Исследование ассоциации полиморфизма ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета 1 типа

Абрамов, Дмитрий Дмитриевич

Диссертации по медицине → Аллергология и иммулология

Автореферат и диссертация по медицине (14.00.36) на тему:Исследование ассоциации полиморфизма ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета 1 типа

ДИССЕРТАЦИЯ

АВТОРЕФЕРАТ

Абрамов, Дмитрий Дмитриевич Москва 2008 г.

Ученая степень: кандидата биологических наук

ВАК РФ: 14.00.36

Автореферат диссертации по медицине на тему Исследование ассоциации полиморфизма ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета 1 типа

На правах рукописи

Абрамов Дмитрий Дмитриевич

ИССЛЕДОВАНИЕ АССОЦИАЦИИ ПОЛИМОРФИЗМА РЯДА ГЕНОВ-КАНДИДАТОВ С РАЗВИТИЕМ САХАРНОГО ДИАБЕТА 1 ТИПА

14.00.36 - аллергология и иммунология

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук.

Москва, 2008

003458936

Работа выполнена в ГНЦ «Институт иммунологии ФМБА России».

Научный руководитель:

Доктор медицинских наук, профессор Алексеев Леонид Петрович Официальные оппоненты:

Доктор биологических наук, профессор Михайлова Августа Алексеевна Доктор медицинских наук, профессор Винницкий Леонид Ильич

Ведущая организация:

Научно исследовательский институт вакцин и сывороток имени И.И.Мечнико

Защита состоится «28» января 2009 года в 14-00 на заседании совета защите докторских и кандидатских диссертаций Д 208.017.01 в ГНЦ «Инсти иммунологии ФМБА России» по адресу: 115478, Москва, Каширское шосс дом 24, корп. 2.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ГНЦ «Инсти1 иммунологии ФМБА России»

Автореферат разослан « ^» ОР4СП^л/2008 года

РАМН

доктор медицинских наук

Ученый секретарь диссертационного совета,

ВВЕДЕНИЕ.

Актуальность работы.

Сахарный диабет первого типа (СД 1 типа) — заболевание, характеризующееся дефицитом секреции инсулина р-клетками поджелудочной железы. Большинство случаев сахарного диабета 1 типа связаны с аутоиммунными процессами. Существенная роль в развитии СД 1 типа принадлежит генетическим предрасполагающим факторам.

Распространенность СД 1 типа среди населения различных стран колеблется от <0,1 до 2%. В настоящее время в мире насчитывается более 10 млн. больных СД 1 типа.

Одним из наиболее перспективных направлений в современной иммуногенетике является поиск генов-кандидатов, продукты которых могут быть прямо или косвенно вовлечены в развитие иммунопатологии а также полиморфных маркеров в генах-кандидатах и выявление их ассоциации с наследственными заболеваниями.

Генетическая предрасположенность к развитию сахарного диабета 1 типа (СД 1 типа) связана в основном с генами HLA класса II. Известны определенные аллели гена HLA-DRB1, являющиеся маркерами предрасположенности. Кроме того, известно еще около 20 групп генов, участвующих в формировании предрасположенности к СД 1 типа.

В частности, выбранные для исследования гены TNF, IFNG, PTPN22, CTLA4, HLA-DMB, HLA-LMP2 и HLA-DPB1 участвуют в иммунном ответе и, по литературным данным, могут быть ассоциированы с развитием СД 1 типа.

Так, гены HLA-LMP и HLA-DM обеспечивают физиологическую презентацию процессированных пептидов для дальнейшего развития иммунного ответа, для ряда популяций выявлена связь между определенными аллелями данных генов и развитием СД 1 типа [Sang Y., et al., 2005; Sia С., et al., 2005].

■ о-A / ^

Роль продуктов гена HLA-DPB1 схожа с ролью продуктов генов HLA-DRB1 и HLA-DQ, то есть заключается в презентации фрагментов экзогенных пептидов. Опубликованы данные, свидетельствующие о наличии ассоциации развития СД 1 типа с некоторыми аллельными вариантами гена HLA-DPB1 [Rayner M., et al., 2002].

Продукты генов TNF и INFG участвуют в обеспечении защиты от вирусных инфекций, а также играют важную роль в патогенезе СД 1 типа, вызывая деструкцию ß-клеток поджелудочной железы [Siekiera U.,et al., 2002].

Продукты генов PTPN22 и CTLA4 участвуют в регуляции активации Т-лимфоцитов, таким образом, играя важную роль в развитии аутоиммунных процессов, обусловленных действием Т-лимфоцитов. Полиморфизм генов PTPN22 и CTLA4 связан с развитием ряда аутоиммунных заболеваний, в том числе СД 1 типа [Иванова О.Н., и др., 2008; Krokowski M,et al., 1998].

Установление ассоциации полиморфизмов перечисленных генов-кандидатов с развитием СД 1 типа у русских жителей г. Москвы имеет большое значение для разработки методов оценки индивидуального генетического риска, а также дифференцированного подхода к профилактике и лечению данной патологии и ее осложнений в зависимости от наследственной предрасположенности конкретного больного.

Цель исследования

Исследовать ассоциации замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858 С/Т), CTLA4 (+49 A/g), и аллелей генов HLA-DMB, HLA-LMP2, HLA-DPB1 с развитием СД 1 типа.

Задачи исследования

1. Разработать реагенты и методики для определения замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т) и CTLA4 (+49A/g).

2. Разработать реагенты и методики для генотипирования по локусам HLA-DPB1, HLA-DMB, HLA-LMP2.

3. С помощью разработанных реагентов и методик исследовать частоту встречаемости замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т) и CTLA4 (+49A/g) и частоту встречаемости аллелей генов HLA-DMB, HLA-LMP2 и HLA-DPB1 в русской популяции среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

4. Используя статистические методы выявить ассоциацию замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т), CTLA4 (+49A/g), а также аллелей генов HLA-DMB, HLA-LMP2, HLA-DPB1 с развитием СД 1 типа.

Новизна исследования

Впервые получены данные о частоте встречаемости аллелей генов HLA-DMB, HLA-LMP2 и HLA-DPB1 у русских жителей г. Москвы среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

Впервые получены данные о частоте встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене CTLA4 (+49A/g) в московской популяции среди больных СД 1 типа и среди представителей контрольной группы, не несущих ни одного из «классических» маркерных гаплотипов HLA.

Практическая значимость

Установлены ассоциации полиморфизма ряда генов с развитием сахарного диабета 1 типа, что создает возможность оценки индивидуального генетического риска и имеет большое значение для разработки дифференцированного подхода к профилактике и лечению данного заболевания в зависимости от наследственной предрасположенности конкретного больного.

Разработаны и внедрены в производство лабораторные варианты тест-систем для определения замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т), CTLA4 (+49A/g) и аллелей генов HLA-DMB, HLA-LMP2, HLA-DPB1.

Характеристика геномного полиморфизма в исследованных популяциях имеет общее популяционно-генетическое значение и служит вкладом в развитие фундаментальной науки.

Публикации и апробация работы

Основное содержание диссертации изложено в 4 публикациях, в том числе: 2 статьи в журналах, рекомендованных ВАК для опубликования научных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора наук, и 2 публикации в материалах отечественных и зарубежных научных конгрессов.

Диссертация апробирована на заседании секции № 2 Ученого совета ГНЦ «Института иммунологии ФМБА России» от 19 июня 2008 г. и рекомендована к защите на соискание ученой степени кандидата биологических наук по специальности «14.00.36 - аллергология и иммунология».

Структура и объем работы

Работа изложена на 91 странице, состоит из введения, обзора литературы, раздела «Материалы и методы», раздела «Результаты исследований», раздела «Обсуждение полученных результатов» выводов и списка литературы. Работа включает 24 рисунка и 25 таблиц.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

Для исследования были выбраны 2 популяции: дети в возрасте 5-12 лет с диагнозом «сахарный диабет 1 типа» (23 мальчика и 27 девочек, русские жители г. Москвы) и случайная выборка доноров крови в возрасте 27-42 лет

(32 мужчины и 39 женщин, русские жители г. Москвы), составивших контрольную группу. Данные популяции ранее были охарактеризованы по локусам HLA-DRB1, HLA-DQB1 и HLA-DQA1.

Выделение ДНК проводили методом высаливания по стандартной методике [Miller S.A., et al., 1988].

Определение замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т), CTLA4 (+49A/g) и HLA-LMP2 проводили методом «примыкающих проб» [Lyon Е., et al., 2001]. При проведении генотипирования с применением разработанных тест-систем, для повышения достоверности полученных результатов, все образцы ДНК тестировали в двух повторах. Полимеразную цепную реакцию и определение температуры плавления олигонуклеотидных проб проводили с помощью детектирующего амплификатора ДТ-96 (ЗАО «НПФ ДНК-Технология», Россия). Для предотвращения неспецифического отжига праймеров и повышения чувствительности тест-систем использовали Taq-полимеразу блокированную специфическими антителами.

Генотипирование по локусам HLA-DPB1 и HLA-DMB проводили методом автоматического секвенирования ДНК по Сэнгеру [Sanger F., et al., 1975]. Секвенирование проводили с помощью автоматического секвенатора OpenGene (Visible Genetics, Канада). Определение аллелей и генотипов HLA-DPB1 и HLA-DMB, на основании результатов секвенирования, проводили с использованием базы данных IMGT/HLA Databases, содержащей регулярно обновляемую информацию об аллелях генов системы HLA.

Статистическая обработка результатов

Для статистической обработки результатов использовали пакеты программ «Арлекин» и «Статистика».

Для проверки гипотезы о соответствии распределения экспериментальных и теоретических частот генотипов, полученные результаты

сравнивали с равновесным распределением Харди-Вайнберга. Для сравнения использовали критерий %2.

Частоту вариантов нуклеотидных последовательностей и аллелей (J) вычисляли по формуле:

/= n/2N

где п - встречаемость варианта (аллеля), N- объем выборки. Частоту генотипов (J) вычисляли по формуле:

/= n/N

где п - встречаемость генотипа, N — объем выборки.

Сравнение частот вариантов, аллелей и генотипов проводили с использованием точного критерия Фишера с применением поправки Бонферони.

РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

1. Разработка лабораторного варианта тест-систем для определения замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238g/A и -308g/A), IFNG (+874Т/А), CTLA4 (+49A/g), PTPN22 (+1858C/T) и HLA-LMP2 методом «примыкающих проб».

В ходе работы созданы лабораторные варианты тест-систем для определения замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238g/A и -308g/A), IFNG (+874Т/А), CTLA4 (+49A/g), PTPN22 (+1858C/T) и HLA-LMP2.

Использованный нами способ генотипирования является вариантом классического метода «примыкающих проб». При идентификации замен одиночных нуклеотидов вначале проводили ПЦР с праймерами, общими для обоих вариантов последовательности, затем понижали температуру реакционной смеси для гибридизации полученной матрицы с олигонуклеотидными пробами. Для определения варианта последовательности использовали два типа олигонуклеотидов, гибридизующихся на матрицу рядом. Один из олигонуклеотидов метили флуорофором, другой - гасителем

флуоресценции. В реакции использовали один общий олигонуклеотид с гасителем флуоресценции и набор сиквенс-специфичных олигонуклеотидов несущих флуорофор. Олигонуклеотидные пробы, соответствующие тому или иному варианту последовательности метили различными флуорофорами, что позволило определять оба варианта в одной пробирке. Определение генотипа проводили после ПЦР и гибридизации путем измерения уровня флуоресценции в ходе температурной денатурации дуплексов олигонуклеотидов и полученных матриц. Данное измерение проводилось в режиме реального времени, его результатом являлись кривые плавления. Если анализируемый образец содержал только один вариант последовательности, т.е. был гомозиготен по данному полиморфизму, температура плавления для пробы образующей совершенный дуплекс была существенно выше, чем для пробы образующей несовершенный дуплекс. Если же анализировали гетерозиготный образец, температуры плавления были практически одинаковы. При проверке работоспособности созданых тест-систем, в качестве референсного метода определения генотипа образцов использовали автоматическое секвенирование ДНК по Сэнгеру.

Использованный нами подход продемонстрировал высокую точность анализа и достаточную пропускную способность. Определение температуры плавления дуплексов непосредственно после проведения ПЦР в режиме «реального времени» позволяет избежать отдельной стадии определения результатов и исключить загрязнение лаборатории продуктами реакции.

2. Разработка лабораторного варианта тест-систем для определения аллелей генов НЬА-ОРВ1 и НЬА-БМВ методом автоматического секвенироваиия ДНК по Сэнгеру

В ходе работы созданы лабораторные варианты тест-систем для определения аллелей генов НЬА-ОРВ1 и НЬА-ЭМВ методом автоматического секвенироваиия ДНК. Данный подход считается наиболее достоверным

методом определения нуклеотидной последовательности ДНК. Несмотря на довольно высокую себестоимость генотипирования, применение метода секвенирования оправдано значительным количеством аллелей исследуемых локусов (на апрель 2008 года известно более 120 аллелей гена HLA-DPB1 и 7 аллелей гена HLA-DMB).

Из существующего разнообразия методик автоматического секвенирования ДНК нами был выбран оптимальный для генотипирования вариант предполагающий флуоресцентное мечение праймеров.

3. Генотипирование образцов

С помощью разработанных тест-систем проведено генотипирование образцов ДНК и определена частота встречаемости замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т), CTLA4 (+49A/g) и частота встречаемости аллелей HLA-DPB1, HLA-DMB, HLA-LMP2 в русской популяции среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

4. Проверка соотношения Харди-Вайнберга в исследованных популяциях

Для проверки гипотезы о соответствии распределения экспериментальных и теоретических частот генотипов, полученные результаты сравнивали с равновесным распределением Харди-Вайнберга. Для сравнения использовали критерий х2-

По результатам проведенного исследования во всех популяциях отклонения от равновесия Харди-Вайнберга были статистически недостоверны (Р>0,05), что позволяет сделать вывод об отсутствии факторов влияющих на генетическую структуру изученных популяций.

4. ИЗУЧЕНИЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЯ АЛЛЕЛЕЙ ГЕНОВ HLA-DPB1, HLA-DMB И HLA-LMP2 В ИССЛЕДОВАННЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ

4.1 Распределение аллелей гена HLA-DPB1

Из более чем 120 аллелей гена HLA-DPB1, известных на апрель 2008 года, в исследованных популяциях было выявлено 15. Наиболее частотными как среди больных СД 1 типа так и в контрольной группе, оказались аллели DPB1*01011, *02012, *0301, *0401, *0402. Аллели DPB 1*0501, *0601, *0901, * 1001, * 1301, * 1401, * 1501, *1701, *2001 и *2301 были редкими (таблица 1). Полученные различия в распределении аллелей гена HLA-DPB1 в исследованных популяциях были статистически недостоверны (Р>0,05).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют об отсутствии ассоциации развития СД 1 типа с аллельными вариантами гена HLA-DPB1.

Таблш/а 1. Распределение аллелей гена DPB1 среди больных СД 1 типа и в

контрольной группе.

Больные СД 1 типа Контрольная группа

АЛЛЕЛЬ (№ =50) (№ =71) Р

п % п %

♦01011 8 8 9 6,3 нд

*02012 21 21 27 18,8 нд

*0301 16 16 12 8,3 нд

*0401 33 33 57 39,6 нд

*0402 10 10 19 13,2 нд

*0501 0 0 1 0,7 нд

*0601 2 2 1 0,7 нд

♦0901 0 0 1 0,7 нд

*1001 1 1 2 1,4 нд

* 1301 2 2 4 2,8 нд

* 1401 1 1 3 2,1 нд

* 1501 3 3 1 0,7 нд

* 1701 1 1 3 2,1 нд

*2001 1 1 0 0 нд

*2301 1 1 2 1,4 нд

4.2 Распределение аллелей гена HLA-DMB

Из 7 аллелей гена HLA-DMB, известных на апрель 2008 года, в исследованных популяциях было выявлено 3.

Наиболее частотным, как среди больных СД 1 типа, так и в контрольной группе, оказался аллель DMB*0101. Аллели DMB*0102 и *0103 были редкими. Аллели DMB*0104, *0105, *0106 и *0107 выявлены не были (таблица 2). Полученные различия в распределении аллелей гена HLA-DMB в исследованных популяциях были статистически недостоверны (Р>0,05).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют об отсутствии ассоциации развития СД 1 типа с аллельными вариантами гена HLA-DMB.

Таблица 2. Распределение аллелей гена HLA-DMB.

АЛЛЕЛЬ Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

*0101 77 77 116 82 нд

*0102 6 6 8 7 нд

*0103 17 17 18 12 нд

Р - точный тест Фишера

4.3 Распределение аллелей гена НЬА-ЬМР2

Наиболее частотным, как среди больных СД 1 типа, так и в контрольной группе оказался аллель НЬА-ЬМР2.1 (таблица 3, таблица 4). Полученные различия в распределении генотипов и аллелей гена НЬА-ЬМР2 в исследованных популяциях были статистически недостоверны (Р>0,05).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют об отсутствии ассоциации развития СД 1 типа с аллельными вариантами гена НЬА-ЬМР2.

Таблица 3. Распределение аллелей НЬА-ЬМР2 среди больных СД 1 типа и в

контрольной группе.

АЛЛЕЛЬ Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

ЬМР2.1 78 78 106 75 нд

ЬМР2.2 22 22 36 25 нд

Р - точный тест Фишера

Таблица 4. Распределение генотипов НЬА-ЬМР2 среди больных СД 1 типа и в

контрольной группе.

ГЕНОТИП Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

ЬМР2.1/2.1 27 54 36 51 нд

ЬМР2.1/2.2 23 46 33 46 нд

ЬМР2.2/2.2 0 0 2 3 нд

Р - точный тест Фишера

5. Изучение частоты встречаемости замены одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874Т/А), PTPN22 (+1858С/Т) и CTLA4 (+49A/g) в исследованных популяциях

5.1 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF (-238 g/A)

Наиболее частотным, как среди больных СД 1 типа, так и в контрольной группе, оказался вариант TNF (-238g). Генотипа АА выявлено не было (таблица 5, таблица 6). Полученные различия в частоте встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF (-238g/A) в исследованных популяциях были статистически недостоверны (Р>0,05).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют об отсутствии ассоциации развития СД 1 типа с заменой одиночного нуклеотида в гене TNF (-238g/A).

Таблица 5. Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF (-238g/A) среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

ВАРИАНТ Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

g 97 97 140 98,5 нд

А 3 3 2 1,5 нд

Р - точный тест Фишера

Таблица 6. Распределение генотипов TNF (-238g/A) среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

Больные СД 1 типа Контрольная группа

ГЕНОТИП (N=50) (N=71) Р

п % п %

gg 47 94 69 97 нд

йА 3 6 2 3 нд

АА 0 0 0 0 нд

5.2 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF (-308 g/A)

Наиболее частотным, как среди больных СД 1 типа, так и в контрольной группе оказался вариант TNF (-308g). Генотипа АА выявлено не было (таблица 7, таблица 8).

Полученные различия в частоте встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF (-308 g/A) в исследованных популяциях были статистически недостоверны (Р>0,05).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют об отсутствии ассоциации развития СД 1 типа с заменой одиночного нуклеотида в гене TNF (-308g/A).

Таблица 7. Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF

(-308g/A) среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

ВАРИАНТ Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

g 85 85 124 87 нд

А 15 15 18 13 нд

Р - точный тест Фишера

Таблица 8. Распределение генотипов TNF (-308g/A) среди больных СД 1 типа и

в контрольной группе.

ГЕНОТИП Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

gg 35 70 53 74 нд

gA 15 30 18 26 нд

АА 0 0 0 0 НД

Р - точный тест Фишера

5.3 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене №N0 (+874Т/А)

Наиболее частотным, как среди больных СД 1 типа, так и в контрольной группе оказался вариант №N0 (+874Т), (таблица 9, таблица 10).

Полученные различия в частоте встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене ШЫв (+874Т/А) в исследованных популяциях были статистически недостоверны (Р>0,05).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют об отсутствии ассоциации развития СД 1 типа с заменой одиночного нуклеотида в гене 1РЫ0 (+874Т/А).

Таблица 9. Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене

№N0 (+874Т/А) среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

ВАРИАНТ Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

Т 58 58 78 55 нд

А 42 42 64 45 нд

Р - точный тест Фишера

Таблица 10. Распределение генотипов №N0 (+874Т/А) среди больных СД 1

типа и в контрольной группе.

ГЕНОТИП Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

ТТ 15 31 22 31 нд

АТ 27 53 34 48 нд

АА 8 16 15 21 НД

Р - точный тест Фишера

5.4 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене РТРШ2 (+1858С/Т)

Наиболее частотным, как среди больных СД 1 типа, так и в контрольной группе оказался вариант РТРЫ22 1858С, (таблица II, таблица 12).

Полученные различия в частоте встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене РТРЫ22 (+1858С/Т), в исследованных популяциях были статистически недостоверны (Р>0,05).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют об отсутствии ассоциации развития СД 1 типа с заменой одиночного нуклеотида в гене РТРШ2 (+1858С/Т).

Таблица 11. Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене РТРШ2 (+1858С/Т) среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

ВАРИАНТ Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

С 87 87 118 83 нд

Т 13 13 24 17 нд

Р - точный тест Фишера

Таблица 12. Распределение генотипов РТРШ2 (+1858С/Т) среди больных СД 1

типа и в контрольной группе.

ГЕНОТИП Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

СС 34 69 53 75 нд

СТ 15 29 17 24 нд

ТТ 1 2 1 1 нд

Р - точный тест Фишера

5.5 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене СТЬА4 (+49А/й)

Частота варианта СТЬА4 (+49§) среди больных СД 1 типа составила 57%, в контрольной группе - 40%. Полученные различия являются статистически достоверными (Р<0,05), (таблица 13).

Частота генотипа С7ЪА4 (+49gg) среди больных СД 1 типа составила 40%, в контрольной группе - 14%. Полученные различия являются статистически достоверными (Р<0,05), (таблица 14).

Таким образом, полученные для исследованных популяций данные свидетельствуют, что замена аденина на гуанин в 49 позиции нуклеотидной последовательности первого экзона гена СТЬА4 ассоциирована с развитием СД 1 типа.

Таблица 13. Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене СТЬА4 (+49среди больных СД 1 типа и в контрольной группе.

ВАРИАНТ Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

А 43 43 85 60 3,7х10"3

К 57 57 57 40 3,7x10"3

Р - точный тест Фишера

Таблица 14. Распределение генотипов СТЬА4 (+49А/^ среди больных СД 1

типа и в контрольной группе.

ГЕНОТИП Больные СД 1 типа (N=50) Контрольная группа (N=71) Р

п % п %

АА 13 26 25 35 нд

Ай 17 34 36 51 нд

йй 20 40 10 14 9,7x1с-4

ОБСУЖДЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ РЕЗУЛЬТАТОВ

В настоящем исследовании проведен анализ частоты встречаемости замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т), CTLA4 (+49A/g), и частоты встречаемости аллелей генов HLA-DMB, HLA-LMP2, HLA-DPBI в русской популяции среди детей, больных СД 1 типа и в контрольной группе. Представители исследованных популяций являлись русскими жителями г. Москвы.

Выбранные гены являются генами-кандидатами, по литературным данным участвующими в патогенезе СД 1 типа, и играющими важную роль в развитии иммунного ответа. Можно было предположить, что нарушения функций данных генов-кандидатов, такие как изменение экспрессии, изменение аминокислотной последовательности белкового продукта, в том числе обусловленные генетическим полиморфизмом, могут быть связаны с развитием СД 1 типа у русских жителей г. Москвы, однако в данном исследовании ассоциация замены одиночного нуклеотида с развитием СД 1 типа показана только для гена CTLA4.

Полиморфизм гена CTLA4 обусловлен, в частности, полиморфизмом +49A/g (замена аденина на гуанин в 49 позиции нуклеотидной последовательности первого экзона, приводящая к замене треонина на аланин в 17 позиции аминокислотной последовательности). Обозначение данного полиморфизма в базе данных NCBI - rs231775.

В настоящем исследовании получены следующие результаты: частота варианта CTLA4 (+49g) для больных СД 1 типа составила 57%, в контрольной группе - 40%. Полученные различия являются статистически достоверными (Р<0,05). Частота генотипа CTLA4 (+49gg) для больных СД 1 типа составила 40%, в контрольной группе - 14%. Полученные различия также являются статистически достоверными (Р<0,05).

Необходимо отметить следующее: ген CTLA4 был представлен генотипом +49gg у 7 из 10 больных СД 1 типа, не несущих ни одного из

«классических» маркерных гаплотипов НЬА (01Ш1*04-ВО)А1*301-0(2В1*302 и Б11В1*17-ОС)А1*501-ВС)В1*201). В то же время, генотип СТЬА4 (+49gg) был обнаружен лишь у 6 из 52 представителей контрольной группы, не несущих ни одного из «классических» маркерных гаплотипов НЬА.

Полученные результаты позволяют сделать предположение о независимой от генов системы НЬА роли полиморфизма СТЬА4 (+49А^) в патогенезе СД 1 типа. Следовательно, при определении индивидуального генетического риска развития СД 1 типа наряду с изучением полиморфизма генов НЬА класса II (НЬА-1ЖВ1, НЬА-ОС)В1, НЬА-ОдМ) можно рекомендовать проводить изучение полиморфизма +49А^ гена СТЬА4 (гб231775). Наиболее хорошо полученные нами данные соответствуют результатам Кроковски [КгокхтзИ М,е1 а!., 1998], определившего вариант СТЬА4 (+49£) в 56% случаях для больных СД 1 типа и в 43% случаев для контрольной группы. Необходимо отметить, что в указанном исследовании группа больных СД 1 типа (население центральной Польши) также была представлена детьми, средний возраст которых составил 9,5 лет.

Полученные в настоящем исследовании результаты свидетельствуют об отсутствии ассоциации между заменой одиночного нуклеотида в гене РТРЫ22 (+1858С/Т) и развитием СД 1 типа у русских жителей г. Москвы, тогда как ранее нами было показана такая ассоциация для русских жителей Вологодской области. Расхождения с полученными ранее для представителей Вологодской популяции данными можно объяснить особенностями исследованных популяций. В связи с этим, представляется необходимым проведение исследования частоты встречаемости замен одиночных нуклеотидов в генах СТЬА4 (+49А^) и РТРЫ22 (+1858С/Т) для различных популяций среди больных СД 1 типа разного возраста.

Необходимо отметить, что использованный в настоящей работе, дл* определения полиморфизма СТЬА4 (+49А^), метод «примыкающих проб>: продемонстрировал исключительную точность и эффективность анализа.

5. ВЫВОДЫ

1. Выявлена ассоциация замены аденина на гуанин в 49 позиции нуклеотидной последовательности первого экзона гена CTLA4 (rs231775) с развитием СД 1 типа у русских жителей г. Москвы (дети).

2. Разработан лабораторный вариант тест-системы, позволяющий определять замену аденина на гуанин в 49 позиции нуклеотидной последовательности первого экзона гена CTLA4 (rs231775). Данный метод точен и прост в применении, может быть рекомендован для применения в лабораторной практике, в т.ч. в клинико-диагностических лабораториях.

3. Выявлено отсутствие ассоциации замен одиночных нуклеотидов в генах-кандидатах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т), а также аллельных вариантов генов-кандидатов HLA-DPB1, HLA-DMB и HLA-LMP2, с развитием СД 1 типа у русских жителей г.Москвы (дети).

4. Изучение полиморфизма +49A/g гена CTLA4 (rs231775) может быть рекомендовано в качестве метода скрининга, наряду с изучением полиморфизма генов HLA класса II, при формировании в детском возрасте групп «повышенного риска» по развитию СД 1 типа.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Основное содержание диссертационной работы приведено в следующие публикациях:

1. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Алексеев Л.П. Частоты аллелей гена HLA-LMP2 в русской популяции.//Иммунология, 2006., Т27., №4., С. 196-197.

2. Абрамов Д.Д., Дедов И.И., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Кураева Т.П., Алексеев Л.П. Полиморфизм гена CTLA4 (49A/g) в русской популяции j больных сахарным диабетом 1 типа и здоровых доноров.//Сахарный диабет 2007., №3., С.2-3.

3. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Алексеев Л.П. Полиморфизм гена CTLA4 (49A/g) в русской популяции у больных сахарным диабетом 1 типа и здоровых доноров.// Российский аллергологический журнал, 2007., №3. приложение 1., С.7.

4. D.D.Abramov, E.I. Bateneva, E.G. Grudakova, D.Yu.Trofimov, L.P.Alexeev Polymorphism of CTLA4 (49A/G), IL18(137G/C), TNF-alpha(308G/A) and IL6(174G/C genes in Russian population group in both patients with type 1 diabetes mellitus anc healthy controls. //Tissue antigens, 2007, Vol.69., №5., P.470.

Подписано в печать 23.10. 08 Формат 60x84/16. Бумага офсетная.

___Тираж 100 экз. Заказ № 703_

Отпечатано в службе множительной техники ГУ РОЩ им. H.H. Блохина РАМН 115478, Москва, Каширское ш., 24

Оглавление диссертации Абрамов, Дмитрий Дмитриевич :: 2008 :: Москва

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В РАБОТЕ СОКРАЩЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ: СОВРЕМЕННЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ О ЭТИОЛОГИИ И ПАТОГЕНЕЗЕ САХАРНОГО ДИАБЕТА 1 ТИПА

1.1 КЛАССИФИКАЦИЯ САХАРНОГО ДИАБЕТА

1.1.1 Определение и описание сахарного диабета

1.1.2 Сахарный диабет 1 типа

1.2 ЭТИОЛОГИЯ СД 1 ТИПА

1.2.1 Генетические факторы

1.2.2 Факторы внешней среды

1.3 ЭПИДЕМИОЛОГИЯ СД 1 ТИПА

1.3.1 Географическая вариабельность частоты СД 1 типа

1.3.2 Временные и сезонные изменения частоты СД 1 типа

1.3.3 Популяционно-генетический аспект вариабельности частоты СД 1 типа

1.4 ПАТОГЕНЕЗ СД 1 ТИПА

1.4.1 Стадии развития сахарного диабета 1 типа

1.4.2 Механизмы деструкции b-клеток поджелудочной железы

1.5 ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ФАКТОРЫ РАЗВИТИЯ СД 1 ТИПА

1.5.1 Влияние генетических факторов на развитие СД 1 типа

1.5.1.1 HLA-DRB1, HLA-DQA1, HLA-DQB1 и СД 1 типа

1.5.1.2 HLA-DPB1 и СД 1 типа

1.5.1.3 HLA-LMP2 и СД 1 типа

1.5.1.4 HLA-DM и СД 1 типа

1.5.2 Полиморфизм одиночных нуклеотидов и генетическая предрасположенность к развитию заболеваний

1.5.2.1 Замены одиночных нуклеотидов в гене TNF (-238 g/Aи -308 g/A)

1.5.2.2 Замена одиночного нуклеотида в гене IFNG (+874 Т/А)

1.5.2.3 Замена одиночного нуклеотида в гене PTPN22 (+1858 С/Т)

1.5.2.4 Замена одиночного нуклеотида в гене CTLA4 (+49 A/g)

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 35 2.1 СВЕДЕНИЯ ОБ ИССЛЕДОВАННЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ

2.2 ВЫДЕЛЕНИЕ ДНК ЛИМФОЦИТОВ ПЕРИФЕРИЧЕСКОЙ КРОВИ

2.3 SNP-ГЕНОТИПИР ОВАНИЕ

2.4 СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПО СЭНГЕРУ

2.5 СТАТИСТИЧЕСКАЯ ОБРАБОТКА РЕЗУЛЬТАТОВ

2.6 ИСПОЛЬЗОВАННОЕ В РАБОТЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ И БАЗЫ ДАННЫХ 43 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

3.1 РАЗРАБОТКА ЛАБОРАТОРНОГО ВАРИАНТА ТЕСТ-СИСТЕМ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ЗАМЕН ОДИНОЧНЫХ НУКЛЕОТИДОВ В ГЕНАХ TNF (-238 g/A И -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), CTLA4 (+49 A/g), PTPN22 (+1858 С/Т), HLA-LMP2 МЕТОДОМ «ПРИМЫКАЮЩИХ ПРОБ»

3.2 РАЗРАБОТКА ЛАБОРАТОРНОГО ВАРИАНТА ТЕСТ-СИСТЕМ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ АЛЛЕЛЕЙ HLA-DPB1, HLA-DMB МЕТОДОМ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ДНК ПО СЭНГЕРУ

3.3 ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ОБРАЗЦОВ.

3.4 ПРОВЕРКА СООТНОШЕНИЯ ХАРДИ-ВАЙНБЕРГА В ИССЛЕДОВАННЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ.

3.5 ИЗУЧЕНИЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЯ АЛЛЕЛЕЙ ГЕНОВ HLA-DPB1, HLA-DMB, HLA-LMP2 В ИССЛЕДОВАННЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ

3.5.1 Распределение аллелей гена HLA-DPB

3.5.2 Распределение аллелей гена HLA-DMB

3.5.3 Распределение аллелей гена HLA-LMP

3.6 ИЗУЧЕНИЕ ЧАСТОТЫ ВСТРЕЧАЕМОСШ ЗАМЕН ОДИНОЧНЫХ НУКЛЕОТИДОВ В ГЕНАХ TNF (-238 G/A И -308 G/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+185 8С/Т), CTLA4 (+49A/G) В ИССЛЕДОВАННЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ

3.6.1 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF (-238 g/A)

3.6.2 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене TNF (-308 g/A)

3.6.3 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене IFNG (+874 Т/А)

3.6.4 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене PTPN22 (+1858 С/Т) 66 3.6.5 Частота встречаемости замены одиночного нуклеотида в гене CTLA4 (+49 A/g)

Введение диссертации по теме "Аллергология и иммулология", Абрамов, Дмитрий Дмитриевич, автореферат

Актуальность работы

Значительная доля в исследованиях связанных с патогенезом СД 1 типа принадлежит иммуногенетике и смежным дисциплинам (молекулярная генетика и молекулярная биология). Роль иммуногенетики состоит не только в выявлении механизмов наследования аутоиммунных заболеваний, но и в уточнении представлений о механизмах развития болезни, дополнении информации о предохраняющих и предрасполагающих факторах в развитии заболеваний, а также формировании гипотезы о совокупности экзогенных и эндогенных факторов, приводящих к болезни.

Одним из наиболее перспективных направлений в современной иммуногенетике заболеваний является поиск генов-кандидатов, продукты которых могут быть прямо или косвенно вовлечены в развитие иммунопатологии а также полиморфных маркеров в генах-кандидатах и выявление их ассоциации с наследственными заболеваниями.

Установление ассоциации полиморфных маркеров генов-кандидатов с СД 1 типа и последующая оценка индивидуального генетического риска имеют большое значение для разработки дифференцированного подхода к профилактике и лечению данной патологии и ее осложнений в зависимости от наследственной предрасположенности конкретного больного.

Цель исследования

Задачи исследования

2. Разработать реагенты и методики для генотипирования по локусам HLA-DPB1, HLA-DMB и HLA-LMP2.

4. Используя статистические методы выявить ассоциацию замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (+1858С/Т),

CTLA4 (+49A/g), а также аллелей генов HLA-DMB, HLA-LMP2, HLA-DPB1 с развитием СД 1 типа.

Научная новизна работы

Практическая значимость работы

Установлены ассоциации полиморфизма ряда генов с развитием сахарного диабета 1 типа, что создает создает возможность оценки индивидуального генетического риска и имеет большое значение для разработки дифференцированного подхода к профилактике и лечению данного заболевания в зависимости от наследственной предрасположенности конкретного больного.

Основные положения, выносимые на защиту

Полученные для исследованных популяций данные показывают, что замена аденина на гуанин в 49 позиции нуклеотидной последовательности первого экзона гена CTLA4 ассоциирована с развитием СД 1 типа.

Полученные для исследованных популяций данные показывают отсутствие ассоциации развития сахарного диабета 1 типа с аллельными состояниями генов HLA-DPB1, -DMB, -LMP2 и замен одиночных нуклеотидов в генах TNF (-238 g/A и -308 g/A), IFNG (+874 Т/А), PTPN22 (1858С/Т).

Примененный в работе метод генотипирования с помощью аллель-специфичной ПЦР «в реальном времени» обладает рядом преимуществ перед другими распространенными подходами и может быть рекомендован для использования в лабораторной практике.

Личный вклад автора

Автором разработаны лабораторные варианты тест-систем, проведены основные эксперименты, обработаны и обобщены полученные результаты. Все основные результаты получены лично автором.

Публикации

Апробация диссертации

Структура и объем работы

Заключение диссертационного исследования на тему "Исследование ассоциации полиморфизма ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета 1 типа"

5. ВЫВОДЫ

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Основное содержание диссертационной работы приведено в следующих публикациях:

2. Абрамов Д.Д., Дедов И.И., Трофимов Д.Ю., Болдырева М.Н., Кураева Т.Л., Алексеев Л.П. Полиморфизм гена CTLA4 (49A/g) в русской популяции у больных сахарным диабетом 1 типа и здоровых доноров.//Сахарный диабет, 2007., №3., С.2-3.

4. D.D.Abramov, E.I. Bateneva, E.G. Grudakova, D.Yu.Trofimov, L.P.Alexeev Polymorphism of CTLA4 (49A/G), IL18(137G/C), TNF-alpha(308G/A) and IL6(174G/C) genes in Russian population group in both patients with type 1 diabetes mellitus and healthy controls. //Tissue antigens, 2007, Vol.69., №5., P.470.

Список использованной литературы по медицине, диссертация 2008 года, Абрамов, Дмитрий Дмитриевич

1. Абрамов Д.Д., Трофимов Д.Ю., Алексеев JI.IT. Полиморфизм гена PTPN22 (1858С/Т) в русской популяции у больных сахарным диабетом 1 типа и здоровых доноров.//Медицинская иммунология., 2007., Т.9., №2-3., С.190.

2. Алексеев Л.П., Дедов И.И., Болдырева М.Н. и др. Иммуногенетика сахарного диабета 1 типа./ Современные проблемы аллергологии, иммунологии и иммунофармакологии. -М., ВИНИТИ, 2002., Т. 2., С.203.

3. Алексеев Л.П., Дедов И.К, Болдырева М.Н. и др. HLA-гены маркеры инсулин-зависимого сахарного диабета.// Иммунология., 1995., №5., Т.24., С.308-311.

4. Алексеев Л.П., Болдырева М.Н., Трофимов Д.Ю. и dp. HLA-DQ генотипы и предрасположенность к инсулин-зависимому сахарному диабету.// Иммунология., 1995., №2, С.18-23.

5. Балаболкин М.И. Диабетология. М.: Медицина. 2000.

6. Балаболкин М.И., Дедов И.И. Генетические аспекты сахарного диабета.//Сахарный диабет., 2000., №1., С2-5.

7. Болдырева М.Н., Алексеев Л.П., Хаитов P.M., и др. HLA-генетическое разнообразие населения России и СНГ. I. Русские. //Иммунология., 2005., Т.26., №5., С.260-263.

8. Болдырева М.Н., Гуськова H.A., Богатова О.В., и др. HLA-генетическое разнообразие населения России и СНГ. III. Народы Евразии. //Иммунология., 2006., Т.27., №6., С.324-329.

9. Болдырева М.Н., Хаитов P.M., Дедов И.И., и др. Новый взгляд на механизм HLA ассоциированной предрасположенности к сахарному диабету 1 типа. Теоретические и прикладные аспекты .//Иммунология., 2005., №6., С.324-329.

10. Вейр Б. Анализ генетических данных // М.: «Мир». 1995.

11. Дедов И.И., Шестакова М.В. Сахарный диабет. М.: Универсум Паблишинг. 2003.

12. Животовский JI.A. Популяционная биометрия//М.: «Наука». 1991.

13. Иванов A.B., Сунцов Ю.И. Медленно прогрессирующий сахарный диабет I типа (LADA).//CaxapHbifi диабет. 2000. №1. С.27-29.

14. Кетлинский С.А., СимбирцевA.C. Цитокины. -С-П.: Фолиант., 2008.19 .Кофиади И. А., Ребриков Д.В. Методы детекции однонуклеотидных полиморфизмов: аллель-специфичная ПЦР и гибридизация с олигонуклеотидной пробой.//Генетика, 2006., Т.42. №1. С.22-32.

15. Кураева Т. Л. Популяционно-генетические и иммуногенетические аспекты риска развития инсулинзависимого сахарного диабета. Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора медицинских наук. -М., 1998.

16. Лавин Л. (ред) Эндокринология (пер.с англ.). М.: Практика. 1999.

17. Никонова Т.В., Дедов И.И., Алексеев Л.П., Болдырева М.Н., и др. Прогнозирование СД 1 типа в группах высокого риска.// Сахарный диабет., 2000., №2., С.2-6.

18. РойтА., Бростофф Дж., МейпД. Иммунология.-М.: Мир, 2000.

19. Страчунский Л.С., Козлов С.Н. Современная антимикробная химиотерапия. Руководство для врачей. М.: Боргес, 2002.

20. Уоткинс П.Д. Сахарный диабет. 2-изд. (пер.с англ.) М.: Бином. 2006.

21. Хаитов P.M. Физиология иммунной системы. М.: ВИНИТИ РАН, 2005 г.

22. Чистяков Д. А., Дедов И.И. Локусы генетической предрасположенности к диабету 1 типа IDDM3, IDDM4, IDDM5.// Сахарный диабет., 2000., №1., С52-53.

23. Штанделъ С.А., Федец М.И., Тихонова T.lvL, Великих Н.Е. Сахарный диабет и полиморфизм С1858Т гена PTPN22./Материалы IV Всероссийского диабетологического конгресса., Москва, 19-22 мая 2008., С.24.

24. I.Atkinson М. A., and Maclaren N. К. The Pathogenesis of Insulin-Dependent Diabetes Mellitus.//N Engl J Med., 1994., Vol.331., P. 1428-1436.

25. Badenhoop K., Schwarz G., Bingley P., Trowsdale J., XJsadel K.H., Gale E.A., Botazzo G.F. TNF-alpha gene polymorphisms: association with type I (insulin-dependent) diabetes mellitus.//J. Immunogenet, 1989., Vol.16., №6., P.455-460.

26. Bottazzo G.F., Dean B.M., McNally J.M., MacKay E.H., Swift P.G.F., Gamble D.R. In situ characterization of autoimmune phenomena and expression of HLA molecules in the pancreas in diabetic insulitis.//N Engl J Med., 1985., Vol.313., P.353-360.

27. Brodsky F.M., Lem L., Bresnahan P.A. Antigen Processing and Presentation. // Tissue Antigens., 1996., Vol.47., №.6., P.464-471.

28. Brookes A.J. The essence of SNPs.// Gene., 1999., Vol.234., P.177-186.

29. Chistiakov D.A., Savost'anov K. V., Nosikov V.V. CTLA4 gene polymorphisms are associated with, and linked to, insulin-dependent diabetes mellitus in a Russian population.//BMC Genet , 2001, Vol.2, №6.

30. Cinek O., Drevnnek P., SumnnkZ., BendlovG B., KolouskovS S., Snajderovd M., Vavrinec J. The CTLA4 +49 A/G dimorphism is not associated with type 1 diabetes in Czech children.//Eur. J. Immunogenet, 2002, Vol.29, №3, P.219-222.

31. Cloutier J.F., Veillette A. Cooperative inhibition of T-cell antigen receptor signaling by a complex between a kinase and a phosphatase.//!. Exp.Med, 1999, Vol.189, P. 111-121.

32. Cockerham C. C. Analysis of gene frequencies.// Genetics, 1973, Vol.74, P. 679 700.

33. Cohen S., Dadi H., Shaoul E., Sharfe N. & Roifman C.M. Cloning and characterization of a lymphoid-specific, inducible human protein tyrosine phosphatase.//Lyp. Blood, 1999, Vol.93, P.2013-2024.

34. Corbett J.A., Sweetland M.A., Wang J.L., Lancaster J.R., McDaniel M.L. Nitric oxide mediates cytokine-induced inhibition of insulin secretion by human islets of Langerhans.// Proc Natl Acad Sci U S Al, 1993., Vol.90, P. 1731-1735.

35. Cucca F, Dudbridge F, Loddo M., et al. The HLA-DPBl-associeted component of the IDDM1 and its relationship to the major loci HLA-DQB1, -DQA1, and -DRB1. //Diabetes, 2001, Vol.50, P.1200-1205.

36. Davies JL, Kawaguchi Y, Bennett ST, et al. A genome-wide search for human type 1 diabetes susceptibility genes .//Nature, 1994, Vol.371, C.130-136.

37. Definition, diagnosis and classification of diabetus mellitus and its complications. Parti: Diagnosis and classification of diabetes mellitus. Report of a WHO Consultation, 1999.

38. Diabetes Epidemiology Research International Group. Evalution of epidemiology and immunogenetics of IDDM in Spanish- and Portuguese- heritage registries. A key to understanding the etiology of IDDM?. // Diabetes Care., 1989., Vol.12., P.487-493.

39. Diabetes Epidemiology Research international Group. Secular trends in incidence of childhood IDDM in 10 countres. //Diabetes., 1990., Vol.39., P.858-864.

40. Ding H.L., Cheng H., Fu Z.Z., Deng Q.L., Tang Yan L., Yan T. The relationship of lmp2 and DR3 genes with susceptibility to type I diabetes mellitus in south China Han population.//World J. Gastroenterol., 2000., Vol.6., №.1., P.lll-114.

41. Ekoe J.M. Diabetes Mellitus. Aspects of the worldwide epidemiology of diabetes and its longterm complications. Amsterdam, 1988.

42. Esposito L., Lampasona V, Bonifacio E., Bosi E., Ferrari M. Lack of association of DMB polymorphism with insulin-dependent diabetes.//J. Autoimmun., 1997., Vol.10., P.395-400.

43. Green A., Gale E. Patterson C. Incedence of childhood-onset insulin-dependent diabetes mellitus: the EURODIAB ACE study. // Lancet, 1992, Vol.339, P.905-909.

44. Guazzarotti L., Bartolotta E. Chiarelli F. Maturity onset diabetes of the young (MODY) a new challenge for pediatric diabetologist.// J.Pediatric Endocrinology and Metabolism, 1999, Vol. 12, №4, P. 487-497.

45. Guja C., Marshall S., Welsh K., Merriman M., Smith A., Todd J.A., Ionescu-Torgoviste C. The study of CTLA-4 and vitamin D receptor polymorphisms in the Romanian type 1 diabetes population.//J. Cell Mol. Med, 2002, Vol.6, №1, P.75-81.

46. Guo S., Thompson E. Performing the exact test of Hardy-Weinberg proportion for multiple alleles. // Biometrics, 1992, Vol. 48, P.361 372.

47. Harbo H.F., Celius E.G., VartdalF, et al. CTLA-4 promoter and exon 1 dimorphisms in multiple sclerosis.//Tissue Antigens, 1999, Vol.53, P.106-110.

48. Ikari K, Momohara S., Inoue E., Tomatsu T., Hara M., Yamanaka H. and Kamatani N. Haplotype analysis revealed no association between the PTPN22 gene and RA in a Japanese population.//Rheumatology., 2006., Vol.45., № 11., P.1345-1348.

49. Jaeckel E., Manns M, and Matthias Von Herrath. Viruses and Diabetes.//Annals of the New York Academy of Sciences. 2002. Vol. 958, P.7-25.thyroiditis or Addison's disease in the German population.//Eur. J. Endocrinol, 2005, Vol.53, №6, P.895-899.

50. Kamoun Abid H., Hmida S., Smaoui N., Kaabi H., Abid A., Chaabouni H., Boukef K, Nagati K. Association between type 1 diabetes and polymorphism of the CTLA-4 gene in a Tunisian population.//Pathol. Biol. (Paris), 2001, Vol.49, №10, P.794-79S.

51. Karvonen M., Tuomilehto J., Libman I. A review of the recent epidemiological data on the worldwide incidence of Type I (insulin-dependent) diabetes mellitus. // Diabetologia, 1993, Vol.36, P.883-892.

52. Kelly A., Trowsdale J. Complete nucleotide sequence of a functional HLA-DP beta gene and the region between the DP beta 1 and DP alpha 1 genes: comparison of the 5' ends of HLA class II genes.//Nucleic. Acids Res, 1985, №.5, P.1607-1621.

53. Kim Y.J., Lee H.S., Yoon J.H., Kim C.Y., Park M.H., Kim L.H., Park B.L., Shin H.D. Association of TNF-alpha promoter polymorphisms with the clearance of hepatitis B virus infection.//Hum. Mol. Genetic, 2003, 12 (19), P.2541-2546.

54. KingH., Riwers M. Bulletin WHO/. 1991, Vol.69, P.643-648.

55. Klitz W., Bugawan T.L., Panelo A., Solfelix C.M., Buzzetti R., Pozzilli P., Steiner L., Alejandrino M., Erlich H.A. Association of CTLA-4 variation with type I diabetes in Filipinos.//Immunogenetics., 2002, Vol.54, №5, P.310-313.

56. Knobler-H; Stagnaro-Green-A.; Wallenstein-S.; Schwartz-M.; Roman-S.H. Higher incidence of diabetes in liver tranplant recipients with hepatitis C // J.-Clin.-Gastroenterol. 1998. Jan.; 26 (1): P. 30-34.

57. Kristiansen O.P. NON-MHC genes in type 1 diabetes. Family-based assotiatin studies and functional studies of disease-associeted polymirphism.//Dan. med. Bull, 2005, Vol.52, P. 186-233.

58. Kristiansen O.P., Larsen Z.M., Pociot F. CTLA-4 in autoimmune diseases—a general susceptibility gene to autoimmunity? //Genes. Immun, 2000, №1, P.170-184.

59. Krokowski M., Bodalski J., Bratek A., Machejko P, Caillat-Zucman S. CTLA-4 gene polymorphism is associated with predisposition to IDDM in a population from central Poland.//Diabetcs Metab, 1998, Vol.24, №3, P.241-243.

60. Lee Y.J., Huang FY., Lo F.S., Wang W.C., Hsu C.H., ICao H.A., Yang T.Y., Chang J! G.Association of CTLA4 gene A-G polymorphism with type 1 diabetes in Chinese children.//Clin. Endocrinol. (Oxf), 2000, Vol.52, №2, P.153-157.

61. Lernmark A., FalorniA. Immunology of insulin-dependent diabetes mellitus. In: Pickup J, Williams C, eds. Textbook of diabetes. -Oxford: Blackwell, 1997.

62. Liang H., Yagi K., Asano A., Kobayashi J., Mabuchi H. Association between CTLA-4 +49 A/G polymorphism and type IB diabetes in Japanese population .//Endocrine , 2004, Vol.25, №2, P.105-10.

63. Lyon, E. Mutation detection using fluorescent hybridization probes and melting curve analysis//Expert. Rev. Mol. Diagn, 2001, №1, P.92-101.

64. Mach B., Steimle V, Martinez-Soria E. et al. Regulation of MHC class II genes: lessons from a disease.//Ann. Rev. Immunol, 1996; Vol.14, P.302-310.

65. McCormack R.M., Maxwell A.P., Carson D., Patterson C.C., Bingham A., Savage D.A. Possible association between CTLA4 DNA polymorphisms and early onset type 1 diabetes in a UK population.//Genes. Immun., 2001., Vol.2., №4., P.233-235.

66. Miller SA, Dykes DD, Poleslcy HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. //Nucleic Acids Res., 1988; Vol.16., №3., P. 12-15.

67. Mojtahedi Z., Omrani G.R., Doroudchi M., GhaderiA. CTLA-4 +49 A/G polymorphism is associated with predisposition to type 1 diabetes in Iranians.//Diabetes. Res. Clin. Pract., 2005., Vol.68, №2, P.lll-116.

68. Morris P., Shaman J., Attaya M., et al. An essential role for HLA-DM in antigen presentation by class II major histocompatibility molecules .//Nature, 1994, Vol.368, P.551-558.

69. Nerup J., Mandrap-Poulsen T., Helqvist S., Andersen H.U., Pociot F., Reimers J.I., Cuartero B.G., Karisen A.E., Bjerre U. and Lorenzen T. On the pathogenesis oflDDM.// Diabetologia, 1994, Vol.37, P.82-89.

70. Nunnally B.K., He H., Li L.C., Tucker S.A., McGown L.B. Characterization of visible dyes for four-decay fluorescence detection in DNA sequencing.//Anal Chem., 1997., Vol.69., P.2392-2397.

71. Oguma T, Palmer LJ, Birben E, Sonna LA, Asano K, Lilly CM. Role of prostanoid DP receptor variants in susceptibility to asthma.//N Engl J Med., 2004., 351(17)., P. 1752-63.

72. Ostrov D.A., Shi W., Schwartz J.C., Almo S.C., Nathenson S.G. Structure of murine CTLA-4 and its role in modulating T cell responsiveness.//Science, 2000., Vol.290., №5492., P.816-S19.

73. Rayner M.L., Kelly M.A., Cordell H.J., McTernan C.L., Mijovic C.H., Barnett A.H. Analysis of the role of DPB1-encoded amino acids in the genetic predisposition to type I diabetes mellitus.// Hum Immunol , 2002, №.5, P.413-417.

74. Rice J.A. Mathematical Statistics and Data Analysis // 2nd ed. Duxburry Press: Belmont, CA, 1995.

75. Sang Y.M., Yan C., Zhu C. Ni G.C., Hu Y.M. Relationship between HLA-DMA, DMB alleles and type 1 diabetes in Chinese.//J. Paediator (new series), 2005, №.10, P.20-25.

76. Sanger F., Niclein S., Coulson A.R. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors.//Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 1977, Vol.74, P.5463-5467.

77. Sanjeevi C.B., Kockum I., Lernmark A. The role of major histocompatibility complex in insulin-dependent diabetes mellitus.//Curr. Opin. Endocrinol. Diabetes, 1997, Vol.2, P.3-11.

78. Schrezenmeier., Jagla A. Milk and Diabetes //Journal of the American College of Nutrition, 2000, Vol. 19, No. 90002. P.176-190.

79. Seidl C., Donner H, Fischer B., et al. CTLA-4 codon 17 dimorphism in patients with rheumatoid arthritis.//Tissue Antigens, 1998, Vol.51, P.62-66.

80. Servenious B., Giistafsson K., Widmark E., et al. Molecular map of the human HLA-SB (HLA-DP) region and sequence of an SB-alpha (DP-alpfa) pseudogene.//EMBO J, 1984., Vol.3, P.3209-3214.

81. Sia C. and Weinem M. Genetic Susceptibility to Type 1 Diabetes in the Intracellular Pathway of Antigen Processing A Subject Review and Cross-Study Comparison.//Rev. Diabet Stud, 2005, №.1, P.40-52.

82. Siegmund T., Donner H., Braun J., Usadel K.H., Badenhoop K. HLA-DMA and HLA-DMB alleles in German patients with type 1 diabetes mellitus. //Tissue Antigenes, 1995, Vol.54, P.291-294.

83. Siminovitch K.A. PTPN22 and autoimmune disease.//Nature Genetics, 2004, Vol.36, P.1248-1249.

84. Todd J.A. From genome to etiology in a multifactirial disease, type 1 diabetes.//Bioessays., 1999., Vol.21., P.164-174.

85. Undlien DE, Akselsen HE, Joner G, Dahl-Jorgensen K, Sovik O, Ronningen KS, Thorsby E. No independent associations of LMP2 and LMP7 polymorphisms with susceptibility to develop IDDM.//Diabetes., 1997.', Vol.46., №.2., P.307-312.

86. Van Kaer LAshton-Rickardt P.G., Eichelberger M. et al. Altered peptidase and viral-specific T cell response in LMP2 mutant mice.//Immunity., 1994., №.1., P.533-541.

87. Van Endert P.M., Liblau R.S., Patel S.D., Fugger L., Lopez T, Pociot F., Nerup J., McDevitt H.O. Major histocompatibility complex-encoded antigen processing gene polymorphism in IDDM.//Diabetes., 1994., Vol.43., №.1., P.110-117.

88. Vafiadis P., Bennett S.T., Todd J.A. Insulin expression in human thymus is modulated by INS VNTR alleles at the IDDM2 locus.// Nat Genet., 1997., Vol.15., P.289-292.

89. Venter J.C., Adams M.D., Myers E.W. The sequence of the human genome//Science., 2001., Vol.291., P. 1304-1351.

90. Vaidya B., Pearce S.H., Charlton S., et al. An association between the CTLA-4 exon 1 polymorphism and early rheumatoid arthritis with autoimmune endocrinopathies.//Rheumatology (Oxf)., 2002., Vol.41., P. 180-183.

91. Weber D.A., Evavold B.D., Jensen PE. Enhanced dissociation of HLA-DR-bound peptides in the presence of HLA-DM.//Science., 1996., Vol.274., P.618-620.

92. Yoon J.W., Austin M., Onodera T., and Notkins A.L. Isolation of a virus from the pancreas of a child with diabetic ketoacidosis// TNEJM, 1979., №21, Vol.300 P. 1173

93. Yu K, Zhu Q.R., Su S.Q., Fei L.E., Pu D.B. Association of interferon-gamma + 874 gene single nucleotide polymorphism with susceptibility to intrauterine HBV infection.//Zhonghua Er Ke Za Zhi., 2004., Vol.42., P.421-423.

94. Zheng W., She J.X. Genetic association between a lymphoid tyrosine phosphatase (PTPN22) and type 1 diabetes.//Diabetes., 2005., Vol.54., №3., P.906-908.

95. Zhernakova A., Eerligh P., Wijmenga G, Barrera P., Roep B.O., Koeleman B.P. Differential association of the PTPN22 coding variant with autoimmune diseases in a Dutch population.//Genes Immun., 2005., Vol.6., №6., P.459-461.

96. Zimmet P., Turner R. Crucial point of diagnosis. Type 2 diabetes or slow type 1 diabetes.//Diabetes Care. 1999., T.22. P.59-64.1179.141. http://www.ebi.ac.uk IMGT/HLA Databases.

Автореферат и диссертация по медицине (14.00.36) на тему:Исследование ассоциации полиморфизма ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета 1 типа

Автореферат диссертации по медицине на тему Исследование ассоциации полиморфизма ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета 1 типа

Оглавление диссертации Абрамов, Дмитрий Дмитриевич :: 2008 :: Москва

Введение диссертации по теме "Аллергология и иммулология", Абрамов, Дмитрий Дмитриевич, автореферат

Заключение диссертационного исследования на тему "Исследование ассоциации полиморфизма ряда генов-кандидатов с развитием сахарного диабета 1 типа"

Список использованной литературы по медицине, диссертация 2008 года, Абрамов, Дмитрий Дмитриевич

Похожие научные работы

Каталог диссертаций