Автореферат и диссертация по медицине (14.03.09) на тему:Аллельный полиморфизм и альтернативный сплайсинг в формировании полиморфности цитокиновой сети

На правах рукописи

Силков Александр Николаевич

Аллельный полиморфизм и альтернативный сплайсинг в формировании полиморфности цитокиновой сети

14.03.09 - клиническая иммунология, аллергология

Автореферат диссертации на соискание учёной степени доктора биологических наук

г З МАП 2013

Новосибирск 2013 г.

005060520

Работа выполнена в Федеральном государственном бюджетном учреждении «Научно-исследовательский институт клинической иммунологии» Сибирского отделения Российской академии медицинских наук (ФГБУ «НИИКИ» СО РАМН)

Научный консультант:

доктор медицинских наук, профессор Сергей Витальевич Сенников Официальные оппоненты:

Мордвинов Вячеслав Алексеевич, доктор биологических наук, ФГБУ «Институт цитологии и генетики» СО РАН, руководитель лаборатории молекулярных механизмов патологических процессов, зам. директора по научной работе.

Гуляева Людмила Федоровна, доктор биологических наук, ФГБУ «НИИ молекулярной биологии и биофизики» СО РАМН, зав. лабораторией молекулярных механизмов канцерогенеза.

Симбирцев Андрей Семенович, доктор медицинских наук, профессор, ФГУП «Государственный НИИ особо чистых биопрепаратов» ФМБА России, директор.

Ведущая организация: Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М.Сеченова» Министерства здравоохранения Российской Федерации

Защита состоится «¿У» 2013 г. в/^ часов на заседании

диссертационного совета Д 001.001.01 в ФГБУ «НИИ клинической иммунологии» СО РАМН по адресу: 630099, г. Новосибирск, ул. Дцринцевская, 14

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГБУ «НИИ клинической иммунологии» СО РАМН Г

Автореферат разослан » _ 2012 г.

Ученый секретарь диссертационного совета,

Белогородцев Сергей Николаевич

f

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность исследования. Для современной иммунологии система цитокиновой регуляции является одним из активно исследуемых направлений, которое, несмотря на значительные успехи, до сих пор не раскрыто полностью. Повышенный интерес к цитокиновой сети определяется ее значимостью в обеспечении межклеточной передачи сигналов не только в пределах иммунной системы, но и в отношении самых разных клеток и систем организма. Причина неполной изученности определяется сложностью организации цитокиновой регуляторной сети и значительной плейотропностью эффектов, оказываемых цитокинами на разные типы клеток - мишеней [Симбирцев A.C., 2004]. И универсальность, и сложность организации системы цитокиновой регуляции являются следствием многообразия регуляторных белков и их эффектов. Полиморфность цитокиновой сети формируется различными путями и определяется на генетическом уровне и на уровне транскриптов. Одним из механизмов является генетический (аллелный) полиморфизм генов цитокинов и их рецепторов.

Обычно аллельные варианты генов цитокинов являются результатом мутаций в некодирующих областях генов и встречаются достаточно часто, при этом они могут иметь влияние на продукцию и функциональную активность белков цитокиновой сети. Это влияние может быть опосредовано через изменение функциональных сайтов, контролирующих транскрипцию, созревание и транспортировку соответствующих мРНК [Bidwell J., 2001, Haukim N., 2002]. Например, полиморфизм внутри 5' и 3' фланкирующих регуляторных районов или внутри интронов может влиять на уровни транскрипции и трансляции, стабильность РНК и механизмы сплайсинга пре-мРНК [Hodges D., 1994]. Многие из известных аллельных вариантов различаются по уровню экспрессии соответствующего гена, определяя тем самым уровень продукции цитокина и соответственно уровень его эффектов [Bidwell J., 2001, Haukim N„ 2002]. Таким образом, формируется механизм, связывающий генетические варианты цитокинов с физиологическими и патологическими особенностями их продукции в норме и при различных заболеваниях и обосновывающий исследование полиморфизма цитокинов в качестве потенциальных «биомаркеров» при патологии. Следует сказать, что скорость «трансляции» молекулярно-биологических знаний в практическую медицину увеличивается с каждым годом, отражая явную тенденцию развития биомедицинских исследований и подходов к терапии с перспективой их слияния в единое направление, которое в настоящее время обозначается как «персонифицированная медицина». Следовательно, изучение влияния

аллелыюго полиморфизма генов цитокинов на уровень продукции самих медиаторов и исследование эффективности антицитокиновой терапии в зависимости от аллельного полиморфизма генов цитокинов и их рецепторов представляются актуальными научными и практическими задачами, которые раскрывают механизмы одного из основных путей формирования полиморфности ситемы цитокинов. Также на роль значимого пути формирования полиморфности системы цитокинов, может в полной мере претендовать альтернативный сплайсинг транскриптов (пре -мРНК).

Общее количество генов, обнаруженное в геноме человека, в процессе выполнения полногеномного секвенирования по разным подсчётам не превышает 30-40 тысяч, в то же время база экспрессирующихся последовательностей человека на порядок больше. Причины этого многообразия кроются в постгранскрипционных событиях, наиболее значимое из которых - сплайсинг пре-мРНК. Альтернативный сплайсинг пре-мРНК, благодаря комбинированию порядка и количества экзонов, наряду с альтернативной инициацией транскрипции и альтернативным полиаденилированием позволяет продуцировать различные зрелые транскрипты от одного единственного гена без изменения его геномной организации. Белки, образующиеся вследствие трансляции альтернативно сплайсированных мРНК, могут выполнять как сходные, так и различные функции. Сплайсинг транскриптов может происходить по-разному в зависимости от типа ткани, стадии развития организма, пола [Сингер М., 1998]. Альтернативный сплайсинг активно участвует в формировании полиморфизма системы цитокиновой регуляции, а изоформы белков цитокинов обладают новыми регуляторными функциями [Тзу151коу \ЛК, 1996, А1атаБ 8.Р., 1997, гау'уа1оу У.Р., 1997]. Этот факт может серьезно дополнить современное представление о цитокиновой регуляции гемо- и иммунопоэза, а также может дать в руки клинических иммунологов специфические биологические препараты с новыми свойствами [А1атав Б.Р., 1997]. Несмотря на достаточно активное исследование сплайс-вариантов цитокинов у человека, ряд вопросов остается не выясненным. В частности, на сегодня систематизированных данных по тканеспецифичности образования сплайс-форм транскриптов оказывается недостаточно, хотя они являются одним из немногих путей выяснения физиологической роли изоформ цитокинов. А изучение тканеспецифического распределения различных изоформ мРНК цитокинов на разных стадиях онтогенеза может во многом поменять наши взгляды на регуляцию иммунных и дифференцировочных процессов. Таким образом, изучение альтернативного

сплайсинга и генетического полиморфизма цитокинов является актуальным фундаментальным и перспективным практическим направлением исследований.

Цель работы: Охарактеризовать вклад аллельного полиморфизма и альтернативного сплайсинга в формирование структурного и функционального многообразия в системе цитокинов.

Задачи исследования

1. Изучить связь генетического полиморфизма с продукцией IL-lß, IL-2, и TNF-a в норме.

2. Провести сравнительное исследование частот встречаемости аллелей и генотипов IL 18, IL1B, 1L2 в норме и при раке молочной железы у женщин.

3. Провести сравнительное исследование частот аллельных вариантов генов TNF и IL IB в норме и при ревматоидном артрите и их ассоциации с эффективностью анти-TNF терапии инфликсимабом у больных ревматоидным артритом.

4. Изучить спектр изоформ мРНК гена IL4 и выполнить количественный анализ их уровня в фетальных тканях человека. Охарактеризовать эффекты внешних цитокиновых стимулов на формирование сплайс-форм мРНК IL-4 в мононуклеарных клетках периферической крови человека in vitro.

5. Изучить тканеспецифичность образования сплайс-вариантов мРНК гена IL6 в фетальных тканях человека и их спектр в мононуклеарных клетках человека in vitro.

6. Изучить сплайс-варианты мРНК генов LIF и SCF в фетальных тканях и в мононуклеарных клетках человека на разных стадиях онтогенеза.

Научная новизна работы. Впервые получены данные о взаимосвязи аллельных вариантов гена TNF в позициях -238G>A и -8570Т с уровнем его спонтанной и стимулированной Кон А продукции МНК ПК условно здоровых доноров.

Впервые выявлено сочетание генотипов -238GG/-308GG/-857CC/-1031NC, носители которого, среди условно здоровых доноров, характеризуются наименьшей продукцией TNF-a как интактными, так и митоген-стимулированными мононуклеарными клетками в культуре при сравнении с группой носителей остальных генотипов.

Впервые получены данные по ассоциации аллельных вариантов генов TNF в позиции -8570Т и IL1B в позиции -31 Т>С с эффективностью

антицитокиновой терапии инфликсимабом у больных ревматоидным артритом. Показано, что генотип СС и аллель С полиморфизма промотора гена в позиции -857С>Т чаще представлены у больных с неэффективной терапией. Установлено, что генотип -31ТТ гена 1ЫВ чаще встречается у больных с эффективной терапией.

В результате исследования генетического полиморфизма цитокинов 1Ь-10 (+3954С>Т) и 1Ь-18 (-137С>С и -607С>А) впервые установлена их ассоциация с предрасположенностью к развитию рака молочной железы в исследованной популяции жительниц Юго-Западной Сибири.

Впервые продемонстрирована экспрессия мРНК 1Ь-4аЮ и мРНК 1Ь-68284 в мононуклерных клетках человека. Экспрессия изоформ мРНК 1Ь-4 и 1Ь-6 в фетальных тканях человека имеет тканеспецифический характер.

Впервые исследована экспрессия сплайс-вариантов мРНК генов 5СР и ЬШ в фетальных тканях человека и выявлена ее тканеспецифичность. Кроме того показано, что спектр и частота выявления сплайс-вариантов мРНК генов SCF и ЫР в мононуклеарных клетках максимальны в период внутриутробного развития и в период новорожденное™ осуществляя вклад в реализацию системных эффектов этих ростовых факторов на разных стадиях онтогенеза.

Теоретическая и практическая значимость работы. Получены данные о влиянии аллельного полиморфизма промотора гена ГМ7 в позициях -238 и -857 на уровень продукции конечного белка мононуклеарными клетками, что может являться одной из причин индивидуальных различий в выраженности иммунных реакций, регулируемых данным медиатором. Выявлено изменение частоты встречаемости указанных аллельных вариантов гена 7№ у больных ревматоидным артритом, по сравнению с группой популяционного контроля, что может являться маркером предрасположенности к указанному заболеванию.

Установлено, что эффективность терапии инфликсимабом зависит от аллельного полиморфизма генов ШР и 1ЫВ, локализованного соответственно в позициях -857 и -31, что определяет перспективность их исследования в качестве биологических маркеров при разработке комплексных критериев прогноза эффективности терапии инфликсимабом у конкретного пациента. Принято положительное решение по заявка на изобретение №2011128114 «Способ прогнозирования эффективности лечения ревматоидного артрита моноклональными антителами к ФНО-а на основе аллельного полиморфизма промотора гена ФНО».

е

Результаты сравнительного исследования полиморфизма генов цитокинов в норме и при раке молочной железы обосновывают использование полиморфизмов генов IL1B и IL18 в качестве биологических маркеров при разработке комплексных критериев прогноза риска развития рака молочной железы у жительниц Западно-Сибирского региона.

Исследование сплайс-вариантов мРНК показало, что экспрессия генов IL4, IL6, SCF и LIF в клетках человека происходит с участием альтернативного сплайсинга и может изменяться под действием внешних сигналов, в том числе цитокиновых. Установлено, что в период фетального развития человека экспрессия изоформ мРНК SCF и LIF может быть доминантной и иметь значение для тканеспецифической регуляции и для онтогенеза тканей. Полученные данные свидетельствуют о возможности непосредственного участия изоформ цитокинов в иммунном ответе. Выяснение спектра экспрессирующихся изоформ цитокинов в различных тканях может быть полезным для определения их роли в норме и патологии.

Результаты исследования выявляют значимость генетического полиморфизма и альтернативного сплайсинга транскриптов в формировании общей полиморфности цитокиновой регуляторной сети.

Основные положения, выносимые на защиту.

1. Аллельные варианты генов цитокинов, ассоциированные с изменением уровня продукции конечного белка, могут являться патогенетическим фактором ревматоидного артрита и рака молочной железы.

2. Эффективность терапии ревматоидного артрита моноклонапьными антителами против TNF-a связана с аллельным полиморфизмом в позиции -857 промотора гена TNF.

3. Спектр, баланс и уровень сплайс-вариантов мРНК цитокинов в фетальных тканях человека и в мононуклеарных клетках периферической крови характеризуется тканеспецифичностью и может изменяться под действием внешних сигналов, например при стимуляции клеток митогенами или другими цитокинами.

4. Аллельный полиморфизм и альтернативный сплайсинг являются молекулярными механизмами обеспечивающими формирование количественного уровня и качественного состава белков цитокиновой сети.

Апробация материалов диссертации (устные доклады). Материалы диссертации доложены и обсуждены на: 1) Международной научно-

практической школе-конференции «Цитокины. Воспаление. Иммунитет», (Новосибирск, 2002г.,) 2) 6-й отчетной конференции ГУ НИИКИ СО РАМН (Новосибирск, 2003г.), 3) 7-ом Всероссийском научном форуме с международным участием имени академика В.И. Иоффе «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге» (Санкт-Петербург, 2003г.), 4) 8-ом всероссийского научном форуме с международным участием имени В.И. Иоффе «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге» (Санкт-Петербург, 2004г.), 5) 12-ом всероссийском научном форуме с международным участием имени В.И. Иоффе «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге» (Санкт-Петербург, 2008г.), 6)Всероссийской научной конференции «Молекулярно-генетичекие основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии» (Новосибирск, 2010г.), 7)международном конгрессе ЕиЬАЯ 2010 (Италия, Рим, 2010), 8)8-й отчетной научной конференции НИИКИ СО РАМН (2011г.), 9)международном конгрессе ЕиЬАЯ 2012 (Германия, Берлин, 2012), 10) Расширенном семинаре ФГБУ «НИИКИ» СО РАМН (Заседании проблемной комиссия № 55.07 «Иммунология» ) 20 сентября 2012г.

Публикации. По теме диссертации опубликовано 24 научных работы, в том числе 10 статей в журналах, рекомендованных ВАК для публикации материалов диссертационных работ. Получено положительное решение о выдаче патента на изобретение.

Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 224 страницах машинописного текста, состоит из обзора литературы, описание материалов и методов исследования, результатов собственных исследований, обсуждения, заключения и выводов. Библиографический указатель включает 300 источников, из них 270 зарубежных. Работа иллюстрирована 13 рисунками и 36 таблицами.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Фетальные ткани. В работе исследовали фетальные ткани и кровь плодов (п=12) от относительно здоровых женщин (средний возраст 26 ± 3 лет), у которых беременность была прервана по социальным показаниям (срок гестации составил 20±3 недели). Отсутствие внутриутробной инфекции (герпес 2 типа, гепатиты В и С, цитомегаловирус, ВИЧ, реакция на НЬя-Ай и ИЛУ) у плода было подтверждено результатами бактериологического и ПЦР исследования абортивного материала и последа. Образцы предоставлены из банка биоматериалов лаборатории клеточных биотехнологий, зав. лабораторией д.м.н. Селедцова Г.В.

Пуповинная кровь. В исследование с информированного согласия были включены женщины, у которых беременность завершилась срочными, самопроизвольными родами. Пуповинную кровь здоровых, доношенных новорожденных (п=13) в объеме 5-7 мл получали после пересечения пуповины, когда плацента еще находилась в полости матки (in utero).

Периферическая венозная кровь. В работе использованы образца, полученные в УФ и НП НСО (ОГУЗ «Новосибирский центр крови») от 300 условно здоровых доноров, а также кровь, полученная с информированного согласия больных ревматоидным артритом (п=485).

Образцы ДНК. Образцы ДНК 300 женщин больных РМЖ были предоставлены НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН г.Томск, 300 образцов ДНК женщин популяционного контроля (жительницы Западно-Сибирского региона) предоставлены НИИ терапии СО РАМН, в рамках выполнения

интеграционного проекта СО РАМН.

Все исследования были одобрены локальным этическим комитетом НИИКИ СО РАМН и проводились при наличии информированного согласия пациентов, соответствующие исследования и сбор образцов также был одобрен локальными этическими комитетами организаций, предоставивших образцы ДНК.

МНК выделяли стандартным методом центрифугирования на градиенте плотности фнколл-урогравина. Культивировали в среде RPMI - 1640 содержащей: 10% термоинактивированной эмбриональной телячьей сыворотки (HyClone, Perbio), 2 мМ/л L-глютамина, 100 мг/л ампицилина и 50 мг/л гентамицина. Концентрация клеток в начале культивирования составляла 1х106/мл. Жизнеспособность клеток не изменялась в процессе культивирования и составляла не менее 98%, по окраске трипановым синим или эритрозином В. Растворы митогенов и цитокинов добавляли в культуральную среду однократно вначале культивирования в следующих концентрациях: КонА - 10 мкг/мл или ЛПС (серотип 055:В5) в дозе 10 мкг/мл, rhIL-2 - 10 нг/мл, rhIL-4 - 5 нг/мл, rhlL-IL-452 - 100 нг/мл, rhIFNy - 3 нг/мл, rhIL-18 - 40 нг/мл, rhIL-10 15 нг/мл, ЕРО -5 U/мл.

Количественную оценку уровней цитокинов проводили на электрохемилюминометре ORIGEN Analyzer (IGEN Inc., USA), электрохемилюминесцентным методом как описано ранее [Крысов C.B., 2000]. А также методом ИФА согласно рекомендаций производителей наборов. Индекс стимуляции рассчитывался как простое отношение уровня в стимулированной культуре к уровню в культуре без стимуляции.

Выделение нуклеиновых кислот проводили классическими методами с использованием фенол хлороформенной экстракции [Маниатис Т., 1984, Chomczynski Р., 1987].

Определение мРНК цитокинов проводили с использованием ОТ-ПЦР с детекцией продуктов в агарозных и полиакриламидных гелях.

Количественную оценку уровня мРНК проводили с использованием ОТ-ПЦР в реальном времени. Детектируя сигнал интеркалирующего красителя SYBRGREEN.

Генотипирование полиморфизмов цитокинов проводили методами ПДРФ анализа и аллельспецифической ПЦР, с детекцией результатов в агарозных и полиакриламидных гелях.

Статистический анализ результатов Оценку соответствия частот генотипов равновесию Харди-Вайнберга проводили с использованием online калькулятора [httD://\yww.oege.org/sofrware/hwe-mr-calc.?htmi1. Сравнения частот аллелей и генотипов между исследованными выборками проводили используя критерий у2 и точный критерий Фишера. Расчет отношения шансов и 95% доверительного интервала (OR, 95% CI) и относительных рисков проводили с использованием статистических калькуляторов OpenEpi

[http://www.openepi.com] и GenExpert [http://gen-expert.ru/calculator_or.php]. Для сравнения распределения частот аллелей и генотипов с другими популяциями были использованы сведения по исследуемым полиморфизмам из баз данных NCBI по референтным популяциям (в ss66857510): для европеоидов -CEU-GENO-PANEL, афроамериканцев -AAM-GENO-PANEL и азиатскойрасы -CHBGENO-PANEL [http://www.ncbi.nim.nih.gov/SNP/l. а также данные «SNP500Cancer database» [http://variantgps.nci.nih.gov]. Связь генотипов с продукцией цитокинов оценивали применяя непараметрический анализ Краскела-Уоллиса или критерий Манна-Уитни. Различия считали статистически значимыми при достижении уровня значимости р<0,05. Данные в иллюстрациях приведены как медиана и квартили (25 и 75 перцентиль), а также минимальное и максимальное значение (Min - Мах). В пояснениях к иллюстрациям приведены значения критериев и достигнутого уровня статистической значимости, количество проанализированных образцов обозначено - п.

РЕЗУЛЬТАТЫ

1. Результаты исследования продукции цитокинов у носителей разных аллельных вариантов генов в норме.

В результате исследований уровня продукции IL-lfl не выявлено значимой ассоциации в культурах МНК (интактных и стимулированных ЛПС или КонА) с генотипами доноров в позициях -31Т>С и +39540Т гена IL1B. Однако при анализе индексов стимуляции продукции IL-ф установлена их статистически значимая связь с комбинацией генотипов исследованных полиморфных вариантов. В частности в таблице 1 приведены данные иллюстрирующие, что носители сочетания -31ТТ/+3954СТ демонстрируют сниженную стимуляцию митогеном КонА продукции IL-ip в сравнении с носителями сочетания -31ТС/+3954СТ.

Таблица 1 - Индексы стимуляции продукции IL-1(3 митогеном - КонА в кондиционных средах МНК ПК у носителей разных сочетаний генотипов гена

Сочетание генотипов IL1B -31Т>С/+3954С>Т Медиана Квартиль 1 (25%) Квартиль 2 (75%)

ТТ/СТ 1,18 0,69 3,40

ТС/СТ 1,93 1,40 4,80

Анализ уровня продукции 1Ь-2 в культурах МНК доноров с разными аллельными вариантами + 1140Т гена 112 не выявил значимых различий в уровнях спонтанной и КонА стимулированной продукции 1Ь-2 в кондиционных средах, полученных через 24 и 48 часов культивирования МНК.

Выявлена статистически значимая связь продукции ТМР-а с полиморфными вариантами промоторного региона гена в точках -2380>А и -8570Т. Так носители генотипа -238СС характеризовались сниженной спонтанной продукцией ТМ-'-а в культурах МНК в сравнении с гетерозиготами -238СА (Н=3,8; Ъ= -1,92; р=0,05), в тоже время при стимуляции клеток КонА вызывала у них более выраженное усиление продукции этого цитокина (Н=3,95; Ъ= -1,99; р=0,046), данные приведены в таблице 2.

Аналогично, носители генотипа -857СС характеризовались меньшей продукцией Т№-а в культурах МНК при обработке клеток КонА (2,= -1,98; р=0,047); в сравнении с носителями альтернативных генотипов (таблица 3). Индексы стимуляции продукции Т№-а митогеном КонА также были незначительно повышены в группе носителей аллеля Т, в сравнении с гомозиготами СС, однако критического уровня значимости эти различия не достигали.

Таблица 2 - Продукция TNF-a в культурах мононуклеарных клеток условно здоровых доноров — носителей разных генотипов в позиции -238G>A промотора гена TNF (п= 148). ___

Медиан а Квартиль 1 (25%) Квартиль 2 (75%) Генотип

Спонтанная (пг/мл) 93,6* 31,3 181,6 GG

222,4 81,0 365,2 GA

Стимулированная КонА (пг/мл) 261,8 144,0 489,0 GG

428,4 238,8 652,2 GA

Индекс КонА 3,0 * 1,9 5,5 GG

2,2 1,7 3,0 GA

Примечание: * -статистически значимые отличия от группы носителей оппозитного генотипа (р<0,05).

Таблица 3 - Продукция TNF-a в культурах мононуклеарных клеток условно здоровых доноров - носителей разных генотипов в позиции -857С>Т промотора гена TNF (п= 148).___|___

Медиан а Квартиль 1 (25%) Квартиль 2 (75%) Генотип

Спонтанная (пг/мл) 91,4 26,5 186,8 СС

131,4 56,4 213,1 СТ+ТТ

Стимулированная КонА (пг/мл) 213,2 * 133,1 475,8 СС

307,2 195,4 551,7 СТ+ТТ

Индекс КонА 2,9 1.8 4,7 СС

3,3 2,0 6,7 СТ+ТТ

Примечание: * -статистически значимые отличия от группы носителей оппозитного генотипа (р< 0.05).

На основе данных генотипирования промотора гена TNF было выявлено десять вариантов сочетаний генотипов, из них выбраны шесть вариантов, в которых численность индивидов позволяла проводить статистическую обработку. Полученные результаты выявили генотип -238GG/-308GG/-857CC/-1031NC, на рисунке 1 обозначенный номером 2, который характеризовался наименьшей продукцией TNF-a как интактными (Z= -2,39; р=0,017), так и стимулированными КонА (Z= -2,21; р=0,027) и ЛПС (Z= -2,69; р=0,007) мононуклеарными клетками в культуре при сравнении с группой носителей остальных генотипов. Кроме того, носители генотипа под номером 2 (-238GG/-308GG/-857CC/-1031 NC) имели значимое снижение в уровне продукции TNF-a КонА - стимулированными МНК, в сравнении с носителеями сочетаний генотипов 3 и 6, а также имели значимо меньший уровень продукции TNF-a в

кондиционных средах МНК ПК после стимуляции ЛПС, чем носители генотипов 1 и 4.

12 3 15 6

Генотипы

Рисунок 1 - Уровень TNF-a в кондиционных средах МНК ПК у носителей разных сочетаний генотипов. Спонт - культуры без митогенов, КонА -стимулированные КонА, ЛПС - стимулированные ЛПС (данные представлены как медиана и квартили); сочетания генотипов для точек -238/-308/-857/-1031 соответственно обозначены: 1- GG/GG/CC/TT, 2- GG/GG/CC/NC, 3-GG/GG/NT/NC, 4- GG/NA/CC/TT, 5- GG/NA/CC/NC, б- GG/GG/NT/TT: * -статистически значимые отличия от носителей генотипа 2 (р< 0,05)

Обобщая приведенные результаты можно сказать, что выявленная ассоциация уровня продукции ряда цитокинов мононуклеарными клетками с аллельными вариантами свидетельствует о функциональной значимости последних. Иными словами, уровень отдельных цитокинов, а также их баланс в определенной степени формируется в зависимости от генетического полиморфизма и тем самым определяет индивидуальные особенности цитокиновой регуляции. Этот факт обосновывает рассмотрение генетического полиморфизма цитокинов в качестве возможного патогенетического механизма, исследованного в следующем разделе работы.

2. Исследование частот аллелей и генотипов генов цитокинов при

патологии.

По частотам аллелей и генотипов аллельных вариантов гена ¡LIB статистически значимых различий между выборками больных РМЖ и контрольной группой не обнаружено. Также статистически значимых различий по частотам аллелей и генотипов не обнаружено при разбиении выборки больных РМЖ на подгруппы по менструальному статусу, наличию лимфогенного метастазирования. Однако, при выделении подгрупп в выборке больных РМЖ по типу рака было обнаружено статистически достоверное

увеличение гомозигот +3954ТТ в 2,5 раза в подгруппе больных РМЖ с дольковой формой рака по сравнению с контрольной труппой и в 3 раза по сравнению с подгруппой больных РМЖ с протоковой формой рака (данные представлены в таблице 4).

Таблица 4 - Частоты генотипов и аллелей полиморфизма 1Ь-1р в позиции +3954С>Т у больных РМЖ с разными типами рака и в популяционной выборке женщин г. Новосибирска______

Частота Контроль Больные РМЖ, по типам рака СЖ (95% СІ) <ІГ=1,Х2(Р)

генотипа или аллеля Протоков ый Дольков ый

СС 53,2(156) 57,1 (125) 50,0 (22) 1,168 (0,821-1,661)а 0,878(0,466-1,655)Ь 0,752 (0,393-1,439)с1 0,744 (0,388)а 0,161 (0,688)Ь 0,744 (0,388)с1

іь-ір +3954С>Т, % (численное ть) СТ 40,6 (119) 37,9 (83) 34,1 (15) 0,892(0,623-1,278)а 0,756 (0,389-1,471)Ь 0,848 (0,429-1,674)сі 0,387 (0,534)а 0,680 (0,410)Ь 0,227 (0,634)с1

ТТ 6,1 (18) 5,0 (И) 15,9 (7) 0,808 (0,374-1,747)а 2,890 (1,131-7,385)Ъ 3,577 (1,303-9,823)а 0,294 (0,587)а 5,312 (0,021)Ь 6,810 (0,009)а

С 0,74 0,760 0,670

Т 0,26 0,240 0,330 1,141 (0,857-1,518)а 0,732(0,452-1,183)Ь 0,642 (0,391-1,053)с1 0,812 (0,367)а 1,631 (0,202)Ь 3,114 (0,078)6

п 293 219 44

Примечание: п - размер выборки; СЖ - отношение шансов, 95% С1- 95% доверительный интервал для отношения шансов; х2 - значение теста хи-квадрат для различий по частотам генотипов и аллелей между: а- между контрольной и выборкой больных с протоковой формой рака; Ь- между контрольной и выборкой больных с дольковой формой рака; с1-между выборкой больных с протоковой и дольковой формой рака;

Анализ полиморфизма в позиции +114 гена 1Ь2 выявил наличие минорной ассоциации данного полиморфизма, в группе РМЖ наблюдался повышенный уровень гетерозиготного носительства (таблица 5). Однако рассчитанный доверительный интервал отношения шансов очень

незначительно превосходит критический уровень и близок к 1, что не позволяет ожидать высокой информативности данного полиморфизма.

Таблица 5 - Частоты аллелей и генотипов полиморфизмов промотора гена 1Ь2 в позиции +1140>Т у больных РМЖ и в популяционной выборке женщин г.

Новосибирска

П-2 (+1140>Т) Контроль Больные РМЖ (Ж (95% СІ) х2(р)

Частота генотипа, % (численность) СО 45.1 (96) 40.7 (101) 0.837 (0.58-1.21) 0.884 (0.347)

вт 34.3 (73) 44.8 (111) 1.554 (1.07-2.27) 5.253 (0.022)

ТТ 20.7 (44) 14.5 (36) 0.652 (0.40-1.06) 3.013(0.083)

Частота аллеля О 0.622 0.631 0.707 (0.54-0.93) 5.977 (0.014)

Т 0.378 0.369

п 213 248

При сравнительном анализе частот генотипов П-18 -1370>С было обнаружено статистически достоверное увеличение гомозигот йй (49,2%) и СС (10,6%) и снижение гетерозигот ее (40,2%) у больных РМЖ (п=386) по сравнению с контрольной выборкой (п=283) (39,2%, 5,7% и 55,1% соответственно). Частота менее распространенного аллеля С у больных РМЖ составила 0,31, а в группе контроля - 0,33. По однонуклеотидному полиморфизму -607 ОА выявлено достоверное увеличение гомозигот СС (46,2%), снижение гомозигот АА (4,2%) и частоты минорного аллеля А (0,30) у больных РМЖ (п=357) по сравнению с контролем (п=293) (35,8%, 9,9% и 0,37% соответственно). Данные проиллюстрированы на рисунке 2.

Рисунок 2 - Частоты генотипов промотора 1Ы8 в позициях -137 (А) и -607(Б). 1- популяционный контроль, 2- больные РМЖ, З- РМЖ в пременопаузе, 4-РМЖ в менопаузе, 5- РМЖ с метастазами, 6- РМЖ без метастаз. *-статистически значимые различия в сравнении с популяционным контролем.

Кроме того, в подгруппе больных РМЖ, находящихся в менопаузе (4), было выявлено статистически значимое увеличение частоты генотипов -13700,

-137СС и -607СС, а также снижение -1370С, -607СА, -607АА и аллеля -607А по сравнению с контрольной группой (1). В подгруппе больных РМЖ, находящихся в пременопаузе (3), было обнаружено статистически достоверное увеличение только частот генотипов -1370С и -137СС по сравнению с контрольной группой (Рисунок 2). Статистически значимых различий по частотам генотипов и аллелей между группами больных РМЖ с разным менструальным статусом не обнаружено.

Для подгруппы больных РМЖ с отсутствием лимфогенного метастазирования (6) было показано статистически значимое увеличение частоты генотипов -13700 и -607СС и аллеля -607С, и соответственно снижение -137вС, -607АА по сравнению с контрольной группой. В подгруппе (5) больных РМЖ с наличием лимфогенного метастазирования было обнаружено статистически значимое снижение -1370С и увеличение -137СС по сравнению с контрольной группой. Статистически значимых различий по частотам генотипов и аллелей между группами больных РМЖ с наличием или отсутствием лимфогенного метастазирования (5 и 6 на рисунке 2) не обнаружено.

Для подгруппы больных РМЖ с уницентрическим ростом опухоли было показано статистически достоверное увеличение частоты генотипов -13700, -137СС и -607 СС и аллеля -607С, а также снижение -1370С, -607СА по сравнению с контрольной группой. Статистически значимых различий по частотам генотипов и аллелей между группами больными РМЖ с уницентрическим и мультицентрическим типом роста опухоли не обнаружено (Рисунок 3).

Рисунок 3 -Частоты генотипов промотора 1Ы8 в позициях -137 (А) и -607(Б). 1- популяционный контроль, 2- больные РМЖ, 3- РМЖ мультицентрический рост, 4- РМЖ уницентрический рост, 5- РМЖ протоковый, 6- РМЖ дольковый.

*- статистически значимые различия в сравнении с популяционным контролем # - статистически значимые различия с оппозитной группой больных РМЖ.

В выборке больных РМЖ с протоковой формой рака (5) обнаружено статистически достоверное увеличение частоты генотипов -607 СС и аллеля -607С, а также снижение -137GC, -607СА по сравнению с контрольной группой. В группе больных РМЖ с дольковой формой рака (6) показано статистически достоверное увеличение генотипа -607СА 1,5 раза по сравнению с подгруппой больных РМЖ с протоковой (5) формой рака (Рисунок 3).

Частоты аллелей и генотипов исследованных полиморфизмов IL-lß в позициях -31 и +3953 у больных РА и в выборке популяционного контроля при проведении сравнительного анализа не имели статистически значимых различий.

Частоты аллелей и генотипов полиморфизмов промотора гена TNF в позициях -238G>A, -303G>A, -857С>Т, -1031Т>С у больных ревматоидным артритом и в выборке популяционного контроля, составленной из условно-здоровых доноров, приведены в таблице 6.

Таблица б - Частоты генотипов и аллелей полиморфизмов гена TNF-a у

больных ревматоидным артритом и условно-здоровых доноров.

Полиморфизм Группа Частота генотипа, % (количество) Частота аллеля, % (количество)

GG GA AA G А

TNF (-238 G>A) (rs361525) PA n=468 96,4* (451) 3,6 (17) 0 98* (919) 2 (17)

Контроль n=154 92,2 (142) 7,8 (12) 0 96 (296) 4 (12)

TNF (-308G>A) (rsl800629) PA n=470 GG GA AA G А

72,6 (341) 26,2 (123) 1,3 (6) 86 (805) 14 |Ц35]___

Контроль n=220 78,6 (173) 20,9 (46) 0,5 (1) 89 (392) И (48)

TNF (-8570T) (rsl799724) PA n=465 CC CT TT С Т

70,1 (326) 24,7 (115) 5,2 (24) 82* (161) 18 (163)

Контроль n=160 76,3 (122) 21,3 (34) 2,5 (4) 81 (278) 13 (42)

TNF (-1031T>C) (rsl 799964) PA n=468 TT TC CC T С

67,9 (318) 30,6 (143) 1,5 (7) 83 (779) 17 (157)

Контроль n=162 61,7 (100) 36,4 (59) 1,9 (3) 80 (259) 20 (65)

Примечание: *- статистически значимое различие в сравнении с группой популяционного контроля

Распределение генотипов промотора гена TNF-a в позициях -238G>A и -308G>A подчиняется закону Харди-Вайнберга как в выборке популяционного контроля, так и в группе больных РА. Распределение частот генотипов полиморфизмов -857С>Т и -1031Т>С в группе больных РА не соответствует равновесию Харди-Вайнберга (х2=9,72; р=0,002 и -/2=4,17; р=0,04 соответственно), что свидетельствует о наличии факторов влияющих на частоту аллелей и генотипов в группе больных ревматоидным артритом.

При проведении сравнительного анализа частот аллелей и генотипов промотора гена TNF-a в исследованных группах не было выявлено статистически значимых различий по частотам для точек -1031 и -308. Анализ частот для позиции -238 выявил достоверное повышение частоты гомозигот GG (OR= 2,24, 95%С1=1.046 - 4,806, р=0,03, %2= 3,623) и носительства аллеля G у больных ревматоидным артритом (OR=2,19, 95%С1=1,035-4,806, р=0,03, х2 = 3,537), при этом относительный риск развития РА для гомозигот -238GG повышался незначительно (на 4,16%), в сравнении с носителями генотипа -238GA.

Сравнительный анализ частот выявил отличия в распределении генотипов полиморфного сайта -8570Т. Аллель С встречался в группе больных РА статистически значимо реже в сравнении с группой популяционного контроля (х2=3.051, р=0,04), однако отношение шансов для носителей альтернативных аллелей полиморфизма имело лишь тенденцию к смещению (OR=0,71, 95%С1= 0,49 - 1,03). Тем не менее, распределение частот генотипов полиморфизма -857С>Т в группе больных ревматоидным артритом имело отклонение от ожидаемого в соответствии с равновесием Харди-Вайнберга (х2=9,72; р=0,002), что свидетельствует о наличии факторов, влияющих на частоту аллелей и генотипов в группе больных.

Анализ частот сочетаний генотипов показал, что генотип, обозначенный на рисунке 1 как Ks 2 (-238GG/-308GG/-857CC/-1031NC) и характеризующийся наименьшим уровнем продукции TNF-a, реже встречался в группе больных РА, по сравнению с выборкой популяционного контроля, однако различия не достигали статистически значимого уровня.

Таким образом, была показана ассоциация ряда аллельных вариантов с патологическими состояниями, что подтверждает обоснованность рассмотрения полиморфизмов, ассоциированных с изменением уровня их продукции в качестве значимых и патогенетически обоснованных молекулярных маркеров заболеваний. Помимо молекулярно-генетических

маркеров предрасположенности, аллельные варианты цитокинов могут быть использованы в качестве прогностических критериев эффективности лечения.

Среди больных РА была выделена группа пациентов 127 человек, получавших терапию инфликсимабом. Эта выборка на основе международных критериев (EULAR), была разделена на 2 группы: пациенты, у которых терапия была эффективна (умеренный и хороший эффект по критериям EULAR), и пациенты, у которых терапия была неэффективна (неотвечающие на терапию по критериям EULAR). Оценка терапии проводилась в сроки: перед 3-4 инфузиями, перед б инфузией инфликсимаба. Перед 3-4 инфузиями отрицательный ответ на терапию выявлен у 25% пациентов, перед 6 инфузией, отрицательный ответ на терапию у 21% пациентов.

При анализе данных по эффективности терапии перед 3-4 инфузиями препарата инфликсимаб не было выявлено статистически значимых ассоциаций с эффективностью терапии. При анализе данных по эффективности терапии перед шестой инфузией препарата инфликсимаб, проиллюстрированных в таблице 7, была выявлена статистически значимая связь эффективности терапии - критерий EULAR и полиморфизма в позиции -857 промотора гена TNF-a. Установлено, что генотип СС чаще представлен у больных с неэффективной терапией ДО=5,27, р=0,02). Отношение шансов (OR) для носителей генотипа СС и генотипов СТ + ТТ составляет 0.1, С195= 0.01272 -0.7998, риск неэффективной терапии анти-TNF антителами у носителей генотипа -857СС выше на 29,29% в сравнении с носителями альтернативных вариантов полиморфизма. Кроме того установлено, что аллель С чаще представлен у больных с неэффективной терапией (%2= 5,015, р=0,03). Отношение шансов (OR) для носителей аллеля Т составляет 0.1851, 95С1= 0.04226 - 0.8103, риск неэффективной терапии анти-TNF антителами у носителей аллеля С в позиции -857 выше на 17,14% в сравнении с носителями альтернативного аллеля.

При сравнении частот генотипов гена кодирующего IL-lp у больных имевших положительный ответ на терапию инфликсимабом и у пациентов, не ответивших на терапию перед 3-4 инфузией инфликсимаба, не было получено статистически достоверных различий. При анализе частот аллелей и генотипов гена 1L1B у больных с разной эффективностью терапии перед шестой инфузией препарата инфликсимаб, приведенных в таблице 7, установлено, что генотип -31ТТ чаще встречается у больных с эффективной терапией (х2=4,005, р=0,045). Отношение шансов (OR) для носителей генотипа -31ТТ в сравнении с

носителями остальных генотипов составляет 5,33; 95%С1 = 1,13 - 25,25. При сравнении относительных рисков установлено, что вероятность эффективной терапии анти-TNF антителами у носителей генотипа -31 TT выше на 29,77% в сравнении с носителями альтернативных вариантов полиморфизма. Таблица 7 - Частоты генотипов и аллелей полиморфизма генов TNF и IL1B у больных ревматоидным артритом, с разной эффективностью терапии инфликсимабом перед 6 инфузией

Полиморфизм

TNF (-8570Т)

IL1B (+3954С>Т)

IL1B (-31 Т>С)

Группа

Эффективная терапия, п=81

Нет ответа, п=21

Эффективная терапия, п=70

Нет ответа, п=18

Эффективная терапия, п=65

Нет ответа, п=17

Частота генотипа, % (количество)

СС

67,9 (55)

90,4* (19)

54,3(38)

61,1(11)

TT

41,5* (27)

11,8(2)

CT

23,5 (19)

4,8(1)

38,6(27)

33,3(6)

ТС

41,5(27)

70,6(12)

TT

8,6(7)

4,8(1)

7,1(5)

5,6(1)

СС

16,9(11)

17,6(3)

Частота аллеля, %(количество)

80

(т

93*

Ш-

74(103)

78(28)

62(81)

47(16)

20 (33)

7(3)

26(37)

22(8)

38(49)

53(18)

Примечание: *- статистически значимое различие в сравнении с оппозитной группой

Обобщая результаты исследований аллельного полиморфизма генов цитокинов можно сказать, что он характеризуется наличием определенных ассоциаций с уровнем продукции соответствующих белков, с предрасположенностью к развитию и особенностями течения таких заболеваний как рак молочной железы и ревматоидный артрит, а также эффективностью антицитокиновой (анти-ТОТ) терапии последнего. Иными словами генетические варианты цитокинов вносят заметный вклад в общую полиморфность системы цитокинов, формируют индивидуальные особенности цитокинового профиля изменяя уровень экспрессии конечных белков.

Еще одним молекулярным механизмом, увеличивающим полиморфность цитокиновой системы уже на постгеномном уровне является альтернативный сплайсинг, оказывающий свои эффекты на этапе транскрипции генов и формирования мРНК. Изучению альтернативного сплайсинга мРНК цитокинов посвящен следующий раздел работы.

3. Исследование тканеспецифичности и онтогенетических особенностей экспрессии сплайс-вариантов мРНК цитокинов

Альтернативный сплайсинг мРНК И-4 и И-6 у человека. В исследованных образцах фетальных тканей как и в МНК выявлены два варианта транскриптов, соответствующих мРНК полноразмерного 1Ь-4 и мРНК 1Ь-452, и три сплайс-формы мРНК 1Ь-6, 1Ь-652 и 1Ь-65254 гена 1Ь6. Результаты проведенных исследований представлены в таблице 8.

Таблица 8 - Присутствие сплайс-вариантов мРНК генов цитокинов в фетальных тканях человека. _

Ткань мРНК

11.-4 1Ь-452 1Ь-6 1Ь-652 1Ь-652,4

Почка +/- + +

Легкое +/- - + +

Печень + + - +

Селезенка + + + +

Тимус + + + +

Поджелудочная железа + + + -

Щитовидная железа + + + +

Надпочечник - - + +

Яичник +/- +/- - +

Яичко - - + +

Мозг +/- + + -

Кожа - - - + 4.

Миокард +/- - + +

Скелетная мышца - +/- +/- +/-

Костная ткань - +/- нд нд нд

Примечание: Приведены результаты исследования 2-4 образцов каждой ткани. «+» - ПЦР-продукт присутствовал во всех образцах, «-» - отсутствие специфического ПЦР-продукта,

«+\-» - ПЦР-продукт присутствовал не во всех исследованных образцах, «нд» - исследование не проводилось.

В фетальных тканях, имеющих непосредственное отношение к гемопоэзу и иммунопоэзу (тимус, печень, селезёнка) количественно охарактеризован уровень матричных РНК 1Ь-4 и 1Ь-452 методом ОТ-ПЦР с флуоресцентной детекцией результатов в «реальном времени». Результаты анализа представлены на рисунке 4. Показано, что экспрессия полноразмерного варианта 1Ь-4 в тимусе в среднем на 1-2 порядка выше, чем в печени и селезёнке. Количественный анализ мРНК 1Ь-4б2 показал, что в фетальной печени его в среднем в 2-5 раз больше чем в селезёнке и сопоставим с уровнем выявляемым в тимусе.

0,001

Рисунок 4 - Относительные количества мРНК IL-4 и IL-452 в фетальных тканях человека. Данные приведены в относительных единицах как среднее +стандартное отклонение для четырех образцов тканей печени, селезенки и тимуса.

Было исследовано влияние некоторых цитокинов (IL-2, IL-4, IL-452, ILIO, IL-18, IFNy и эритропоэтин) на спектр экспрессируемых мРНК интерлейкина-4 в культуре МНК периферической крови здоровых людей (рисунок 5А).

И • - • и«.■•(-.1* Я**Üт ~ ттт

V * I iwapwnfü I jj8jjj|

Ш.МПЮр*,!

І ШШШ

-ИЛ-6 (711 По.) -ИЛ-682(520 п.о.)

3 4- 5

8 М

-ИЛ-6Ш4 (373 п.о)

Рисунок 5 - Изменение спектра сплайс-вариантов мРНК цитокинов в МНК человека под действием внешних факторов. А - Электрофореграмма результатов ОТ-ПЦР мРНК гена 1Ь4 в МНК ПК человека, культивированных в присутствии рекомбинантных цитокинов: 1 - без цитокинов, 2 - гЫЬ-2, 3 - гЫЬ-4, 4 - гЫЬ-452, 5 - гЫЫО, 6 - гЫЬ-18, 7 - гЫРЫу и 8 - ЕРО, М-маркер молекулярного веса рВІиБсгірИІ/ Мэр!. Отмечены: полноразмерный вариант мРНК 1Ь-4 (288 и.о.), 1Ь-452 мРНК (240 п.о.), 1Ь-4аКЗ мРНК (215 п.о.). Б -Электрофореграмма в продуктов ОТ-ПЦР ІЕ-6 на матрицах кДНК из нативных и культивированных МНК ПК. 1-4 - донор 1, 5-8 - донор 2. М - маркер молекулярного веса рОКЗ/НаеІІІ (видны полосы 734, 525, 503, 404). 1 и 5 -интактные МНК, 2 и 6 - МНК после культивации, 3 и 7 - МНК культивированные с добавлением КонА (10 мкг/мл), 4 и 8 - МНК культивированные с добавлением 1Ь-18 (40 нг/мл).

В исследованных образцах выявлены мРНК 1Ь-4 и мРНК ІЬ-452, а в МНК некоторых доноров, культивированных в присутствии гЫЬ-18 был обнаружен дополнительный фрагмент меньшего размера (рисунок 5А) его нуклеотидная последовательность, соответствует мРНК с делецией фрагмента третьего экзона

и обозначена как 1Ь-4аИЗ. Также показано, что в процессе культивирования МНК происходит изменение спектра выявляемых сплайс-вариантов мРНК гена 1Ь6 - описанная впервые изоформа мРНК 1Ь-65254 исчезает (рисунок 5Б).

В фетальных тканях определяются тот же спектр матричных РНК интерлейкинов -4 и -6, что и в МНК взрослых людей, однако в период эмбрионального развития имеет место неравнозначное распределение сплайс-вариантов в разных тканях человека, что может отражать процессы, лежащие в основе дифференцировки тканей, в том числе регулируемые 1Ь-6 (таблица 8). Кроме того установлено что в МНК человека спектр образующихся сплайс-вариантов мРНК цитокинов зависит от микроокружения и внешних сигналов, в том числе цитокиновых. Это свидетельствует о значимости альтернативного сплайсинга как механизма регуляции функциональной активности цитокинов.

Экспрессия сплайс-вариантов мРНК генов ЯСР и ЫР в фетальных тканях человека имеет неоднородный характер и встречается не во всех исследуемых тканях. В таблице 9 приведены значения частот встречаемости изоформ, показана избирательная экспрессия изоформ мРНК в зависимости от типа тканей на сроке 20-22 недель внутриутробного развития человека. ЫР преимущественно экспрессируется в тканях печени, мозга, надпочечниках и тканях зачатков зубов. При этом типы преобладающей изоформы в тканях мозга, печени, тимуса и селезенки отличаются, что указывает на различные биологические функции изоформ ЫИ.

Таблица 9 - Частота встречаемости альтернативных транскриптов ЫР в

Изоформы hLIF-D растворимая hLIF-M матрикс- ассоциированная hLIF-T внутриклеточная SCF растворимый SCF мембраный

Фетальные ткани

Печень 7/7 (100%) 3/7 (42.86%) 0/7 5/7 (71,4%) 4/7(57,1%)

Тимус 1/6 (16.67%) 0/6 (0%) 0/6 4/6 (66,7%) 2/6 (33,3%)

Селезенка 0/5 (0%) 2/5 (40%) 0/5 2/5 (40%1_ 2/5 (40%)

Яичники 1/5 (20%) 1/5 (20%) 0/5 2/5 (40%]_ 2/5 (40%)

Семенники 1/4 (25%) 1/4 (25%) 0/4 3/4 (75%) 3/4 (75%)

Почка 0/5 (0%) 0/5 (0%) 0/5 3/5 (60%) 2/5 (40%)_

Надпочечники 3/3(100%) 2/3 (66.67%) 0/3 3/3 (100%) 3/3 (100%)

Мозг 2/7 (28.57%) 5/7(71.4%) 0/7 5/7171,4%) 5/7 (71,4%)

Зачатки зубов 2/3 (66.67%) 1/3 (33.33%) 0/3 1/3 (33,3%) 0/3

Щит. железа 0/1 (0%) 0/1 (0%) 0/1 0/1 0/1

Легкие 0/1 (0%) 0/1 (0%) 0/1 1/1 (100%) 0/1

Кожа 1/1 (100%) 1/1 (100%)

- общее количество образцов.

В большинстве изученных тканей, кроме тканей зачатков зубов, щитовидной железы и легкого была выявлена экспрессия обеих изоформ мРНК SCF, что свидетельствует о возможной гетерогенности клеток-продуцентов фактора стволовых клеток и разнонаправленном регуляторном действии этого цитокина в пренатальный период развития (таблица 9). Отмечается неоднородность экспрессии изоформ в пределах разных тканей одного организма и от образца к образцу одной ткани, что доказывает тканеспецифический характер регуляции альтернативного сплайсинга SCF.

Результаты анализа экспрессии сплайс-вариантов мРНК генов LIF и SCF

в мононуклеарных клетках человека представлены в таблице 10. В МНК крови

плодов на 20-22 неделях развития во всех образцах выявили изоформы мРНК

LIF-D и L1F-M и лишь в одном из образцов - LIF-T. В МНК, выделенных из

пуповинной крови, было показано, что экспрессия LIF носит разнородный

характер и отличается у разных новорожденных. При этом только у трех из

тринадцати новорожденных выявлены две формы мРНК (LIF-D и LIF-M)

одновременно. В МНК периферической крови транскриптов LIF не было

выявлено. Результаты анализа экспрессии мРНК SCF в МНК в целом

повторяют ситуацию, выявленную для LIF. Снижение частоты выявления всех

вариантов мРНК генов LIF и SCF в онтогенезе можно объяснить уменьшением

интенсивности процессов пролиферации стволовых элементов иммунной

системы, а так же снижением интенсивности гистогенеза и соответственно

снижением количества мигрирующих клеток, экспрессирующих L1F и SCF.

Таблица 10 - Частота встречаемости альтернативных транскриптов LIF и SCF в

МНК крови человека на разных этапах онтогенеза. -------. „ „. __________ \1! 11. "

Изоформы

hLIF-D растворимая

hLlF-M матрикс-ассоциировапная

hLlF-T внутриклеточная

SCF растворимый

БСР

I мембраносвязанный -------

Примечание: числитель дроби - количество выявленных положительных образцов,

знаменатель - общее количество образцов.

МНК крови плодов 20-22 недель п=5

5/5 (100%)

5/5 (100%)

1/5 (20%)

5/5 (100%)

5/5 (100%)

МНК пуповинной крови новорожденных п=13

4/13 (30,8%)

5/13 (38,5%)

0/13(0%)

3/13 (23,1%)

5/13 (38,5%)

МНК периферической крови взрослых п=15

0/15

0/15

0/15

0/15

0/15

Результаты исследования экспрессии генов IL4, IL6, LIF и SCF в фетальных тканях человека показывают, что экспрессия указанных генов происходит с участием альтернативного сплайсинга. В целом спектр сплайс-форм мРНК выявляемый в тканях, соответствует спектру сплайс-форм, описанному у взрослого человека. Для генов цитокинов характерна тканеспецифичность экспрессии сплайс-вариантов выявляемая как для разных тканей одного организма, так и для одной ткани разных организмов. Исследование сплайс-вариантов мРНК в мононуклеарных клетках периферической крови показало, что спектр, баланс и уровень мРНК сплайс-вариантов цитокинов может изменяться под действием внешних сигналов, например при стимуляции клеток митогенами или другими цитокинами. Исследование экспрессии сплайс-форм мРНК цитокинов в МНК на разных стадиях онтогенеза свидетельствует о значимом вкладе сплайс-вариантов цитокинов в регуляцию гистогенеза на ранних стадиях онтогенетического развития.

Обобщая результаты проведенных исследований можно говорить, что аллельный полиморфизм генов и альтернативный сплайсинг транскриптов цитокинов являются весьма важными факторами, которые формируют сруктурное и функциональное многообразие в системе цитокиновой регуляции. В частности, генетический полиморфизм оказывает преимущественное влияние на количественный (уровень цитокинов), а альтернативный сплайсинг преимущественно на качественный (спектр цитокинов) уровни формирования полиморфности в регуляторной цитокиновой сети.

выводы

1. Формирование полиморфности цитокиновой сети происходит с участием аллельных вариантов генов цитокинов, о чем свидетельствуют результаты исследования их ассоциации с уровнем продукции конечных белков и развитием заболеваний, а также с участием альтенативного сплайсинга, что подтверждается тканеспецифичностью экспрессии сплайс-форм мРНК ряда цитокинов и изменением их спектра в онтогенезе и под действием внешних факторов.

2. Аллельный полиморфизм промотора гена TNF в позициях -238 и -857 является функционально значимым. У условно здоровых доноров носителей генотипа -857СС снижена КонА-стимулированная продукция TNF-а в культурах МНК ПК, а у носителей генотипа -238GG снижена спонтанная продукция и повышен индекс стимуляции, по сравнению с носителями альтернативных аллельных вариантов.

3. Показано, что среди условно здоровых доноров носители сочетания генотипов гена TNF -238GG./-308GG/-857CC/-1031NC, характеризуются статистически значимо наименьшей спонтанной и митоген-стимулированной продукцией TNF-а, а носители сочетания -31ТТ/+3954СТ гена IL1B демонстрировали сниженную стимуляцию митогеном Кон А продукции IL-lß в сравнении с носителями сочетания -31ТС/+3954СТ. Это указывает на участие аллельного полиморфизма генов в формировании индивидуальных особенностей уровня продукции цитокинов.

4. Аллельные варианты цитокинов IL-lß и IL-18 имеют значимую ассоциацию с предрасположенностью к развитию рака молочной железы и особенности распределения частот генотипов в группах больных, различающихся по типу выявленного рака и характеру роста опухоли, что свидетельствует о прогностической значимости аллельных вариантов /LIB +3954, IL18 -137 и IL18 -607 при раке молочной железы в исследованной популяции жительниц Юго-Западной Сибири.

5. Повышение частоты генотипа GG и аллеля G в позиции -238 и снижение частоты аллеля С в позиции -857 промотора гена TNF у больных ревматоидным артритом, по сравнению с группой популяционного контроля, указывает на ассоциированность этих аллельных вариантов промотора гена TNF с заболеванием.

6. Генотип СС и аллель С в позиции -857 промотора гена TNF чаще представлены у больных с неэффективной терапией инфликсимабом, а генотип -31ТТ гена IL1B чаще встречается у больных с эффективной терапией инфликсимабом, что свидетельствует о влиянии генетического фактора на эффективность данного метода терапии.

7. В фетальных тканях человека альтернативный сплайсинг мРНК генов IL4 и IL6 такнеспецифичен. Экспрессия сплайс-вариантов мРНК: IL-4 и IL-452; 1L-6, IL-6S2 и IL-65254 имеет качественные и количественные отличия в разных типах тканей.

8. В мононуклеарных клетках, культивированных в присутствии rhIL-18 была обнаружена не описанная ранее у человека изоформа мРНК интерлейкина-4 со сплайсированным третьим экзоном - IL-4alt3, что свидетельствует об изменении сплайсинга транскриптов гена IL4 под действием внешних сигналов.

9. В интактных мононуклеарных клетках человека обнаружены сплайс-варнанты мРНК: IL-6, IL-652 и IL-65254. В процессе культивирования клеток происходит изменение спектра сплайс-вариантов мРНК, изоформа IL-65254 исчезает, указывая на зависимость сплайсинга от микроокружения клеток.

10.Неоднородность экспрессии сплайс-форм как в пределах одной ткани разных индивидов, так и в разных тканях одного организма отражает тканеспецифический характер регуляции альтернативного сплайсинга транскриптов LIF и SCF в фетальных тканях человека. В мононуклеарных клетках крови человека разнообразие сплайс-форм мРНК и уровень экспрессии генов LIF и SCF снижается при переходе от пренатального в постнатальный период развития, что отражает снижение системных эффектов этих цитокинов во взрослом организме.

Список научных работ по теме диссертации

1. Силков А.Н., Гавриленко В.А., Денисова В.В., Гришина J1.B., Козлов В.А., Сенников C.B. Двойственность эффектов рекомбинантного IL-452 на мононуклеарные клетки периферической крови человека // БЭБиМ. - 2007. -Том 143, № 1.-С. 78-80.

2. Храпов Е.А., Воронина E.H., Козлова Ю.Н., Литовченко Л.Л., Канышша A.B., Матвеева Н.М., Филипенко М.Л., Пустошилова Н.М., Сенников C.B., Силков А.Н, Козлов В.А Клонирование и экспрессия гена, кодирующего ингибирующий лейкемию фактор человека. // Биотехнология. -2007., №5, стр. 45-50.

3. Силков А.Н., Инжелевская Т.В., Крысов C.B., Сенников C.B., Козлов В.А. Экспрессия сплайс-вариантов мРНК генов ИЛ-4 и ИЛ-6 в эритроидных клетках человека // Бюллетень СО РАМН. - 2007. -№ 4. - С. 129-131.

4. Жовмер A.C., Силков А.Н., Пискунов A.A., Киреев Ф.Д., Максимов В.Н., Пилипенко И.В., Малиновская Е.А., Бабышкина H.H., Сенников C.B., Козлов В.А. Аллельный полиморфизм генов IL-1 ß и IL-18 и рак молочной железы. // Сибирский онкологический журнал. -2008. - S.l. -С.51-52.

5. Литвяков Н.В., Гарбуков Е.Ю., Цыганов М.М., Мерзлякова М.К., Завьялова М.В., Перельмутер В.М., Слонимская Е.М., Силков А.Н., Горева Е.П., Сенников C.B., Козлов В.А., Жовмер A.C., Голованова О.В., Коненков В.И., Шевченко A.B., Коломейчук М.Г., Чердынцева Н.В. Взаимосвязь экспрессии генов CCR5 и RANTES в лейкоцитах крови больных раком молочной

железы с полиморфизмом промоторных регионов генов цитокинов. // Сибирский онкологический журнал. -2009. -S2. -С. 124-125.

6. Силков А.Н., Горева Е.П., Жовмер A.C., Киреев Ф.Д., Максимов В.Н., Пилипенко И.В., Малиновская Е.А., Бабышкина H.H., Литвяков Н.В., Сенников C.B., Козлов В.А. Полиморфизм генов ИЛ-18 и ИЛ-lß у больных раком молочной железы. // Российский иммунологический журнал, -2009, -Т.3(12), -№ 3-4. -С.259-266.

7. Садовская В.А., Сенников C.B., Останин A.A., Селедцова Г.В., Силков А.Н., Козлов В.А. Онтогенетические особенности экспрессии изоформ мРНК фактора, ингибирующего лейкоз, в фетальных тканях и мононуклеарных клетках человека. // Клеточные технологии в биологии и медицине. -2009, -№ 2. -С.85-88.

8. Сенникова Н.С, Пискунов A.A., Силков А.Н., Козлов В.А., Сенников C.B. Влияние аллельного полиморфизма гена TNFa на уровень его продукции мононуклеарными клетками здоровых доноров Юго-Западной Сибири. (Материалы ХШ Всероссийского научного Форума с международным участием имени академика В.И.Иоффе «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге» 8-11 июня 2009) // Медицинская иммунология, 2009, т.11, №45, стр.475.

9. Садовская В.А., Сенников C.B., Селедцова Г.В., Силков А.Н., Козлов В.А. Особенности экспрессии изоформ мРНК фактора стволовых клеток в фетальных тканях и мононуклеарных клетках на разных этапах развития человека. // Клеточные технологии в биологии и медицине. -2010. -№ 3. -С.138-140.

Ю.Силков А.Н., Сенникова Н.С., Горева Е.П., Сизиков А.Э., Лопатникова Ю.А., Сенников C.B. Генетический полиморфизм промотора гена ФНО-a у больных ревматоидным артритом. Материалы Всероссийской научной конференции «Молекулярно-генетические основы функционирования цитокиновой сети в норме и при патологии» Новосибирск 15-17 сентября 20Юг // Цитокины и воспаление, -2010, -Т.9, -№3,.-С.57.

И.Горева Е.П., Силков А.Н., Максимов В.Н., Пономарева A.A., Малиновская Е.А., Сенников C.B. Аллельный полиморфизм генов IL-2 и 1L-18 и риск развития рака молочной железы. // Сибирский онкологический журнал. -2010. -П.1. -С.36-37.

12.Силков А.Н., Сенникова Н.С., Горева Е.П., Сенникова Ю.А., Лопатникова Ю.А. Сенников C.B. Полиморфизм промотора гена ФНО-a и уровень

продукции медиатора мононуклеарными клетками // Вестник Уральской медицинской академической науки. -2010. -№2/1(29). -С. 71-72.

13.Горемыкин К.В., Силков А.Н., Шилов Б.В., Серебров В.Ю., Сазонов А.Э., Сенников С.В. Изучение взаимодействия IL-4 и IL-452 с рецепторами IL-4R I и II типов in silico и их эффектов на функ-циональную активность мононуклеарных клеток in vitro // Бюллетень сибирской медицины, -2010. -№3. -С.51-56.

14.Силков А.Н., Сенникова Н.С., Горева Е.П., Сенникова Ю.А., Лопатникова Ю.А. Сенников С.В. Аллельный полиморфизм и экспрессия ФНО-а. // Дни иммунологии в Сибири: Материалы Всероссийской научно-практической конференции с международным участием под ред. В.А.Козлова, С.В.Смирновой, В.Т.Манчука. Красноярск Изд-во КрасГМУ, 2010, стр. 153155.

15.Sennikova N., Silkov A., Goreva Е., Lopatnikova J., Sennikova J., Herzsog O., Sizikov A., Dolgikh S., Mazurov V., Kozlov V., Sennikov S. Association of single nucleotide polymorphisms in the TNF-a gene with production of TNF-a protein by mononuclear cells from healthy donors and frequency of allelic variants in rheumatoid arthritis.// Ann. Rheum. Dis., -2010; -V.69, -S.3. -P.329.

16.Силков A.H., Шкаруба H.C., Горева Е.П., Сенникова Ю.А. Продукция цитокинов мононуклеарными клетками у индивидов с разными аллельными вариантами генов. // Вестник Уральской медицинской академической науки -2011.-№2/2(35).-С. 115-116.

17.Шкаруба Н.С., Силков А.Н., Калашникова Т.А., Сизякина Л.П., Шульман Ю.Б., Долгих С.В., В.И.Мазуров, Горева Е.П., Герцог О.А., Сизиков А.Э., Лопатникова Ю.А., Сенников С.В Полиморфизм промотора гена ФНО-а и эффективность антицитокиновой терапии у больных ревматоидным артритом. (Материалы XIV Всероссийского научного Форума «Дни иммунологии в Санкт-Петербурге) // Медицинская иммунология. -2011. -Т. 13, -№4-5, -С. 375-376.

18.Сил ков А.Н., Шкаруба Н.С., Горева Е.П., Яценко О.П., Садовская В.А., Сенников С.В. Аллельный полиморфизм и альтернативный сплайсинг в системе цитокинов. / «Иммунопатогенез и иммунотерапия основных заболеваний человека: от эксперимента к клинике». / Под ред. В.А.Козлова и С.В.Сенникова, -Новосибирск, -2011, С.46-48.

19.Шкаруба Н.С., Силков А.Н., Калашникова Т.А., Сизякина Л.П., Шульман Ю.Б., Долгих С.В., В.И.Мазуров, Горева Е.П., Герцог О.А., Сизиков А.Э.,

Лопатникова Ю.А., Сенников C.B. Полиморфизм промотора гена ФНО-а у больных ревматоидным артритом. / «Иммунопатогенез и иммунотерапия основных заболеваний человека: от эксперимента к клинике». / Под ред.

B.А.Козлова и С.В.Сенникова, -Новосибирск, -2011, -С.139-141. 20.Shkaruba N., Silkov A., Goreva Е., Lopatnikova J., Sennikova J., Sizikov A.,

Kozlov V., Sennikov S. Association of single nucleotide polymorphism in the TNF-a and IL-lb genes with production of proteins by mononuclear cells from healthy donors. //Ann. Rheum. Dis. -2011; -V.70, -S. 3. -P.538.

21.Силков A.H., Шкаруба H.C., Горева Е.П., Сенникова Ю.А, Лопатникова Ю.А., Герцог O.A., Сизиков А.Э., C.B. Сенников. Полиморфизм промотора гена ФНО-а в норме и у больных ревматоидным артритом. // Дни иммунологии в Сибири: материалы Всероссийской научно-практической конференции с международным участием, под ред. В.А.Козлова,

C.В.Смирновой, В.Т.Манчук. -Абакан: -Издательство ГОУ ВПО «Хакасский государственный университет им. Н.Ф.Каганова», -2011г. -С.85-86.

22.Яценко О.П., Силков А.Н., Храпов Е.А., Филиппенко М.Л., Козлов В.А., Сенников C.B. Тканеспецифическая экспрессия слайс-вариантов мРНК генов ИЛ-4 и ИЛ-6 человека. II БЭБиМ. -2011. -Т.152, -№ 9. -С.298-301.

23.Силков А.Н., Сенникова Н.С., Горева Е.П., Лопатникова Ю.А., Сенников C.B. Продукция ФНО-а и ИЛ-lß мононуклеарными клетками периферической крови у носителей разных аллельных вариантов генов. //.БЭБиМ. -2012. -Т. 153, -№1. -С.78-81.

24-Силков А.Н., Шкаруба Н.С., Калашникова Т.А., Сизякина Л.П., Шульман Ю.Б., Долгих C.B., В.И.Мазуров, Герцог O.A., Сизиков А.Э., Козлов В.А. Сенников C.B. Полиморфизм -8570Т промотора гена фактора некроза опухоли -а и эффективность антицитокиновой терапии у больных ревматоидным артритом. // Медицинская иммунология, -2012. -Т.14. -№1-2. -С.81-86.

Патенты

Заявка на изобретение № 2011128114 «Способ прогнозирования эффективности лечения ревматоидного артрита моноклональными антителами к ФНО-а на основе аллельного полиморфизма промотора гена ФНО». Дата публикации 20.01.2013, Бюл. № 2.

Подписано к печати 08.04.2013 формат-60x84 1/8, Усл. печ. л. 2 Бумага: офсетная Печать: трафаретная Тираж: 100 экз Номер заказа № 216 ООО " Типография ЮГУС", ИНН 5402548639, г Новосибирск, ул. Залесского, 4. тел.: (383) 226-14-56, 225-04-47