РАМН и Государственном бюджетном образовательном учреждении дополнительного профессионального образования «Иркутская государственная медицинская академия последипломного образования» Министерства здравоохранения России. Научный консультант: доктор медицинских наук,

профессор Савилов Евгений Дмитриевич

Официальные оппоненты:

Михайлов Михаил Иванович - член-корр. РАМН, доктор медицинских наук, профессор, Федеральное государственное бюджетное учреждение «Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов имени М.П. Чумакова» РАМН, директор

Злобин Владимир Игоревич — академик РАН, доктор медицинских наук, профессор, Государственное бюджетное образовательное учреждения высшего профессионального образования «Иркутский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации, заведующий кафедрой микробиологии, вирусологии и иммунологии Андаев Евгений Иванович — доктор медицинских наук, Федеральное казенное учреждение здравоохранения «Иркутский ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, заведующий лабораторией природно-очаговых вирусных инфекций

Ведущая организация:

Федеральное государственное бюджетное учреждение «Новосибирский научно-исследовательский институт туберкулеза» Министерства здравоохранения Российской Федерации.

Защита состоится « 3 » 2014 г. в « часов на заседании

Диссертационного совета ДМ 001.038.01 Федерального государственного бюджетного учреждения «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» Сибирского отделения Российской академии медицинских наук по > ^ адресу: 664003, г. Иркутск, ул. Тимирязева, 16. -О

С Ч

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке и на сайте (ЬПр:/Лу\у\у. nzmedek.ru) ФГБУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» СО РАМН

Автореферат разослан « ^уСиЛ^ 2014 г.

Ученый секретарь диссертационного совета ^

кандидат медицинских наук ¿у^ / Кулеш Дмитрий Владимирович

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность исследования

Туберкулез (ТБ) является одной из злободневных проблем практического здравоохранения во всем мире. По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ), за 2012 год в мире зарегистрировано 8,7 млн. новых случаев, заболеваемость составила 125 на 100 тыс. населения (WHO, 2012). Подъем заболеваемости, характерный для двух последних десятилетий, имел место не только в экономически отсталых странах, но и в развитых государствах Западной Европы, а также в США (Онищенко Г.Г., 2008). Эта неблагоприятная тенденция наблюдается и в настоящее время при наличии эффективных схем лечения и методов диагностики.

В Российской Федерации, начиная с 1990 г., отмечался рост всех основных эпидемиологических показателей по туберкулезу (ФЦСН, 2010,2011,2012). В 2012 г., по сравнению с 2011 г., произошло снижение заболеваемости - с 73,0 до 68,1 на 100 тыс. населения, а пик последнего подъема пришелся на 2008 г. (85,1 на 100 тыс. населения). Несмотря на снижение заболеваемости, общая смертность от туберкулеза в 2012 г. составила 12,5 на 100 тыс. населения, что соответствует 56 % смертности от всех инфекционных и паразитарных заболеваний.

В свою очередь заболеваемость и смертность от туберкулеза в Сибирском федеральном округе (СФО) являлись одними из наиболее высоких в стране в 2012 г. Тем не менее, заболеваемость туберкулезом в СФО также снизилась до 109,5 на 100 тыс. населения (2011 г. - 120,4). В Иркутской области в 2012 г. заболеваемость туберкулезом составила 137,9 на 100 тыс. населения (2011г.— 152,5 на 100 тыс.). При этом Иркутскую область, как и весь СФО, отличает крайне высокий показатель смертности от этого заболевания - 41,5 на 100 тыс. населения (Туберкулез в Российской Федерации, 2010, 2011, 2013).

Неэффективность современных противоэпидемических мероприятий на фоне пандемии туберкулеза свидетельствует об острой необходимости изменения стратегии и тактики эпидемиологического надзора по отношению к этой инфекции.

В этой связи следует отметить, что в последнее столетие распространение туберкулеза приобрело характер пандемии (Bifani P.J. et al., 2002), важнейшим этиологическим агентом которой является генетически близкая группа штаммов, которому D. van Soolingen et al. (1995) дали название генотип Beijing («Пекин»), Штаммы этого семейства общепризнанно считаются пандемическими и наиболее вирулентными по сравнению с другими генотипами М. tuberculosis. Это явление обнаружено в последние три десятилетия благодаря широкому применению методов молекулярно-генетического мониторинга возбудителя туберкулеза. Другим важнейшим следствием применения методов молекулярной биологии в эпидемиологических исследованиях является доказательство

существования не только убиквитарных (пандемических), но и эндемичных генотипов МБТ, т.е. ограниченных определенным географическим ареалом (Comas I. et al., 2013).

По результатам исследования генетического полиморфизма возбудителя туберкулеза эпидемические генотипы МБТ описываются как «кластеризующиеся» (Tanaka М.М. et al., 2006). Однако генотипическая характеристика возбудителя туберкулеза до настоящего времени проводится только в единичных отечественных научных исследованиях и не применяется ни в клинической, ни в эпидемиологической работе противотуберкулезной службы. В то же время страны Евросоюза уже используют методы молекулярного генотипирования в эпидемиологической практике борьбы с туберкулезом. Например, на ежегодном совещании Европейского бюро ВОЗ и Европейского Центра по борьбе с болезнями (ЕЦББ) в 2009 г. в Хорватии метод генотипирования туберкулеза MIRU-VNTR рекомендован как референс-метод в молекулярном эпидемиологическом надзоре за туберкулезом (WHO, 2009).

Не менее важным вопросом является восприимчивость человеческой популяции к туберкулезу, а именно географическая, национальная и половая неоднородность распределения чувствительных к туберкулезу индивидуумов. Полноценный анализ и прогнозирование развития эпидемии туберкулеза должен учитывать количество иммунных (устойчивых к инфекции) и чувствительных индивидуумов в исследуемой популяции.

Для туберкулезной инфекции наличие в анамнезе БЦЖ вакцинации не является синонимом полной защиты от инфекции (Перельман М.И., 2007). Более того, ряд исследователей считает, что именно внедрение массовой БЦЖ-вакцинации явилось толчком для пандемического распространения генотипа «Пекин» (Parwati I. et al., 2010). Вопрос о разработке критериев оценки восприимчивости к туберкулезу людей на популяционном уровне является задачей современной эпидемиологии. Перспективным подходом для такого рода оценки является применение методологии популяционной генетики в эпидемиологическом анализе. Изучение генетического полиморфизма кандидатных генов устойчивости к туберкулезу в качестве инструмента позволит эпидемиологам и фтизиатрам получить прогностически значимые результаты, отражающие восприимчивость человеческой популяции к туберкулезу на уровне врожденной (неспецифической) устойчивости, что при данной инфекции зачастую более важно, чем наличие специфического иммунитета.

Цель исследования

Сформулировать и обосновать эпидемиологическую концепцию, отражающую молекулярно-генетические особенности течения эпидемического процесса туберкулезной инфекции в России и на постсоветском пространстве для оптимизации системы мониторинга и прогнозирования как составных частей эпидемиологического надзора. 4

Задачи исследования:

1. Сформулировать концепцию, отражающую современную эпидемиологическую ситуацию распространения туберкулеза в России и мире с учетом исторических и молекулярно-генетических данных, дать определение понятию «эпидемический генотип» Mycobacterium tuberculosis.

2. Оценить время возникновения пандемического генотипа1 «Пекин» М. tuberculosis в Юго-Восточной Азии методом филогенетического анализа.

3. Выявить основные эпидемические генотипы М. tuberculosis, циркулирующие на территории России, определить время их широкого распространения среди населения страны.

4. Проанализировать эпидемиологическую ситуацию по туберкулезу в регионе эпидемического неблагополучия (Иркутская область), выявить эпидемические генотипы М. tuberculosis, циркулирующие в регионе, и особенности их распределение среди населения.

5. Сформулировать молекулярно-генетическое определение генотипа «Урал» М. tuberculosis.

6. Провести исследование генетического полиморфизма больных туберкулезом легких по отдельным кандидатным генам устойчивости к туберкулезу, выявить сцепленность генотипа «Пекин» (М tuberculosis) с генотипом хозяина (Н. sapiens) по исследуемым генам.

7. Осуществить ретроспективный анализ распространения различных генотипов М. tuberculosis в аутопсийных образцах от больных туберкулезом легких, выявить сцепленность генотипа «Пекин» (М. tuberculosis) с генотипом хозяина (Н. sapiens), исследуя генетический полиморфизм умерших от туберкулеза.

8. Выявить зависимость частоты распространения множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) среди штаммов от генотипа и субтипа М. tuberculosis.

Научная новизна

• По результатам филогенетического моделирования впервые оценено время возникновения штаммов генотипа «Пекин» на территории Юго-Восточной Азии.

• Впервые сформулирована научная концепция, объясняющая причину активного распространения пандемического генотипа «Пекин» М. tuberculosis на территории России и стран постсоветского пространства, исходя из политических и экономических событий второй половины XX века.

• Впервые сформулирована гипотеза об источниках и путях проникновения наиболее вирулентных штаммов субтипа MIT 17 генотипа «Пекин» М. tuberculosis на территорию СССР из Монголии и Тувы после вхождения последней в состав СССР.

• Впервые показана взаимосвязь распределения генотипов МТБ «Пекин» и аллелей -336G и -336А гена CD209 у больных туберкулезом легких мужского пола.

• Впервые показано наличие «летального синергизма» - неблагоприятное сочетание определенного генотипа возбудителя (М tuberculosis) и одного из вариантов гена CD209 у человека.

• Впервые сформулировано молекулярно-генетическое определение генотипа «Урал» М. tuberculosis по данным MIRU-VNTR и сполиготипирования.

• Впервые основные генотипы возбудителя туберкулеза из Сибири были представлены в глобальной базе штаммов М. tuberculosis SITVIT.

• Впервые показано, что на территории Иркутской области штаммы субтипа MIT17 генотипа «Пекин» М. tuberculosis значимо чаще несут множественную лекарственную устойчивость.

Практическая и теоретическая значимость работы

Разработанные подходы и полученные данные позволяют оптимизировать систему эпидемиологического надзора за туберкулезной инфекцией. Представленная концепция о «взрывообразном» распространении генотипа «Пекин» по территории СССР позволяет прогнозировать дальнейшее ухудшение ситуации, вызванной штаммами этого генотипа. Более того, можно ожидать нарастание числа случаев первичной лекарственной устойчивости вызванной МБТ субтипа MIT17 генотипа «Пекин». Использование результатов молекулярно-генетиче-ского мониторинга при работе в очагах туберкулезной инфекции позволит за относительно короткий период времени при небольших материальных затратах максимально точно, на уровне генотипа, установить источники возбудителя инфекции, пути и факторы его передачи, а также временные и пространственные границы очагов. Полученные данные о «летальном синергизме» между генотипом «Пекин» и аллелем -336G CD209 гена человека у больных туберкулезом легких могут быть использованы в работе клиницистов и эпидемиологов для прогнозирования исхода туберкулеза легких.

Положения, выносимые на защиту

1. Соотношение эпидемических и неэпидемических генотипов возбудителя туберкулеза, циркулирующих в популяции населения, наиболее значительно изменяется при глобальных миграционных процессах и социальных катаклизмах. Современное соотношение генотипов возбудителя туберкулеза в России и странах постсоветского пространства установилось в средине XX века.

2. Широкое распространение штаммов генотипа «Пекин» М. tuberculosis по территории Советского Союза произошло в средине XX века через пенетен-циарную систему страны, основным источником штаммов данного генотипа явились служащие КВЖД.

3. Углубленное генотипирование микобактерий туберкулеза на территории Иркутской области выявило наличие «сверх-трансмиссивного» высоковирулентного субтипа MIT17 генотипа «Пекин», значимо чаще являющегося носителем множественной лекарственной устойчивости, чем другие субтипы.

4. Среди исследованных кандидатных генов устойчивости к туберкулезу легких (АСЕ, АТЩ AT2R, CD209, INF-y, МСР-1) из Иркутской области и генотипов микобактерий, выделенных от этих же больных, только аллель -336G гена CD209 обнаружил протективные свойства относительно генотипа «Пекин» для мужчин.

5. Вероятность летального исхода от туберкулеза легких у мужчин значимо повышается при сочетании генотипа «Пекин» М. tuberculosis и аллеля -336G в гене CD209 больного.

Внедрение в практику

Результаты исследований внедрены в практику работы ГБУЗ «Иркутский областной противотуберкулезный диспансер».

Материалы исследований использовались при разработке пособий для врачей «Лабораторная диагностика туберкулёза» (2011), «Генетическая диагностика туберкулёза у ВИЧ-позитивных и ВИЧ-негативных больных» (2013), которые были внедрены в учебный процесс ГБОУ ДПО «Иркутская государственная медицинская академии последипломного образования» Минздрава РФ.

Материалы диссертационной работы используются в учебном процессе при чтении лекций и проведении практических занятий со студентами, интернами, ординаторами и врачами на кафедре эпидемиологии и микробиологии и на кафедре туберкулеза ГБОУ ДПО «Иркутская государственная медицинская академии последипломного образования» Минздрава РФ, со студентами и бакалаврами кафедр микробиологии ФГБОУ ВПО «Иркутский государственный университет» и ГБОУ ВПО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава РФ.

Апробация работы и публикации

Основные результаты диссертационной работы были доложены и обсуждены на: VII и IX съездах фтизиатров России (Москва, 2003, 2011); 5-й и 6-й Всероссийских научно-практических конференциях «Генодиагностика инфекционных заболеваний» (Москва, 2004, 2007); конференции «Генодиагностика инфекционных болезней» (Новосибирская обл., 2005); IV съезде Российского общества биохимиков и молекулярных биологов (Новосибирск, 2008); 8th Nordic Baltic Congress On Infectious Diseases (St. Peterburg, 2009); научной конференции с международным участием «Этиологические, эпидемиологические и клинические аспекты инфекционных болезней» (Иркутск, 2010); IX Российско-немецкой научно-практической конференции «Новые горизонты: инновации и сотрудничество в медицине и здравоохранении»

(Новосибирск, 2010); Межрегиональной научно-практической конференции «Современная микробиологическая диагностика туберкулеза» (Владивосток 2010); VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика - 2010» (Москва, 2010); научно-практической конференции с международным участием «Мониторинг туберкулеза и сопутствующие заболевания» (Иркутск, 2011); научно-практической конференции «Актуальные проблемы противотуберкулезной помощи и перспективы ее совершенствования» (Улан-Удэ, 2011); 3rd Asia Pacific Región Conference of the International Union Against Tuberculosis and Lung Disease (Hong-Kong, 2011); заседании Иркутского областного общества эпидемиологов (Иркутск, 2011); заседании Иркутского областного общества фтизиатров (Иркутск, 2011); 15th International Congress on Infectious Diseases (Bangkok, Thailand, 2012); научной конференции с международным участием «Фундаментальные и прикладные аспекты инфекционной патологии» (Иркутск, 2012); IV ежегодном Всероссийском конгрессе по инфекционным болезням (Москва, 2012); межрегиональной научно-практической конференции «Совершенствование организации противотуберкулезных мероприятий в условиях Крайнего Севера и Дальнего Востока» (Якутск, 2013); международной конференции «Молекулярная эпидемиология актуальных инфекций» (Санкт-Петербург, 2013).

По теме диссертации опубликована 51 работа, из них 1 монография и 25 статей в журналах, включенных в перечень изданий, рекомендуемых ВАК для публикации основных результатов диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата наук, из них 2 - в зарубежных рецензируемых изданиях с импакт-фактором выше 3,0.

Место выполнения работы и личный вклад автора

Основные результаты получены лично автором, которым генерирована идея исследования, сформулированы цели, задачи и выводы. Самостоятельно проведено большинство лабораторных исследований, анализ и интерпретация полученных результатов, моделирование изучаемых процессов. Выделение штаммов и определение их чувствительности к противотуберкулезным препаратам было проведено в ГБУЗ «Иркутский областной противотуберкулезный диспансер», в том числе и самим автором во время работы в данном учреждении. Клинические образцы были получены в ОГАУЗ «Иркутский областной клинический консультативно-диагностический центр» как самим автором во время работы в данном учреждении, так и В.В. Синьковым (автор являлся соруководителем его кандидатской диссертации). Аутопсийные образцы тканей получены в ГУЗ «Иркутское областное патологоанатомическое бюро» при совместной работе с сотрудником данного учреждения C.JI. Антипиной. Сполиготипирование штаммов из Иркутской области выполнялось в ФБУН

«Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Пастера» (Санкт-Петербург) и Институте Пастера (Гваделупа). Молекулярно-генетические исследования по МИШ-УКТЯ и генетическому полиморфизму генов человека, компьютерный и статистический анализ данных были проведены автором в лаборатории эпидемически и социально значимых инфекций ФГБУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека» СО РАМН и на кафедре эпидемиологии ГБОУ ДПО «Иркутская государственная медицинская академия последипломного образования» Минздрава РФ. Мутации, отвечающие за лекарственную устойчивость штаммов туберкулеза, определялись секвенированием в Медицинской школе Университета Вирджинии (США).

Структура и объем диссертации

Диссертация изложена на 242 страницах машинописного текста, состоит из введения, главы обзора литературы, главы материалов и методов, четырех глав собственных исследований, главы обсуждения результатов, выводов, практических рекомендаций и списка литературы, который включает 342 источника, в том числе 80 отечественных и 262 — зарубежных. Работа содержит 36 таблиц, иллюстрирована 18 рисунками и 11 приложениями.

СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ Материалы и методы исследования

Настоящая работа одобрена этической экспертизой независимого этического комитета ФГБУ «НЦ ПЗСРЧ» СО РАМН на этапе планирования и осуществления раздела биомедицинских исследований. Дизайн работы представлен на рисунке 1.

Ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости туберкулезом за 1990-2010 гг. проведен по данным официальной статистики органов Роспотребнадзора. Комплексная оценка эпидемиологической ситуации по туберкулёзу в Иркутской области проводилась с использованием метода ранжирования отдельных показателей (от минимума к максимуму) по территориям и во времени с последующим суммированием полученных рангов и вычислением интегрального показателя и коэффициента наглядности по формуле (Сазыкин В.Л., 1993):

Л' 5 Кщ =—--х 100,

Я,-*,

где: — наихудшая сумма рангов; — сумма рангов отдельного населенного пункта; 5 - наилучшая сумма рангов.

Рисунок 1 - Дизайн исследования.

ДНК микобактерий, ДНК здоровых индивидуумов и больных туберкулезом легких, ДНК из образцов аутопсийного материала были выделены с помощью набора «ДНК-сорб» (Интерлабсервис), согласно протоколу производителя. ПЦР-генотипирование по консенсусу энтеробактериального повтора (ERIC) микобактерий проводили по L.A. Sechi et al. (1998). MIRU-VNTR-генотипирование штаммов M tuberculosis было выполнено методом ПЦР по протоколу 12-локусного генотипирования (Supply P. et al., 2000). Принадлежность к генотипу «Пекин» подтверждалась ПЦР на RD 105 и RD 207 (Reed M. et al., 2009). Подсчет числа MIRU-VNTR-аллелей осуществлялся в соответствии с таблицей, приведенной в работе Е. Mazars et al. (2001). Принадлежность исследованных MIRU-VNTR аллелей к известным семействам туберкулезных штаммов определяли по базе данных SITVIT (http://www.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT ONLINE), а также при помощи программного комплекса MIRU-VNTRplus (Weniger T. et al., 2010). Всего за 2000-2012 гг. было полностью генотипировано методом MIRU-VNTR по 12 локусам 546 штаммов возбудителя туберкулеза и 90 ДНК из аутопсийных образцов легких. ДНК 23 штаммов МБТ подвергалась сиквенированию на основные мутации, вызывающие лекарственную устойчивость - inhA, katG, rpoB, embB, gyrA, rrs.

Для проведения исследования на полиморфизм генов ACE, AT1R, AT2R CD209, MC PI и IFN-y (всего исследован 1241 образец) использовали выборки, составленные из жителей Иркутской области, славянской национальности. В исследуемую выборку включались больные туберкулезом легких. В качестве критерия отбора группы здорового контроля использовались следующие параметры: отсутствие в анамнезе туберкулеза, артериальной гипертензии, сахарного диабета и других гормональных нарушений. При исследовании на полиморфизм генов ACE, AT1R и AT2R использовалась дополнительная контрастная группа в количестве 202 человек с диагнозом гипертонической болезни. ЛС£-полиморфизм исследовали по методу В. Rigat et al. (1990). Поло-возрастные различия между группами сравнивали с использованием непараметрического критерия Манна - Уитни. Частоты аллелей оценивали на соответствие ожидаемому равновесию по критерию Харди - Вейнберга. Сравнение частот аллелей и генотипов между различными группами проводили с использованием критерия у}. При необходимости использовали х2 с поправкой Йейтса на непрерывность. Отношение шансов (OR) обнаружения генотипов и их комбинаций в исследуемых группах вычисляли по стандартной формуле. Расчет ряда статистических значений был осуществлен в пакетах прикладных статистических программ Statistica 6.0 и R (R Development Core Team, 2011).

При филогенетическом моделировании глобальных эпидемических процессов сполиготипы штаммов туберкулеза были получены из открытой

международной базы данных сполиготипов S IT VIT и SpolDB4 (Liens В. et al., 2005; Brudey R. et al., 2006). Всего в работе было изучено 3038 изолятов (613 уникальных генотипов) М. tuberculosis, выделенных на территории России и других исследуемых стран. Сполигодеревья были построены при помощи iipoipaMMbi SpolTools (Tang С. et al., 2008) и проанализированы программой DESTUS (Tanaka М.М. et al., 2006). Филогенетическое моделирование и анализ молекулярных признаков проводили с использованием компьютерных программ TreeCon, Phylip, Arlequin и Skyline plotter (van de Peer Y. et al., 1997; Felsenstein J., 1993; Schneider S. et al., 2000; Strimmer К. et al., 2001). Построение минимального связующего древа - MST (Minimum Spanning Tree) между MIRU-VNTR-генотипами проводили с помощью программы Network (Bandelt H.-J. et al., 1999).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

Анализ и моделирование современной эпидемиологической ситуации по туберкулезу

Формулирование определения «эпидемический генотип» Современное понимание эпидемического процесса неотделимо от понятия «эпидемический генотип» и исследований взаимодействия паразита и хозяина на субклеточном и молекулярных уровнях. Однако в русскоязычной специализированной литературе это определение практически нигде не встречается, несмотря на использование термина в эпидемиологических исследованиях. Нет этого определения и в отечественной литературе, посвященной исследованию эпидемиологии туберкулеза.

Эпидемический генотип МБТ может быть описан как «кластеризующийся», т.е. имеющий минимальные генетические различия между штаммами, в большом количестве циркулирующими на какой-то определенной территории. Такого рода модель позволяет не только описывать механизм выявления эпидемически значимых генотипов возбудителя туберкулеза, но и оценивать продолжительность периода существования штаммов этого генотипа на исследуемой территории. Например, значительное количество генетически идентичных изолятов, встречающееся на одной территории (кластер) в рамках одного или нескольких гомологичных исследований может свидетельствовать о высоко трансмиссивном генотипе МБТ, быстро распространяющемся на исследуемой территории путем передачи от человека к человеку. Однако это может означать и наличие «следов прежней эпидемии», вызванной в прошлом штаммами одного генотипа. В этом случае высокий уровень распространения МБТ с единым генотипом в настоящем

связан с быстрым, «взрывообразным» распространением их в прошлом, во время предыдущей эпидемии.

Единственным способом выяснения того, какой генотип является современным, а какой - древним, является оценка соотношения генетически идентичных и генетически близких штаммов возбудителя. Наличие большого количества близкородственных генотипов в виде эволюционно близких между собой кластеров с хорошо прослеживаемыми цепочками мутационных событий свидетельствует о давней циркуляции возбудителя в исследуемой популяции и является признаком «древнего» генотипа, вне зависимости от величины самих кластеров. Генотип, образующий обширный уникальный кластер, т.е. совокупность генетически идентичных штаммов, не имеющих близкородственных связей с другими циркулирующими на той же территории изолятами, следует рассматривать как эпидемический и высоко трансмиссивный. Основной причиной возникновения близкородственных генотипов является клональная природа происхождения новых вариантов у микроорганизмов. В отличие от многоклеточных эукариотических организмов, у которых одно поколение сменяется другим, у прокариотов в один и тот же период времени может существовать и размножаться предок и его отдаленный потомок, произошедший в результате мутационного события длительное время назад (Posada D. et al., 2001).

По нашему мнению, можно сформулировать определение «эпидемического генотипа» как уникального кластера генетически идентичных штаммов, циркулирующих в общих географических и популяционных рамках.

Оценка глобального распределения отдельных генотипов МБТ и эпидемиологическая концепция, отражающая пути распространения инфекции на территории СССР

Установление примерных сроков заноса МБТ генотипа «Пекин» на ту или иную территорию имеет важнейшее эпидемиологическое значение, поскольку до сегодняшнего времени считалось, что занос микобактерий туберкулеза генотипа «Пекин» на территорию России был осуществлен в XII-XIII веках с войсками Чингис-Хана (Mokrousov I. et al., .2005). Следует отметить, что время возникновения генотипа «Пекин», по результатам глобального моделирования по полногеномным нуклеотидным последовательностям 259 штаммов М. tuberculosis complex, оценивается в 3-5 тысяч лет (Comas I. et al., 2013). С этой точки зрения занос на территорию России из Китая штаммов данного генотипа равновероятен уже несколько тысяч лет. С эпидемиологической позиции, оценка срока массированного распространения пандемического генотипа МБТ на территории страны имеет принципиальное значение с точки зрения прогноза развития будущих эпидемий. Модель заноса в средние века МБТ вышеупомянутого генотипа

на территорию России предполагает, что в настоящее время происходит медленное распространение этих вирулентных штаммов среди населения. Такого рода течение эпидемии туберкулеза имеет достаточно благоприятный прогноз - «эндемическая» модель (Glynn J.R. et al., 2006). И наоборот, сценарий «взрывообразного» распространения штаммов МТБ одного генотипа на протяжении жизни всего нескольких поколений означает, что прогноз на дальнейшее течение эпидемии остается неблагоприятным, и требуются неотложные меры по локализации инфекции и уменьшению ее резервуара в популяции.

В рамках настоящей работы, на основании ранее выдвинутой нами гипотезы формулируется следующая концепция - наиболее вероятным сценарием широкой дисссеминаци и укоренения основного пула штаммов генетического семейства «Пекин» М. tuberculosis в СССР стали крупномасштабные миграционные процессы из Китая, происходившие в первой половине XX века. Данный постулат в первую очередь основан на том, что миграция людей является основным фактором распространения туберкулезной инфекции в мире (Hershberg R. et al., 2008). В рамках формулируемой концепции предполагается, что штаммы МБТ генотипа «Пекин», по всей видимости, циркулировали в популяции жителей Российской империи и Советского Союза и ранее, однако уровень присутствия данного генетического семейства возбудителя туберкулеза был на уровне современного европейского, т.е. менее 10 %.

В данной концепции учтен исторический фон, предшествовавший эпидемическому распространению МБТ генотипа «Пекин». В 1897-1903 гг. была построена Китайско-Восточная железная дорога (Википедия, 2013) как южная ветка Транссибирской магистрали, которая проходила по территории Маньчжурии и Внутренней Монголии и соединяла Читу с Владивостоком и Порт-Артуром (Сорокина Т., 1948). Уже в 1903 г. КВЖД была введена в эксплуатацию, обслуживалась российскими подданными и принадлежала России (Василенко Н., 2005). Можно уверенно предполагать, что многолетнее проживание значительного количества россиян в очаге персистенции МБТ генотипа «Пекин» не могло не повлечь за собой инфицирование их штаммами данного генетического семейства.

Вполне очевидно, что репатрианты из Китая были основными источниками заноса генотипа «Пекин» в пенитенциарную систему СССР. Весьма вероятно, что определенный вклад в распространение туберкулеза могли внести и японские военнопленные, когда более 460 тысяч этих бывших военнослужащих после поражения Квантунской армии было помещено в 1946 г. в исправительно-трудовые лагеря СССР. Активный процесс дис-семинации генотипа в гражданском обществе начался с 1953 г., в котором

в общей сложности на свободу было выпущено около 1,2 млн. бывших заключенных.

Рассматривая процессы эпидемического распространения штаммов туберкулеза на территории России, нельзя не остановиться на модели, описывающей распространение высокотрансмиссивного субтипа B0/W148 генотипа «Пекин» (в глобальной базе данных SITVIT этот субтип имеет номер MIT17) с волнами миграции населения в СССР в 60-80-е гг. XX в. после освоения целинных земель (Mokrousov I., 2013). Важное свойство этого подсемейства генотипа «Пекин» заключается в широкой распространенности на территории России и некоторых стран бывшего СССР (Украина, Абхазия) и практически полном отсутствии на территории других исследованных европейских стран.

В настоящем исследовании мы предполагаем наиболее вероятным местом возникновения субтипа MIT17 генотипа «Пекин» территорию Монголии и Тувы, с которыми как СССР, так и Россию всегда связывали обширные культурно-хозяйственные связи, сопровождающиеся перемещением больших потоков населения в обоих направлениях. В основе данной гипотезы лежат результаты первого исследования, посвященного генотипу «Пекин», проведенного D. van Solingen в 1995 г. (van Solingen D. et al., 1995). Среди 20 штаммов, выделенных на территории Монголии, было выявлено 10 штаммов генотипа «Пекин», при этом из приведенных в статье пяти IS6110 три могут быть однозначно отнесены к субтипу B0/W148 (D. van Solingen et al., 1995).

Таким образом, в течение всего двух десятилетий в СССР были созданы оптимальные условия для накопления и широкого распространения пандемического генотипа «Пекин» как в пенитенциарной системе страны, так и в послевоенном гражданском обществе. В европейских странах, включая страны соцлагеря, несмотря на общие неблагоприятные послевоенные социально-экономические условия, отсутствовал резервуар штаммов генотипа «Пекин», что позволило «спектру» генотипов туберкулеза в Западной Европе остаться на довоенном уровне, характеризующемся минимальным присутствием МБТ этого генетического семейства (Kinander W. et al., 2009; Groenheit R. et al., 2012).

Моделирование процесса распространения генотипа «Пекин»

в Евразии в XXвеке по молекулярно-гепетическим данным

Считается, что генотип «Пекин» возник на территории северного Китая более 2000 лет назад, а его проникновение в другие регионы мира было опосредовано миграциями людей из Юго-Восточной Азии (Мокроусов И., 2009). Проведенное нами в 2003 г. моделирование процесса образования основных генетических семейств возбудителя туберкулеза дало схожую оценку (рисунок 2).

и PGM А Древо

0.01

Beijing тип

Skyline Plot

V

IV

Time

Рисунок 2 - Филогенетическое древо UPGMA для MIRU-VNTR-генотипов МТБ штаммов и профиль неравномерности их появления во времени.

В основу исследования была положена модель «взрывообразного» увеличения количества генотипов в конце эпидемического и в межэпидемический период. Пики образования генотипов на графике Skyline plot (см. рисунок 2) отмечены римскими цифрами и соответствуют моментам быстрого накопления количества генотипов. По результатам проведенного моделирования получен временной интервал возникновения генотипа «Пекин», составляющий 3-7 тысяч лет назад. На филогенетическом древе куст генотипов выделен жирным, на временной гистограмме он соответствует пику IV. Недавнее исследование, проведенное на гораздо более обширном материале и совмещенное с моделированием образования основных рас человечества по митохондриальным гаплогруппам (Comas I. et al., 2013), определило время образования МБТ Восточно-Азиатской линии и генотипа «Пекин» в промежуток 3-5 тысяч лет назад, т. е. дало аналогичную датировку.

С этой точки зрения не вызывает особых сомнений постулат о том, что первые контакты славян и европейцев с генотипом «Пекин» возбудителя туберкулеза действительно произошли именно в это время. Однако вышеуказанная гипотеза не может объяснить феномен высокого сходства между спектром генотипов М. tuberculosis в современной России и прибалтийских государствах - странах бывшего СССР (Devaux I. et al., 2009). В рамках «средневековой модели» распространения генотипа «Пекин» (Mokrousov I. et al., 2005) невозможно объяснить различия в распространении данного генотипа в странах бывшего СССР по сравнению с другими европейскими странами, в том числе и со странами бывшего социалистического лагеря (Devaux I. et al., 2009). Как описано выше, современного уровня распространения это семейство штаммов М. tuberculosis в России и прибалтийских государствах, а также в других странах СНГ достигло во времена СССР за исторически небольшой промежуток времени, в то время как в соседних странах присутствие генотипа «Пекин» осталось на прежнем, возможно, «средневековом» уровне.

Для подтверждения этой гипотезы была построена модель эволюционных взаимоотношений между штаммами туберкулеза в исследуемых странах и проведено выявление эпидемически значимых генотипов (сполиготипов) М. tuberculosis. В результате проведенного моделирования были выявлены статистически значимые различия между основными генотипами возбудителя туберкулеза, циркулирующими в России и странах Прибалтики, по сравнению с другими европейскими странами.

Для сравнительной оценки были выбраны страны, исторически и географически близкие к России и хорошо представленные в базе данных SITVIT, -Финляндия, Польша, Латвия, Эстония. Вторая группа включала контрастные страны, исторически и географически мало связанные с Россией, и для нее были выбраны европейские страны с незначительным распространением генотипа «Пекин» — Португалия и Италия. В третью группу были выбраны

азиатские страны, где данное семейство штаммов доминирует, - Япония и Вьетнам (Anh D.D. et al., 2000). Страны с очевидным преобладанием одного генотипа, такие, как Китай, в исследование не включались.

В процессе филогенетического моделирования (построения «сполиго-дерева» - spoligotree) для каждой из стран была получена консенсусная сеть связанных между собой деревьев - spoligoforest (Tanaka М.М. et al., 2006), позволяющая после проведения теста Бонферрони (Tang С. et al., 2006) статистически достоверно выявить эпидемический генотип возбудителя туберкулеза. По результатам моделирования были выявлены эпидемически значимые генотипы с уровнем достоверности р < 0,01, приведенные в таблице 1.

Таблица 1 - Эпидемически значимые генотипы М. tuberculosis среди исследуемых и контрольных стран

Исследуемые страны Контрольные страны Контрольные страны

Ранг Сполиготип Генотип Ранг Сполиготип Генотип Ранг Сполиготип Генотип

Россия Финляндия Португалия

1 ST1 Beijing 1 ST53 Т1 1 ST20 LAM1

2 ST53 Т1 2 ST47 Н1 2 ST42 LAM9

3 ST252 LAM9 3 ST50 нз Италия

4 ST42 LAM9 4 - - 1 ST53 Т1

5 ST254 T5_RUS1 5 - - 2 ST50 НЗ

6 ST1134 Ural 6 - - - - -

7 ST262 Ural Польша - - -

Латвия 1 ST53 Т1 - - -

1 ST1 Beijing 2 ST50 нз - - -

Эстония Япония, Вьетнам - - -

1 ST1 Beijing 1 ST1 Beijing - - -

Для прибалтийских стран - Эстонии (119 штаммов) и Латвии (140 штаммов) - обнаружен только один эпидемически значимый генотип - «Пекин» (Beijing). В то же время для пограничных с ними стран - Финляндии и Польши - спектр эпидемических генотипов совершенно другой, с преобладанием штаммов семейств Т и Haarlem, аналогичный спектру «довоенных штаммов», описанных в Скандинавии (Kinander W. et al., 2009; Groenheit R. et al., 2012). На этом фоне профиль российских эпидемических генотипов несет как «европейские» (LAM, Т), так и «азиатские» (Beijing) признаки. Среди российских эпидемических генотипов также выделяется семейство Ural («Урал»),

Проведенное моделирование процессов генотипообразования штаммов М. tuberculosis в 3 странах бывшего СССР (Россия, Эстония, Латвия), в 2 соседних 18

странах (Финляндия, Польша) и в 2 удаленных от них европейских странах (Португалия, Италия) свидетельствует о наличии единого источника генотипа «Пекин» для России, Эстонии и Латвии. Более того, отсутствие других эпидемических генотипов в исследуемых прибалтийских государствах позволяет думать о недавней эпидемии, вызванной сполиготипом ST1, т.е. генотипом «Пекин». Можно полагать, что данное семейство штаммов на территории Российской империи имелось и ранее, на том же уровне, что и в странах сравнения, т.е менее 10 %. Однако высокая генетическая близость штаммов из России И стран Прибалтики предполагает взрывообразный характер распространения этого сполиготипа (ST1), произошедший в недавнем историческом прошлом.

Все это свидетельствует о том, что спектр генотипов возбудителя туберкулеза в обычных условиях гражданского общества остается более или менее постоянным на фоне стабилизации эпидемического процесса туберкулеза. Для выраженного изменения спектра генотипов возбудителя туберкулеза в популяции необходимы, по меньшей мере, три условия: 1) наличие резервуара эпидемического генотипа возбудителя; 2) значительное усиление миграционных процессов между популяцией людей, являющихся резервуаром эпидемического генотипа возбудителя, и популяцией-реципиентом; 3) снижение уровня жизни популяции-реципиента, ведущее к повышению восприимчивости к инфекции. Однако ключевым фактором, определяющим возможность существенного изменения спектра генотипов возбудителя туберкулеза в человеческой популяции, по всей видимости, является массовое поступление инфицированных МБТ нового эпидемического генотипа из организованных коллективов (заключенные, военнослужащие и т.д.) в гражданское общество.

Оценка ситуации по туберкулезу на примере региона эпидемического неблагополучия — Иркутской области, выявление доминирующих эпидемических генотипов Mycobacterium tuberculosis

Оценка эпидемической ситуации в регионе с использованием интегрального показателя

Применение молекулярно-генетических методов в эпидемиологических исследованиях малоэффективно без понимания того, какого рода процессы следует изучать. Только опираясь на результаты, полученные методами «классической» эпидемиологии, можно максимально точно и эффективно использовать современные молекулярно-генетические подходы для исследования паразитарной системы эпидемического процесса.

Для выявления неоднородности протекания эпидемического процесса туберкулезной инфекции на исследуемой территории проведена оценка эпидемиологической ситуации по туберкулезу отдельных районов Иркутской области. В процессе исследования проведена группировка территорий по степени напряженности эпидемиологической ситуации с учетом интегрального показателя суммы рангов и коэффициента наглядности (таблица 2).

Таблица 2 - Оценка эпидемиологической ситуации по отдельным территориям Иркутской области за 2000-2010 гг.

Год Эпидемиологический показатель Интегральный показатель в виде суммы рангов Интегральный показатель в виде коэффициента наглядности Кн1 Интегральный' показатель в виде коэффициента наглядности Кнг

заболеваемость болезненность смертность

"/оооо ранг показателя °/оооо ранг показателя °/оооо ранг показателя

1990 36,7 2 230 1 10,2 1 4 98,3 1,7

1991 35,9 1 235 2 10,4 2 5 96,7 3,3

1992 36,9 3 237,8 3 10,6 3 9 90,0 10,0

1993 43,2 4 241 4 13,6 4 12 85,0 15,0

1994 52 7 7 252,6 5 177 7 19 73,3 26,7

1995 51 5 5 263,9 6 16,5 6 17 76,7 23,3

1996 51,2 6 277 7 16,1 5 18 75,0 25,0

1997 54,2 8 299 8 178 8 24 65,0 35,0

1998 59,9 9 321 9 22,7 9 27 60,0 40,0

1999 75,8 10 373,2 13 24,6 12 35 46,7 53,3

2000 87,7 12 382,8 17 24,1 11 40 38,3 61,7

2001 84,6 11 415,2 20 22,9 10 41 36,7 63,3

2002 99,0 15 446,3 21 37,1 18 54 15,0 85,0

2003 91,9 13 402,6 19 35,3 15 47 26,7 73,3

2004 95,4 14 355,6 11 35,2 14 39 40,0 60,0

2005 102,1 16 354,7 10 35,8 16 42 35,0 65,0

2006 114,1 17 361,5 12 38,0 20 49 23,3 76,7

2007 122,5 18 373,9 14 33,8 13 45 30,0 70,0

2008 129,3 19 376,9 15 35,8 17 51 20,0 80,0

2009 133,7 20 381 16 37,2 19 55 13,3 86,7

2010 133,9 21 395,8 18 42,1 21 60 5,0 95,0

Примечание: наилучшая возможная сумма рангов = 3; наихудшая возможная сумма рангов = 63.

Был проведен расчет интегральных показателей (ИП) в виде суммы рангов и коэффициента наглядности (КН) по Иркутской области. Наиболее благополучная эпидемиологическая ситуация по туберкулезу выявлена в Мамско-Чуй-ском районе (£ИП = 70; Кн = 16,8 %), наиболее неблагополучная - в г. Тулуне (£ИП = 243; Кн = 65,9 %). Анализ полученного материала свидетельствует о том, что все изученные районы делятся на три категории по степени неблагополучия. Таким образом, генотипирование случайно отобранных штаммов из районов всех трех категорий будет объективно отражать общую эпидемиологическую ситуацию по туберкулезу в регионе.

Филогенетическая модель распространения генотипов МБТ

в Иркутской области по результатам ERIC-PCR-генопшпирования

Данное исследование планировалось с целью выяснения механизма распространения лекарственной устойчивости у туберкулезных штаммов на территории Иркутской области. В качестве рабочей гипотезы рассматривалось две не противоречащих друг другу модели появления и распространения штаммов с лекарственной устойчивостью (ЛУ). Первая модель отражает ятрогенный механизм возникновения ЛУ, т.е. приобретение штаммами устойчивости в процессе терапии туберкулеза. В этом случае можно ожидать отсутствие кластеризации штаммов с ЛУ на филогенетических схемах. Вторая модель предполагает эпидемическое распространение основной массы штаммов с ЛУ: в этом случае на филогенетических схемах должны наблюдаться признаки кластеризации штаммов с ЛУ, т.е. штаммы должны быть близкородственны генетически и близки по профилям устойчивости к антибиотикам.

Результаты филогенетического моделирования двумя независимыми алгоритмами — методом непарных взвешенных средних (UPGMA) и методом максимального правдоподобия (программа Puzzle) - выявили две генетически различные группы штаммов МБТ, каждая из которых включает как чувствительные, так и устойчивые к антибиотикам культуры. На рисунке 3 видно, что все полученные генотипы достоверно разделяются на две филогенетически независимые группы, располагающиеся по обе стороны от числа 81, означающего достоверный уровень puzzle-поддержки (Strimmer К. et al., 2001). В обе группы попали как чувствительные, так и устойчивые штаммы (устойчивость к антибиотикам на рисунке 3 обозначена буквами: R - рифампицин; S — стрептомицин; I - изониазид; Е — этамбутол; е — этионамид). Характерной особенностью верхней группы является высокое сходство электрофоретиче-ских профилей, выражающееся в минимальных генетических расстояниях между членами этой группы. В дальнейших исследованиях была доказана принадлежность этих штаммов генотипу «Пекин». Вторая группа включала все остальные штаммы.

UPGMA

PUZZLE

99,

Рисунок 3

50,

Филогенетическая схема эволюционных взаимоотношений исследуемых штаммов по результатам ЕИЮ-РСП-генотипирования.

Полученные результаты свидетельствуют в пользу первой модели (приобретение лекарственной устойчивости в процессе лечения). Другими словами, на территории Иркутской области в период приведения указанного исследования не удалось выявить эпидемического распространения штаммов с ЛУ.

Филогенетическая модель распространения генотипов МБТ в Иркутской области по результатам MIRU-VNTR-генотипирования. Выявление эпидемических генотипов

С целью построения филогенетической модели распространения генотипов МБТ был использован подход, основанный на применении методов минимального связующего древа (сети) - MST (англ. Minimum-Spanning Tree). На рисунке 4 приведены результаты использования данного подхода при помощи программы Network. Модель построена для 199 штаммов микобакте-рий, выделенных в Иркутской области в 2000-2005 гг. и генотипированных методом MIRU-VNTR по 12 локусам. Отчетливо проявляются три дискретные группы MIRU-VNTR-паттернов - Beijing, Haarlem и Ural (обозначены как Haarlem 4), лежащие в одной плоскости (обведены на рисунке овалами). Остальные три группы, содержащие представителей семейств LAM, Т и X, 22

а также большинство таксономических единиц неопределенной принадлежности связаны внутренними ветвями и внутренними узлами, соединенными в «многомерный куб». При анализе групп Beijing и Ural (Haarlem 4) обращает на себя внимание большое количество соединений в виде «плоских петель» между генотипами внутри этих семейств. Такого рода схемы свидетельствуют об активном возникновении новых субтипов внутри этих генотипов (Posada D., 2001).

® Beijing © Haarlem © Haarlem 4

<8>LAM ОТ

О Unknown • Internal noaes

Рисунок 4 - MST-древо взаимоотношений основных генотипов МБТ в Иркутской области.

Следует учитывать, что по распространенности семейства Beijing и Ural (Haarlem 4) в Иркутской области занимают первое и второе места. Результаты исследования свидетельствуют о том, что изоляты МБТ генотипа «Пекин» являются не единственными эпидемическими штаммами, циркулирующими в исследуемом регионе. К ним также относятся штаммы генетических семейств Ural и Haarlem, которые не только широко распространены в популяции, но и активно продуцируют новые субтипы, что характерно для эпидемических генотипов.

Для генотипа «Урал» (обозначаемого в различных работах как Ural или Haarlem4) в литературе не дается однозначного определения. Проведенное

исследование позволило сформулировать определение генетического семейства «Урал» возбудителя туберкулеза. По аналогии с «диагнозами» для других семейств (Ferdinand S. et al., 2004) было сформулировано следующее определение: по сполиготипам - отсутствие спейсеров с 29 по 31 и с 33 по 36, присутствие спейсера 32, наличие не менее одного спейсера с 1 по 28; по 12 MIRU-VNTR-паттернам - единственный повтор в локусе 26, обычно большое (более 6) количество повторов в локусе 10, консерватизм локусов 2, 16, 20, 23,24, 27.

Следует отметить, что к настоящему времени показано широкое распространение генотипа «Урал» (Ural) в Евразии (Mokrousov I., 2012), однако его эпидемическая роль до сих пор остается не понятной.

Исследование генетического полиморфизма кандидатных генов устойчивости к туберкулезу

Сравнение генетического полиморфизма кандидатных генов устойчивости к туберкулезу (A CE, A TIR, A T2R, DC-SIGN, INF-y, МСР-1) у больных туберкулезом легких и здоровых людей

Целью проведения исследования полиморфизма генов АСЕ, AT1R viAT2R была проверка гипотезы о возможной устойчивости людей, склонных к гипертонической болезни (ГБ), гиперхолистеринэмии, туберкулезу. Исследован I/D-, 1166А/С- и 3123А/С-полиморфизм генов АСЕ, AT1R и AT2R у 200 больных туберкулезом, 202 больных ГБ и 208 здоровых индивидуумов. Между группами не было выявлено значимых различий по возрасту в соответствии с критерием Манна - Уитни. Распределение генотипов во всех выборках соответствовало ожидаемому, в соответствии с законом Харди - Вайнберга. Когорта больных гипертонией была использована в качестве контрастной группы, исходя из вышеизложенной гипотезы.

Обнаружено двукратное превышение числа носителей DD-генотипа (АСЕ) у больных гипертонией по сравнению с больными туберкулезом (х2 = 9,64; р = 0,002; OR = 2,0; CI 1,2-3,3). Наблюдалась тенденция к увеличению числа DD -генотипов от когорты больных туберкулезом к когорте здоровых и от здоровых к больным гипертонией, однако в рамках данного исследования эти различия не достигли статистически значимых величин. Проведено сравнение генотипов между выборкой больных туберкулезом и обеими контрольными группами (здоровые и больные гипертонической болезнью). Значимая разница была обнаружена только при сравнении больных туберкулезом и больных гипертонией (таблица 3).

Другими словами, можно предполагать, что генотип DD данного гена обладает протективным эффектом по отношению к туберкулезу легких. Было также проведено сравнение распределения генотипов штаммов МБТ, выделенных от больных туберкулезом легких. Исследование полиморфизма генов AT1R, AT2R,

а также генотипов 200 штаммов от этих же больных туберкулезом не выявило значимых различий между выборками.

Таблица 3 - Сравнение частот генотипов гена АСЕ, 1/Р-полиморфизм

Генотип/ группа Здоровые, всего Больные туберкулезом, всего х2;р OR (Cl 95%)

II 62/208 (0,3) 58/200 (0,29) 0,00; 0,9439 1,0 (0,7-1,5)

ID 105/208 (0,5) 116/200 (0,58) 2,03:0,1543 0,9(0,6-1,2)

DD 41 /208 (0,2) 26/200 (0,13) 2,88;0,0900 1,5(0,9-2,6)

Генотип/ группа Здоровые, всего Больные ГБ, всего Хг;р OR (Cl 95%)

II 62 / 208 (0,3) 47 / 202 (0,23) 1,92:0,1655 1,3(0,8-2,0)

ID 105/208 (0,5) 103/202 (0,51) 0,00; 0,9965 1,0(0,7-1,4)

DD 41 /208 (0,2) 52/202 (0,26) 1,80; 0,1803 0,8 (0,6-1,2)

Генотип/ группа Больные ГБ, всего Больные ТБ, всего X2; р OR (Cl 95%)

II 47 / 202 (0,23) 58/200 (0,29) 1,43:0,2322 0,8(0,5-1,2)

ID 103/202 (0,51) 116/200 (0,58) 1,72; 0,1899 0,9 (0,6-1,2)

DD 52 / 202 (0,26) 26/200 (0,13) 9,64; 0,0019 2,0 (1,2-3,3)

Распределение генотипов человека и генотипов М. tuberculosis у больных туберкулезом легких

Фагоцитирующие клетки экспрессируют ряд клеточных рецепторов, известных как паттерн-распознающие (англ. pattern recognition receptors). На одном из таких рецепторов - CD209 (ген DC-SIGN и CD209) в последнее время сосредоточено внимание многих исследователей в связи с его важной ролью при туберкулезе (Tailleux L. et al., 2003) и ряде других инфекционных заболеваний (Neyrolles О. et al., 2006).

При исследовании генетического полиморфизма по генам генов CD209 -336A/G, МСР-1-2518A/G и /№>+874 А/Т между 208 больными туберкулезом легких и 177 здоровых индивидуумов не обнаружено значимых отличий ни по аллелям, ни по г енотипам.

Таблица 4 - -336 A/G полиморфизм промотора гена CD209 у здоровых и больных туберкулезом легких (мужчины)_

Группа Аллель Генотип х2;р

А G АА AG GG

Больные туберкулезом с МВТ генотипа «Пекин» 57/64 (0,89) 7/64 (0,11) 26/32 (0,81) 5/32 (0,16) 1 /32 (0,03) 4,46*; 0,04

Больные туберкулезом с МБТ других генотипов 68/90 (0,76) 22/90 (0,24) 24/45 (0,58) 20/45 (0,39) 1 /45 (0,03)

Примечание: * - расчет значения хи-квадрат производился для соотношения аллелей А и С с коррекцией Йейтса.

Дальнейший углубленный анализ данных показал, что имеются значимые различия в распределении аллеля -336G в гене CD209 при сравнении пациентов мужского пола, пораженных МБТ генотипа «Пекин», по отношению к штаммам других генотипов (таблица 4). Расчет отношения шансов (OR = 2,62 (CI 1,0-7,8);р < 0,05), свидетельствует о том, что для мужчин с аллелем -336G гена CD209 вероятность заболеть туберкулезом легких, вызванным МБТ генотипа «Пекин», в 2 раза ниже, чем туберкулезом, причиной которого являются микобактерии любых других генотипов. При этом в исследуемой популяции общая вероятность заболевания туберкулезом легких у носителей аллелей -336G и -336А обоих полов не различается значимо.

Выявление «летального синергизма» между генотипом «Пекин» М. tuberculosis и аллелем -336G CD209 у больных туберкулезом легких

Для подтверждения феномена взаимосвязи генотипа человека в позиции -336 гена CD209 и генотипов МБТ проведено исследование трех выборок. Первая выборка состояла из 101 парного образца ДНК (от ВИЧ-негативных больных туберкулезом легких) и из микобактерий, выделенных от тех же больных. Во второй выборке исследовано 90 образцов ДНК из аутопсий, содержащих как ДНК МБТ, так и Д НК человека. Среди аутопсийных образцов 47 принадлежали ВИЧ-негативным, а 43 - ВИЧ-позитивным пациентам. Третья выборка использована в качестве контроля распространенности исследуемых аллелей гена CD209. Образцы и анкетные данные были взяты от 177 здоровых жителей Иркутской области.

При сравнении распределения генотипов в выборке больных туберкулезом легких и в аутопсиях наблюдались значимые различия между генотипами «Пекин» и «Урал» (таблица 5). Среди аутопсийных образцов было значимо меньше МБТ генотипа «Урал» при существенном преобладании ДНК генотипа «Пекин».

Таблица 5 - Распределение генотипов при сравнении выборок штаммов от пациентов с туберкулезом легких и ДНК из аутопсийных образцов

Генотип/ выборка Соотношение абс. числа штаммов от больных ТБ с исследуемым генотипом к общей выборке абс. числа (%) Соотношение абс. числа ДНК аутопсий с исследуемым генотипом к общей выборке абс. числа (%) х2;р

«Пекин» 52/101 (51,5%) 62 / 90 (68,9 %) 5,99; 0,01

«Урал» 12/101 (11,9%) 2 / 90 (2,2 %) 5,2*; < 0,05

Примечание: * - хи-квадрат с коррекцией по Йейтсу.

Наиболее интересный результат был получен при исследовании распределения аллелей гена CD209 -336 A/G для лиц мужского пола. Обнаружено, что у мужчин-носителей аллеля -336G вероятность развития туберкулеза легких,

вызванного МБТ генотипа «Пекин», значимо меньше, чем у носителей аллеля -336А. Однако в случае развития манифестной формы туберкулеза легких, вызванной генотипом «Пекин», у носителей аллеля -ЗЗбО, согласно полученному значению отношения шансов (ОЛ), вероятность летального исхода увеличивается более чем троекратно (таблица 6).

Таблица 6 - Распределение аллелей гена С0209 -336 А/6 (гэ4804803) в исследуемых выборках у мужчин_

Группа А-аллель G-аллель Хг OR 95% Cl

Больные ТБ легких, генотип «Пекин» 57 (0,89) 7(0,11) Х2= 6,12*; р = 0,01 3,3 1,3-8,1; р < 0,01

ДНК аутопсийных образцов, содержащих генотип «Пекин» 67 (0,71) 27 (0,29)

Больные ТБ легких с другими генотипами 68 (0,76) 22 (0,24) NS" NS" NS**

ДНК аутопсийных образцов, содержащих другие генотипы 41 (0,89) 5 (0,11)

Примечание: * -хи-квадрат с коррекцией по Йейтсу; ** - различия не значимы.

Сравнительная оценка активности передачи различных генотипов Mycobacterium tuberculosis у больных туберкулезом легких

В данном разделе представлено изучение генетического разнообразия МБТу 233 случайно отобранных изолятов, выделенных от больных (взрослые мужчины и женщины 14-86 лет) с различными формами туберкулеза легких (149 - от впервые выявленных пациентов; 17 — от больных с рецидивами заболевания; 67 - от хронических больных), находившихся на лечении в областном Иркутском областном противотуберкулезном диспансере в 2010-2012 гг. Группу сочетанной патологии ТБ-ВИЧ составляли 55 человек, а группу ВИЧ-негативных больных ТБ - 178 человека.

Таблица 7 - Распределение генотипов в выборке штаммов с МЛУ среди ВИЧ-негативных больных туберкулезом легких (л = 178)_

Генотип Всего МЛУ Соотношение (%) Соотношение (%) х2; р

Beijing MIT 17 29 15 51,7% 15/29 (51,7 %)

Beijing MIT 16 53 11 20,8 % Х2= 10,8;

other Beijing 36 10 27,8 % 33/ 149 (22,1 %) р = 0,001

non-Beijing 60 12 20,0 %

Как видно из таблицы 7, преобладание случаев МЛУ среди штаммов субтипа «Пекин» MIT 17, по отношению к остальным штаммам как генотипа «Пекин», так и других генотипов носит значимый характер. Другими словами,

изоляты субтипа MIT17 генотипа «Пекин» более чем в два раза чаще несут МЛУ в выборке ВИЧ-негативных болышх туберкулезом и являются основным источником эпидемического распространения множественной лекарственной устойчивости. Из данной выборки было проведено исследование 23 штаммов (10 - от ВИЧ-позитивных, 13 - от ВИЧ-негативных) на основные мутации, вызывающие лекарственную устойчивость. Выявлены следующие основные мутации: Ser315Thr (katG - устойчивость к изониазиду); Ser531Leu (гроВ -устойчивость к рифампицину). Полученные данные не отличаются от результатов из других регионов страны и мира.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Представлена концепция недавнего увеличения резервуара туберкулезной инфекции на территории России и стран постсоветского пространства за счет штаммов эпидемического генотипа «Пекин». Эпидемическое распространение штаммов с множественной лекарственной устойчивостью происходит значимо чаще за счет субтипа MIT 17 генотипа «Пекин». Выявленный феномен более активной эпидемической передачи МЛУ отдельным субтипом генотипа «Пекин» предполагает неблагоприятный прогноз дальнейшего течения эпидемии туберкулеза с МЛУ. Немаловажное значение для прогнозирования развития эпидемии имеют генетические исследования, направленные на изучение естественной устойчивости людей к туберкулезу. Поскольку спектр генотипов микобактерий туберкулеза в человеческой популяции достаточно стабилен, вполне очевидно, что в каждом регионе планеты в течение столетий формировались взаимоотношения между популяцией хозяина и популяцией паразита (возбудитель туберкулеза). При этом направление естественного отбора, по всей видимости, имеет значение не только на видовом уровне (Mycobacterium tuberculosis), но и на уровне генотипов и даже субтипов. Дальнейшие исследования взаимоотношений генотипов возбудителя и хозяина при туберкулезной инфекции будут иметь прогностический эффект не только для эпидемиологических исследований, но и для клинической практики.

ВЫВОДЫ

1. На настоящем этапе развития эпидемиологии туберкулеза важнейшее значение приобретает выявление эпидемически значимых генотипов микобактерий туберкулеза.

2. Соотношение эпидемических и неэпидемических генотипов возбудителя туберкулеза, циркулирующих в популяции населения, может значимо изменяться при глобальных миграционных процессах и социальных катаклизмах.

3. Время возникновения пандемического генотипа «Пекин» М. tuberculosis в Юго-Восточной Азии, по данным филогенетического моделирования, составило период 3-7 тысяч лет назад.

4. Широкое распространение штаммов эпидемического генотипа «Пекин» на территории России и в странах постсоветского пространства произошло в СССР в средине XX в. как результат заноса с территории КНР строителями КВЖД.

5. Наиболее вероятным источником штаммов высокоэпидемического субтипа MIT17 генотипа «Пекин» М. tuberculosis является популяция коренных жителей Монголии и Тувы. Распространение МБТ этого субтипа могло произойти в 60-80-х гг. XX в. через заключенных, военнослужащих и гражданских лиц, находившихся на этих территориях.

6. Основным эпидемическим генотипом на территории Иркутской области (58 %), как и на большинстве территорий страны, является генотип «Пекин».

7. Штаммы субтипа MIT17 генотипа «Пекин» М. tuberculosis играют важнейшую роль в распространении множественной лекарственной устойчивости на территории Иркутской области, поскольку значимо чаще обладают этими свойствами (х2 = 6,2; р = 0,01).

8. Штаммы генотипа «Урал» М. tuberculosis являются эпидемическими для Иркутской области и характеризуются следующими молекулярно-генети-ческими признаками: при сполиготипировании — отсутствие спейсеров с 29 по 31 и с 33 по 36, присутствие спейсера 32, наличие не менее одного спейсера с 1 по 28; MIRU-VNTR - единственный повтор в локусе 26, более 6 повторов в локусе 10, консерватизм локусов 2, 16, 20, 23, 24, 27.

9. Мужчины-носители аллеля -336G гена CD209 в 2,6 раза реже поражаются микобактериями генотипа «Пекин», по сравнению с мужчинами-носителями аллеля -336А (OR = 2,6; р < 0,05; CI 1,0-6,6).

10. Сочетание мужского пола, генотипа «Пекин» у микобактерий туберкулеза и носительство аллеля -336G гена CD209 для больных туберкулезом легких в 3,3 раза повышает вероятность летального исхода заболевания (OR = 3,3; р < 0,05; CI 1,2-9,3).

11. Использование в эпидемиологических исследованиях метода молекулярного моделирования эволюционных событий позволяет отслеживать исторические пути возникновения и распространения заболеваний инфекционной природы, что, в свою очередь, способствует прогнозированию их движения в долгосрочной перспективе.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Работы, опубликованные в изданиях, входящих, рекомендованных

ВАК Минобрнауки РФ

1. Оценка эффективности ERIC-PCR типирования Mycobacterium tuberculosis при изучении распространения устойчивых к антибиотикам штаммов / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева, С. И. Беликов и др. // Молекуляр. генет. микробиол. вирусол. -2002. -№ 1. - С. 21-24.

2. Огарков. О. Б. Ретроспективное исследование глобальной динамики появления новых генотипов Mycobacterium tuberculosis: «Молекулярные следы прошлых эпидемий» / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. - 2003. - № 7. - С. 27-29.

3. MIRU-VNTR генотипирование штаммов Mycobacterium tuberculosis в Восточной Сибири: семейство Beijing против Kilimanjaro / Т. В. Медведева, О. Б. Огарков. О. М. Некипелов и др. // Молекуляр. генет. микробиол. вирусол. - 2004. - № 4. - С. 33-38.

4. Огарков. О. Б. Диагностика туберкулеза: клиническое и эпидемиологическое значение современных лабораторных методов: обзор литературы / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева // Сибирский медицинский журнал. - 2004. - № 1. - С. 5-9.

5. Случай персистенции у новорожденного двух различных штаммов Mycobacterium tuberculosis / Т. В. Медведева, О. Б. Огарков. И. В. Ушаков и др. // Сибирский медицинский журнал. - 2004. - № 1. - С. 80-82.

6. Молекулярное типирование штаммов микобактерий туберкулеза в Иркутской области (Восточная Сибирь) в 2000-2005 гг. / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева, Т. Zozio и др. // Молекулярная медицина. - 2007. - № 2. - С. 33-38.

7. Огарков. О. Б. Изучение полиморфизма гена DC-SIGN у больных, пораженных штаммами Mycobacterium tuberculosis различных генотипов в Иркутской области / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева, О. М. Некипелов // Проблемы туберкулеза. - 2007. - № 11. - С. 37-42.

8. Полиморфизм генов АСЕ, ATI R и AT2R у больных туберкулезом легких / О. Б. Огарков. В. В. Синьков, Т. В. Медведева и др. // Мол. генетика микробиол. вирусол. - 2008. - № 2. - С. 12-18.

9. Полиморфизм генов DC-SIGN -336A/G, МСР1 -2518A/G И INFY +874А/Т у больных туберкулезом легких в Иркутской области/В. В. Синьков, О. Б. Огарков. Е. Ю. Зоркальцева и др. // Сибирский медицинский журнал. -

2009. - Т. 90, № 7. - С. 30-33.

10. Савилов, Е. Д. Пекинский генотип М. tuberculosis / Е. Д. Савилов, В. В. Синьков, О. Б. Огарков // Эпидемиология и инфекционные болезни. —

2010.-№ 4. -С. 50-53.

11. Анализ полиморфизма -336A/G гена DC-SIGN (CD209) в аутопсийном материале / В. В. Синьков, О. Б. Огарков. С. Н. Жданова и др. // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. - 2011. - № 2. - С. 220-221.

12. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis из группы Ural, циркулирующих на территории Иркутской области / С. Н. Жданова, О. Б. Огарков. В. В. Синьков и др. // Туберкулез и болезни легких. - 2011. - Т. 88, № 4. - С. 140-141.

13. Оценка эпидемиологической ситуации по туберкулезу в Иркутской области/В. А. Астафьев, Е. Д. Савилов, Е. Ю. Зоркальцева, М. В. Мальцева, О. Б. Огщь ков и др. // Сибирский медицинский журнал. - 2011. - Т. 105, № 6. - С. 199-202.

14. Применение делеционного анализа по RD105 для выявления генотипа Пекин Mycobacterium tuberculosis / С. Н. Жданова. О. Б. Огарков, Л. А. Степа-ненко и др. // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. - 2011. - № 2. - С. 194-197.

15. Применение пакета прикладных программ MIRU-VNTRplus в молеку-лярно-эпидемиологической оценке трасмиссивности генотипов Mycobacterium tuberculosis / О. Б. Огарков. С. Н. Жданова, Л. А. Степаненко, A.A. Лац // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. - 2011. - № 2. - С. 159-162.

16. Савипов Р. Д., Синьков В.В.. Огарков О.Б. Оценка глобального движения инфекционной заболеваемости с использованием методов молекулярной биологии // Эпидемиология и инфекционные болезни // Актуальные вопросы.-2011.-№ 3.-С. 11-16.

17. Синьков, В. В. Реконструкция эпидемической истории «Пекинского» генотипа Mycobacterium tuberculosis в России и странах бывшего СССР по результатам сполиготипирования / В. В. Синьков, Е. Д. Савилов, О. Б. Огарков // Мол. генетика микробиол. вирусол. - 2011. - № 3. - С. 25-29.

18. Характеристика лекарственно устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis с помощью молекулярно-генетических методов / С. Н. Жданова, Е. Ю. Зоркальцева, О. Б. Огарков и др. // Сибирский медицинский журнал. -

2011.-№ 6.-С. 228-230.

19. Делеционный анализ по RD181, RD150, RD142 штаммов генотипа Пекин Mycobacterium tuberculosis у больных туберкулезом в Иркутской области / А. А. Лац, С. Н. Жданова, О. Б. Огарков. Е. Д. Савилов // Сибирский медицинский журнал. - 2012. - Т. 113. - № 6. - С. 88-90.

20. Исследование генетического разнообразия Mycobacterium tuberculosis при сочетанной патологии с ВИЧ-инфекцией в Восточно-Сибирском регионе / С. Н. Жданова, О. Б. Огарков. А. Н. Зарбуев и др. // Бюл. ВСНЦ СО РАМН. -

2012. - № 5, Ч. 1. - С. 47-50.

21. Синьков, В. В. Эпидемиология туберкулёза в России: молекулярные и исторические доказательства в пользу сценария распространения пекинского генотипа М. tuberculosis в XX в. / В. В. Синьков, Е. Д. Савилов, О. Б. Огарков // Туберкулез и болезни легких. — 2012. - № 3. — С. 57-62.

22. Характеристика мутаций, ответственных за резистентность к противотуберкулезным препаратам первого и второго ряда у штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих на территории Иркутской области и республики Саха (Якутия) / С. Н. Жданова, О. Б. Огарков. S. Pholwat и др. // Сибирский медицинский журнал. - 2012. - Т. 113, № 6. — С. 64-67.

23. "Lethal" combination ofMycobacterium tuberculosis Beijing genotype and human CD209 -336G allele in Russian male population / O. Ogarkov. I. Mokrousov, V. Sinkov et al. // Infect. Genet. Evol. - 2012. - Vol. 12. - P. 732-736.

24. Сравнительная характеристика летальных исходов от туберкулеза В соматических и специализированных стационарах г. Иркутска в период 2008-2011 гг. по данным патологоанатомических исследований / В. В. Свистунов, О. Б. Огарков, Л. П. Гришина, О. В. Каня // Сибирский медицинский журнал.-2013.-Т. 117, №2.-С. 87-90.

25. Primary multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis in 2 regions, Eastern Siberia, Russian Federation / S. Zhdanova, S. Heysell, O. Ogarkov et al. //Emerging Infectious Diseases.-2013.-Vol. 19,N 10.-P. 1649-1652.

Публикации в других изданиях

26. Огарков. О. Б. Подходы к совершенствованию ПЦР в диагностике туберкулеза / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева // Журнал инфекционной патологии. - 2000. -№ 3-4, Т. 7. - С. 24-28.

27. Огарков. О. Б. Стратегия ПЦР-диагностики туберкулеза / О. Б. Огарков, Т. В. Медведева // Матер, ежегодной конф. ДиаМА, Москва, 10-13 окг. 2000 г.-М., 2000.-С. 83.

28. Генотипирование штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих на территории Восточной Сибири / Т. В. Медведева, О. Б. Огарков. О. М. Некипелов и др. // Матер. VII Российского съезда фтизиатров - М : Бином, 2003.-С. 113.

29. Молекулярно-эпидемиологический анализ штаммов Mycobacterium tuberculosis, циркулирующих на территории Восточной Сибири / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева, О. М. Некипелов и др. // Матер, ежегодной конф. ДиаМА, С.-Петербург, 29 сент. - 3 окт. 2003 г. - СПб., 2003. - С. 76.

30. Молекулярное генотипирование штаммов туберкулеза, циркулирующих в Иркутской области-эволюционные модели происхождения основных семейств / Т. В. Медведева, О. Б. Огарков. О. М. Некипелов и др. // Сб. работ ИОДЦ. - Иркутск, 2004. - С. 187-189.

31. Молекулярный мониторинг генотипов Mycobacterium tuberculosis в Восточной Сибири / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева, О. М. Некипелов и др. // Матер. 5-й Всерос. конф. «Генодиагностика инфекционных болезней», Москва 19-21 окт. 2004 г.-М., 2004. - С. 88-93.

32. Молекулярная эпидемиология туберкулеза в Иркутской области в 2000-2005 гг. / О. Б. Огарков. Т. В. Медведева, В. И. Погорелов и др. // Матер. 6-й Всерос. конф. «Генодиагностика инфекционных болезней», Сосновка, Новосибирская обл., 25-27 окт. 2005. - 2005. - С. 121-216.

33. Полиморфизм гена DC-SIGN (-871A/G И -336A/G) у больных туберкулезом в Иркутской области (Восточная Сибирь) / Т. В. Медведева, О. Б. Огарков. С. Л. Антипина, О. М. Некипелов // Матер. 7-й Всерос. конф. «Генодиагностика инфекционных болезней», Москва, 28-30 нояб. 2007 г. - М., 2007. - С. 29-34.

34. Оценка клинической значимости метода молекулярного генотипирова-ния полиморфизма гена человека DC-SIGN - 336A/G у больных туберкулезом и гастритом / О. Б. Огарков. К. Ю. Костюнин, Т. В. Медведева и др. // Матер, ежегодной конф. ДиаМА, Белек (Турция), 29 сент. - 4 окт. 2008 г. - Екатеринбург : Изд-во АМБ, 2008. - С. 108-110.

35. Полиморфизм гена человека DC-SIGN -336A/G у больных, пораженных штаммами Helicobacter pylori и Mycobacterium tuberculosis различных генотипов / О. Б. Огарков. К. Ю. Костюнин, Т. В. Медведева и др. // 4-й съезд Российского общества биохимиков и молекулярных биологов : тез. докл. -Новосибирск, 2008.- С. 247.

36. Genetic association points to the role of "Beijing" family of Mycobacterium tuberculosis in the study of polymorphism of human gene DC-SIGN - 336 A/G in patient with pulmonary tuberculosis, but not genes MCP1 -2518A/G and +874 A/T / О. B. Ogarkov. E. Yu. Zorkaltseva, E. D. Savilov et al. // 8th Nord-Baltic Congress on Infection Diseases, Saint-Petersburg, Sept. 23-26 2009. - S.-Petersburg., 2009.-P. 53

37. Генотипирование Mycobacterium tuberculosis от эпидемиологии к клинической практике / О. Б. Огарков. В. В. Синьков, Е. Д. Савилов, С. JI. Антипина //Матер, межрегион. Науч.-практ. конф. специалистов противотуберкулезных учреждений ДФО и СФО, Владивосток, 8-9 сент. 2010 г. - Владивосток : Медицина ДВ, 2010-С. 31.

38. Изучение молекулярно-эпидемиологических особенностей туберкулеза в Восточной Сибири / Е. Д. Савилов, С. Н. Жданова, О. Б. Огарков и др. //Журнал инфекционной патологии.-2010. - Т. 17.-С. 124-125.

39. Молекулярно-генетическое изучение микобактерий туберкулеза, циркулирующих на территории Восточной Сибири и Республики Саха (Якутия) / С. Н. Жданова, Е. Д. Савилов, О. Б. Огарков. Г. И. Алексеева // Труды 3-го съезда военных врачей медико-профилактического профиля вооруженных сил Российской Федерации, Санкт-Петербург, 8-10 дек. 2010 г. - СПб., 2010. - С. 93.

40. Одновременное исследование MIRU-VNTR профилей Mycobacterium tuberculosis и SNP полиморфизма ДНК от пациентов с туберкулезом легких в Иркутской области / О. Б. Огарков. В. В. Синьков, И. В. Мокроусов и др. // Матер. Всерос. конф. «Молекулярная диагностика», Москва, 24-27 нояб. 2010 г.-М., 2010. -Т. 1.-С. 164-167.

41. Оценка эпидемиологической ситуации по туберкулезу на территории Иркутской области / М. В. Мальцева, Е. А. Заруднев, О. Б. Огарков и др. // Матер, региональной конф. - Барнаул, 2010. - С. 107-109.

42. Полиморфизм локуса -336A/G гена DC-SIGN в аутопсиях от ВИЧ-негативных и ВИЧ-позитивных с генерализованными формами туберкулеза в Иркутской области / О. Б. Огарков. В. В. Синьков, С. JI. Антипина, Д. В. Ко-сенкова//Журнал инфекционной патологии.— 2010.-Т. 17.-С. 186-187.

43. Савилов, Е. Д. Моделирование истории распространения «Пекинского» генотипа Mycobacterium tuberculosis на постсоветском пространстве по

молекулярным данным / Е. Д. Савилов, В. В. Синьков. О. Б. Огарков // Матер. IX Российско-немецкой науч.-практ. конф. Форума им. Р. Коха и И. И. Мечникова. - Новосибирск, 2010.- С. 246-247.

44. Савилов, Е. Д. «Пекинский» генотип Mycobacterium tuberculosis - ключевой фактор эпидемии туберкулеза в России / Е. Д. Савилов, В. В. Синьков, О. Б. Огарков // Труды 3-го съезда военных врачей медико-профилактического профиля вооруженных сил Российской Федерации, Санкт-Петербург, 8-10 дек. 2010 г. - СПб., 2010. - С. 94.

45. Синьков, В. В. «Пекинский» генотип М tuberculosis — ключевой фактор эпидемии туберклеза в России / В. В. Синьков, О. Б. Огарков. Е. Д. Савилов // Журнал инфекционной патологии. - 2010. - Т. 17. - С. 193-194.

46. Синьков, В. В. Полиморфизм гена витамин Д связывающего белка (генотип 36555GG) ассоциирован с восприимчивостью к туберкулезной инфекции у больных туберкулезом легких в Иркутской области / В. В. Синьков, О. Б. Огарков. Е. Д. Савилов // Матер. Всерос. конф. «Молекулярная диагностика», Москва, 24-27 нояб. 2010 г. -М., 2010. -Т. 1.-С. 176-177.

47. Современные эпидемиологические исследования туберкулеза на эпидемически неблагополучных территориях Восточно-Сибирского региона и Республики Саха (Якутия) / С. Н. Жданова, Е. Д. Савилов, О. Б. Огарков и др. / Тр. И Сибирского конгр. по экологии с международным участием. - Иркутск,

2010.-С. 17-19.

48. Lethal synergism between Beijing genotype of Mycobacterium tuberculosis and -336G allele of CD209 gene in patients with pulmonary ТВ / О. В. Ogar-tov, S. N. Zhdanova, V. V. Sinkov, E. D. Savilov // 3rd Conference of The Union Asia-Pacific Region, Hong Kong, China, Jul. 8-11 2011. - Hong Kong, China,

2011.-P. 47.

49. Comparative investigation of molecular epidemiology Mycobacterium tuberculosis drug-resistant strains in two regions of Eastern Siberia / S. Zhdanova, S. Pholwat. O. Ogarkov et al. // Int. J. Infect. Dis. -2012. - 16S1: 47.048

50. The historical reconstruction of the "Beijing" genotype spreading of Mycobacterium tuberculosis in Russian Federation and former USSR countries by the methods of molecular epidemiology / O. Ogarkov. V. Sinkov, E. Savilov, S. Zhdanova // Int. J. Infect. Dis. -2012. - 16S1: 47.027.

51. Савилов, E. Д. Эпидемиология туберкулеза на Евро-Азиатском континенте: оценка глобального движения штаммов генотипа «Пекин» / Е. Д. Савилов, В. В. Синьков, О. Б. Огарков. - Иркутск : РИО ГБОУ ДПО ИГМАПО, 2013.- 120 с.

БЦЖ ВОЗ ГБ ДНК

дц

ЕЦББ

ЛУ

МБТ

МЛУ

ПЦР

СФО

ТБ

АСЕ

AT1R

AT2R

CDC

ERIC

INF-Y LAM MIRU MIT

OR SNP

SITVIT (SpolDB4)

UP6MA VNTR

СПИСОК СОКРАЩЕНИИ

- бацилла Кальметта - Герена (англ. Bacillus Calmette - Guerln, BCG), вакцина против туберкулёза

- Всемирная организация здравоохранения

- гипертоническая болезнь

- дезоксирибонуклеиновая кислота

- диагностический центр

- Европейский центр по борьбе с болезнями и их профилактике

- лекарственная устойчивость

- микобактерия туберкулеза

- множественная лекарственная устойчивость

- полимеразная цепная реакция

- Сибирский федеральный округ

- туберкулез

- ангиотензин-превращающий фермент

- рецептор первого типа для ангиотензина II

- рецептор второго типа для ангиотензина II

- Центр по контролю и профилактике инфекционных заболеваний США

- энтеробактериальные повторяющиеся межгенные элементы (консенсус), распространенные у бактерий семейств Enterobacteriaceae и Vibrio (англ. Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus)

- интерферон гамма

- Латино-Американско-Средиземноморское

(англ. Latin American Mediterranean) семейство штаммов туберкулеза

- микобактериальные дисперегированные единицы переменного числа копий (англ. Mycobacterial Interspersed Repetetive Units)

- международный номер MIRU-VNTR-профиля в базе данных SITVIT (англ. MIRU International Туре)

- отношение шансов (ОШ) (англ. Odd Ratio)

- однонуклеотидный полиморфизм (англ. Single Nucleotide Polymorphism)

- глобальная база данных известных генотипов микобактерий, первоначально содержала только данные сполиготипирования (SpoiDB4), в настоящее время после объединения сданными о MIRU-VNTR генотипах получила название SITVIT (http:/Avww.pasteur-guadeloupe.fr:8081/SITVIT_ONLINE/query)

- филогенетический метод на основе вычисления невзвешенного попарного арифметического среднего (англ. Unweighted Pair-Group Method Averages)

- переменное число тандемных повторов (англ. Variable Number Tandem Repeat)

Подписано в печать 23.12.2013. Бумага офсетная. Формат 60x84'/,6-

Гарнитура Тайме. Усл. печ. л. 2,0 _Тираж 100 экз. Заказ № 021-14._

РИО НЦРВХ СО РАМН (Иркутск, ул. Борцов Революции, 1.Тел 29-03-37. E-mail: arleon58@gmail.com)