Автореферат и диссертация по медицине (14.03.03) на тему:Мутации митохондриального генома лейкоцитов крови при атеросклерозе сонных артерий и ишемической болезни сердца у человека
Автореферат диссертации по медицине на тему Мутации митохондриального генома лейкоцитов крови при атеросклерозе сонных артерий и ишемической болезни сердца у человека
На правах рукописи
ЖЕЛАНКИН АНДРЕЙ ВИКТОРОВИЧ
МУТАЦИИ МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМА ЛЕЙКОЦИТОВ КРОВИ ПРИ АТЕРОСКЛЕРОЗЕ СОННЫХ АРТЕРИЙ И ИШЕМИЧЕСКОЙ БОЛЕЗНИ СЕРДЦА У ЧЕЛОВЕКА
14.03.03 — Патологическая физиология
АВТОРЕФЕРАТ
диссертации на соискание учёной степени кандидата биологических наук
МОСКВА-2013
О 5 СЕН 2013
005532591
Работа выполнена в лаборатории клеточных механизмов атерогенеза ФГБУ «Научно-исследовательский институт общей патологии и патофизиологии» РАМН.
Научные руководители: Доктор медицинских наук Игорь Александрович Собенин Кандидат биологических наук Маргарита Александровна Сазонова
Официальные оппоненты: Всеволод Григорьевич Пинелис
Доктор медицинских наук, профессор
ФГБУ «Научный центр здоровья детей» РАМН
Заведующий лабораторией клеточных и молекулярных технологий
Ника Валентиновна Петрова Доктор биологических наук
ФГБУ «Медико-генетический научный центр» РАМН
Ведущий научный сотрудник лаборатории генетической эпидемиологии
Ведущая организация: ФГБОУ ВПО «Российский университет дружбы народов».
Защита диссертации состоится «»сниТ^^Ьл 2013 года в /Ц часов на заседании диссертационного совета Д 001.003.01 при ФГБУ Научно-исследовательского института общей патологии и патофизиологии РАМН по адресу: 125315, Москва, ул. Балтийская, д. 8.
С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГБУ «НИИ общей патологии и патофизиологии» РАМН.
Автореферат разослан « » сЛгцсУя. 2013 года.
Учёный секретарь диссертационного совета, кандидат медицинских наук
ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
Актуальность проблемы
В России, как и в большинстве индустриальных стран, сердечнососудистые заболевания (ССЗ), такие как ишемическая болезнь сердца, острый инфаркт миокарда, нарушение мозгового кровообращения, занимают первое место в структуре инвалидизации и смертности, в том числе, преждевременной, а также ведут к эскалации расходов на здравоохранение. Поскольку морфологической основой смертности от сердечно-сосудистых заболеваний в 90% случаев является атеросклероз, то вклад заболеваний атеросклеротического генеза и их последствий в общую смертность является наиболее весомым. Несмотря на существенные достижения в области медицины и биологии, заболеваемость и смертность от атеросклеротических заболеваний остаются на недопустимо высоком уровне, в то время как арсенал эффективных терапевтических средств и адекватных целей антиатеросклеротической терапии остается весьма ограниченным. Одной из причин этого неблагоприятного дисбаланса является недостаточное количество верифицированных биомаркеров ССЗ. Современные алгоритмы оценки сердечно-сосудистого риска, учитывающие совокупное взаимодействие нескольких факторов риска, в состоянии объяснить около 70% вариабельности возникновения клинических проявлений атеросклероза.
Важным и перспективным дополнением к существующим системам оценки сердечно-сосудистого риска является анализ генетической предрасположенности. За последнее десятилетие, в условиях стремительного расширения возможностей молекулярно-генетического анализа, большое количество публикаций в области медицинской генетики было посвящено поиску генетических биомаркеров атеросклероза и ССЗ в ядерном геноме человека. Ассоциация с атеросклерозом и ИБС была обнаружена для полиморфизмов в генах, продукты которых так или иначе вовлечены в метаболизм сосудистой стенки. На развитие и прогрессирование ИБС могут повлиять генетически обусловленные вариации активности белков, вовлеченных в патогенез атеросклероза и его осложнений, в том числе участвующие в процессах активации эндотелия, развитии воспалительных реакций, регуляции миграции и пролиферации гладкомышечных клеток, а также связанные с коагуляцией и фибринолизом [Lane D.A., Grant P.J., 2000, Damani S.B., Topol E.J., 2007, Packard R.R., Libby P., 2008]. Но даже в сравнении с отдельными традиционными факторами риска сердечнососудистых заболеваний, мутации ядерного генома, как факторы риска,
з
имеют весьма низкую диагностическую и прогностическую значимость. При наличии любого из вариантов полиморфизмов, достоверно ассоциированного с какими-либо сердечно-сосудистыми заболеваниями, относительный риск варьирует в пределах 1,06-1,40. В совокупности, все известные полиморфизмы ядерного генома объясняют не более 5% наличия сердечнососудистых заболеваний [John P.A., Ioannidis M.D., 2009].
На развитие патологий могут влиять изменения как в ядерном, так и в митохондриальном геноме человека. Известно, что некоторые мутации митохондриального генома ассоциированы с различными патологиями, среди которых такие социально значимые заболевания как сахарный диабет, различные типы кардиомиопатии, артериальная гипертония и ИБС. Недавние исследования показывают взаимосвязь ряда мутаций мтДНК с тяжестью атеросклеротических поражений аорты [Собенин И.А. с соавт., 2011, Sazonova М.А. et al., 2009]. Поиск мутаций митохондриального генома, ассоциированных с атеросклерозом и ИБС, может привести к их включению в список генетических факторов риска и увеличить экспланаторную ценность совокупности генетических маркеров сердечно-сосудистых заболеваний. Анализ уровня мутантных мтДНК в лейкоцитах крови, как наиболее эффективном и доступном прижизненном биологическом материале, раскрывает возможности для дальнейшего использования соматических митохондриальных мутаций в качестве биомаркеров для ранней диагностики рассматриваемых патологий.
Цель исследования
Выявление взаимосвязи мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови человека с атеросклерозом сонных артерий и ИБС, а также сопутствующими атеросклерозу заболеваниями: сахарным диабетом 2-го типа, артериальной гипертонией и гиперлипидемией.
Задачи исследования
1) Определить уровень гетероплазмии 9 мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови внутри выборки, гетерогенной по полу, возрасту, выраженности атеросклероза сонных артерий и наличию ИБС.
2) Выявить степень влияния уровней гетероплазмии мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови на выраженность атеросклеротического поражения сонных артерий.
3) Оценить ассоциацию уровня гетероплазмии 9 мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови с наличием ИБС,
перенесенного острого инфаркта миокарда, артериальной гипертонии, сахарного диабета 2 типа и гиперлипидемии.
Научная новизна
Впервые метод количественной оценки мутантного аллеля митохондриального генома на основе технологии пиросеквенирования был использован в клинико-эпидемиологическом исследовании гетерогенной выборки для выявления гетероплазмичных митохондриальных мутаций в лейкоцитах крови человека. Установлено, что в выборке, гетерогенной по полу, возрасту, тяжести атеросклеротических поражений атеросклероза и наличию ИБС, уровни гетероплазмии мутаций митохондриального генома С3256Т, Т3336С, С12315А, 013513А и С15059А в лейкоцитах крови коррелируют (абсолютные значения коэффициентов корреляции по Спирмену от 0,150 до 0,492) с толщиной интимо-медиалыюго слоя сонных артерий и с размером атеросклеротических бляшек. Также установлено, что имеются достоверные различия (р<0,05) в средних уровнях гетероплазмии этих же мутаций между группами лиц с наличием и отсутствием ИБС. Впервые оценена прогностическая значимость мутационной нагрузки митохондриального генома (по совокупности мутаций А15550, С3256Т, Т3336С, С5178А, 012315А, С13513А, С14459А, С14846А, С15059А) лейкоцитов крови как биомаркера атеросклероза сонных артерий и наличия ИБС у человека.
Практическая значимость
Результаты проведённой работы наглядно демонстрируют значимость детекции мутаций С3256Т, Т3336С, 012315А, 013513А и 015059А митохондриального генома лейкоцитов человека для идентификации предрасположенности к атеросклерозу сонных артерий и сердечнососудистому риску атеросклеротического генеза. Дальнейшее упрощение и удешевление процедуры выявления мутаций мтДНК может способствовать внедрению в широкую клиническую практику специфической тест-системы для ранней диагностики предрасположенности к сердечно-сосудистым событиям атеросклеротического генеза.
Научные положения, выносимые на защиту
1) В выборке лиц из Москвы и Московской области уровень гетероплазмии мутаций С3256Т, Т3336С, С5178А, С12315А, С13513А и С15059А митохондриального генома лейкоцитов крови ассоциирован со степенью выраженности атеросклероза сонных артерий, при этом пять
5
мутаций имеют проатерогенный характер (С3256Т, Т3336С, С12315А, С5178А, С15059А), а мутация в 13513А - антиатерогенный характер.
2) Генетическая предрасположенность к атеросклерозу сонных артерий, связанная с митохондриальным геномом, обусловлена суммарной мутационной нагрузкой по атерогенным и антиатерогенным мутациям.
3) Для мутаций С3256Т, Т3336С, С12315А, С13513А и в14459А лейкоцитов крови человека обнаружены значимые различия (с достоверностью более 95%) в средних уровнях гетероплазмии между группами лиц с наличием и отсутствием ИБС.
4) Исследованные мутации митохондриального генома лейкоцитов крови не ассоциированы с артериальной гипертонией, а мутации А15550, С13513А и 014846А ассоциированы с наличием сахарного диабета 2-го типа у женщин.
Внедрение результатов исследования в практику
По результатам диссертационного исследования опубликована 21 работа, в том числе в журналах, рецензируемых ВАК, - 6 публикаций, из них одна публикация в зарубежном журнале с импакт-фактором 4,4. Полученные результаты в дальнейшем планируется использовать с целью разработки генетической тест-системы для диагностики предрасположенности к атеросклерозу и сердечно-сосудистым заболеваниям атеросклеротического генеза.
Апробация работы
Апробация диссертации состоялась на межлабораторной конференции ФГБУ «Научно-исследовательского института общей патологии и патофизиологии» РАМН 28 июня 2013 г.
Структура и объём диссертации
Диссертация содержит: введение, обзор литературы, описание материалов и методов, изложение и обсуждение полученных результатов, выводы, заключение, библиографический указатель, включающий работы на русском (14) и иностранных языках (170), и приложение. Работа изложена на 129 страницах машинописного текста, содержит 14 таблиц и 18 рисунков.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
Материал
В общей сложности были набраны 192 участника из Москвы и Московской области (85 мужчин, 107 женщин) со средним возрастом 65,0
б
лет (SD 9,4), среди них 45 участников (24%) имели клинические проявления ИБС. Соотношение полов было одинаковым среди здоровых участников и больных ИБС (р=0,17). Пациенты с ИБС были старше, чем здоровые участники; средний возраст составлял 70,0 (SD 8,7) и 63,5 (SD 9,0) лет, соответственно, р<0,001. Для прижизненной диагностики атеросклероза использовали ультрасонографию высокого разрешения в В-режиме с помощью линейного сосудистого датчика с частотой 7,5 МГц, далее произведена компьютерная оценка ТИМС общих сонных артерий.
Выделение ДНК из кровн
Кровь для генетического анализа в количестве 9 мл брали утром натощак из локтевой вены в пластиковую пробирку объемом 15 мл, содержащую в качестве антикоагулянта натриевую соль этилендиаминтетрауксусной кислоты (Na-ЭДТА). Выделение тотальной ДНК из образцов крови (5мл) проводилось с помощью метода фенол-хлороформной экстракции с использованием протеиназы К. Полученный раствор ДНК доводили Трис-ЭДТА-буфером до концентрации 200 нг/мкл, и хранили при -20°С. Концентрация раствора ДНК измерялась на наноспектрофотометре при длине волны 260 нм.
ПЦР
Реакционная смесь объемом 30 мкл содержала 0,4 - 0,6 мкг ДНК; 16,6 мкМ (NFL^SC^; 0,3 пикомоль каждого праймсра, 200 мкМ каждого дезоксирибонуклеозидтрифосфата, 67 мМ трис/HCl (рН 8,8), 2,5/4 гаМ MgCl2 и 3 ед. Taq-полимеразы. Условия амплификации и последовательности праймеров даны в таблице1. Режимы проведения ПЦР были следующими:
Режим ATI: 94 °С - 3 мин; 94 °С - 30 сек, 56 °С - 30 сек, 72 °С - 1 мин (35 циклов); 72 °С - 7 мин; 20 °С - 4 мин.
Режим АТ2: 94 °С - 3 мин; 94 °С - 30 сек, 50 °С - 30 сек, 72 °С - 1 мин (35 циклов); 72 °С - 7 мин; 20 °С - 4 мин.
Режим АТЗ: 94 °С - 4 мин; 94 °С - 45 сек, 50 °С - 45 сек, 72 °С - 1 мин
(35 циклов); 72 °С - 7 мин; 20 °С - 4 мия.
Обратный праймер был биотинилирован в целях дальнейшего пиросеквенирования ПЦР-фрагмента. Исследование проводилось с использованием амплификатора «РТС DNA Engine 200». Детекцию продуктов ПЦР проводили с помощью электрофореза в горизонтальном аппарате в 1,5% агарозном геле.
Таблица 1: Условия для ПЦР фрагментов митохокдриального генома
Мутация Праймеры для ПЦР С(МГ') Режим
А1555С ТАСОТСААСОТСТАССССАТСЛООТООСАА Ьіо-ОТААООТООАОТОООГГгеСО 2.5тМ АТ2
С3256Т Т3336С Ьіо-АООЛСЛЛОАСАЛА'ГЛАООСС АССТТСС в б СС ГТТС СГіТАв 2.5тМ АТ1
С5178А Ьіо-ОСАОТТОАОСТООАТТАААС СОАСТАОАТТАОССОТАООТЛС 2.5тМ АТЗ
012315А Ьіо-СТСАТОСССССАТОТСТАА ТТАСТТТТАТТТООАСТТССАС 2.5тМ АТ2
С13513А ССТСАСАОСТТТСТАСТССААА Ьіо-ААСТССТАООАААОТСАСАОСОАОО 1.5тМ АТ1
014459А САОС'ПССТАСАСТАТТАААСТ 1.5гаМ АТ2
в14846А 015059А Ыо-САТТАТТСТСССАССОЛСТ ОСТАТАОІТСіСААОСАСОАО 1.5тМ АТ1
Таблица 2: Праймеры для проведения пнросеквенирования
Мутация Праймер
А15550 АСОСАТТТАТАТАСЛаОА
С3256Т ААОААОАССААГША
Т3336С ТССО АТТАОААТСС ОТАС
С5178А АТТААССОТОТТАОТСАТСТ
С12315А тттооАаггссАС
С13513А АШТТТСТАСТССАА
014459А ОАТАСТССТСААТАОССА
014846А ОСОССАЛСОАОТОЛ
С15059А ТТТСТСАОТАОАОАААТСАТ
Пиросеквспирование
После проведения ПЦР амплификаты были пиросеквенированы для выявления точечных замен или микроделеций митохоидриального генома человека. Исследования проводили на автоматическом пиросеквенаторе Р8С2™Н896МА. При постановке эксперимента была реализована схема приготовления проб, описанная в прилагающемся к пиросеквенатору
методическом пособии (использовались сефарозные частицы). Последовательности праймеров для пиросеквенирования представлены в таблице 2. Визуализация результатов осуществлялась с помощью программы, прилагающейся при установке пиросеквенатора.
Количественное определение уровня гетероплазмии мутаций митохондриального генома
Количественная оценка мутантного аллеля заключалась в расчете уровней гетероплазмии мутаций мтДНК с использованием высот пиков пирограммы в исследуемой области одиоцепочечного ПЦР-фрагмента митохондриального генома. Метод расчета уровней гетероплазмии мутаций мтДНК является новым и был недавно разработан и впервые применен в нашей лаборатории Сазоновой М.А. [Сазонова М.А. с соавт., 2011]. Наша задача заключалась в оценке уровня гетероплазмии исследуемой мутации, то есть отношения количества фрагментов митохондриальных геномов, содержащихся в данной пробе, несущих исследуемую мутацию, к общему их количеству. Общая формула для подсчёта уровня гетероплазмии выглядит следующим образом:
h-N
L-100%
M-N
где Р — уровень гетероплазмии, h -высота пика исследуемого нуклеотида, N - высота пика исследуемого нуклеотида, соответствующая наличию в образце 100% нормальных аллелей, M - высота пика исследуемого нуклеотида, соответствующая наличию в образце 100% мутантных аллелей. Основными этапами анализа пирограммы являлись:
1) Вычисление усредненного фонового значения пирограммы.
2) Введение поправки для пиков нуклеотида «А».
3) Выбор контрольных пиков
4) Определение уровня гетероплазмии
Для удобства расчета уровня гетероплазмии, для каждой конкретной мутации на основании общей была создана собственная формула. Расчёт производился с помощью программы Microsoft Excel 2010.
Статистическую обработку данных проводили с помощью программного пакета SPSS версии 17.0 (SPSS Inc., США). Были использованы подпрограммы описательной статистики, вариационного анализа, параметрической и непараметрической статистики, ковариационного анализа, линейной и логистической регрессии.
РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
Оценка повторяемости и воспроизводимости измерений
Для оценки повторяемости и воспроизводимости метода количественного определения уровня гетероплазмии митохондриальных мутаций были выбраны следующие условия:
1) Анализируемым параметром являлся уровень гетероплазмии мутации митохондриального генома С5178А
2) Изначальными образцами для анализа являлись растворы ДНК, выделенной из крови пациентов
3) Было проанализировано 5 образцов
4) Для каждого образца количество измерений уровня гетероплазмии составило 6 раз
Для анализа были взяты 2 образца, для которых предварительный анализ пирограмм показал наличие мутации (100% аллеля А) и отсутствие мутации (100% аллеля С), соответственно. Искусственно были получены еще 3 образца с теоретическим уровнем гетероплазмии 25%, 50% и 75%. Для этих образцов была поставлена ПЦР с праймерами для детекции мутации С5178А, и пиросеквенирование, согласно изложенной выше операционной процедуре, и были рассчитаны уровни гетероплазмии. Исходя из средних значений уровня гетероплазмии, были рассчитаны коэффициенты вариации для каждого из пяти образцов. Наибольшая вариация значений наблюдалась при измерении уровня гетероплазмии, близкого к нулю — коэффициент вариации составил 34,7%. Среди трех промежуточных измерений средний коэффициент вариации составил 4,7%. При определении уровня гетероплазмии, приближающегося к 100%, вариации значений почти не наблюдалось (коэффициент вариации 2,1%). Было установлено, что при определении уровня гетероплазмии выше, чем 10%, коэффициент вариации не выходит за пределы значения 10%.
Оценка влияния факторов риска сердечно-сосудистых заболеваний на степень атеросклеротических поражений сонных артерий в исследованной выборке
В исследуемой выборке наблюдалась достоверная положительная корреляция величин ТИМС с возрастом, как для мужчин, так и для женщин (г=0,552, р<0,01 и г=0,394, р<0,01, соответственно). Среднее значение ТИМС среди мужчин в исследуемой выборке было выше, чем для женщин, при этом внутри всех возрастных групп, кроме первой, значения ТИМС также были
ю
выше среди мужчин. У больных ИБС значения ТИМС значительно превышали таковые у лиц без клинических проявлений атеросклероза. Это говорит о самостоятельной роли ТИМС сонных артерий как фенотипического фактора риска ИБС. Величина размера атеросклеротических бляшек положительно коррелировала с ТИМС (коэффициэнт корреляции Спирмена 0,487, р<0,01). Средний балл размера атеросклеротической бляшки был достоверно выше среди лиц с ИБС, по сравнению с лицами без клинических проявлений атеросклероза (р<0,05).
Внутри исследуемой выборки была проведена оценка влияния традиционных факторов риска атеросклероза, а именно: наличия сахарного диабета, гипертонии, индекса массы тела, курения, содержания в крови триглицеридов, общего холестерина, а также холестерина ЛНП и ЛВП - на степень развития атеросклероза и выраженность его клинических проявлений. Результаты многофакторного дисперсионного анализа показали, что в данной выборке влиянием совокупности традиционных факторов риска можно объяснить 10,7 % случаев утолщения интимо-мсдиального слоя сонных артерий, 9,1% наличия атеросклеротических бляшек в просвете сосудов, и 15,2 % случаев клинических проявлений атеросклероза.
Ассоциация мутаций мтДНК со степенью атеросклеротических поражений сонных артерий
В исследованной выборке были обнаружены корреляции между средней толщиной интимы-медии сонных артерий (ТИМС) и уровнями гетероплазмии для мутаций митохондриального генома С3256Т, Т3336С, 012315А, 013513А и 015059А (коэффициенты корреляции по Спирмену, 0,362, р<0,001, 0,152, р=0,036, 0,306, р<0,001, -0,357, р<0,001, 0,316, р<0,001, соответственно). Уровни гетероплазмии мутаций А15550, С5178А, в14459А, и С14846А не коррелировали с величиной ТИМС (абсолютные значения коэффициентов Спирмена менее 0,1 при р>0,05).
Был проведен регрессионный анализ связи между показателями гетероплазмии по веем изученным мутациям и ТИМС, который показал, что все исследованные мутации в совокупности объясняют не более 21,5 % случаев утолщения интимо-медиального слоя сонных артерий.
Следует отметить, что уровни гетероплазмии для мутаций С3256Т, С3336Т, С12315А, 013513А, С14459А, С14846А, и С15059А достоверно коррелировали с размером атеросклеротических бляшек в любом визуализированном сегменте сонных артерий, при этом размер бляшек был
оценен по 4-балльной шкале (коэффициент корреляции Спирмена, 0,317, р<0,001; 0,328, р<0,001; 0,356, р<0,001; -0,492, р<0,001;, -0,150, р=0,038; -0,153, р=0,034; и 0,210, р=0,003, соответственно). Однако уровни гетероплазмии для мутаций A1555G и С5178А не коррелировали с размером атеросклеротических бляшек. Регрессионный анализ с использованием порядковой регрессии показал, что все проанализированные мутации в совокупности объясняют 32,7% вариабельности размера бляшки, при этом наибольший вклад (22,5 %) вносит мутация С3256Т.
Для выявления ассоциации мутаций митохондриального генома с наличием атеросклероза, было произведено разделение исследуемой выборки на группы, учитывающие как величину ТИМС, так и размер атеросклеротической бляшки. Отсутствием атеросклероза считали сочетание следующих параметров: квартили ТИМС с 1 по 3 и отсутствие бляшки (0 балов); наличием атеросклероза: выявление бляшки более чем 1 балл; 4 квартиль ТИМС; сочетание размера бляшки 1 балл и 3-4 квартили ТИМС. Между группами лиц с наличием и отсутствием атеросклероза были обнаружены значимые отличия (р<0,01) уровней гетероплазмии мутаций С3256Т, Т3336С, G12315A, G13513A и G15059A. При этом средний уровень гетероплазмии мутаций С3256Т, Т3336С, G12315A и G15059A у лиц с наличием атеросклероза был выше, а для мутации G13513A - ниже по сравнению с условно здоровыми пациентами. Результаты регрессионного анализа показали, что влиянием совокупности всех исследованных мутаций можно объяснить 28,5 % случаев наличия атеросклероза по критерию, учитывающему как толщину интимо-медиального слоя сонных артерий, так и размер атеросклеротической бляшки.
Следует подчеркнуть, что для тех мутаций, уровни гетероплазмии которых достоверно коррелировали с ТИМС и/или размером атеросклеротических бляшек, уровни гетероплазмии также коррелировали между собой (табл. 3). Как правило, уровни гетероплазмии мутаций, положительно коррелировавшие с атеросклерозом сонных артерий, также были непосредственно связаны друг с другом, но отрицательно коррелировали с уровнями гетероплазмии мутаций, которые имели негативные ассоциации с атеросклерозом.
Из этих данных можно сделать вывод о том, что мутации, по всей видимости, имеют наследственный характер, так как частая совместная встречаемость высокого уровня мутантного аллеля для мутаций, возникших соматическим путем, маловероятна. Вследствие того, что полученные
корреляции показали наличие неравновесия по сцеплению как мутаций между собой, так и с атеросклерозом, мы использовали величину "суммарной мутационной нагрузки митохондриального генома", которая рассчитывалась как простая арифметическая сумма номеров квартилей (рангов) уровней гетероплазмии всех исследованных мутаций в образце. Если уровень гетероплазмии положительно коррелировал с ТИМС сонных артерий, его номер квартили был взят с положительным знаком, для отрицательной корреляции - с отрицательным знаком. Величина суммарной мутационной нагрузки варьировалась от -7 до И, со средним значением 2.
Таблица 3.
Корреляция между уровнями гетероплазмии мутаций мтДНК лейкоцитов крови, ассоциированных с ТИМС и/или размером атеросклеротических бляшек.
Мутация Коэффициент корреляции Спирмена
Т3336С 012315А 013513А С14459А ОН846А в15059А
С3256Т 0,573 р<0,001 0,735 р<0,001 -0,690 р<0,001 -0,366 р<0,001 -0,112 р=0,121 0,268 р<0,001
Т3336С - 0,587 р<0,001 -0,426 р<0,001 -0,110 р=0,127 0,134 р=0,064 0,342 р<0,001
С12315А -0,520 р<0,001 -0,249 р<0,001 0,040 р=0,586 0,311 р<0,001
013513А 0,332 р<0,001 0,052 р=0,477 -0,367 р<0,001
С14459А 0,345 р<0,001 0,147 р=0,042
014846А 0,316 р<0,001
Суммарная мутационная нагрузка достоверно коррелировала как с ТИМС (корреляция по Спирмену, 0,376, р<0,001), так и с размером атеросклеротической бляшки (корреляция по Спирмену, 0,487, р<0,001). В группе лиц с наличием атеросклероза средняя мутационная нагрузка была достоверно выше (р<0,05), чем среди лиц с его отсутствием (рис. 1).
Величина «суммарная атеросклеротическая нагрузка» была также использована для анализа, она рассчитывалась как простая арифметическая сумма номеров квартилей ТИМС (с поправкой на возраст и пол), с оценкой размеров атеросклеротических бляшек в любом визуализированном сегменте сонной артерии. Две величины - суммарная мутационная нагрузка и суммарная атеросклеротическая нагрузка - также достоверно коррелировали
между собой (корреляция по Спирмену, 0,405, р<0,001). Для количественной оценки мутационной нагрузки по пяти мутациям, продемонстрировавшим наиболее высокую степень корреляции с наличием атеросклероза (С3256Т, 'Г3336С, 012315А, С13513А и С15059А), был введён новый термин -«мутационный эксцесс». Расчет мутационного эксцесса производился аналогично расчету суммарной мутационной нагрузки, но с включением только пяти озвученных мутаций. Как и суммарная мутационная нагрузка, величина мутационного эксцесса положительно коррелировала с атеросклеротической нагрузкой (корреляция по Спирмену, 0,397, р<0,001). Однофакторный дисперсионный анализ подтвердил тесную взаимосвязь как между атеросклеротической нагрузкой и суммарной мутационной нагрузкой (Р=4,595, р<0,001), так и между атеросклеротической нагрузкой и мутационным эксцессом (Б= 16,209, р<0,001).
Рис. 1. Вариабельность величины суммарной мутационной нагрузки среди групп, сформированных по наличию атеросклероза сонных артерий (груши 1 - отсутствие атеросклероза; 2 - промежуточная группа; 3 - наличие атеросклероза, см. с, 77).
£ гда-
В
5
-1
группа 1 группа 2 группа 3
Наличие атеросклероза
Ассоциация мутаций мтДНК с ИБС и перенесенным инфарктом миокарда
В ходе исследования была проанализирована связь между уровнями гетероплазмии мтДНК и клиническими проявлениями атеросклероза у участников исследования. Для этого было проведено сравнение уровней гетероплазмии исследованных мутаций митохондриального генома между группами с наличием и отсутствием ИБС с использованием теста Манна-Уитни. Уровни гетероплазмии для мутаций С3256Т, Т3336С, и в12315А были значительно выше, а для С13513А и 014459А - значительно ниже у
14
больных ИБС по сравнению с лицами без клинических проявлений атеросклероза. Таким образом, мутации С3256Т, Т3336С, G12315A и G13513A ассоциированы как с увеличением ТИМС и развитием атеросклеротической бляшки, так и с клиническими проявлениями атеросклероза. Следует отметить, что у семи больных ИБС в анамнезе был перенесенный острый инфаркт миокарда, и уровни гетероплазмии мутаций С3256Т и G12315A в их лейкоцитах крови были значительно выше по сравнению с другими участниками исследования (38,4%, SD 20,7, против 22,7%, SD 14,2, р = 0,041, и 48,0%, SD 18,5, против 32,1%, SD 19,3, р = 0,043).
Ассоциация мутаций мтДНК с артериальной гипертопией и сахарным диабетом
Наличие артериальной гипертонии определялось величинами систолического и диастолического артериального давления в момент взятия крови, а также на основе данных о периодичности повышения артериального давления пациента. Для выявления ассоциативных связей между уровнями гетероплазмии исследованных мутаций и наличием артериальной гипертонии и сахарного диабета 2-го типа, был проведен корреляционный анализ по Спирмену. Корреляцию между уровнями гетероплазмии исследуемых мутаций с систолическим и диастолическим артериальным давлением, наличием артериальной гипертонии и сахарного диабета 2-го типа можно охарактеризовать как весьма слабую (абсолютные значения коэффициентов корреляции по Спирмену не превышали 0,15). Стоит отметить, что у женщин, больных сахарным диабетом 2 типа, уровни гетероплазмии мутаций мтДНК A1555G, G13513A были достоверно ниже, а для мутации G14846A - достоверно выше, чем среди здоровых лиц (р<0,05).
Корреляционная связь мутаций мтДНК с липидными характеристиками крови
Гиперхолестеринемия и изменение липидных характеристик крови являются общеизвестным фактором риска атеросклероза. Снижение уровня холестерина ЛПНП и отношения холестерина ЛПНП и ЛПВП связано с меньшей степенью выраженности атеросклероза у обследуемых пациентов [Arai Н. et al, 2010]. В рамках диссертационной работы была исследована взаимосвязь мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови с различными липидными параметрами крови пациентов, среди которых: триглицериды, общий холестерин, холестерин ЛПНП и холестерин ЛПВП. Коэффициенты корреляции по Спирмену между содержанием в крови
15
триглицеридов и уровнями гетероплазмии мутаций С3256Т, G12315A, G15059A составили 0,184, 0,157 и 0,160, соответственно, для остальных мутаций абсолютные значения коэффициентов не превышали 0,1. Уровень гетероплазмии мутации G12315A положительно коррелировал с уровнями холестерина и холестерина ЛПНП в крови (коэффициенты Спирмена 0,156 и 0,168, соответственно). Также уровень гетероплазмии мутации С5178А коррелировал с уровнем холестерина ЛПНП в крови (коэффициент Спирмена 0,189). Низкие значения полученных корреляционных коэффициентов говорят о слабой ассоциативной связи исследуемых мутаций митохондриального генома с гиперлипидемией и гиперхолестеринемией.
Оценка диагностической значимости мутаций митохондриального генома как биомаркера атеросклероза и риска ИБС
Комбинированная оценка чувствительности и специфичности (экспланаторности) генетических маркеров была проведена методом построения ROC-кривых, показывающих зависимость количества верно классифицированных положительных примеров от количества неверно классифицированных отрицательных примеров. Для получения численного значения клинической значимости теста, а также для сравнения двух тестов, использовался показатель площади под ROC-кривой, рассчитываемый автоматически при проведении ROC-анализа в программе SPSS 17.0. Судить о качестве теста можно по экспертной шкале для значений площади под кривой: 0,5-0,6 - неудовлетворительное; 0,6-0,7 - среднее; 0,7-0,8 - хорошее; 0,8-0,9 - очень хорошее; 0,9-1,0 - отличное. Данные ROC-анализа для модели суммарной мутационной нагрузки как биомаркера атеросклероза и его клинических проявлений представлены в табл. 4. Модель, где суммарная мутационная нагрузка используется как предиктор клинических проявлений атеросклероза, является неудовлетворительной, но, тем не менее, существенно превышает порог случайного угадывания. Высокую экспланаторность показывают прогностические модели суммарной мутационной нагрузки как биомаркера утолщения ТИМС, наличия атеросклеротической бляшки, и наличия атеросклероза в целом.
Таблица 4.
Анализ чувствительности и специфичности прогностической модели для суммарной мутационной нагрузки 9 мутаций митохондриального генома как биомаркера атеросклероза сонных артерий и ИБС.
Положительное состояние предсказываемой характеристики Площадь под ЮС-кривой Р (значимость) Нижний и верхний 95%-ные доверительные интервалы
Утолщение ТИМС, превышающее возрастные нормы 0,687±0,044 <0,01 0,602-0,773
Наличие атеросклеротической бляшки в любом визуализированном сегменте сонной артерии 0,728±0,037 <0,01 0,656-0,800
Наличие ИБС 0,594±0,047 0,056 0,503-0,685
Наличие атеросклероза (по анализу совокупности увеличения ТИМС и наличия и размера бляшек) 0,710±0,038 <0,01 0,636-0,784
ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ
При оценке риска развития и степени тяжести сложных мультифакториальных заболеваний, как правило, используется широкая панель медико-биологических и социально-средовых факторов риска. Поиск новых высокоинформативных биомаркеров таких заболеваний, которые, в совокупности с традиционными факторами риска, призваны увеличить их прогностическую и экспланаторную ценность, является одной из важных задач патофизиологии. Исследование, проведенное в рамках данной работы, направлено на поиск генетических биомаркеров атеросклероза и ИБС в митохондриальном геноме человека. Результаты данной работы показали, что уровень гетероплазмии ряда мутаций митохондриального генома, для которых ранее была выявлена ассоциация со степенью атеросклеротических поражений человека на аутопсийном материале внутренней стенки аорты, варьируется в широких пределах в лейкоцитах крови человека.
Полученные данные доказывают, что наличие гетероплазмии мутаций мтДНК в лейкоцитах может не приводить к развитию патологий, связанных с полным нарушением функций продукта гена, в котором происходит мутация.
Такая картина вполне соответствует данным ряда исследований, показавших, что для проявления у индивида клинических признаков митохондриальных заболеваний уровень гетероплазмии мтДНК обычно должен превысить некий порог, выше которого влияние дефектов генов митохондриального генома становится фенотипически значимым [Мегагйе Б. й а1, 1994; 5Иуез1п в. Л а1, 1994]. Кроме того, эксперименты по слиянию митохондрий с наличием и отсутствием мутации показали, что функции клеток, связанные с работой дыхательной цепи, могут оставаться в норме при сосуществовании внутри клетки нормальных и дефектных мтДНК [Опо Т. й а1, 2001]. Наличие мутации мтДНК в состоянии гетероплазмии может не приводить к полному блокированию дыхательной цепи в митохондриях, но следствием мутации является частичное нарушение дыхательной функции клетки за счет изменения структуры продуктов, кодируемых мтДНК. Это, в свою очередь, приводит к митохондриальной дисфункции, что может стать причиной патологических процессов в тканях, содержащих клетки с повышенным уровнем мутантной мтДНК.
Мутации мтДНК С3256Т и С12315А происходят в генах, кодирующих митохондриальную тРНК лейцина. Мутация С3256Т вызывает нарушение терминации трансляции, что препятствует отделению полипептидной цепи от рибосомы и приводит к блокированию дальнейшего использования как полипептида, так и рибосомы. Мутация 012315А приводит к замене А на О в одной из цепей тРНК лейцина, что нарушает ее третичную структуру. Общим последствием дефектов тРНК является нарушение трансляции и, как следствие, снижение продукции белков дыхательной цепи в митохондриях.
Мутация Т3336С (ген первой субъединицы ЫАБН-дегидрогеназы) вызывает замену последовательности АТТ на АТС, не приводящую к изменению аминокислотной последовательности белка. Возможно, ассоциация гетероплазмии этой мутации с атеросклерозом объясняется тем, что данная мутация является сцепленной с другой (или несколькими другими) мутациями мтДНК, приводящими к дисфункции митохондрий. Такое предположение подкрепляется тем фактом, что уровни гетероплазмии мутаций, наиболее явно ассоциированных с атеросклерозом, коррелировали между собой.
Мутация 013513А вызывает замену аспарагиновой кислоты на аспарагин в белке субъединицы 5 комплекса ИАОН-дегидрогеназы, что приводит к нарушению переноса КАОН с убихинона на различные цепи пластохинона. Продукт, синтезируемый дефектной мтДНК, является
нефункциональным, и наличие гетероплазмии по данной мутации приводит к снижению эффективности работы комплекса I дыхательной цепи митохондрий, следствием чего может стать их дисфункция.
Однонуклеотидная замена С15059А является нонсенс-мутацией и приводит к замене глицина на стоп-кодон в позиции 190 цитохрома В. Это вызывает остановку трансляции, уменьшение размера белка и потерю 244 аминокислот С-конца белка. Цитохром В является частью комплекса III дыхательной цепи, функцией которого является перенос электронов на цитохром С и параллельный выброс четырёх протонов в межмембранное пространство митохондрий. Результатом данной мутации является ослабление ферментной функции цитохрома В.
Для всех мутаций митохондриалыюго генома, исследованных в данной работе, ранее была выявлена связь с тяжестью атеросклеротического поражения аорты у человека. Одними из различных типов клеток, играющих роль в патофизиологии атеросклероза, являются клетки крови, мигрирующие из кровотока через эндотелий сосуда в интимо-медиальный слой. Лимфоциты при попадании в сосудистую стенку выполняют сигнальную роль в формировании иммунного и воспалительного ответа. Моноциты же формируют макрофагальные клетки, функция которых в сосудистой стенке сводится к удалению холестерина, накапливающегося в очаге атеросклеротического поражения. Наиболее существенным является их способность секретировать цитокины и хемокины и, тем самым, поддерживать воспалительный процесс в стенке сосуда. Активированные макрофаги способны к синтезу индуцируемой ЫО-синтазы и реактивных форм кислорода. Как полагают, именно эти факторы усугубляют эндотелиальную дисфункцию, способствуют миграции и пролиферации гладкомышечных клеток, и, в итоге, к формированию атеросклеротической бляшки. Можно предположить, что моноциты, несущие гетероплазмичные мутации мтДНК, модифицируясь в макрофаги после инфильтрации в субэндотелиальное пространство сосуда, из-за митохондриальной дисфункции не способны полностью метаболлзировать модифицированные липопротеиды низкой плотности, накапливающиеся в атеросклеротической бляшке, и усугубляют ее развитие, превращаясь в пенистые клетки. При сравнении результатов проведенного исследования с данными, получеными Сазоновой М.А и соавторами [8агопо\'а М.А. с1 а!, 2009] обнаружилось, что уровни гетероплазмии мутаций мтДНК С3256Т, Т3336С, С12315А, С13513А и в15059А сходным образом взаимосвязаны со степенью
атеросклеротического поражения, как при детекции наличия атеросклероза ультрасонографическим методом и изучении мтДНК лейкоцитов крови, так и при изучении мтДНК в тканях из различных типов атеросклеротических поражений на аутопсийном материале аорты человека. Эта тенденция служит подтверждением теории о роли циркулирующих моноцитов в процессе атерогенеза. Такое предположение может дополнить современные представления о молекулярно-клеточных механизмах атерогенеза, но оно, безусловно, требует доказательства путем изучения способности накопления липопротеидов, а также экспрессии про- и противовоспалительных цитокинов в культурах моноцитов, в которых клетки имеют различные уровни гетероплазмии изученных мутаций мтДНК.
В данной работе впервые была показана ассоциация мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови человека с клиническими проявлениями атеросклероза - уровни гетероплазмии мутаций С3256Т, Т3336С, С12315А, С13513А и 014459А были ассоциированы с наличием ИБС, а для мутаций С3256Т и 012315А - также с перенесенным инфарктом миокарда. Мутации, имевшие положительную корреляцию уровня гетероплазмии мутаций мтДНК со степенью развития атеросклероза, имели достоверно более высокие уровни гетероплазмии у лиц, имевших клинические проявления атеросклероза, по сравнению с условно здоровыми пациентами.
Таким образом, в настоящей диссертационной работе разработаны подходы к генетической диагностике предрасположенности к атеросклерозу и сердечно-сосудистому риску, основанные на использовании мутаций митохондриального генома как биомаркеров. В исследованной гетерогенной выборке совокупность проанализированных мутаций объяснила 21,5% вариабельности патологического увеличения ТИМС, 32,7% случаев возникновения атеросклеротических бляшек и 28,5% случаев наличия атеросклероза, что превысило диагностические характеристики любого из традиционных факторов риска сердечно-сосудистых заболеваний. Дальнейшие исследования могут быть направлены на поиски новых генетических маркеров - мутаций митохондриального генома, ассоциированных с атеросклерозом, а также на проведение эпидемиологических исследований для оценки реальных сердечнососудистых рисков, обусловленных данными мутациями.
выводы
1. В лейкоцитах крови человека обнаружено наличие гетероплазмии митохопдриального генома по мутациям А1555С, С3256Т, Т3336С, С5178А, С12315А, С13513А, 014459А, С14846А и 015059А.
2. В выборке лиц из Москвы и Московской области уровни гетероплазмии мутаций С3256Т, Т3336С, 012315А, С13513А и С15059А коррелировали как с толщиной интимо-медиалыюго слоя сонных артерий, так и с размером атеросклеротнческих бляшек (абсолютные значения коэффициентов корреляции по Спирмену от 0,152 до 0,492).
3. Для мутаций С3256Т, Т3336С, С12315А, 013513А и С14459А лейкоцитов крови человека обнаружены значимые различия (с достоверностью 95%) в средних уровнях гетероплазмии между группами лиц с наличием и отсутствием ИБС.
4. Для мутаций, ассоциированных с атеросклерозом сонных артерий, в большинстве случаев абсолютные значения коэффициентов корреляции между уровнями гетероплазмии друг для друга превышали 0,5, что указывает на преимущественно наследственную природу данных мутаций.
5. Влиянием совокупности всех исследованных мутаций можно объяснить 28,5 % случаев наличия атеросклероза сонных артерий, в то время как для совокупности традиционных факторов риска сердечно-сосудистых заболеваний это значение составляет не более 10%.
6. Оценена прогностическая значимость суммарной мутационной нагрузки по девяти исследованным мутациям как биомаркера наличия атеросклероза сонных артерий, для данной модели значение площади под ИОС-кривой составило 0,71.
Практические рекомендации
Определение уровней гетероплазмии мутаций С3256Т, Т3336С, С12315А, С13513А и 015059А можно рекомендовать для увеличения эффективности диагностики повышенной предрасположенности к атеросклерозу и сердечно-сосудистым заболеваниям атеросклеротического генеза. Для измерения гетероплазмии митохопдриального генома можно использовать как метод пиросеквенирования, описанный в работе, так и разрабатывать новые методы с целью удешевления анализа панели мутаций для одного пациента.
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
1. Сазонова М.А., Иванова М.М., Желапкии A.B., Митрофанов К.Ю., Хасанова З.Б., Собенин И.А., Мясоедова В.А., Постнов А.Ю., Орехов А.Н. Прямая количественная оценка мутантного аллеля митохондриального генома// Фундаментальные науки и практика. - 2010. -Т.1,№2.-С.19-21.
2. Иванова М.М., Сазонова М.А., Желанкин A.B., Митрофанов К.Ю., Хасанова З.Б., Собенин И.А., Мясоедова В.А., Постнов А.Ю., Орехов А.Н. Мутации митохондриального генома в патологии человека // Фундаментальные науки и практика. -2010. -Т.1, №4. -С.164-167.
3. Сазонова М.А., Иванова М.М., Желанкин A.B., Митрофанов К.Ю., Хасанова З.Б., Собенин И.А., Мясоедова В.А., Постнов А.Ю., Орехов А.Н. Ассоциация мутации митохондриального генома 652insG с атеросклеротическими поражениями человека // Фундаментальные науки и практика. - 2010. - Т.1, №4. - С.168-171.
4. Сазонова М.А., Иванова М.М., Желанкин A.B., Митрофанов К.Ю., Коробов Г.А., Мясоедова В.А., Хасанова З.Б., Собенин И.А., Постнов А.Ю., Орехов А.Н. Детекция митохондриальной делеции гуанина в позиции 652 при атеросклеротических поражениях человека // Проблемы и перспективы современной науки. — 2011. - Т.З, Х°1. — С.105-107.
5. Сазонова М.А., Иванова М.М., Желанкин A.B., Митрофанов К.Ю., Хасанова З.Б., Собенин И.А., Мясоедова В.А., Постнов А.Ю., Орехов А.Н. Детекция мутации митохондриального генома человека 652insG при атеросклеротических поражениях сосудов человека // Молекулярная диагностика-2010. Сборник трудов VII всероссийской научно-практической конференции с международным участием. - T.V. - С.109-112.
6. Сазонова М.А., Желанкин A.B., Иванова М.М., Митрофанов К.Ю., Постнов А.Ю., Орехов А.Н., Собенин И.А. Анализ мутации митохондриального генома A1555G при атеросклерозе интимы аорты человека // Современный мир, природа и человек. — 2011.- Т.2, №1. — С.67-69.
7. Желанкин A.B., Сазонова М.А., Коробов Г.А., Хасанова З.Б., Постнов А.Ю., Орехов А.Н., Собенин И.А. Детекция замены тимина на цитозин в позиции 3336 митохондриального генома при атеросклеротических поражениях человека // Современный мир, природа и человек. - 2011. - Т.2, №1. - С.59-61.
8. Сазонова М.А., Иванова М.М., Желанкин A.B., Митрофанов К.Ю., Коробов Г.А., Мясоедова В.А., Хасанова З.Б., Собенин И.А., Постнов А.Ю., Орехов А.Н. Детекция митохондриальной делеции гуанина в позиции 652 при атеросклеротических поражениях человека // Проблемы и перспективы современной науки. — 2011. —Т.З, №1. —С.105-107.
9. Желанкин А.В., Сазонова MA. Роль мутаций митохондриалыюго генома человека в развитии сахарного диабета 2 типа, артериальной гипертонии и различных видов кардиомиопатии // Проблемы и перспективы современной науки. - 2011. - Т.З, № 1. - С.85-87.
10. Сазонова М.А., Желанкин А.В., Митрофанов К.Ю., Коробов Г.А., Иванова М.М., Постнов А.Ю., Собенин И.А. Мутации митохондриального гена 12s рРНК при атеросклерозе // Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии, фармакологии и медицине. - 2011. - Т.2. - С.283-284.
П.Сазонова М.А., Желанкин А.В., Иванова М.М., Митрофанов К.Ю., Коробов Г.А., Хасанова З.Б., Постнов А.Ю., Орехов А.Н., Собенин И.А. Детекция мутации G13513A в интиме аорты человека // Современный мир, природа и человек. - 2011. - Т.7, №1. - С.73-76.
12. Сазонова М.А., Желанкин А.В., Иванова М.М., Орехов А.Н., Постнов А.Ю. Анализ митохондриальной мутации A1555G в тотальных гомогенатах атеросклеротических поражений // Вестник уральской медицинской академической науки. — 2012. — Т.2, №39. - С.72-73.
13. Сазонова М.А., Желанкин А.В., Иванова М.М. Уровень гетероплазмии митохондриальной мутации С5178А в тотальных гомогенатах пораженной атеросклерозом интимы аорты // Вестник уральской медицинской академической науки. - 2012. -Т.2, №39. - С.73-74.
14. Митрофанов К.Ю., Желанкин А.В., Сазонова М.А., Собенин И.А., Постнов А.Ю. Хронические заболевания невоспалительного генеза и мутации митохондриального генома человека // Кардиологический вестник. - 2012. - Т.7, №19. - С.57-61.
15. Желанкин А.В., Сазонова М.А. Ассоциация мутаций митохондриалыюго генома человека с хроническими заболеваниями невоспалительного генеза: сахарным диабетом 2 типа, артериальной гипертонией и различными видами кардиомиопатии // Патологическая физиология и экспериментальная терапия. - 2012. - Т.З. — С.124-129.
16. Sobenin I.A., Sazonova M.A., Ivanova М.М., Zhelankin A.V., Myasoedova V.A., Postnov A.Y., Nurbaev S.D., Bobryshev Y.V., Orekhov A.N. Mutation C3256T of Mitochondrial Genome in White Blood Cells: Novel Genetic Marker of Atherosclerosis and Coronary Heart Disease // PLoS ONE. - 2012. — Vol. 7, №10. - e46573. - doi: 10.1371/journal.pone.0046573.
17. Косогорова C.A., Сазонова M.A., Чичёва M.M., Митрофанов К.Ю., Желанкин А.В., Коробов Г.А., Собенин И.А. Анализ гетероплазмии митохондриальной мутации С5178А гена субъединицы 2 NADH дегидрогеназы в гомогенатах пораженной интимы аорты // Биомедицинский журнал Medline.ru. - 2012. - Т.13. - СТ. 75. - С.895-899.
18. Zhelankin A.V., Sazonova М.А., Ivanova М.М., Nikitina NA., Sobenin I.A., Postnov A.Y., Orekhov A.N. Association of human mitochondrial DNA mutations with chronic noninflammatory diseases: hypertension, type 2
diabetes, and CHD // 80st Congress of the European Atherosclerosis Society, Milan, Italy. - 2012, May 25-28. - Interactive poster session. - Abstr. № 981.
19. Sazonova M.A., Ivanova M.M., Zhelankin A.V., Mitrofanov K.Y., Korobov G.A., Postnov A.Y., Sobenin I.A. Mutations of mitochondrial genes of subunits 1, 2, 5 and 6 of NADH dehydrogenase are associated with atherosclerotic Iipofibrous plaques // 80st Congress of the European Atherosclerosis Society, Milan, Italy. — 2012, May 25-28. - Interactive poster session. — Abstr. № 986.
20. Sazonova M.A., Zhelankin A.V., Ivanova M.M., Korobov G.A., Mitrofanov K.Y., Postnov A.Y., Sobenin I.A. Detection of mutations G14846A and G15059A of gene coding cytochrome b in Iipofibrous plaques in intima of human aortas // 80st Congress of the European Atherosclerosis Society, Milan, Italy. - 2012, May 25-28. - Interactive poster session. - Abstr. № 991.
21. Sobenin I.A., Sazonova M.A., Chicheva-Ivanova M.M., Mitrofanov K.Y., Zhelankin A.V., Bobryshev Y.V., Orekhov A.N. The level of heteroplasmy of mitochondrial genome is an explanatory biomarker for both subclinical and manifested atherosclerosis // 81st Congress of the European Atherosclerosis Society, Lyon, France. - 2013, June 2-5. - Interactive poster session. - Abstr. № 416.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
NADH - никотинамидадениндинуклеотидфосфат
АТФ - аденозинтрифосфат
ВАК - Высшая Аттестационная Комиссия
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ИБС - ишемическая болезнь сердца
ЛПВП - липопротеиды высокой плотности
ЛПНП — липопротеиды низкой плотности
мтДНК - митохондриальная ДНК
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ТИМС - толщина интимо-медиального слоя
тРНК - транспортная рибонуклеиновая кислота
SUMMARY
Zhelankin Andrey Viktorovich. Mutations of mitochondrial genome of blood leucocytes in the presence of carotid atherosclerosis and coronary artery disease in human.
Atherosclerosis is the major cause of morbidity and mortality from cardiovascular events in the world population, and about half of them are caused by coronary heart disease. An important and promising addition to the existing evaluation systems in cardiovascular risk is the analysis of genetic predisposition. The aim of our study is to identify the relationship between mutations in the mitochondrial genome of the human blood leukocytes and the development and severity of such diseases as carotid atherosclerosis, coronary heart disease, diabetes mellitus type 2, hypertension, and hyperlipidemia.
In our study it was shown that among individuals from Moscow and Moscow region heteroplasmy levels of mutations C3256T, T3336C, C5178A, G12315A, G13513A and G15059A of blood leucocites mitochondrial genome are associated with severity of carotid atherosclerosis, wherein 5 mutations are pro-atherogenic (C3256T, T3336C, G12315A, C5178A, G15059A), and mutation G13513 A has anti-atherogenic character. For mutations associated with carotid atherosclerosis, in most cases the absolute values of the correlation coefficients between the levels of heteroplasmy for each other was more than 0.5, what demonstrates a predominantly hereditary nature of these mutations. Thus, the genetic predisposition to carotid atherosclerosis related to mitochondrial genome is due to the total burden of the pro-atherogenic and anti-atherogenic mutations. For mitochondrial mutations C3256T, T3336C, G12315A, G13513A and G14459A of blood leucocytes, the significant differences (with significance more than 95%) in average levels of heteroplasmy was found between groups with and without CAD. The influence of total mutational burden of mitochondrial genome, which includes all the studied mutations, explains 28.5% cases of carotid atherosclerosis presence, while for a set of traditional risk factors for cardiovascular diseases, this value does not exceed 10%.
Results of this study may contribute to the introduction of specific test systems for the early detection of predisposition to cardiovascular diseases in a wide clinical practice.
Подписано в печать:
19.08.2013
Заказ № 8671 Тираж - 100 экз. Печать трафаретная. Типография «11-й ФОРМАТ» ИНН 7726330900 115230, Москва, Варшавское ш., 36 (499) 788-78-56 www.autoreferat.ru
Текст научной работы по медицине, диссертация 2013 года, Желанкин, Андрей Викторович
ФГБУ «НАУЧНО-ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ИНСТИТУТ ОБЩЕЙ ПАТОЛОГИИ И ПАТОФИЗИОЛОГИИ» РАМН
04201361264 На правах рукописи
ЖЕЛАНКИН АНДРЕЙ ВИКТОРОВИЧ
МУТАЦИИ МИТОХОНДРИАЛЬНОГО ГЕНОМА ЛЕЙКОЦИТОВ КРОВИ ПРИ АТЕРОСКЛЕРОЗЕ СОННЫХ АРТЕРИЙ И ИШЕМИЧЕСКОЙ БОЛЕЗНИ СЕРДЦА У
ЧЕЛОВЕКА
14.03.03 - патологическая физиология
ДИССЕРТАЦИЯ на соискание учёной степени кандидата биологических наук
Научные руководители: к.б.н., М.А. Сазонова д.м.н., И.А. Собенин
Москва
-2013
Список сокращений
dATP - аденозилтрифосфат
dCTP - цитозилтрифосфат
dGTP - гуанозилтрифосфат
dNTPs - дезоксирибонуклеотидилтрифосфаты
dTTP - тимидилтрифосфат
MQ - бидистилированная вода высокой степени отчистки
NADH - никотинамидадениндинуклеотидфосфат
SDS - додецилсульфат натрия
TBE - трис-борат-ЭДТА буфер
АГ - артериальная гипертония
АТФ - аденозинтрифосфат
ГКМП - гипертрофическая кардиомиопатия
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота
ИБС - ишемическая болезнь сердца
ИМС - интимо-медиальный слой
ИМС ОСА - интимо-медиальный слой общей сонной артерии
ЛПВП - липопротеиды высокой плотности
ЛПНП - липопротеиды низкой плотности
ЛПОНП - липопротеиды очень низкой плотности
мтДНК - митохондриальная ДНК
HP - недостоверные различия
ПДРФ - полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
рРНК - рибосомальная рибонуклеиновая кислота
ССЗ - сердечно-сосудистые заболевания
ТИМС - толщина интимо-медиального слоя
тРНК - транспортная рибонуклеиновая кислота
ЭДТА - этилендиаминтетраацетат
СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ..............................................................................................................5
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ....................................................................................11
1.1. Общие представления об атеросклерозе..................................................11
1.2.Механизмы развития атеросклероза........................................................14
1.3.ИБС как основное клиническое проявление атеросклероза..................19
1.4.Заболевания, сопутствующие развитию атеросклероза и
увеличивающие риск ИБС........................................................................22
1.5.Генетические факторы риска атеросклероза и ИБС...............................25
1.6.Строение и специфика митохондриального генома человека...............26
1.7.Заболевания, вызываемые мутациями митохондриального генома
человека.......................................................................................................29
1.8.Ассоциация мутаций митохондриального генома с сердечнососудистыми и метаболическими заболеваниями..................................32
1.9.Связь точечных мутаций митохондриального генома с
атеросклеротической патологией............................................................37
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ............................................................................40
2.1 .Участники исследования...........................................................................40
2.2.Методы исследования................................................................................43
2.2.1. Принцип проводимого исследования..............................................43
2.2.2. Выделение ДНК из крови человека.................................................43
2.2.3. ПНР (полимеразная цепная реакция)..............................................45
2.2.4. Электрофорез в агарозном геле.......................................................48
2.2.5. Пиросеквенирование короткоцепочечных фрагментов ДНК.......49
2.2.6. Количественное определение уровня гетероплазмии мутаций митохондриального генома.................................................................52
2.2.7. Статистические методы и представление данных.........................64
3. РЕЗУЛЬТАТЫ..................................................................................................65
3.1.Оценка повторяемости и воспроизводимости измерений.....................65
3.2.Характеристика атеросклеротических поражений сонных артерий в исследованной выборке........................................................................71
3.3. У ровни гетероплазмии мутаций митохондриального генома клеток крови в исследованной выборке...........................................................76
3.4. Ассоциация мутаций мтДНК со степенью атеросклеротических поражений сонных артерий..................................................................77
3.5.Ассоциация мутаций мтДНК с ИБС и перенесенным инфарктом миокарда...............................................................................................84
3.6. Ассоциация мутаций мтДНК с артериальной гипертонией и сахарным диабетом................................................................................................86
3.7. Корреляционная связь мутаций мтДНК с липидными характеристиками крови............................................................................87
3.8.Оценка диагностической значимости мутаций митохондриального
генома как биомаркера атеросклероза и риска ИБС.............................91
4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.................................................................94
Заключение......................................................................................................103
Практические рекомендации..........................................................................104
Выводы..........................................................................................................105
Список литературы.............................................................................................106
Приложение.........................................................................................................127
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность проблемы
В России, как и в большинстве индустриальных стран, сердечнососудистые заболевания (ССЗ), такие как ишемическая болезнь сердца, острый инфаркт миокарда, нарушение мозгового кровообращения, занимают первое место в структуре инвалидизации и смертности, в том числе, преждевременной, а также ведут к эскалации расходов на здравоохранение. Поскольку морфологической основой смертности от сердечно-сосудистых заболеваний в 90% случаев является атеросклероз, то вклад заболеваний атеросклеротического генеза и их последствий в общую смертность является наиболее весомым. Высокую социальную значимость имеет также ряд заболеваний, являющихся факторами риска атеросклероза или сопутствующих атеросклерозу, таких как сахарный диабет, артериальная гипертония и гиперхолестеринемия.
Несмотря на существенные достижения в области медицины и биологии, заболеваемость и смертность от атеросклеротических заболеваний остаются на недопустимо высоком уровне, в то время как арсенал эффективных терапевтических средств и адекватных целей антиатеросклеротической терапии остается весьма ограниченным. Одной из причин этого неблагоприятного дисбаланса является недостаточное количество верифицированных биомаркеров ССЗ. Современные алгоритмы оценки сердечно-сосудистого риска, учитывающие совокупное взаимодействие нескольких факторов риска, в состоянии объяснить около 70% вариабельности возникновения клинических проявлений атеросклероза.
Важным и перспективным дополнением к существующим системам оценки сердечно-сосудистого риска является анализ генетической предрасположенности. За последнее десятилетие, в условиях стремительного расширения возможностей молекулярно-генетического анализа, большое количество публикаций в области медицинской генетики было посвящено поиску генетических биомаркеров атеросклероза и ССЗ в ядерном геноме
человека. Ассоциация с атеросклерозом и ИБС была обнаружена для полиморфизмов в генах, продукты которых так или иначе вовлечены в метаболизм сосудистой стенки: гены эндотелина-1 и -2 (ЕОЫ1, ЕОШ), эндотелин-преобразующего фермента (ЕСЕ1), селектина-Е (БЕЬЕ), молекулы сосудистой клеточной адгезии 1 (УСАМ1), ангиотензин-превращающего фермента 1 (АСЕ) и рецептора ангиотензина II типа 1 (АвТЮ), аполипопротеинов А2, А4, А5, СЗ, В и Н, адренорецептора альфа-2 (А011А2В), рецептора эпидермального фактора роста (ЕОРЯ) [19, 23, 24, 37, 53, 56, 61, 65, 75, 82, 85, 87, 97, 99, 110, 124, 129, 136, 144, 177]. На развитие и прогрессирование ИБС могут повлиять генетически обусловленные вариации активности белков, вовлеченных в патогенез атеросклероза и его осложнений, в том числе участвующие в процессах активации эндотелия, развитии воспалительных реакций, регуляции миграции и пролиферации гладкомышечных клеток, а также связанные с коагуляцией и фибринолизом [47, 102, 135]. Но даже в сравнении с отдельными традиционными факторами риска сердечно-сосудистых заболеваний, мутации ядерного генома, как факторы риска, имеют весьма низкую диагностическую и прогностическую значимость. При наличии любого из вариантов полиморфизмов, достоверно ассоциированного с какими-либо сердечно-сосудистыми заболеваниями, относительный риск варьирует в пределах 1,06-1,40. В совокупности, все известные полиморфизмы ядерного генома объясняют не более 5% наличия сердечно-сосудистых заболеваний [93].
На развитие патологий могут влиять изменения как в ядерном, так и в митохондриальном геноме человека. Особенностью митохондриального генома, в отличие от ядерного, является его высокая скорость мутирования за счет повышенного содержания в митохондриях свободных радикалов кислорода - побочных продуктов аэробного дыхания. Для митохондриального генома характерно наследование по материнской линии и накопление соматических мутаций в процессе онтогенеза. При изучении ассоциации митохондриальных мутаций с патологическими процессами
б
необходима не только качественная (наличие/отсутствие мутации), но и количественная оценка мутантного аллеля митохондриального генома (доля мутантных мтДНК в клетке). Если к настоящему моменту ассоциация ядерного генома с атеросклерозом и его клиническими проявлениями изучена достаточно широко, то роль мутаций митохондриальной ДНК (мтДНК) в развитии этих патологий до сих пор раскрыта не полностью. Известно, что некоторые мутации митохондриального генома ассоциированы с различными патологиями, среди которых такие социально значимые заболевания как сахарный диабет, различные типы кардиомиопатии, артериальная гипертония и ИБС. Недавние исследования показывают взаимосвязь ряда мутаций мтДНК с тяжестью атеросклеротических поражений аорты [12, 143]. Поиск мутаций митохондриального генома, ассоциированных с атеросклерозом и ИБС, может привести к их включению в список генетических факторов риска и увеличить экспланаторную ценность совокупности генетических маркеров сердечно-сосудистых заболеваний.
Таким образом, не вызывает сомнения актуальность изучения роли мутаций митохондриального генома в развитии атеросклероза и его клинических проявлений, а также заболеваний, являющихся факторами риска атеросклероза. Анализ уровня мутантных мтДНК в лейкоцитах крови, как наиболее эффективном и доступном прижизненном биологическом материале, раскрывает возможности для дальнейшего использования соматических митохондриальных мутаций в качестве биомаркеров для ранней диагностики рассматриваемых патологий.
Цель исследования
Выявление взаимосвязи мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови человека с атеросклерозом сонных артерий и ИБС, а также сопутствующими атеросклерозу заболеваниями: сахарным диабетом 2-го типа, артериальной гипертонией и гиперлипидемией.
Задачи исследования
1) Определить уровень гетероплазмии 9 мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови внутри выборки, гетерогенной по полу, возрасту, выраженности атеросклероза сонных артерий и наличию ИБС.
2) Выявить степень влияния уровней гетероплазмии мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови на выраженность атеросклеротического поражения сонных артерий.
3) Оценить ассоциацию уровня гетероплазмии 9 мутаций митохондриального генома лейкоцитов крови с наличием ИБС, перенесенного острого инфаркта миокарда, артериальной гипертонии, сахарного диабета 2 типа и гиперлипидемии.
Научная новизна
Впервые метод количественной оценки мутантного аллеля митохондриального генома на основе технологии пиросеквенирования был использован в клинико-эпидемиологическом исследовании гетерогенной выборки для выявления гетероплазмичных митохондриальных мутаций в лейкоцитах крови человека. Установлено, что в выборке, гетерогенной по полу, возрасту, тяжести атеросклеротических поражений атеросклероза и наличию ИБС, уровни гетероплазмии мутаций митохондриального генома С3256Т, Т3336С, G12315A, G13513A и G15059A в лейкоцитах крови коррелируют (абсолютные значения коэффициентов корреляции по Спирману от 0,150 до 0,492) с толщиной интимо-медиального слоя сонных артерий и с размером атеросклеротических бляшек. Также установлено, что имеются достоверные различия (р<0,05) в средних уровнях гетероплазмии этих же мутаций между группами лиц с наличием и отсутствием ИБС. Впервые оценена прогностическая значимость мутационной нагрузки митохондриального генома (по совокупности мутаций A1555G, С3256Т, Т3336С, С5178А, G12315A, G13513A, G14459A, G14846A, G15059A)
лейкоцитов крови как биомаркера атеросклероза сонных артерий и наличия ИБС у человека в выборке из Московского региона.
Практическая значимость
Результаты проведённой работы наглядно демонстрируют значимость детекции мутаций С3256Т, Т3336С, 012315А, С13513А и С15059А митохондриального генома лейкоцитов человека для идентификации предрасположенности к атеросклерозу сонных артерий и сердечнососудистому риску атеросклеротического генеза.
На основе результатов настоящей работы открывается возможность нахождения причин имеющей место клинической картины пациента, поступившего в медицинское учреждение, с использованием мутаций митохондриального генома как биомаркеров атеросклероза и его клинических проявлений. Дальнейшее упрощение и удешевление процедуры детекции мутаций мтДНК может способствовать внедрению в широкую клиническую практику специфической тест-системы для ранней диагностики предрасположенности к сердечно-сосудистым заболеваниям атеросклеротического генеза.
Выявленные в работе ассоциации мутаций митохондриального генома в лейкоцитах крови человека со степенью выраженности атеросклероза сонных артерий создают основу для дальнейшего выяснения патофизиологических механизмов, связывающих дефекты мтДНК с атеросклеротическими поражениями сосудистой стенки и развитием сердечно-сосудистых патологий.
Научные положения диссертации, выносимые на защиту
1) В выборке лиц из Москвы и Московской области уровень гетероплазмии мутаций С3256Т, Т3336С, С5178А, в 12315А, С13513А и в15059А митохондриального генома лейкоцитов крови ассоциирован со степенью выраженности атеросклероза сонных артерий, при этом пять
мутаций имеют проатерогенный характер (С3256Т, Т3336С, С12315А, С5178А, в15059А), а мутация 013513А - антиатерогенный характер.
2) Генетическая предрасположенность к атеросклерозу сонных артерий, связанная с митохондриальным геномом, обусловлена суммарной мутационной нагрузкой по атерогенным и антиатерогенным мутациям.
3) Для мутаций С3256Т, Т3336С, С12315А, С13513А и С14459А лейкоцитов крови человека обнаружены значимые различия (с достоверностью более 95%) в средних уровнях гетероплазмии между группами лиц с наличием и отсутствием ИБС.
4) Исследованные мутации митохондриального генома лейкоцитов крови не ассоциированы с артериальной гипертонией, а мутации А1555С, С13513А и С14846А ассоциированы с наличием сахарного диабета 2-го типа у женщин.
По результатам диссертационного исследования опубликована 21 работа, в том числе в журналах, рецензируемых ВАК, - 6 публикаций, из них одна публикация в зарубежном журнале с импакт-фактором 4,4. Материалы исследования были представлены в рамках Международных Телеконференций «Фундаментальные науки и практика» (2010 г., №2, №4), «Проблемы и перспективы современной науки» (2011 г., №3), «Современный мир, природа и человек» (2011 г., Т.2, №1), «Высокие технологии, фундаментальные и прикладные исследования в физиологии, фармакологии и медицине» (2011 г., Т. 2), а также на 80-м конгрессе Европейского общества по изучению атеросклероза (26-29 мая 2012, Милан, Италия, интерактивная постерная сессия, тезисы № 981, 986, 991) и на 81-м конгрессе Европейского общества по изучению атеросклероза (2-5 июня 2013, Лион, Франция, тезисы № 416).
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Ы.Общие представления об атеросклерозе
Атеросклероз является одной из наиболее важных медико-социальных проблем, и его клинические проявления занимают ведущее место в структуре заболеваемости и смертности мирового населения [64]. Атеросклероз -многофакторное заболевание, для которого характерно развитие дегенеративных изменений в стенках крупных артерий с последующей окклюзией просвета сосудов и ограничением кровоснабжения жизненно важных органов, таких, как сердце, головной мозг, почки. В 1965году в своей знаменитой книге «Гипертоническая болезнь и атеросклероз» A.JI. Мясников дал определение атеросклероза как «патологического процесса, основой которого является липоидоз - отложение липидов, главным образом холестерина, в интиме артерий эластического типа - с последующим образованием соединительнотканных очаговых уплотнений - бляшек» [8]. Термин "атеросклероз" произошел от греческого atheros ("кашица") и sclerosis ("затвердение"). Одной из причин развития атеросклероза является гиперхолестеринемия [159]. В кровеносном русле холестерин циркулирует в связанном состоянии с белками и другими липидами (триглицеридами, фосфолипидами) в виде комплексов, именуемых липопротеидами. В зависимости от процентного соотношения составных частей этих комплексов выделяют несколько групп липопротеидо