Автореферат и диссертация по медицине (14.00.14) на тему:Роль полиморфизмов генов репарации ДНК в формировании предрасположенности к раку молочной железы

ДИССЕРТАЦИЯ
Роль полиморфизмов генов репарации ДНК в формировании предрасположенности к раку молочной железы - диссертация, тема по медицине
Буслов, Константин Григорьевич Санкт-Петербург 2006 г.
Ученая степень
кандидата медицинских наук
ВАК РФ
14.00.14
 
 

Оглавление диссертации Буслов, Константин Григорьевич :: 2006 :: Санкт-Петербург

Оглавление.

Список используемых сокращений и терминов.

Введение.

Глава 1. Обзор литературы.

1.1. Эпидемиология рака молочной железы.

1.2. Факторы риска РМЖ.

1.2.1. Возраст.

1.2.2. Экзогенные факторы риска.

1.2.3. Воздействие эстрогенов.

1.2.4. Генетические факторы.

1.3. Внутриклеточные факторы геномной стабильности.

1.3.1. Система репарации ДНК.

1.3.2. Репарация двунитевых разрывов ДНК в клетке.

1.3.3. Механизмы DSB-репарации.

1.3.4. Нарушения DSB-репарации при РМЖ.

1.3.5. Полиморфные варианты в генах комплекса RAD50/MRE11A/NBS1.

Глава 2. Материалы и методы.

2.1. Группы пациентов и контролей.

2.2. Источники ДНК для молекулярно-генетического анализа.

2.3. Выделение ДНК.

2.3.1. Выделение ДНК из лейкоцитов периферической крови.

2.3.2. Выделение ДНК из патоморфологических парафиновых образцов.

2.4. Выбор потенциально значимых генетических вариантов.

2.5. Стратегия поиска онко-ассоциированных генетических вариантов с привлечением групп экстремального онкологического риска и онкологической толерантности.

2.6. Генотипирование.

2.6.1. Аллель-специфическая ПЦР.

2.6.2. Полиморфизм длин амплифицируемых фрагментов.

2.6.3. Анализ потерь гетерозиготности.

2.6.4. Анализ и документация результатов ПЦР-амплификации.

2.6.5. Статистический анализ данных.

Глава 3. Результаты собственных исследований.

3.1. Изучение частот полиморфизмов генов MRE11, NBS1 и RAD50 в ограниченных (пилотных) группах высокого онкологического риска и толерантности.

3.2. Изучение встречаемости мутации NBS1 657del5 в популяции.

3.3. Анализ потерь гетерозиготности NBS1 в опухолях у носителей мутации NBS1 657del5.

 
 

Введение диссертации по теме "Онкология", Буслов, Константин Григорьевич, автореферат

Рак молочной железы (РМЖ) занимает ведущее место в структуре онкологической заболеваемости у женщин, составляя 1/5 от всех новых случаев злокачественных новообразований. Число пациенток с диагнозом РМЖ, как абсолютное, так и относительное, сохраняет устойчивую тенденцию к возрастанию в России и странах Запада [Imyanitov E.N., Hanson К.Р., 2004]. Несмотря на некоторые позитивные сдвиги в вопросах ранней диагностики РМЖ, благодаря более широкому применению скрининговых обследований, в частности, рутинной маммографии, весьма пессимистическим остается прогноз для жизни при установленном диагнозе РМЖ. По данным НИИ онкологии им. проф. Н.Н. Петрова, 76% больных РМЖ, прослеженных свыше 20 лет, умерли от «основного» заболевания [Моисеенко В.М. и соавт., 1997].

Однако высокая социальная значимость РМЖ является не единственной причиной актуальности его изучения. Вопросы этиологии и патогенеза РМЖ во многом остаются неясными. Злокачественные опухоли молочной железы обладают высокой степенью клинической, морфологической и биологической гетерогенности. При генеалогическом анализе, в семьях пациентов нередко прослеживается тенденция наследования предрасположенности к РМЖ, иногда заболевание встречается в виде так называемых «семейных форм» [Lynch Н.Т. et al., 1978]. Меры, направленные на повышение эффективности профилактики РМЖ и выявлении заболевания на ранних стадиях требуют дальнейшего усовершенствования.

Демографические изменения в человеческой популяции, характеризующиеся увеличением пропорции пожилых людей в большинстве развитых и развивающихся стран мира, еще более обостряют проблему. Риск развития РМЖ, как и многих других злокачественных новообразований, напрямую зависит от возраста индивида. Так, среди женщин старше 65 лет этот риск в 6,5 раз больше, чем на всем протяжении жизни до 65 лет, и в 150 раз выше, чем у женщин до 30 лет [Imyanitov E.N., Hanson К.Р., 2004]. Помимо возрастания риска развития РМЖ, связанного с общим увеличением продолжительности жизни, в последние десятилетия были более четко обозначены и другие факторы предрасположенности к развитию данного новообразования.

Несмотря на многообразие выявленных факторов риска РМЖ, все они в настоящее время могут быть выделены в две основных категории: избыточная экспозиция к эстрогенам и нарушения в системе поддержания стабильности клеточного генома [Singletary S.E., 2003].

Пролиферативный эффект эстрогенов на клетки молочной железы известен несколько десятилетий. Кроме того, как было показано относительно недавно, в основе действия эстрогенов играет роль не только механизм промоции на клетки опухоли: некоторые метаболиты эстрогенов способны оказывать прямое повреждающее действие на ДНК, то есть выступать в роли инициаторов развития злокачественной трансформации [ZhuB.T., Conney А.Н., 1998].

Биологические механизмы, направленные на поддержание стабильности генома клетки и их связь с развитием злокачественных опухолей молочной железы в последнее время изучаются наиболее активно. Подобный интерес обусловлен следующими основными причинами: во-первых, все изученные к настоящему времени гены предрасположенности к РМЖ (BRCA1, BRCA2, ATM, СНЕК2) участвуют в механизмах распознавания или репарации повреждений ДНК; во-вторых, в многочисленных исследованиях достоверно показана связь между риском РМЖ и конституциональной хромосомной нестабильностью [Iau Р.Т. et al., 2001; Natarajan А.Т., 2002; Colleu-Durel S. et al., 2004; Imyanitov E.N. et al., 2004].

В этой связи представляется обоснованным изучение генетических вариантов среди генов, отвечающих за процессы распознавания и репарации двунитевых разрывов в молекулах ДНК. Процесс повреждения молекулы ДНК, в результате которого образуются двунитевые разрывы, по современным представлениям, лежит в основе возникновения хромосомных аберраций. Восстановление двунитевых разрывов ДНК в клетке происходит благодаря системе белков репарации, осуществляющих гомологичную и негомологичную рекомбинацию [Hoeijmakers J.H.J., 2001; Elliott В., Jasin М., 2002]. Генетически детерминированная гетерогенность данных белков, предположительно, может влиять на эффективность их работы, что приводит к более быстрому накоплению случайных мутаций по типу делеций или перестроек участков хромосом. Вероятно, некоторое увеличение груза аберраций привносят также ошибки ДНК-полимераз в процессе репликации ДНК [Islas A.L., 1998; Mahajan K.N., 2002].

Выводы об онкологической значимости какого-либо генетического варианта делаются, как правило, на основании сравнения его частоты встречаемости в группах пациентов и здоровых доноров. При этом контрольные группы чаще всего формируются из числа посетителей пунктов переливания крови, т.е. из лиц среднего возраста. Хотя подобный подход является наиболее простым с организационной точки зрения, его корректность в отношении онкологической патологии вызывает определенные возражения. Как упоминалось выше, рак является заболеванием преимущественно людей пожилого возраста, вероятность его возникновения в течение жизни составляет около

40% [Chu K.C. et al., 1996]. Таким образом, средневозрастные контрольные группы почти наполовину состоят из потенциальных онкологических пациентов, что может серьезно осложнять поиск онко-ассоциированных полиморфизмов. В то же время, лица, достигшие преклонного возраста без какой-либо злокачественной патологии, могут быть уже отнесены не к стандартной, а к онкологически-толерантной категории [Того А.В. и соавт., 1999]. С другой стороны, справедливо ожидать, что пациенты с необычно ранним началом заболевания или с первично-множественными опухолями представляют собой «крайний» случай повышенного онкологического риска, что нередко сочетается с отягощенным семейным анамнезом [Narod S.A., 1994]. В связи с этим представляется перспективным подход к исследованию вероятных онко-ассоциированных генетических вариантов, основанный на сравнении частот их встречаемости как в «стандартных» группах (пациенты - доноры), так и в «крайних» группах высокого и низкого риска развития злокачественной патологии (пациенты с первично-множественными, либо ранними РМЖ и пожилые онкологически здоровые доноры). Подобный подход к поиску онко-ассоциированных генетических маркеров привлекателен еще и тем, что позволяет повысить статистическую достоверность результатов без значительного увеличения размеров тестируемых групп.

В настоящей работе представлены результаты поиска вероятных кандидатов на роль генетических маркеров высокого риска развития РМЖ среди генов, отвечающих за репарацию двунитевых разрывов ДНК.

Цели и задачи исследования.

Целью настоящей работы является изучение структурных вариантов генов, осуществляющих рекомбинационную репарацию, и оценка их влияния на формирование риска рака молочной железы у человека.

В связи с этим поставлены следующие задачи:

1) Идентифицировать потенциально-значимые полиморфные варианты генов, осуществляющих рекомбинационную репарацию, пользуясь доступными в сети Internet базами данных (NCBI, GeneCard, CancerGenes, HGMD), а также с привлечением сведений, опубликованных в специализированных периодических изданиях;

2) Сравнить частоту выбранных полиморфизмов в «крайних» группах онкологического риска (группа пациенток с билатеральным РМЖ и группа пожилых онкологически здоровых женщин);

3) Выявить в группах крайнего онкологического риска и толерантности генетические варианты с наиболее различающейся в указанных группах частотой и провести их анализ посредством «классического» молекулярно-эпидемиологического исследования с привлечением групп здоровых доноров среднего возраста и неселективных случаев РМЖ;

4) Изучить потерю интактных аллелей в клетках опухоли, как одного из механизмов злокачественной прогрессии, используя ДНК, выделенную из карцином молочной железы носителей мутации.

Научная новизна полученных результатов.

Впервые изучена на группе пациенток с диагнозом «рак молочной железы» и здоровых донорах, проживающих преимущественно в Северо-Западном регионе России, встречаемость полиморфных вариантов в генах репарации двунитевых повреждений ДНК (RAD50, MRE11A, NBS1). Показано, что 0,6% здоровых женщин среднего возраста (18-45 лет) Северо-Запада России являются носителями наследственной мутации NBS1 657del5. Гетерозиготное носительство NBS1 657del5 ассоциировано с повышенным риском развития РМЖ, причем среди больных, носителей указанной мутации, отмечается тенденция к более раннему, по сравнению с «не-носителями», началу заболевания. Не обнаружено ассоциации между носительством мутации NBS1 657del5 и какими-либо другими клинико-морфологическими особенностями РМЖ. Установлено, что в опухолях молочной железы у носителей данной мутации наблюдаются потери гетерозиготности в области мутации, при этом делеции может подвергаться как интактный, так и мутантный аллель. Не выявлено связи между распространенным полиморфизмом reHaNBSl E185Q (популяционная частота - 37%) и предрасположенностью к РМЖ. Поскольку большинство протестированных в ходе работы генетических вариантов представленны в изученной группе как мономорфные (частота менее 0,005), это не позволяет в настоящее время определенно ответить на вопрос о взаимосвязи таких полиморфизмов с предрасположенностью к РМЖ.

Практическая значимость.

Диссертация имеет научно-теоретический характер.

Апробация работы.

Результаты работы были представлены на Конференции по фундаментальной онкологии (15 апреля 2005 г., Санкт-Петербург, Россия), Российско-Американской конференции по биотехнологии (26-28 мая 2005 г., Санкт-Петербург, Россия) и на научной конференции лаборатории молекулярной онкологии, лаборатории онкоэкологии, лаборатории канцерогенеза и старения ГУН НИИ онкологии им. проф. Н.Н. Петрова Росздрава (20 апреля 2006 г., Санкт-Петербург, Россия).

Структура и объем диссертации.

Диссертация изложена на 77 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, глав материалов и методов, результатов исследований, обсуждения полученных данных и выводов. Работа иллюстрирована 9 таблицами и 8 рисунками. Библиографический указатель включает 172 публикации на русском и английском языках.

 
 

Заключение диссертационного исследования на тему "Роль полиморфизмов генов репарации ДНК в формировании предрасположенности к раку молочной железы"

выводы

1. Встречаемость мутации NBS1 657del5 среди здоровых женщин среднего возраста (18-45 лет) Северо-Запада России составляет 0,6%.

2. Гетерозиготное носительство мутации NBS1 657del5 ассоциировано с повышенным риском развития рака молочной железы (х-квадрат тест: р = 0,046).

3. У пациенток с диагнозом РМЖ и БРМЖ, являющихся носителями мутации NBS1 657del5, отмечается тенденция к более раннему началу заболевания.

4. Развитие РМЖ у носителей мутации NBS1 657del5 не связано с утратой интактного аллеля гена NBS1.

 
 

Список использованной литературы по медицине, диссертация 2006 года, Буслов, Константин Григорьевич

1. Копнин Б.П. Опухолевые супрессоры и мутаторные гены // В кн. Канцерогенез. М.: Научный мир, 2000. - С. 86-87.

2. Моисеенко В.М., Семиглазов В.Ф., Тюляндин С.А. Современное лекарственное лечение местно-распространенного и метастатического рака молочной железы // СПб.: Грифон, 1997. 254 с.

3. Степанов В.М. Молекулярная биология. Структура и функции белков // М.: Высш. шк., 1996. 335 с.

4. Bishop A.J.R., Schiestl R.H. Homologous recombination as a mechanism for genome rearrangements: environmental and genetic effects // Hum. Mol. Genet. -2000. Vol. 9. - P. 2427 - 2334.

5. Ambrosone C.B., Coles B.F., Freudenheim J.L., Shields P.G. Glutathione-S-transferase-(i (GSTM1) genetic polymorphisms do not affect human breast cancer risk, regardless of dietary antioxidants // J. Nutr.-1999 -Vol. 129. P. 565S-568S.

6. Baron J.A., La Vecchia C., Levi F. The antiestrogenic effect of cigarette smoking in women // Am J Obstet Gynecol. 1990. - Vol. 162. - P. 502-514.

7. Baron J.A. Beneficial effects of nicotine and cigarette smoking: the real, the possible and the spurious // Br Med Bull. 1996. - Vol. 52. - P. 58-73.

8. Baron J.A., Haile R.W. Protective effect of cigarette smoking on breast cancer risk in women with BRCA1 or BRCA2 mutations??? // J Natl Cancer Inst. -1998.-Vol. 90.-P. 726-727.

9. Bernstein C., Bernstein H., Payne C.M., Garewal H. DNA repair/pro-apoptotic dual-role proteins in five major DNA repair pathways: fail-safe protection against carcinogenesis//Mutat Res. -2002. Vol. 511.-P. 145-178.

10. Berstein L., Tsyrlina E., Poroshina Т., Bychkova N., Kalinina N., Gamajunova V., Vasilyev D., Kovalenko I. Switching (overtargeting) of estrogen effects and its potential role in hormonal carcinogenesis // Neoplasma. 2002. - Vol. 49. -P. 21-25.

11. Brennan P, Boffetta P. Proper controls for SNP studies? // Carcinogenesis. -2002.-Vol. 23.-P. 2135.

12. Chu K.C., Tarone R.E., Kessler L.G., Ries L.A., Hankey B.F., Miller B.A., Edwards B.K. Recent trends in U.S. breast cancer incidence, survival, and mortality rates //J Natl Cancer Inst. 1996.-Vol. 88.-P. 1571-1579.

13. Clamp A., Danson S., Clemons M. Hormonal risk factors for breast cancer: identification, chemoprevention, and other intervention strategies // Lancet Oncol. 2002. - Vol. 3. - P. 611 -619.

14. Clamp A., Danson S., Clemons M. Hormonal and genetic risk factors for breast cancer // Surgeon. 2003. - Vol. 1. - P. 23-31.

15. Clemons M, Goss P. Estrogen and the risk of breast cancer // N Engl J Med. -2001.-Vol. 344.-P. 276-85.

16. Clemons M., Loijens L., Goss P. Breast cancer risk following irradiation for Hodgkin's disease // Cancer Treat Rev. 2000. - Vol. 26. - P. 291-302.

17. Colleu-Durel S., Guitton N., Nourgalieva K., Leveque J, Danic В., Chenal C. Genomic instability and breast cancer // Oncol Rep. 2001. - Vol. 8. - P. 10011005.

18. Cordell H.J., Clayton D.G. Genetic association studies // Lancet. 2005. - Vol. 366.-P. 1121-1131.

19. Cortez D., Wang Y., Qin J., Elledge S.J. Requirement of ATM-dependent phosphorylation of brcal in the DNA damage response to double-strand breaks // Science. 1999. - Vol. 286. - P. 1162-1166.

20. Cybulski C., Gorski В., Debniak Т., Gliniewicz В., Mierzejewski M., Masojc В., Jakubowska A., Matyjasik J., Zlowocka E., Sikorski A., Narod S.A., Lubinski J. NBS1 is a prostate cancer susceptibility gene // Cancer Res. 2004. - Vol. 64. -P. 1215-1219.

21. Coyle Y.M. The effect of environment on breast cancer risk // Breast Cancer Res Treat. 2004. - Vol. 84. - P. 273-288.

22. D'Amours D., Jackson S.P. The Mrell complex: at the crossroads of dna repair and checkpoint signalling // Nat Rev Mol Cell Biol. 2002. - Vol. 3. - P. 317327.

23. Darbre P.D. Steroids and steroid receptors in growth control of cultured breast cancer cells // Int J Cancer Suppl. 1990. - Vol. 5. - P. 67-75.

24. Digweed M., Reis A., Sperling K. Nijmegen breakage syndrome: consequences of defective DNA double strand break repair // Bioessays. — 1999. Vol. 21. — P. 649-656.

25. Duker N.J. Chromosome breakage syndromes and cancer // Am J Med Genet. -2002.-Vol. 115.-P. 125-129.

26. Dumitrescu R.G., Shields P.G. The etiology of alcohol-induced breast cancer // Alcohol. -2005,-Vol. 35. P. 213-225.

27. Dunning A.M., Healey C.S., Pharoah P.D., Teare M.D., Ponder B.A., Easton D.F. A systematic review of genetic polymorphisms and breast cancer risk // Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 1999. - Vol. 8. - P. 843-854.

28. Eccles D., Simmonds P., Goddard J., Coultas M., Hodgson S., Lalloo F., Evans G., Haites N. Familial breast cancer: an investigation into the outcome of treatment for early stage disease // Fam Cancer. 2001. - Vol. 1. - P. 65-72.

29. Elliott В., Jasin M. Double-strand breaks and translocations in cancer // Cell Mol Life Sci. 2002. - Vol. 59. - P. 373-385.

30. Essers J., Hendriks R.W., Swagemakers S.M., Troelstra C., de Wit J., Bootsma D., Hoeijmakers J.H., Kanaar R. Disruption of mouse RAD54 reduces ionizing radiation resistance and homologous recombination // Cell. 1997. - Vol. 89. -195-204.

31. Fearon E.R. Human cancer syndromes: clues to the origin and nature of cancer // Science. 1997.-Vol.278.-P. 1043-1050.

32. Featherstone C., Jackson S.P. DNA double-strand break repair // Curr Biol. -1999. Vol. 9. - P. R759-R761.

33. Featherstone C., Jackson S.P. DNA-dependent protein kinase gets a break: its role in repairing DNA and maintaining genomic integrity // Br J Cancer. 1999. -Vol. 80.-14-19.

34. Featherstone C., Jackson S.P. DNA repair: the Nijmegen breakage syndrome protein // Curr Biol. 1998. - Vol. 8. - P. R622-R625.

35. Ferguson L.R., Philpott M., Karunasinghe N. Dietary cancer and prevention using antimutagens//Toxicology. 2004. - Vol. 198.-P. 147-159.

36. Fukuda Т., Sumiyoshi Т., Takahashi M., Kataoka Т., Asahara Т., Inui H., Watatani M., Yasutomi M., Kamada N., Miyagawa K. Alterations of the double-strand break repair gene MRE11 in cancer // Cancer Res. 2001. - Vol. 61. - P. 23-26.

37. Gatei M., Young D., Cerosaletti K.M., Desai-Mehta A., Spring K., Kozlov S., Lavin M.F., Gatti R.A., Concannon P., Khanna K. ATM-dependent phosphorylation of nibrin in response to radiation exposure // Nat Genet. 2000. -Vol. 25.-P. 115-119.

38. Gerber В., Muller H., Reimer Т., Krause A., Friese K. Nutrition and lifestyle factors on the risk of developing breast cancer // Breast Cancer Res Treat. 2003. -Vol. 79.-P. 265-276.

39. Ginsburg E.S. Estrogen, alcohol and breast cancer risk // J Steroid Biochem Mol Biol. 1999. - Vol. 69. - P. 299-306.

40. Girard P.M., Riballo E., Begg A.C., Waugh A., Jeggo P.A. Nbsl promotes ATM dependent phosphorylation events including those required for Gl/S arrest // Oncogene. 2002. - Vol. 21. - P. 4191-4199.